Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11547
• Subject: XM_006516496.3
• Aligned Length: 1974
• Identities: 1414
• Gaps: 393

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCACGTTTAACAAAAAGACGACAGGCGGATACAAAAGCTATCCAGCATCTTTGGGCAGCCATTGAAATTAT  74

Query    1  ----------------------------------------------ATGTCTCGAGTCCACGGTATGCACCCTA  28
                                                          |||||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct   75  CAGAAATCAGAAGCAGATTGCCAACATTGATCGTATTACAAAGTATATGTCCCGAGTCCACGGTATGCATCCCA  148

Query   29  AAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA  102
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AAGAGACCACCCGCCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCTTATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAA  222

Query  103  GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATTGACTGGGAAACAGAAAATCA  176
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  223  GGTTCAAAAGCTGGTATTGAACAGGAAGGATATTGGTTACCAGGAGATGAGATTGACTGGGAAACAGAAACTCA  296

Query  177  TGACTGGTATTGTTTTGAATGCCATTTGCCTGGAGAGGTGTTGATATGTGACCTGTGTTTTCGTGTGTATCATT  250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGACTGGTATTGTTTTGAATGCCATTTGCCTGGAGAGGTGTTGATATGTGACCTGTGTTTTCGTGTGTATCATT  370

Query  251  CCAAGTGTTTGTCTGATGAGTTCAGGCTTAGAGACAGCAGTAGTCCCTGGCAGTGCCCAGTTTGCAGGAGCATT  324
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCAAGTGTTTGTCTGATGAGTTCAGGCTTAGAGACAGCAGTAGTCACTGGCAGTGCCCAGTTTGCAGGAGCATT  444

Query  325  AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCATTGTCTCCCGCATGAAGGAGAGGGC  398
            |||||||||.|..|.|||||.|||||.||||||||.|||.|.||.|||||.||||||||.|||||||||.||||
Sbjct  445  AAGAAGAAGCACTCTAACAAGCAGGAAATGGGCACCTACTTGAGGTTCATCGTCTCCCGAATGAAGGAGCGGGC  518

Query  399  TATAGATCTTAATAAAAAGGGGAAGGACAATAAACACCCGATGTACAGGAGGCTGGTGCACTCAGCTGTGGACG  472
            ||||||.||||||||.||.||.|||||||.|||.||.||.||||||.||||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct  519  TATAGACCTTAATAAGAAAGGAAAGGACAGTAAGCATCCTATGTACCGGAGGCTGGTCCACTCAGCTGTTGACG  592

Query  473  TTCCCACCATTCAAGAGAAAGTGAATGAAGGGAAATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTG  546
            |.||.|||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.||.||..||
Sbjct  593  TCCCTACCATACAAGAGAAGGTGAATGAGGGGAAGTACCGGAGTTACGAGGAGTTCAAGGCTGACGCACAGCTG  666

Query  547  CTTCTCCACAATACCGTGATTTTCTATGG---AGACAGTGAGCAAGCTGACATTGCGAGGATGCTATATAAAGA  617
            |||||||||||.||.|||||.||||||||   ||||||||||||.||.||||||||..|||||.||||||||||
Sbjct  667  CTTCTCCACAACACAGTGATCTTCTATGGAGCAGACAGTGAGCAGGCGGACATTGCACGGATGTTATATAAAGA  740

Query  618  CACATGTCATGAGCTGGATGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTGACAACT  691
            |||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||..|||||||.||.||.||.|||||||
Sbjct  741  CACGTGTCACGAGCTGGACGAGCTGCAGCTTTGCAAGAACTGCTTCTATCTGTCAAACGCACGGCCCGACAACT  814

Query  692  GGTTCTGTTATCCTTGTATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCC  765
            |||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGTTCTGCTACCCTTGCATACCTAATCATGAGCTGGTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCC  888

Query  766  AAAGTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGAGGGCCTGGATTCC  839
            |||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  889  AAAGTCATGCAGAAAGAAGACAATCAAGTGGATGTTCGCTTCTTTGGCCATCACCACCAGAGAGCCTGGATTCC  962

Query  840  TTCTGAAAACATTCAAGATATCACAGTCAACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGG  913
            ||||||||||||.||.||||||||.|||||..||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  963  TTCTGAAAACATCCAGGATATCACGGTCAATGTTCACCGACTGCACGTGAAGCGCAGCATGGGCTGGAAGAAGG  1036

Query  914  CCTGTGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGAAATCTAAGAATGAGGACCGA  987
            |||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCTGTGACGAGCTGGAACTGCATCAGCGCTTCCTCCGTGAAGGAAGGTTCTGGAAGTCTAAGAATGAGGACCGA  1110

Query  988  GGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAATGAGCAGCTAAAGGTCACTCAAGAACCAAGAGC  1061
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1111  GGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCCTCCACCAGTAACGAGCAGCTGAAGGTCACTCAAGAGCCAAGAGC  1184

Query 1062  AAAGAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGA--------------------------------  1103
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||                                
Sbjct 1185  AAAGAAAGGACGACGTAATCAGAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGTAAGTTGCCCGCCTCACAGTGTCCAGGTGG  1258

Query 1104  --------------------------------------------------------------------------  1103
                                                                                      
Sbjct 1259  CAATCGAAAGAGGAAAGAGTCTCAAAGTACGCTCAAGACAGTCAAGTAATATCCGTCAAGTTAAGGCCCAGTCT  1332

Query 1104  --------------------------------------------------------------AGAACCAGAGCC  1115
                                                                          ||||||.|||||
Sbjct 1333  CCCGACTCCTGTCGTTGTGGACTGCTGCTCGACCAGCACGCCAGTGCACAGTCTCCGTCCCCAGAACCCGAGCC  1406

Query 1116  TGAAACAGAAGCAGTAAGTTCTAGCCAGGAAATACCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAA  1189
            .|||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||.|..||.||.|||||||
Sbjct 1407  AGAAACGGAAGCAGTGAGTTCCAGCCAGGAAATCCCCACAATGCCTCAGCCAATTGAGAGGGTGTCAGTGTCAA  1480

Query 1190  CTCAGACAAAGAAGTTAAGTGCCTCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCACAAACGACGGCGTG  1263
            |.|||||.||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||.|||||.|||||.||.|.|||||||||.
Sbjct 1481  CCCAGACCAAGAAGTTAAGTGCCTCTTCCCCACGAATGCTGCATCGAAGCACTCAGACGACGAGCGACGGCGTC  1554

Query 1264  TGTCAGAGCATGTGCCATGACAAATACACCAAGATCTTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAA  1337
            |||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TGTCAGAGCATGTGCCACGACAAGTACACCAAAATTTTTAATGACTTTAAAGACAGGATGAAGTCGGACCACAA  1628

Query 1338  GCGGGAGACAGAGCGTGTTGTCCGAGAAGCTCTGGAGAAGCTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAGAGACAAG  1411
            ||||||.||||||.|.||.|||||.|||||.|||||.|||.|||||||||||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 1629  GCGGGAAACAGAGAGAGTGGTCCGTGAAGCGCTGGAAAAGTTGCGTTCTGAAATGGAAGAAGAAAAAAGACAGG  1702

Query 1412  CTGTAAATAAAGCTGTAGCCAACATGCAGGGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAG  1485
            |.||.||.||||||||.||||.|.|||||||.||.|||||||||||..|||||||..|.|||||.|||||.|||
Sbjct 1703  CCGTGAACAAAGCTGTGGCCAGCCTGCAGGGCGACATGGACAGAAAGGGTAAGCAGCTGAAGGAGAAGTGCAAG  1776

Query 1486  GAAGAATTTGTAGAAGAAATCAAGAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTTCTCAGACCAAGAAGAAGCA  1559
            |||||.||||||||.||.|||||||||||.||..|.|||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1777  GAAGAGTTTGTAGAGGAGATCAAGAAGCTAGCGGCGCAGCACAAGCAGCTCATTTCCCAGACCAAGAAGAAGCA  1850

Query 1560  GTGG----------GT------------AAATACCA---------------GTCTTTTT---------------  1581
            ||||          ||            |..|||||               |||.|..|               
Sbjct 1851  GTGGTGCTACAACTGTGAGGAGGAGGCCATGTACCACTGCTGCTGGAACACGTCCTACTGCTCCATCAAGTGCC  1924

Query 1582  --------------------------------------------------  1581
                                                              
Sbjct 1925  AGCAGGAGCACTGGCACGCAGAGCACAAGCGCACCTGCCGCCGGAAGAGA  1974