Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11580
• Subject: XM_017024057.1
• Aligned Length: 2313
• Identities: 1938
• Gaps: 375

Alignment

Query    1  ATGGAAGAATTGCATAGCCTGGACCCACGACGGCAGGAATTATTGGAGGCCAGGTTTACTGGAGTAGGTGTTAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TAAGGGACCACTTAATAGTGAGTCTTCCAACCAGAGCTTGTGCAGCGTCGGATCCTTGAGTGATAAAGAAGTAG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AGACTCCCGAGAAAAAGCAGAATGACCAGCGAAATCGGAAAAGAAAAGCTGAACCATATGAAACTAGCCAAGGG  222
                                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct    1  ---------------------ATGACCAGCGAAATCGGAAAAGAAAAGCTGAACCATATGAAACTAGCCAA---  50

Query  223  AAAGGCACTCCTAGGGGACATAAAATTAGTGATTACTTTGAGTTTGCTGGGGGAAGCGCGCCAGGAACCAGCCC  296
                                                                                      
Sbjct   51  --------------------------------------------------------------------------  50

Query  297  TGGCAGAAGTGTTCCACCAGTTGCACGATCCTCACCGCAACATTCCTTATCCAATCCCTTACCGCGACGAGTAG  370
                                                                           |||||||||||
Sbjct   51  ---------------------------------------------------------------GCGACGAGTAG  61

Query  371  AACAGCCCCTCTATGGTTTAGATGGCAGTGCTGCAAAGGAGGCAACGGAGGAGCAGTCTGCTCTGCCAACCCTC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   62  AACAGCCCCTCTATGGTTTAGATGGCAGTGCTGCAAAGGAGGCAACGGAGGAGCAGTCTGCTCTGCCAACCCTC  135

Query  445  ATGTCAGTGATGCTAGCAAAACCTCGGCTTGACACAGAGCAGCTGGCGCAAAGGGGAGCTGGCCTCTGCTTCAC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  136  ATGTCAGTGATGCTAGCAAAACCTCGGCTTGACACAGAGCAGCTGGCGCAAAGGGGAGCTGGCCTCTGCTTCAC  209

Query  519  TTTTGTTTCAGCTCAGCAAAACAGTCCCTCATCTACGGGATCTGGCAACACAGAGCATTCCTGCAGCTCCCAAA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  210  TTTTGTTTCAGCTCAGCAAAACAGTCCCTCATCTACGGGATCTGGCAACACAGAGCATTCCTGCAGCTCCCAAA  283

Query  593  AACAGATCTCCATCCAGCACAGACAGACCCAGTCCGACCTCACAATAGAAAAAATATCTGCACTAGAAAACAGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  284  AACAGATCTCCATCCAGCACAGACAGACCCAGTCCGACCTCACAATAGAAAAAATATCTGCACTAGAAAACAGT  357

Query  667  AAGAATTCTGACTTAGAGAAGAAGGAGGGAAGAATAGATGATTTATTAAGAGCCAACTGTGATTTGAGACGGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  358  AAGAATTCTGACTTAGAGAAGAAGGAGGGAAGAATAGATGATTTATTAAGAGCCAACTGTGATTTGAGACGGCA  431

Query  741  GATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACGATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGAAAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  432  GATTGATGAACAGCAAAAGATGCTAGAGAAATACAAGGAACGATTAAATAGATGTGTGACAATGAGCAAGAAAC  505

Query  815  TCCTTATAGAAAAGTCAAAACAAGAGAAGATGGCGTGTAGAGATAAGAGCATGCAAGACCGCTTGAGACTGGGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  506  TCCTTATAGAAAAGTCAAAACAAGAGAAGATGGCGTGTAGAGATAAGAGCATGCAAGACCGCTTGAGACTGGGC  579

Query  889  CACTTTACTACTGTCCGACACGGAGCCTCATTTACTGAACAGTGGACAGATGGTTATGCTTTTCAGAATCTTAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  580  CACTTTACTACTGTCCGACACGGAGCCTCATTTACTGAACAGTGGACAGATGGTTATGCTTTTCAGAATCTTAT  653

Query  963  CAAGCAACAGGAAAGGATAAATTCACAGAGGGAAGAGATAGAAAGACAACGGAAAATGTTAGCAAAGCGGAAAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  654  CAAGCAACAGGAAAGGATAAATTCACAGAGGGAAGAGATAGAAAGACAACGGAAAATGTTAGCAAAGCGGAAAC  727

Query 1037  CTCCTGCCATGGGTCAGGCCCCTCCTGCAACCAATGAGCAGAAACAGCGGAAAAGCAAGACCAATGGAGCTGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  728  CTCCTGCCATGGGTCAGGCCCCTCCTGCAACCAATGAGCAGAAACAGCGGAAAAGCAAGACCAATGGAGCTGAA  801

Query 1111  AATGAAACGCCCTCTTCTGGGAATACAGAGCTAAAGGATACAGCCCCAGCCTTAGGAGCCCACAGTTTACTTAG  1184
            ||||||||                                                                  
Sbjct  802  AATGAAAC------------------------------------------------------------------  809

Query 1185  GTTAACGTTAGCAGAATACCATGAACAAGAAGAAATCTTCAAACTCAGATTAGGTCATCTTAAAAAGGAGGAAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  810  GTTAACGTTAGCAGAATACCATGAACAAGAAGAAATCTTCAAACTCAGATTAGGTCATCTTAAAAAGGAGGAAG  883

Query 1259  CAGAGATCCAGGCAGAGCTGGAGAGACTAGAAAGGGTTAGAAATCTACATATCAGGGAACTAAAAAGGATACAT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  884  CAGAGATCCAGGCAGAGCTGGAGAGACTAGAAAGGGTTAGAAATCTACATATCAGGGAACTAAAAAGGATACAT  957

Query 1333  AATGAAGATAATTCACAATTTAAAGATCATCCAACGCTAAATGACAGATATTTGTTGTTACATCTTTTGGGTAG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  958  AATGAAGATAATTCACAATTTAAAGATCATCCAACGCTAAATGACAGATATTTGTTGTTACATCTTTTGGGTAG  1031

Query 1407  AGGAGGTTTCAGTGAAGTTTACAAGGCATTTGATCTAACAGAGCAAAGATACGTAGCTGTGAAAATTCACCAGT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032  AGGAGGTTTCAGTGAAGTTTACAAGGCATTTGATCTAACAGAGCAAAGATACGTAGCTGTGAAAATTCACCAGT  1105

Query 1481  TAAATAAAAACTGGAGAGATGAGAAAAAGGAGAATTACCACAAGCATGCATGTAGGGAATACCGGATTCATAAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106  TAAATAAAAACTGGAGAGATGAGAAAAAGGAGAATTACCACAAGCATGCATGTAGGGAATACCGGATTCATAAA  1179

Query 1555  GAGCTGGATCATCCCAGAATAGTTAAGCTGTATGATTACTTTTCACTGGATACTGACTCGTTTTGTACAGTATT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1180  GAGCTGGATCATCCCAGAATAGTTAAGCTGTATGATTACTTTTCACTGGATACTGACTCGTTTTGTACAGTATT  1253

Query 1629  AGAATACTGTGAGGGAAATGATCTGGACTTCTACCTGAAACAGCACAAATTAATGTCGGAGAAAGAGGCCCGGT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254  AGAATACTGTGAGGGAAATGATCTGGACTTCTACCTGAAACAGCACAAATTAATGTCGGAGAAAGAGGCCCGGT  1327

Query 1703  CCATTATCATGCAGATTGTGAATGCTTTAAAGTACTTAAATGAAATAAAACCTCCCATCATACACTATGACCTC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1328  CCATTATCATGCAGATTGTGAATGCTTTAAAGTACTTAAATGAAATAAAACCTCCCATCATACACTATGACCTC  1401

Query 1777  AAACCAGGTAATATTCTTTTAGTAAATGGTACAGCGTGTGGAGAGATAAAAATTACAGATTTTGGTCTTTCGAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1402  AAACCAGGTAATATTCTTTTAGTAAATGGTACAGCGTGTGGAGAGATAAAAATTACAGATTTTGGTCTTTCGAA  1475

Query 1851  GATCATGGATGATGATAGCTACAATTCAGTGGATGGCATGGAGCTAACATCACAAGGTGCTGGTACTTATTGGT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1476  GATCATGGATGATGATAGCTACAATTCAGTGGATGGCATGGAGCTAACATCACAAGGTGCTGGTACTTATTGGT  1549

Query 1925  ATTTACCACCAGAGTGTTTTGTGGTTGGGAAAGAACCACCAAAGATCTCAAATAAAGTTGATGTGTGGTCGGTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1550  ATTTACCACCAGAGTGTTTTGTGGTTGGGAAAGAACCACCAAAGATCTCAAATAAAGTTGATGTGTGGTCGGTG  1623

Query 1999  GGTGTGATCTTCTATCAGTGTCTTTATGGAAGGAAGCCTTTTGGCCATAACCAGTCTCAGCAAGACATCCTACA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624  GGTGTGATCTTCTATCAGTGTCTTTATGGAAGGAAGCCTTTTGGCCATAACCAGTCTCAGCAAGACATCCTACA  1697

Query 2073  AGAGAATACGATTCTTAAAGCTACTGAAGTGCAGTTCCCGCCAAAGCCAGTAGTAACACCTGAAGCAAAGGCGT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698  AGAGAATACGATTCTTAAAGCTACTGAAGTGCAGTTCCCGCCAAAGCCAGTAGTAACACCTGAAGCAAAGGCGT  1771

Query 2147  TTATTCGACGATGCTTGGCCTACCGAAAGGAGGACCGCATTGATGTCCAGCAGCTGGCCTGTGATCCCTACTTG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1772  TTATTCGACGATGCTTGGCCTACCGAAAGGAGGACCGCATTGATGTCCAGCAGCTGGCCTGTGATCCCTACTTG  1845

Query 2221  TTGCCTCACATCCGAAAGTCAGTCTCTACAAGTAGCCCTGCTGGAGCTGCTATTGCATCAACCTCTGGGGCGTC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846  TTGCCTCACATCCGAAAGTCAGTCTCTACAAGTAGCCCTGCTGGAGCTGCTATTGCATCAACCTCTGGGGCGTC  1919

Query 2295  CAATAACAGTTCTTCTAAT  2313
            |||||||||||||||||||
Sbjct 1920  CAATAACAGTTCTTCTAAT  1938