Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11547
• Subject: NM_001370113.1
• Aligned Length: 1806
• Identities: 1481
• Gaps: 318

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCACGTTTAACAAAAAGACGACAGGCGGATACAAAAGCTATCCAGCATCTTTGGGCAGCCATTGAGATTAT  74

Query    1  ----------------------------------------------ATGTCTCGAGTCCACGGTATGCACCCTA  28
                                                          ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  ACGGAACCAGAAGCAGATTGCCAACATTGACCGTATTACAAAGTATATGTCTCGAGTCCACGGTATGCACCCTA  148

Query   29  AAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA  102
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA  222

Query  103  GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATTGACTGGGAAACAGAAAATCA  176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATTGACTGGGAAACAGAAAATCA  296

Query  177  TGACTGGTATTGTTTTGAATGCCATTTGCCTGGAGAGGTGTTGATATGTGACCTGTGTTTTCGTGTGTATCATT  250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGACTGGTATTGTTTTGAATGCCATTTGCCTGGAGAGGTGTTGATATGTGACCTGTGTTTTCGTGTGTATCATT  370

Query  251  CCAAGTGTTTGTCTGATGAGTTCAGGCTTAGAGACAGCAGTAGTCCCTGGCAGTGCCCAGTTTGCAGGAGCATT  324
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCAAGTGTTTGTCTGATGAGTTCAGGCTTAGAGACAGCAGTAGTCCCTGGCAGTGCCCAGTTTGCAGGAGCATT  444

Query  325  AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCATTGTCTCCCGCATGAAGGAGAGGGC  398
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct  445  AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCATTGTCTCCCGCATGAAGGAGAG---  515

Query  399  TATAGATCTTAATAAAAAGGGGAAGGACAATAAACACCCGATGTACAGGAGGCTGGTGCACTCAGCTGTGGACG  472
                                                                                      
Sbjct  516  --------------------------------------------------------------------------  515

Query  473  TTCCCACCATTCAAGAGAAAGTGAATGAAGGGAAATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTG  546
                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  516  ----------------GAAAGTGAATGAAGGGAAATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTG  573

Query  547  CTTCTCCACAATACCGTGATTTTCTATGG---AGACAGTGAGCAAGCTGACATTGCGAGGATGCTATATAAAGA  617
            |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  574  CTTCTCCACAATACCGTGATTTTCTATGGAGCAGACAGTGAGCAAGCTGACATTGCGAGGATGCTATATAAAGA  647

Query  618  CACATGTCATGAGCTGGATGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTGACAACT  691
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  648  CACATGTCATGAGCTGGATGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTGACAACT  721

Query  692  GGTTCTGTTATCCTTGTATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCC  765
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  722  GGTTCTGTTATCCTTGTATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCC  795

Query  766  AAAGTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGAGGGCCTGGATTCC  839
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  796  AAAGTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGAGGGCCTGGATTCC  869

Query  840  TTCTGAAAACATTCAAGATATCACAGTCAACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGG  913
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  870  TTCTGAAAACATTCAAGATATCACAGTCAACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGG  943

Query  914  CCTGTGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGAAATCTAAGAATGAGGACCGA  987
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  944  CCTGTGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGAAATCTAAGAATGAGGACCGA  1017

Query  988  GGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAATGAGCAGCTAAAGGTCACTCAAGAACCAAGAGC  1061
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  GGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAATGAGCAGCTAAAGGTCACTCAAGAACCAAGAGC  1091

Query 1062  AAAGAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGAACCAGAGCCTGAAACAGAAGCAGTAAGTT  1135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  AAAGAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGAACCAGAGCCTGAAACAGAAGCAGTAAGTT  1165

Query 1136  CTAGCCAGGAAATACCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAACTCAGACAAAGAAGTTAAGT  1209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  CTAGCCAGGAAATACCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAACTCAGACAAAGAAGTTAAGT  1239

Query 1210  GCCTCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCACAAACGACGGCGTGTGTCAGAGCATGTGCCATGA  1283
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  GCCTCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCACAAACGACGGCGTGTGTCAGAGCATGTGCCATGA  1313

Query 1284  CAAATACACCAAGATCTTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAGACAGAGCGTGTTG  1357
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314  CAAATACACCAAGATCTTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAGACAGAGCGTGTTG  1387

Query 1358  TCCGAGAAGCTCTGGAGAAGCTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAGAGACAAGCTGTAAATAAAGCTGTAGCC  1431
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388  TCCGAGAAGCTCTGGAGAAGCTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAGAGACAAGCTGTAAATAAAGCTGTAGCC  1461

Query 1432  AACATGCAGGGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAGGAAGAATTTGTAGAAGAAAT  1505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462  AACATGCAGGGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAGGAAGAATTTGTAGAAGAAAT  1535

Query 1506  CAAGAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTTCTCAGACCAAGAAGAAGCAGTGG----------GT----  1565
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||    
Sbjct 1536  CAAGAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTTCTCAGACCAAGAAGAAGCAGTGGTGCTACAACTGTGAGG  1609

Query 1566  --------AAATACCAGTCTTTTT--------------------------------------------------  1581
                    |..|||||.|..|..|                                                  
Sbjct 1610  AGGAGGCCATGTACCACTGCTGCTGGAACACATCCTACTGCTCCATCAAGTGCCAGCAGGAGCACTGGCACGCG  1683

Query 1582  ------------------------------  1581
                                          
Sbjct 1684  GAGCACAAGCGCACCTGCCGCCGGAAAAGA  1713