Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11798
• Subject: NM_001282743.1
• Aligned Length: 1674
• Identities: 1284
• Gaps: 390

Alignment

Query    1  ATGGCTGAACTCAATACTCATGTGAATGTCAAGGAAAAGATCTATGCAGTTAGATCAGTTGTTCCCAACAAAAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CAATAATGAAATAGTCCTGGTGCTCCAACAGTTTGATTTTAATGTGGATAAAGCCGTGCAAGCCTTTGTGGATG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GCAGTGCAATTCAAGTTCTAAAAGAATGGAATATGACAGG---AAAGAAGAACAATAAAAGAAAAAGAAGCAAG  219
                                            ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  --------------------------------ATGACAGGAAAAAAGAAGAACAATAAAAGAAAAAGAAGCAAG  42

Query  220  TCCAAGCAGCATCAAGGCAACAAAGATGCTAAAGACAAGGTGGAGAGGCCTGAGGCAGGGCCCCTGCAGCCGCA  293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   43  TCCAAGCAGCATCAAGGCAACAAAGATGCTAAAGACAAGGTGGAGAGGCCTGAGGCAGGGCCCCTGCAGCCGCA  116

Query  294  GCCACCACAGATTCAAAACGGCCCCATGAATGGCTGCGAGAAGGACAGCTCGTCCACAGATTCTGCTAACGAAA  367
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  117  GCCACCACAGATTCAAAACGGCCCCATGAATGGCTGCGAGAAGGACAGCTCGTCCACAGATTCTGCTAACGAAA  190

Query  368  AACCAGCCCTTATCCCTCGTGAGAAAAAGATCTCGATACTTGAGGAACCTTCAAAGGCACTTCGTGGGGTCAC-  440
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  191  AACCAGCCCTTATCCCTCGTGAGAAAAAGATCTCGATACTTGAGGAACCTTCAAAGGCACTTCGTGGGGTCACA  264

Query  441  --------------------------------------------------------------------------  440
                                                                                      
Sbjct  265  GAAGGCAACAGACTACTGCAACAGAAACTATCCTTAGATGGGAACCCCAAACCTATACATGGAACAACAGAGAG  338

Query  441  --------------------------------------------------------------------------  440
                                                                                      
Sbjct  339  GTCAGATGGCCTACAGTGGTCAGCTGAGCAGCCTTGTAACCCAAGCAAGCCTAAGGCAAAAACATCTCCTGTTA  412

Query  441  ----------------------------------------------------------AGGCCCAAATATTGAG  456
                                                                      ||||||||||||||||
Sbjct  413  AGTCCAATACCCCTGCAGCTCATCTTGAAATAAAGCCAGATGAGTTGGCAAAGAAAAGAGGCCCAAATATTGAG  486

Query  457  AAATCAGTGAAGGATTTGCAACGCTGCACCGTTTCTCTAACTAGATATCGCGTCATGATTAAGGAAGAAGTGGA  530
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  487  AAATCAGTGAAGGATTTGCAACGCTGCACCGTTTCTCTAACTAGATATCGCGTCATGATTAAGGAAGAAGTGGA  560

Query  531  TAGTTCCGTGAAGAAGATCAAAGCTGCCTTTGCTGAATTACACAACTGCATCATTGACAAAGAAGTTTCATTAA  604
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  561  TAGTTCCGTGAAGAAGATCAAAGCTGCCTTTGCTGAATTACACAACTGCATCATTGACAAAGAAGTTTCATTAA  634

Query  605  TGGCAGAAATGGATAAAGTTAAAGAAGAAGCCATGGAAATCCTGACTGCTCGTCAGAAGAAAGCAGAAGAACTA  678
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  635  TGGCAGAAATGGATAAAGTTAAAGAAGAAGCCATGGAAATCCTGACTGCTCGTCAGAAGAAAGCAGAAGAACTA  708

Query  679  AAGAGACTCACTGACCTTGCCAGTCAGATGGCAGAGATGCAGCTGGCCGAACTCAGGGCAGAAATTAAGCACTT  752
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  709  AAGAGACTCACTGACCTTGCCAGTCAGATGGCAGAGATGCAGCTGGCCGAACTCAGGGCAGAAATTAAGCACTT  782

Query  753  TGTCAGCGAGCGTAAATATGACGAGGAGCTCGGGAAAGCTGCCCGGTTTTCCTGTGACATCGAACAGCTGAAGG  826
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  783  TGTCAGCGAGCGTAAATATGACGAGGAGCTCGGGAAAGCTGCCCGGTTTTCCTGTGACATCGAACAGCTGAAGG  856

Query  827  CCCAAATCATGCTCTGCGGAGAAATTACACATCCAAAGAACAACTATTCCTCAAGAACTCCCTGCAGCTCCCTG  900
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  857  CCCAAATCATGCTCTGCGGAGAAATTACACATCCAAAGAACAACTATTCCTCAAGAACTCCCTGCAGCTCCCTG  930

Query  901  CTGCCTCTGCTGAATGCGCACGCAGCAACCTCTGGGAAACAGAGTAACTTTTCCCGAAAATCATCCACTCACAA  974
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  931  CTGCCTCTGCTGAATGCGCACGCAGCAACCTCTGGGAAACAGAGTAACTTTTCCCGAAAATCATCCACTCACAA  1004

Query  975  TAAGCCCTCTGAAGGCAAAGCGGCAAACCCCAAAATGGTGAGCAGTCTCCCCAGCACCGCCGACCCCTCTCACC  1048
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005  TAAGCCCTCTGAAGGCAAAGCGGCAAACCCCAAAATGGTGAGCAGTCTCCCCAGCACCGCCGACCCCTCTCACC  1078

Query 1049  AGACCATGCCGGCCAACAAGCAGAATGGATCTTCTAACCAAAGACGGAGATTTAATCCACAGTATCATAACAAC  1122
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079  AGACCATGCCGGCCAACAAGCAGAATGGATCTTCTAACCAAAGACGGAGATTTAATCCACAGTATCATAACAAC  1152

Query 1123  AGGCTAAATGGGCCTGCCAAGTCGCAGGGCAGTGGGAATGAAGCCGAGCCACTGGGAAAGGGCAACAGCCGCCA  1196
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153  AGGCTAAATGGGCCTGCCAAGTCGCAGGGCAGTGGGAATGAAGCCGAGCCACTGGGAAAGGGCAACAGCCGCCA  1226

Query 1197  CGAACACAGAAGACAGCCGCACAACGGCTTCCGGCCCAAAAACAAAGGCGGTGCCAAAAATCAAGAGGCTTCCT  1270
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227  CGAACACAGAAGACAGCCGCACAACGGCTTCCGGCCCAAAAACAAAGGCGGTGCCAAAAATCAAGAGGCTTCCT  1300

Query 1271  TGGGGATGAAGACCCCCGAGGCCCCGGCCCATTCTGAAAAGCCCCGGCGAAGGCAGCACGCTGCAGACACCTCG  1344
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1301  TGGGGATGAAGACCCCCGAGGCCCCGGCCCATTCTGAAAAGCCCCGGCGAAGGCAGCACGCTGCAGACACCTCG  1374

Query 1345  GAGGCCAGGCCCTTCCGGGGTAGTGTCGGTAGGGTTTCACAGTGCAATCTCTGCCCCACGAGAATAGAAGTTTC  1418
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375  GAGGCCAGGCCCTTCCGGGGTAGTGTCGGTAGGGTTTCACAGTGCAATCTCTGCCCCACGAGAATAGAAGTTTC  1448

Query 1419  CACAGATGCAGCAGTTCTCTCAGTCCCGGCTGTGACGTTGGTGGCC  1464
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449  CACAGATGCAGCAGTTCTCTCAGTCCCGGCTGTGACGTTGGTGGCC  1494