Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11547
• Subject: NM_001199141.2
• Aligned Length: 1806
• Identities: 1414
• Gaps: 225

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCACGTTTAACAAAAAGACGACAGGCGGATACAAAAGCTATCCAGCATCTTTGGGCAGCCATTGAAATTAT  74

Query    1  ----------------------------------------------ATGTCTCGAGTCCACGGTATGCACCCTA  28
                                                          |||||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct   75  CAGAAATCAGAAGCAGATTGCCAACATTGATCGTATTACAAAGTATATGTCCCGAGTCCACGGTATGCATCCCA  148

Query   29  AAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA  102
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AAGAGACCACCCGCCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA  222

Query  103  GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATTGACTGGGAAACAGAAAATCA  176
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  223  GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAGGAAGGATATTGGTTACCAGGAGATGAGATTGACTGGGAAACAGAAACTCA  296

Query  177  TGACTGGTATTGTTTTGAATGCCATTTGCCTGGAGAGGTGTTGATATGTGACCTGTGTTTTCGTGTGTATCATT  250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGACTGGTATTGTTTTGAATGCCATTTGCCTGGAGAGGTGTTGATATGTGACCTGTGTTTTCGTGTGTATCATT  370

Query  251  CCAAGTGTTTGTCTGATGAGTTCAGGCTTAGAGACAGCAGTAGTCCCTGGCAGTGCCCAGTTTGCAGGAGCATT  324
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCAAGTGTTTGTCTGATGAGTTCAGGCTTAGAGACAGCAGTAGTCACTGGCAGTGCCCAGTTTGCAGGAGCATT  444

Query  325  AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCATTGTCTCCCGCATGAAGGAGAGGGC  398
            |||||||||.|..|.|||||.|||||.||||||||.|||.|.||.|||||.||||||||.|||||||||.||||
Sbjct  445  AAGAAGAAGCACTCTAACAAGCAGGAAATGGGCACCTACTTGAGGTTCATCGTCTCCCGAATGAAGGAGCGGGC  518

Query  399  TATAGATCTTAATAAAAAGGGGAAGGACAATAAACACCCGATGTACAGGAGGCTGGTGCACTCAGCTGTGGACG  472
            ||||||.||||||||.||.||.|||||||.|||.||.||.||||||.||||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct  519  TATAGACCTTAATAAGAAAGGAAAGGACAGTAAGCATCCTATGTACCGGAGGCTGGTCCACTCAGCTGTTGACG  592

Query  473  TTCCCACCATTCAAGAGAAAGTGAATGAAGGGAAATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTG  546
            |.||.|||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.||.||..||
Sbjct  593  TCCCTACCATACAAGAGAAGGTGAATGAGGGGAAGTACCGGAGTTACGAGGAGTTCAAGGCTGACGCACAGCTG  666

Query  547  CTTCTCCACAATACCGTGATTTTCTATGG---AGACAGTGAGCAAGCTGACATTGCGAGGATGCTATATAAAGA  617
            |||||||||||.||.|||||.||||||||   ||||||||||||.||.||||||||..|||||.||||||||||
Sbjct  667  CTTCTCCACAACACAGTGATCTTCTATGGAGCAGACAGTGAGCAGGCGGACATTGCACGGATGTTATATAAAGA  740

Query  618  CACATGTCATGAGCTGGATGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTGACAACT  691
            |||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||..|||||||.||.||.||.|||||||
Sbjct  741  CACGTGTCACGAGCTGGACGAGCTGCAGCTTTGCAAGAACTGCTTCTATCTGTCAAACGCACGGCCCGACAACT  814

Query  692  GGTTCTGTTATCCTTGTATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCC  765
            |||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGTTCTGCTACCCTTGCATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCC  888

Query  766  AAAGTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGAGGGCCTGGATTCC  839
            |||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  889  AAAGTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTGGATGTTCGCTTCTTTGGCCATCACCACCAGAGAGCCTGGATTCC  962

Query  840  TTCTGAAAACATTCAAGATATCACAGTCAACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGG  913
            ||||||||||||.||.||||||||.|||||..||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  963  TTCTGAAAACATCCAGGATATCACGGTCAATGTTCACCGACTGCACGTGAAGCGCAGCATGGGCTGGAAGAAGG  1036

Query  914  CCTGTGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGAAATCTAAGAATGAGGACCGA  987
            |||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCTGTGACGAGCTGGAACTGCATCAGCGCTTCCTCCGTGAAGGAAGGTTCTGGAAGTCTAAGAATGAGGACCGA  1110

Query  988  GGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAATGAGCAGCTAAAGGTCACTCAAGAACCAAGAGC  1061
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1111  GGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAACGAGCAGCTGAAGGTCACTCAAGAGCCAAGAGC  1184

Query 1062  AAAGAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGAACCAGAGCCTGAAACAGAAGCAGTAAGTT  1135
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct 1185  AAAGAAAGGACGACGTAATCAGAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGAACCCGAGCCAGAAACGGAAGCAGTGAGTT  1258

Query 1136  CTAGCCAGGAAATACCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAACTCAGACAAAGAAGTTAAGT  1209
            |.|||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||.|..||.||.||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 1259  CCAGCCAGGAAATCCCCACAATGCCTCAGCCAATTGAGAGGGTGTCAGTGTCAACCCAGACCAAGAAGTTAAGT  1332

Query 1210  GCCTCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCACAAACGACGGCGTGTGTCAGAGCATGTGCCATGA  1283
            ||||||||.|||.|||||||||||||.|||||.|||||.||.|.|||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1333  GCCTCTTCCCCACGAATGCTGCATCGAAGCACTCAGACGACGAGCGACGGCGTCTGTCAGAGCATGTGCCACGA  1406

Query 1284  CAAATACACCAAGATCTTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAGACAGAGCGTGTTG  1357
            |||.||||||||.||.||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||.|.||.|
Sbjct 1407  CAAGTACACCAAAATTTTTAATGACTTTAAAGACAGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAAACAGAGAGAGTGG  1480

Query 1358  TCCGAGAAGCTCTGGAGAAGCTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAGAGACAAGCTGTAAATAAAGCTGTAGCC  1431
            ||||.|||||.|||||.|||.|||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.|||
Sbjct 1481  TCCGTGAAGCGCTGGAAAAGTTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAAAGACAGGCCGTGAACAAAGCTGTGGCC  1554

Query 1432  AACATGCAGGGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAGGAAGAATTTGTAGAAGAAAT  1505
            |.|.|||||||.||.|||||||||||..|||||||..|.|||||.|||||.||||||||.||||||||.||.||
Sbjct 1555  AGCCTGCAGGGCGACATGGACAGAAAGGGTAAGCAGCTGAAGGAGAAGTGCAAGGAAGAGTTTGTAGAGGAGAT  1628

Query 1506  CAAGAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTTCTCAGACCAAGAAGAAGCAGTGG----------GT----  1565
            |||||||||.||..|.|||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||          ||    
Sbjct 1629  CAAGAAGCTAGCGGCGCAGCACAAGCAGCTCATTTCCCAGACCAAGAAGAAGCAGTGGTGCTACAACTGTGAGG  1702

Query 1566  --------AAATACCA---------------GTCTTTTT-----------------------------------  1581
                    |..|||||               |||.|..|                                   
Sbjct 1703  AGGAGGCCATGTACCACTGCTGCTGGAACACGTCCTACTGCTCCATCAAGTGCCAGCAGGAGCACTGGCACGCA  1776

Query 1582  ------------------------------  1581
                                          
Sbjct 1777  GAGCACAAGCGCACCTGCCGCCGGAAGAGA  1806