Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11547
• Subject: NM_001347473.1
• Aligned Length: 1806
• Identities: 1254
• Gaps: 387

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCACGTTTAACAAAAAGACGACAGGCGGATACAAAAGCTATCCAGCATCTTTGGGCAGCCATTGAAATTAT  74

Query    1  ----------------------------------------------ATGTCTCGAGTCCACGGTATGCACCCTA  28
                                                          |||||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct   75  CAGAAATCAGAAGCAGATTGCCAACATTGATCGTATTACAAAGTATATGTCCCGAGTCCACGGTATGCATCCCA  148

Query   29  AAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA  102
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AAGAGACCACCCGCCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA  222

Query  103  GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATTGACTGGGAAACAGAAAATCA  176
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||                    
Sbjct  223  GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAGGAAGGATATTGGTTACCAGGAGATGAGATT--------------------  276

Query  177  TGACTGGTATTGTTTTGAATGCCATTTGCCTGGAGAGGTGTTGATATGTGACCTGTGTTTTCGTGTGTATCATT  250
                                                                                      
Sbjct  277  --------------------------------------------------------------------------  276

Query  251  CCAAGTGTTTGTCTGATGAGTTCAGGCTTAGAGACAGCAGTAGTCCCTGGCAGTGCCCAGTTTGCAGGAGCATT  324
                                                                                ||||||
Sbjct  277  --------------------------------------------------------------------AGCATT  282

Query  325  AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCATTGTCTCCCGCATGAAGGAGAGGGC  398
            |||||||||.|..|.|||||.|||||.||||||||.|||.|.||.|||||.||||||||.|||||||||.||||
Sbjct  283  AAGAAGAAGCACTCTAACAAGCAGGAAATGGGCACCTACTTGAGGTTCATCGTCTCCCGAATGAAGGAGCGGGC  356

Query  399  TATAGATCTTAATAAAAAGGGGAAGGACAATAAACACCCGATGTACAGGAGGCTGGTGCACTCAGCTGTGGACG  472
            ||||||.||||||||.||.||.|||||||.|||.||.||.||||||.||||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct  357  TATAGACCTTAATAAGAAAGGAAAGGACAGTAAGCATCCTATGTACCGGAGGCTGGTCCACTCAGCTGTTGACG  430

Query  473  TTCCCACCATTCAAGAGAAAGTGAATGAAGGGAAATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTG  546
            |.||.|||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.||.||..||
Sbjct  431  TCCCTACCATACAAGAGAAGGTGAATGAGGGGAAGTACCGGAGTTACGAGGAGTTCAAGGCTGACGCACAGCTG  504

Query  547  CTTCTCCACAATACCGTGATTTTCTATGG---AGACAGTGAGCAAGCTGACATTGCGAGGATGCTATATAAAGA  617
            |||||||||||.||.|||||.||||||||   ||||||||||||.||.||||||||..|||||.||||||||||
Sbjct  505  CTTCTCCACAACACAGTGATCTTCTATGGAGCAGACAGTGAGCAGGCGGACATTGCACGGATGTTATATAAAGA  578

Query  618  CACATGTCATGAGCTGGATGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTGACAACT  691
            |||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||..|||||||.||.||.||.|||||||
Sbjct  579  CACGTGTCACGAGCTGGACGAGCTGCAGCTTTGCAAGAACTGCTTCTATCTGTCAAACGCACGGCCCGACAACT  652

Query  692  GGTTCTGTTATCCTTGTATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCC  765
            |||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  653  GGTTCTGCTACCCTTGCATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCC  726

Query  766  AAAGTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGAGGGCCTGGATTCC  839
            |||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  727  AAAGTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTGGATGTTCGCTTCTTTGGCCATCACCACCAGAGAGCCTGGATTCC  800

Query  840  TTCTGAAAACATTCAAGATATCACAGTCAACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGG  913
            ||||||||||||.||.||||||||.|||||..||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  801  TTCTGAAAACATCCAGGATATCACGGTCAATGTTCACCGACTGCACGTGAAGCGCAGCATGGGCTGGAAGAAGG  874

Query  914  CCTGTGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGAAATCTAAGAATGAGGACCGA  987
            |||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct  875  CCTGTGACGAGCTGGAACTGCATCAGCGCTTCCTCCGTGAAGGAAGGTTCTGGAAGTCTAAGAATGAGGACCGA  948

Query  988  GGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAATGAGCAGCTAAAGGTCACTCAAGAACCAAGAGC  1061
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct  949  GGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAACGAGCAGCTGAAGGTCACTCAAGAGCCAAGAGC  1022

Query 1062  AAAGAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGAACCAGAGCCTGAAACAGAAGCAGTAAGTT  1135
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct 1023  AAAGAAAGGACGACGTAATCAGAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGAACCCGAGCCAGAAACGGAAGCAGTGAGTT  1096

Query 1136  CTAGCCAGGAAATACCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAACTCAGACAAAGAAGTTAAGT  1209
            |.|||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||.|..||.||.||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 1097  CCAGCCAGGAAATCCCCACAATGCCTCAGCCAATTGAGAGGGTGTCAGTGTCAACCCAGACCAAGAAGTTAAGT  1170

Query 1210  GCCTCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCACAAACGACGGCGTGTGTCAGAGCATGTGCCATGA  1283
            ||||||||.|||.|||||||||||||.|||||.|||||.||.|.|||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1171  GCCTCTTCCCCACGAATGCTGCATCGAAGCACTCAGACGACGAGCGACGGCGTCTGTCAGAGCATGTGCCACGA  1244

Query 1284  CAAATACACCAAGATCTTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAGACAGAGCGTGTTG  1357
            |||.||||||||.||.||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||.|.||.|
Sbjct 1245  CAAGTACACCAAAATTTTTAATGACTTTAAAGACAGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAAACAGAGAGAGTGG  1318

Query 1358  TCCGAGAAGCTCTGGAGAAGCTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAGAGACAAGCTGTAAATAAAGCTGTAGCC  1431
            ||||.|||||.|||||.|||.|||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.|||
Sbjct 1319  TCCGTGAAGCGCTGGAAAAGTTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAAAGACAGGCCGTGAACAAAGCTGTGGCC  1392

Query 1432  AACATGCAGGGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAGGAAGAATTTGTAGAAGAAAT  1505
            |.|.|||||||.||.|||||||||||..|||||||..|.|||||.|||||.||||||||.||||||||.||.||
Sbjct 1393  AGCCTGCAGGGCGACATGGACAGAAAGGGTAAGCAGCTGAAGGAGAAGTGCAAGGAAGAGTTTGTAGAGGAGAT  1466

Query 1506  CAAGAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTTCTCAGACCAAGAAGAAGCAGTGG----------GT----  1565
            |||||||||.||..|.|||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||          ||    
Sbjct 1467  CAAGAAGCTAGCGGCGCAGCACAAGCAGCTCATTTCCCAGACCAAGAAGAAGCAGTGGTGCTACAACTGTGAGG  1540

Query 1566  --------AAATACCA---------------GTCTTTTT-----------------------------------  1581
                    |..|||||               |||.|..|                                   
Sbjct 1541  AGGAGGCCATGTACCACTGCTGCTGGAACACGTCCTACTGCTCCATCAAGTGCCAGCAGGAGCACTGGCACGCA  1614

Query 1582  ------------------------------  1581
                                          
Sbjct 1615  GAGCACAAGCGCACCTGCCGCCGGAAGAGA  1644