Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11582
• Subject: XR_001756785.2
• Aligned Length: 2233
• Identities: 1892
• Gaps: 340

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  CACACCCTGTGTGTCTCTCTGTCCTGCCAGCACTGAGGGCTCATCCCTCTGCAGAGCGCGGGGTCACCGGGAGG  74

Query    1  -------ATGACGCCCGCCCTCACAGCCCTGCTCTGCCTTGGGCTGAGTCTGGGCCCCAGGACCCGCGTGCAGG  67
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGACGCCATGACGCCCGCCCTCACAGCCCTGCTCTGCCTTGGGCTGAGTCTGGGCCCCAGGACCCGCGTGCAGG  148

Query   68  CAGGGCCCTTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGGCTCTGTGATCAGCTGGGGGAGCCCCGTGACCATC  141
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGGGCCCTTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGGCTCTGTGATCAGCTGGGGGAGCCCCGTGACCATC  222

Query  142  TGGTGTCAGGGGAGCCTGGAGGCCCAGGAGTACCGACTGGATAAAGAGGGAAGCCCAGAGCCCTTGGACAGAAA  215
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TGGTGTCAGGGGAGCCTGGAGGCCCAGGAGTACCGACTGGATAAAGAGGGAAGCCCAGAGCCCTTGGACAGAAA  296

Query  216  TAACCCACTGGAACCCAAGAACAAGGCCAGATTCTCCATCCCATCCATGACAGAGCACCATGCGGGGAGATACC  289
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TAACCCACTGGAACCCAAGAACAAGGCCAGATTCTCCATCCCATCCATGACAGAGCACCATGCGGGGAGATACC  370

Query  290  GCTGCCACTATTACAGCTCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGCGACCCCCTGGAGCTGGTGATGACAGGATTCTAC  363
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GCTGCCACTATTACAGCTCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGCGACCCCCTGGAGCTGGTGATGACAGGATTCTAC  444

Query  364  AACAAACCCACCCTCTCAGCCCTGCCCAGCCCTGTGGTGGCCTCAGGGGGGAATATGACCCTCCGATGTGGCTC  437
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AACAAACCCACCCTCTCAGCCCTGCCCAGCCCTGTGGTGGCCTCAGGGGGGAATATGACCCTCCGATGTGGCTC  518

Query  438  ACAGAAGGGATATCACCATTTTGTTCTGATGAAGGAAGGAGAACACCAGCTCCCCCGGACCCTGGACTCACAGC  511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ACAGAAGGGATATCACCATTTTGTTCTGATGAAGGAAGGAGAACACCAGCTCCCCCGGACCCTGGACTCACAGC  592

Query  512  AGCTCCACAGTGGGGGGTTCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGCCCCGTGAACCCCAGCCACAGGTGGAGGTTCACA  585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGCTCCACAGTGGGGGGTTCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGCCCCGTGAACCCCAGCCACAGGTGGAGGTTCACA  666

Query  586  TGCTATTACTATTATATGAACACCCCCCAGGTGTGGTCCCACCCCAGTGACCCCCTGGAGATTCTGCCCTCAGG  659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TGCTATTACTATTATATGAACACCCCCCAGGTGTGGTCCCACCCCAGTGACCCCCTGGAGATTCTGCCCTCAGG  740

Query  660  CGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGACCCTGCAGGGCCCTGTCCTGGCCCCTGGGCAGAGCCTGACCCTCCAGT  733
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGACCCTGCAGGGCCCTGTCCTGGCCCCTGGGCAGAGCCTGACCCTCCAGT  814

Query  734  GTGGCTCTGATGTCGGCTACGACAGATTTGTTCTGTATAAGGAGGGGGAACGTGACTTCCTCCAGCGCCCTGGC  807
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GTGGCTCTGATGTCGGCTACGACAGATTTGTTCTGTATAAGGAGGGGGAACGTGACTTCCTCCAGCGCCCTGGC  888

Query  808  CAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCGCTCCCACGGGGGCCAGTA  881
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  889  CAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCCCTCCCACGGGGGCCAGTA  962

Query  882  CAGGTGCTATGGTGCACACAACCTCTCCTCCGAGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGAACATCCTGATGGCAG  955
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAGGTGCTATGGTGCACACAACCTCTCCTCCGAGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGAACATCCTGATGGCAG  1036

Query  956  GACAGATCTATGACACCGTCTCCCTGTCAGCACAGCCGGGCCCCACAGTGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTG  1029
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GACAGATCTATGACACCGTCTCCCTGTCAGCACAGCCGGGCCCCACAGTGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTG  1110

Query 1030  CTGTGTCAGTCATGGTGGCAGTTTGACACTTTCCTTCTGACCAAAGAAGGGGCAGCCCATCCCCCACTGCGTCT  1103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CTGTGTCAGTCATGGTGGCAGTTTGACACTTTCCTTCTGACCAAAGAAGGGGCAGCCCATCCCCCACTGCGTCT  1184

Query 1104  GAGATCAATGTACGGAGCTCATAAGTACCAGGCTGAATTCCCCATGAGTCCTGTGACCTCAGCCCACGCGGGGA  1177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GAGATCAATGTACGGAGCTCATAAGTACCAGGCTGAATTCCCCATGAGTCCTGTGACCTCAGCCCACGCGGGGA  1258

Query 1178  CCTACAGGTGCTACGGCTCATACAGCTCCAACCCCCACCTGCTGTCTTTCCCCAGTGAGCCCCTGGAACTCATG  1251
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCTACAGGTGCTACGGCTCATACAGCTCCAACCCCCACCTGCTGTCTTTCCCCAGTGAGCCCCTGGAACTCATG  1332

Query 1252  GTCTCAGGACACTCTGGAGGCTCCAGCCTCCCACCCACAGGGCCGCCCTCCACACCTGGTCTGGGAAGATACCT  1325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GTCTCAGGACACTCTGGAGGCTCCAGCCTCCCACCCACAGGGCCGCCCTCCACACCTGGTCTGGGAAGATACCT  1406

Query 1326  GGAGGTTTTGATTGGGGTCTCGGTGGCCTTCGTCCTGCTGCTCTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGACGTC  1399
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGAGGTTTTGATTGGGGTCTCGGTGGCCTTCGTCCTGCTGCTCTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGACGTC  1480

Query 1400  AGCGTCACAGCAAACACAGGACATCT----------------------------GACCAGAGAAAGACTGATTT  1445
            ||||||||||||||||||||||||||                            ||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGCGTCACAGCAAACACAGGACATCTGGGCTGAGACTCTGTCCATCTTCACCCAGACCAGAGAAAGACTGATTT  1554

Query 1446  CCAGCGTCCTGCAGGGGCTGCGGAGACAGAGCCCAAGGACAGGGGCCTGCTGAGGAGGTCCAGCCCAGCTGCTG  1519
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CCAGCGTCCTGCAGGGGCTGCGGAGACAGAGCCCAAGGACAGGGGCCTGCTGAGGAGGTCCAGCCCAGCTGCTG  1628

Query 1520  ACGTCCAGGAAGAAAACCTCTATGCTGCCGTGAAGGACACACAGTCTGAGGACAGGGTGGAGCTGGACAGTCAG  1593
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ACGTCCAGGAAGAAAACCTCTATGCTGCCGTGAAGGACACACAGTCTGAGGACAGGGTGGAGCTGGACAGTCAG  1702

Query 1594  AGCCCACACGATGAAGACCCCCAGGCAGTGACGTATGCCCCGGTGAAACACTCCAGTCCTAGGAGAGAAATGGC  1667
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGCCCACACGATGAAGACCCCCAGGCAGTGACGTATGCCCCGGTGAAACACTCCAGTCCTAGGAGAGAAATGGC  1776

Query 1668  CTCTCCTCCCTCCTCACTGTCTGGGGAATTCCTGGACACAAAGGACAGACAGGTGGAAGAGGACAGGCAGATGG  1741
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CTCTCCTCCCTCCTCACTGTCTGGGGAATTCCTGGACACAAAGGACAGACAGGTGGAAGAGGACAGGCAGATGG  1850

Query 1742  ACACTGAGGCTGCTGCATCTGAAGCCTCCCAGGATGTGACCTACGCCCAGCTGCACAGCTTGACCCTTAGACGG  1815
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACACTGAGGCTGCTGCATCTGAAGCCTCCCAGGATGTGACCTACGCCCAGCTGCACAGCTTGACCCTTAGACGG  1924

Query 1816  AAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAGGGGAACCTCCAGCTGAGCCCAGCATCTACGCCACTCTGGCCAT  1889
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAGGGGAACCTCCAGCTGAGCCCAGCATCTACGCCACTCTGGCCAT  1998

Query 1890  CCAC----------------------------------------------------------------------  1893
            ||||                                                                      
Sbjct 1999  CCACTAGCCCGGGGGGTACGCAGACCCCACACTCAGCAGAAGGAGACTCAGGACTGCTGAAGGCACGGGAGCTG  2072

Query 1894  --------------------------------------------------------------------------  1893
                                                                                      
Sbjct 2073  CCCCCAGTGGACACCAGTGAACCCCAGTCAGCCTGGACCCCTAACACAGACCATGAGGAGACGCTGGGAACTTG  2146

Query 1894  --------------------------------------------------------------------------  1893
                                                                                      
Sbjct 2147  TGGGACTCACCTGACTCAAAGATGACTAATATCGTCCCATTTTGGAAATAAAGCAACAGACTTCTCAACAATCA  2220

Query 1894  -------------  1893
                         
Sbjct 2221  ATGAGTTAATAAC  2233