Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_11567
- Subject:
- NM_139199.2
- Aligned Length:
- 3934
- Identities:
- 2522
- Gaps:
- 1403
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCGACGGGAACGGGCAAACACAAGCTGCTAAGCACTGGCCCCACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGCT 74
Query 1 -------------------ATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG 55
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 ATGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG 148
Query 56 CAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACC 129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 CAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACC 222
Query 130 ACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAA 203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 ACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAA 296
Query 204 ATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGA 277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 ATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGA 370
Query 278 GAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAA 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 GAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAA 444
Query 352 AAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGT 425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 AAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGT 518
Query 426 AAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT 499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 AAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT 592
Query 500 ATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGT 573
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 ATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGG------------------------- 641
Query 574 ACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGAC 647
Sbjct 642 -------------------------------------------------------------------------- 641
Query 648 CCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGT 721
Sbjct 642 -------------------------------------------------------------------------- 641
Query 722 CAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCT 795
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 ----------------------------------------------GGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCT 669
Query 796 TCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT 869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 TCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT 743
Query 870 ACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAG 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 744 ACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAG 817
Query 944 CTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 818 CTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTG 891
Query 1018 CCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCC 1091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 CCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCC 965
Query 1092 GGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGG 1165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 GGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGG 1039
Query 1166 ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGT 1239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGT 1113
Query 1240 TTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCT 1313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1114 TTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCT 1187
Query 1314 GGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTG 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 GGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTG 1261
Query 1388 CCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTT 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 CCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTT 1335
Query 1462 TGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCC 1535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 TGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCC 1409
Query 1536 AGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAA 1609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1410 AGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAA 1483
Query 1610 TACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATT 1683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 TACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATT 1557
Query 1684 TCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTT 1757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTT 1631
Query 1758 AGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGA 1831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 AGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGA 1705
Query 1832 CTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATT 1905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1706 CTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATT 1779
Query 1906 GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1780 GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT 1853
Query 1980 TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAG 2053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAG 1927
Query 2054 AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGT 2127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1928 AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGT 2001
Query 2128 GATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGC 2201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 GATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGC 2075
Query 2202 TTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCA 2275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2076 TTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCA 2149
Query 2276 TGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCA 2349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 TGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCA 2223
Query 2350 CCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGAT 2423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 CCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGAT 2297
Query 2424 CCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACC 2497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298 CCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACC 2371
Query 2498 ATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAG 2571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2372 ATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAG 2445
Query 2572 TTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGA 2645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2446 TTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGA 2519
Query 2646 TGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGATGGAGGA-ACCAG- 2717
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||.||
Sbjct 2520 TGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTT-ATG--GGACACGAGT 2590
Query 2718 GGGACGCCGCTGTGCC---AT--TGAAGCAGAT-------ATGA-----AGATGAAAAAG-------------- 2760
||| |.||.| || ||||..|||| |||| ||.|||..||.
Sbjct 2591 GGG-------TTTGGCTGGATTCTGAACAAGATCATCCCAATGACTCTGAGTTGAGCAATGACTGCAGGTCCCT 2657
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 2658 CTTCAGCTCATGGGACTCCAGTCTGGATCTTGATGTGGGCAACTGGAGGGAAACTGAGGATCCAGAGGCTGAGG 2731
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 2732 AACTAGAGGAAAGCAGCCCGGAGAGAGAACCTAGTGAACTGCTTGTTGGGGATGGAGGCAGTGAGGAATCTCAG 2805
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 2806 GAAGCGGCAAGGAAAGCCAGCCACCAGAACCTCCTCCACTTTCTCTCTGAGGTAGCTTATTTAATGGAGCCCTT 2879
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 2880 GTGCATCAGCAGCAACGAATCAAGTGAAGGCTGCTGCCCTCCATCTGGTACCAGACAAGAAGGAAGGGAAATTA 2953
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 2954 AAGCTAGCGAAGGAGAAAGGGAGCTCTGCAGAGAGACTGAAGAGCTTTCAGCTAAAGGAGACCCCTTAGTAGCT 3027
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 3028 GAAAAGCCACTGGGAGAAAATGGAAAGCCAGAGGTGGCTTCAGCTCCCTCAGTTATTTGTACAGTTCAGGGACT 3101
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 3102 ACTCACAGAGAGTGAAGAGGGGGAGGCTCAGCAAGAATCCAAAGGGGAGGACCAGGGTGAAGTATATGTGTCAG 3175
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 3176 AGATGGAAGACCAGCCCCCTTCAGGCGAGTGTGATGATGCCTTTAACATTAAGGAGACTCCCTTGGTGGATACA 3249
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 3250 CTTTTCAGCCATGCTACCTCCTCAAAGCTGACTGATCTAAGCCAGGATGACCCTGTTCAGGATCATTTGCTATT 3323
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 3324 TAAGAAGACTCTCCTGCCAGTCTGGAAGATGATTGCCAGTCACAGGTTCAGCAGTCCATTTCTGAAGCCTGTGT 3397
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 3398 CAGAAAGGCAGGCCCCAGGGTACAAGGATGTGGTGAAAAGACCCATGGACTTAACTAGCCTGAAGAGAAATCTC 3471
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 3472 TCTAAGGGTCGGATTCGCACCATGGCCCAATTCCTGCGAGACCTGATGCTGATGTTCCAAAATGCTGTAATGTA 3545
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 3546 CAATGACTCTGATCATCATGTATACCATATGGCTGTGGAGATGCGGCAAGAAGTCCTGGAGCAGATTCAGGTAC 3619
Query 2761 -------------------------------------------------------------------------- 2760
Sbjct 3620 TGAATATCTGGTTAGACAAAAGAAAAGGCTCAAGTAGTCTGGAAGGAGAACCAGCTAACCCAGTGGATGATGGA 3693
Query 2761 ------------ 2760
Sbjct 3694 AAACCTGTTTTC 3705
