Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11567
• Subject: NM_001164326.1
• Aligned Length: 2853
• Identities: 2505
• Gaps: 348

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCGACGGGAACGGGCAAACACAAGCTGCTAAGCACTGGCCCCACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGCT  74

Query    1  -------------------ATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG  55
                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  ATGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG  148

Query   56  CAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACC  129
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACC  222

Query  130  ACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAA  203
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAA  296

Query  204  ATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGA  277
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGA  370

Query  278  GAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAA  351
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAA  444

Query  352  AAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGT  425
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGT  518

Query  426  AAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT  499
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT  592

Query  500  ATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGT  573
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGT  666

Query  574  ACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGAC  647
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGAC  740

Query  648  CCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGT  721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGT  814

Query  722  CAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCT  795
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCT  888

Query  796  TCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT  869
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT  962

Query  870  ACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAG  943
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                 
Sbjct  963  ACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCAT---------------------------------  1003

Query  944  CTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTG  1017
                                                                                      
Sbjct 1004  --------------------------------------------------------------------------  1003

Query 1018  CCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCC  1091
                                                                                      
Sbjct 1004  --------------------------------------------------------------------------  1003

Query 1092  GGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGG  1165
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004  -----------------------------CAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGG  1048

Query 1166  ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGT  1239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1049  ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGT  1122

Query 1240  TTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCT  1313
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123  TTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCT  1196

Query 1314  GGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTG  1387
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197  GGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTG  1270

Query 1388  CCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTT  1461
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271  CCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTT  1344

Query 1462  TGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCC  1535
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345  TGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCC  1418

Query 1536  AGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAA  1609
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419  AGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAA  1492

Query 1610  TACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATT  1683
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493  TACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATT  1566

Query 1684  TCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTT  1757
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567  TCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTT  1640

Query 1758  AGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGA  1831
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641  AGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGA  1714

Query 1832  CTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATT  1905
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1715  CTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATT  1788

Query 1906  GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT  1979
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789  GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT  1862

Query 1980  TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAG  2053
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863  TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAG  1936

Query 2054  AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGT  2127
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1937  AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGT  2010

Query 2128  GATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGC  2201
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2011  GATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGC  2084

Query 2202  TTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCA  2275
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085  TTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCA  2158

Query 2276  TGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCA  2349
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159  TGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCA  2232

Query 2350  CCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGAT  2423
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2233  CCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGAT  2306

Query 2424  CCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACC  2497
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2307  CCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACC  2380

Query 2498  ATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAG  2571
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2381  ATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAG  2454

Query 2572  TTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGA  2645
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455  TTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGA  2528

Query 2646  TGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGATGGAGGAACCAGGG  2719
            |||||||||||||                                             ||||||||||||||||
Sbjct 2529  TGCTTCAGAGAAG---------------------------------------------GATGGAGGAACCAGGG  2557

Query 2720  GACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG  2760
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558  GACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG  2598