Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11582
• Subject: NM_001304457.2
• Aligned Length: 2050
• Identities: 1607
• Gaps: 224

Alignment

Query    1  ATGACGCCCGCCCTCACAGCCCTGCTCTGCCTTGGGCTGAGTCTGGGCCCCAGGACCCGCGTGCAGGCAGGGCC  74
            |||||.|.|.|||||.|||.||||.|.|||||.|||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||..|
Sbjct    1  ATGACCCTCACCCTCTCAGTCCTGATTTGCCTCGGGCTGAGTGTGGGCCCCAGGACCTGCGTGCAGGCAGGCAC  74

Query   75  CTTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGGCTCTGTGATCAGCT-GGGGGAGCCCCGTGACCATCTGGTGT  147
            |.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||| |||| ||||||..|||||||||.||||||||
Sbjct   75  CCTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGCCTCTGTGAT-AGCTCGGGGGAAGCCCGTGACCCTCTGGTGT  147

Query  148  CAGGGGAGCCTGGAGGCCCAGGAGTACCGACTGGATAAAGAGGGAAGCCCA-GAGCCCTTGG-ACAGAAATAAC  219
            ||||||..|||||||.|..||||||||||.||||||||.||||||..|||| |.||||  || |.|||.|.|||
Sbjct  148  CAGGGGCCCCTGGAGACTGAGGAGTACCGTCTGGATAAGGAGGGACTCCCATGGGCCC--GGAAGAGACAGAAC  219

Query  220  CCACTGGAACCCAAGAA--CAAGGCCAGATTCTCCATCCCATCC-------ATGACAGAGCACCATGCGGGGAG  284
            ||||||||.||  .|.|  ||||||||..|||..|||.||||||       |||||||       |||.|||.|
Sbjct  220  CCACTGGAGCC--TGGAGCCAAGGCCAAGTTCCACATTCCATCCACGGTGTATGACAG-------TGCAGGGCG  284

Query  285  ATACCGCTGCCACTATTACAGCTCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGCGACCCCCTGGAGCTGGTGATGACAGGAT  358
            ||||||||||.|||||.|.|.|.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||..||      
Sbjct  285  ATACCGCTGCTACTATGAGACCCCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGTGACCCCCTGGAGCTGGTGGCGA------  352

Query  359  TCTACAACAAACCCACCCTCTCAGCCCTGCCCAGCCCTGTGGTGGCCTCAGGGGGGAATATGACCCTCCGATGT  432
                                 ||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||.|||||||||..|||
Sbjct  353  ---------------------CAGCCCTGCCGAGTCCTGTGGTGGCCTCAGGAGGAAATGTGACCCTCCAGTGT  405

Query  433  GGCTCACAGAAGGGA--TATCACCATTTTGTTC-TGATGAAGGAAGGAGAACACCAGCTCCCCCGGACCCTGGA  503
            |...|||.|.|.|||  |.||||  .||||||| ||.|| ||||   ||||||..||||||||.||||||||.|
Sbjct  406  GATACACTGGACGGACTTCTCAC--GTTTGTTCTTGTTG-AGGA---AGAACAGAAGCTCCCCAGGACCCTGTA  473

Query  504  CTCACAGCAGCTCCACAGTGGGGGGTTCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGCCCCGTGAACCCCAGCCACAGGTGGA  577
            |||||||.||||||.||..|||...|.|||||||||||||||||||||.|||||||.|||||||..||||||||
Sbjct  474  CTCACAGAAGCTCCCCAAAGGGCCATCCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGTCCCGTGACCCCCAGCTGCAGGTGGA  547

Query  578  GGTTCACATGCTATTACTATTATATGAACACCCCCCAGGTGTGGTCCCACCCCAGTGACCCCCTGGAGATTCTG  651
            ||||||.|||||||||||||||.|.|||.|.|||.|||||||||||..||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  548  GGTTCAGATGCTATTACTATTACAGGAAAAACCCTCAGGTGTGGTCGAACCCCAGTGACCTCCTGGAGATTCTG  621

Query  652  CCCTCAGGCGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGACCCTGCAGGGCCCTGTCCTGGCCCCTGGGCAG--AGCCTG  723
            ..|.||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||.|||||.||||||  |.|.||  ||||||
Sbjct  622  GTCCCAGGCGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGATCCCGCAGGGCTCTGTCGTGGCCC--GCGGAGGCAGCCTG  693

Query  724  ACCCTCCAGTGTGGCTCTGATGTCGGCTACGACAGATTTGTTCTGTATAAGGAGGGGGAACGTGACTTCCTCCA  797
            |||||.||||||.||||||||||||||||.||||.|||.||||||||.|||||||||||||.||||.||.||||
Sbjct  694  ACCCTGCAGTGTCGCTCTGATGTCGGCTATGACATATTCGTTCTGTACAAGGAGGGGGAACATGACCTCGTCCA  767

Query  798  GCGCCCTGGCCAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCGCTCCCACG  871
            |.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  768  GGGCTCTGGCCAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCGCTCCCACG  841

Query  872  GGGGCCAGTACAGGTGCTATGGTGCACACAACCTCTCCTCCGA-GTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGAACAT  944
            |||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||| ||.| |||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  842  GGGGCCAGTACAGATGCTACGGTGCACACAACCTCTCC-CCTAGGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGGACAT  914

Query  945  CCTGATGGCAGGACAGATCTATGACA---CCGTCTCCCTGTCAGCACAGCCGGGCCCCACAGTGGCCTCAGGAG  1015
            ||||||.|||||||.||||..|||||   |||   ||||.||.|..|||||||||||||..|||||||||||||
Sbjct  915  CCTGATCGCAGGACTGATCCCTGACATACCCG---CCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCAAGGTGGCCTCAGGAG  985

Query 1016  AGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCATGGTGGCAGTTTGACACTTTCCTTCTGACCAAAGAAGGGGCAGCCCAT  1089
            |||||||||||||||||||||||||||||...|||.|.|||||||||.||.|||||||.||.||||||||||||
Sbjct  986  AGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCATGGCATCAGATAGACACTTTCTTTTTGACCAAGGAGGGGGCAGCCCAT  1059

Query 1090  CCCCCACTGCGTCTGAGATCAATGTACGGAG-CTCATAAGTACCAGGCTGAATTCCCCATGAGTCCTGTGACCT  1162
            |||||.|||.||||.|..||||.|||| .|| ||.|||...||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1060  CCCCCGCTGTGTCTAAAGTCAAAGTAC-CAGTCTTATAGACACCAGGCTGAATTCTCCATGAGTCCTGTGACCT  1132

Query 1163  CAGCCCACGCGGGGACCTACAGGTGCTACGGCTCATACAGCTCCAACCCCCACCTGCTGTCTTTCCCCAGTGAG  1236
            |||||||.|..||.||||||.|.||||||.||.||..|||.|||.|||||.||||||||||...|||.|||.|.
Sbjct 1133  CAGCCCAGGGTGGAACCTACCGATGCTACAGCGCAATCAGGTCCTACCCCTACCTGCTGTCCAGCCCTAGTTAC  1206

Query 1237  CCCCTGGAACTCATGGTCTCAGGACACTCTGGAGGCT-CCAGCCTCCCACCCACAGG-GCCGCCCTCCACACC-  1307
            ||||.|||.|||.||||||||||||.|||||| ||.| ||||||||.||||.||||| .||.||| ||||||| 
Sbjct 1207  CCCCAGGAGCTCGTGGTCTCAGGACCCTCTGG-GGATCCCAGCCTCTCACCTACAGGCTCCACCC-CCACACCT  1278

Query 1308  --------------------------------------------------TGGTCTGGGAAGATACCTGGAGGT  1331
                                                              ||||||||||||..||||||.|||
Sbjct 1279  GCAGGCCCTGAGGACCAGCCCCTCACCCCCACGGGGTTGGATCCCCAGAGTGGTCTGGGAAGGCACCTGGGGGT  1352

Query 1332  TTTGATTGGGGTCTCGGTGGCCTTCGTCCTGCTGCTCTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGACGTCAGCGTC  1405
            |.|||.|||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||
Sbjct 1353  TGTGACTGGGGTCTCAGTGGCCTTCGTCCTGCTGCTGTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGACATCGGCATC  1426

Query 1406  ACAGCAAACACAGGACATCTGACCAGAGAAAGACTGATTTCCAGCGTCCTGCAGGGGCTGCGGAGACAGAGCCC  1479
            |.|||||||||||||||||.|.||            |||||.|.|||||||||||||||||||.|.||||||||
Sbjct 1427  AGAGCAAACACAGGACATCGGCCC------------ATTTCTACCGTCCTGCAGGGGCTGCGGGGCCAGAGCCC  1488

Query 1480  AAGGACAGGGGCCTGCTGAGGAGGTCCAGCCCAGCTGCTGACGTCCAGGAAGAAAACCTCTATGCTGCCGTGAA  1553
            ||||||..||||||||.||.||||.|||||||||.|||||||.|||||||.||||..|||.|||||||||||||
Sbjct 1489  AAGGACCAGGGCCTGCAGAAGAGGGCCAGCCCAGTTGCTGACATCCAGGAGGAAATTCTCAATGCTGCCGTGAA  1562

Query 1554  GGACACACAGTCTGAGGACAGGGTGGAGCTGGA----CAGTCAGAGCCCACACGATGAAGACCCCCAGGCAGTG  1623
            ||||||||||.|..|||||.||||||||.||||    |.| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563  GGACACACAGCCCAAGGACGGGGTGGAGATGGATGCTCCG-CAGAGCCCACACGATGAAGACCCCCAGGCAGTG  1635

Query 1624  ACGTATGCCCCGGTGAAACACTCCAGTCCTAGGAGAGAAATGGCCTCTCCTCCCTCCTCACTGTCTGGGGAATT  1697
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||
Sbjct 1636  ACGTATGCCCCGGTGAAACACTCCAGACCTAGGAGAGAAATGGCCTCTCCTCCTTCCCCACTGTCTGGGGAATT  1709

Query 1698  CCTGGACACAAAGGACAGACAGGTGGAAGAGGACAGGCAGATGGACACTG------------------------  1747
            |||||||||||||||||||||||..|||||||||||.|||||||||||||                        
Sbjct 1710  CCTGGACACAAAGGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAGATGGACACTGAGAGAGTCCTTTCCTCTCCAGGCC  1783

Query 1748  ------------------------------------------------------AGGCTGCTGCATCTGAAGCC  1767
                                                                  ||||||||||||||||||||
Sbjct 1784  CCCAGGCCTCCCCCACCCCCACCACGTTCCTTCCCTCTCACTCTCCCCCGCTGCAGGCTGCTGCATCTGAAGCC  1857

Query 1768  TCCCAGGATGTGACCTACGCCCAGCTGCACAGCTTGACCCTTAGACGGAAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCA  1841
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858  CCCCAGGATGTGACCTACGCCCAGCTGCACAGCTTGACCCTCAGACGGGAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCA  1931

Query 1842  GGAAGGGGAACCTCCAGCTGAGCCCAGCATCTACGCCACTCTGGCCATCCAC  1893
            ||||.||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.||||||||||||
Sbjct 1932  GGAAAGGGAACCTCCAGCTGAACCCAGCATCTACGCCCCCCTGGCCATCCAC  1983