Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11547
• Subject: NM_001202466.1
• Aligned Length: 1803
• Identities: 1412
• Gaps: 384

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCACGTTTAACAAAAAGACGACAGGCGGATACAAAAGCTATCCAGCATCTTTGGGCAGCCATTGAGATTAT  74

Query    1  ----------------------------------------------ATGTCTCGAGTCCACGGTATGCACCCTA  28
                                                          ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  ACGGAACCAGAAGCAGATTGCCAACATTGACCGTATTACAAAGTATATGTCTCGAGTCCACGGTATGCACCCTA  148

Query   29  AAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA  102
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA  222

Query  103  GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATTGACTGGGAAACAGAAAATCA  176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
Sbjct  223  GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATT--------------------  276

Query  177  TGACTGGTATTGTTTTGAATGCCATTTGCCTGGAGAGGTGTTGATATGTGACCTGTGTTTTCGTGTGTATCATT  250
                                                                                      
Sbjct  277  --------------------------------------------------------------------------  276

Query  251  CCAAGTGTTTGTCTGATGAGTTCAGGCTTAGAGACAGCAGTAGTCCCTGGCAGTGCCCAGTTTGCAGGAGCATT  324
                                                                                ||||||
Sbjct  277  --------------------------------------------------------------------AGCATT  282

Query  325  AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCATTGTCTCCCGCATGAAGGAGAGGGC  398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  283  AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCATTGTCTCCCGCATGAAGGAGAGGGC  356

Query  399  TATAGATCTTAATAAAAAGGGGAAGGACAATAAACACCCGATGTACAGGAGGCTGGTGCACTCAGCTGTGGACG  472
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  357  TATAGATCTTAATAAAAAGGGGAAGGACAATAAACACCCGATGTACAGGAGGCTGGTGCACTCAGCTGTGGACG  430

Query  473  TTCCCACCATTCAAGAGAAAGTGAATGAAGGGAAATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTG  546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  431  TTCCCACCATTCAAGAGAAAGTGAATGAAGGGAAATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTG  504

Query  547  CTTCTCCACAATACCGTGATTTTCTATGGAGACAGTGAGCAAGCTGACATTGCGAGGATGCTATATAAAGACAC  620
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  505  CTTCTCCACAATACCGTGATTTTCTATGGAGACAGTGAGCAAGCTGACATTGCGAGGATGCTATATAAAGACAC  578

Query  621  ATGTCATGAGCTGGATGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTGACAACTGGT  694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  579  ATGTCATGAGCTGGATGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTGACAACTGGT  652

Query  695  TCTGTTATCCTTGTATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCCAAA  768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  653  TCTGTTATCCTTGTATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCCAAA  726

Query  769  GTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGAGGGCCTGGATTCCTTC  842
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  727  GTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGAGGGCCTGGATTCCTTC  800

Query  843  TGAAAACATTCAAGATATCACAGTCAACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGGCCT  916
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  801  TGAAAACATTCAAGATATCACAGTCAACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGGCCT  874

Query  917  GTGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGAAATCTAAGAATGAGGACCGAGGT  990
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  875  GTGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGAAATCTAAGAATGAGGACCGAGGT  948

Query  991  GAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAATGAGCAGCTAAAGGTCACTCAAGAACCAAGAGCAAA  1064
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  949  GAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAATGAGCAGCTAAAGGTCACTCAAGAACCAAGAGCAAA  1022

Query 1065  GAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGAACCAGAGCCTGAAACAGAAGCAGTAAGTTCTA  1138
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023  GAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGAACCAGAGCCTGAAACAGAAGCAGTAAGTTCTA  1096

Query 1139  GCCAGGAAATACCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAACTCAGACAAAGAAGTTAAGTGCC  1212
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1097  GCCAGGAAATACCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAACTCAGACAAAGAAGTTAAGTGCC  1170

Query 1213  TCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCACAAACGACGGCGTGTGTCAGAGCATGTGCCATGACAA  1286
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1171  TCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCACAAACGACGGCGTGTGTCAGAGCATGTGCCATGACAA  1244

Query 1287  ATACACCAAGATCTTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAGACAGAGCGTGTTGTCC  1360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245  ATACACCAAGATCTTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAGACAGAGCGTGTTGTCC  1318

Query 1361  GAGAAGCTCTGGAGAAGCTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAGAGACAAGCTGTAAATAAAGCTGTAGCCAAC  1434
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319  GAGAAGCTCTGGAGAAGCTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAGAGACAAGCTGTAAATAAAGCTGTAGCCAAC  1392

Query 1435  ATGCAGGGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAGGAAGAATTTGTAGAAGAAATCAA  1508
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393  ATGCAGGGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAGGAAGAATTTGTAGAAGAAATCAA  1466

Query 1509  GAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTTCTCAGACCAAGAAGAAGCAGTGG----------GT-------  1565
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||       
Sbjct 1467  GAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTTCTCAGACCAAGAAGAAGCAGTGGTGCTACAACTGTGAGGAGG  1540

Query 1566  -----AAATACCAGTCTTTTT-----------------------------------------------------  1581
                 |..|||||.|..|..|                                                     
Sbjct 1541  AGGCCATGTACCACTGCTGCTGGAACACATCCTACTGCTCCATCAAGTGCCAGCAGGAGCACTGGCACGCGGAG  1614

Query 1582  ---------------------------  1581
                                       
Sbjct 1615  CACAAGCGCACCTGCCGCCGGAAAAGA  1641