Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_11567
- Subject:
- NM_001289607.1
- Aligned Length:
- 2853
- Identities:
- 2328
- Gaps:
- 303
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCGACCGGGACAGGCAAGCACAAGCTGCTGAGTACTGGCCCAACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGTT 74
Query 1 -------------------ATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG 55
|||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 GTGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGGAGTGGGGATCAGAACTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG 148
Query 56 CAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACC 129
|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.
Sbjct 149 CAGAACCTGGCCGGCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCTCAGTATTCTGAGCTCTTAGAGACT 222
Query 130 ACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAA 203
||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 223 ACTGAGACTCCAAAACGGAAACGGGGTGAAAAAGGAGAAGTGGTAGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGCAA 296
Query 204 ATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGA 277
|.|||||||||||.|||||||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.|
Sbjct 297 ACTGACTGCTGAGAGAGTTGAAGAACTGAAGAAAGTCATAAAGGAGACACAGGAGAGATACAGGCGTCTGAAAA 370
Query 278 GAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAA 351
||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||
Sbjct 371 GAGATGCAGAACTAATCCAAGCCGGGCACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTCTGCAATGACATTGCAATGAAA 444
Query 352 AAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGT 425
||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||
Sbjct 445 AAGAAATTGGAAGAGGAAGAGGCTGAAGTAAAAAGGAAGGCCACCGATGCTGCGTACCAGGCGCGACAAGCAGT 518
Query 426 AAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT 499
.|||||.||.||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||.||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GAAAACGCCTCCTCGAAGGTTACCGACTGTGATGGTCCGCTCTCCTGTAGACTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT 592
Query 500 ATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGT 573
|.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 593 ACCCACTTGGAGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCTGGGACTTTGCCGAGT 666
Query 574 ACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGAC 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 ACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGAC 740
Query 648 CCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGT 721
||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 CCCAATAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGT 814
Query 722 CAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCT 795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||..|.
Sbjct 815 CAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTGAATGAGAGTGAAATGCCTGTACCC 888
Query 796 TCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT 869
.|||||||.||||||||.|||||.||.|||.||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CCTGGCCATCTGAACAGCACAGGGGTTCTCTTGGAGGTAGGAGGGGTTCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT 962
Query 870 ACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAG 943
|||||.||||.|||.|.||||.||.||||||||.|||||.|
Sbjct 963 ACAGCCAACAACCAGTGCTGTGGCGGCCTCCCCGGCTGCCT--------------------------------- 1003
Query 944 CTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTG 1017
|||||||||
Sbjct 1004 -------------------------------------------------CAGTGAGCC---------------- 1012
Query 1018 CCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCC 1091
.|||||.||
Sbjct 1013 -------------------------------------------AGCCTGAGC---------------------- 1021
Query 1092 GGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGG 1165
.||||||.|||.||||.||||||||||
Sbjct 1022 -----------------------------------------------CCTGTGTACCCCTGGAAGCTGTGGGGG 1048
Query 1166 ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGT 1239
||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 1049 ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGATAGCAATGAAATCTCCATGATCATTAATTCCATCAAAGAAGAGTGT 1122
Query 1240 TTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCT 1313
||.||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1123 TTCCGCTCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGGTGGATCAAAGGCTCCAAGCATAGATGGGAAGGAAGACTTGGATCT 1196
Query 1314 GGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTG 1387
.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1197 AGCGGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGTTGGACTTTGAAACAGTTGGAGACATCATTG 1270
Query 1388 CCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTT 1461
|||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||..|.||.||.
Sbjct 1271 CCATCATTGAGGACAAGGTGGATGATCACCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCGGTAGAAGCGGCGTTATCGTTC 1344
Query 1462 TGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCC 1535
||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1345 TGTGAAGAGAATGATGACCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCACCCTATCCAGCAGGAGCGCGACAAGCC 1418
Query 1536 AGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAA 1609
|||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||.|.||||||||.||..
Sbjct 1419 AGTACCTCTGCCAGCACCAGAGATGACAGTCAAACAAGAGAGGCTAGACTTCGAGGAATCAGAAAACAAAGGGC 1492
Query 1610 TACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATT 1683
|.|||||.|||||||||||||||||..||.|||..|||||.|||||||||||..||||.||||||||||.|||.
Sbjct 1493 TCCATGACCTGGTGGACATCAGGGATTCCGGTGTTGAGATTAAGGTGGAACCCACAGAGCCAGAGCCAGGCATG 1566
Query 1684 TCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTT 1757
||.||.||.||.||||||||||||||||.|||||...|||||||||||||||||||||||||||||||.||||.
Sbjct 1567 TCTGGGGCTGAGATAGTAGCTGGAGTTGGTCCAGTTCCAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAAGACTC 1640
Query 1758 AGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGA 1831
||||||.||||...|||||.|||||||||||||.||||.|||.|||||||.|.|||.|||||||||||||||||
Sbjct 1641 AGATGAAGAACCTAGAAGTTCTGCAGCTGGAGACATTGGTGAGGCAGATGGTTCCAGTGGGAAAGGCGATGAGA 1714
Query 1832 CTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATT 1905
..||||||.||..||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||..|||
Sbjct 1715 GGCCACTTTCAGCTGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAGAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCTTATT 1788
Query 1906 GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT 1979
||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAACACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT 1862
Query 1980 TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAG 2053
|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct 1863 TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGACGATGAGGAAGAAGATGGAGTCAGTGAAGCAGCTAGCCTAG 1936
Query 2054 AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGT 2127
||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||||||||.||||||
Sbjct 1937 AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTATTTGTCTGAGATGGATAATGAGCCCCCTGTGAGTGAGAGT 2010
Query 2128 GATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGC 2201
|||||||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2011 GATGATGGCTTTAGTATACATAACGCCACACTGCAGTCACACACTCTGGCAGACTCCATCCCAAGCAGCCCTGC 2084
Query 2202 TTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCA 2275
.||.||.|||||.||.||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2085 CTCCTCCCAGTTTTCCGTGTGCAGTGAAGATCAAGAAGCAATTCAGGCTCAGAAAATATGGAAGAAAGCCATCA 2158
Query 2276 TGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCA 2349
|||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 2159 TGCTTGTATGGAGGGCTGCAGCAAATCATAGGTATGCCAATGTGTTCCTGCAACCTGTTACAGATGACATAGCT 2232
Query 2350 CCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGAT 2423
|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2233 CCTGGTTACCATAGCATTGTACAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATAAAGAAAAACATTGAAAATGGACTGAT 2306
Query 2424 CCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACC 2497
|||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2307 CCGAAGCACAGCTGAGTTTCAGCGTGACATCATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTTATGTACAATAGCTCAGACC 2380
Query 2498 ATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAG 2571
||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2381 ATGATGTCTATCACATGGCAGTAGAGATGCAGAGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACACAG 2454
Query 2572 TTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGA 2645
|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 2455 TTGATTATGCAAACATCTGAGTCTGGAATCAGTGCTAAAAGTCTCCGGGGGAGAGACTCTACCCGAAAACAAGA 2528
Query 2646 TGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGATGGAGGAACCAGGG 2719
||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 2529 TGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCCATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGATGGGGGAACCAGGG 2602
Query 2720 GACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG 2760
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2603 GACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAGAAG 2643