Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11896
• Subject: NM_001370220.1
• Aligned Length: 1860
• Identities: 1324
• Gaps: 525

Alignment

Query    1  ATGGGTGTGAAAACATTTACTCATAGCTCCTCTTCCCACAGCCAGGAAATGCTTGGAAAGCTAAATATGCTGCG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGGTGTGAAAACATTTACTCATAGCTCCTCTTCCCACAGCCAGGAAATGCTTGGAAAGCTAAATATGCTGCG  74

Query   75  AAATGATGGACATTTTTGTGATATCACTATTCGTGTCCAGGACAAAATCTTCCGGGCACATAAGGTGGTACTAG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AAATGATGGACATTTTTGTGATATCACTATTCGTGTCCAGGACAAAATCTTCCGGGCACATAAGGTGGTACTAG  148

Query  149  CAGCTTGCAGTGATTTCTTTCGCACCAAACTTGTAGGCCAAGCCGAGGATGAGAACAAGAATGTGTTGGATCTG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGCTTGCAGTGATTTCTTTCGCACCAAACTTGTAGGCCAAGCCGAGGATGAGAACAAGAATGTGTTGGATCTG  222

Query  223  CATCATGTTACAGTGACTGGCTTTATACCTCTTTTAGAATATGCTTACACAGCCACTCTATCAATTAACACAGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CATCATGTTACAGTGACTGGCTTTATACCTCTTTTAGAATATGCTTACACAGCCACTCTATCAATTAACACAGA  296

Query  297  AAATATTATTGATGTTCTAGCAGCAGCCAGCTATATGCAAATGTTCAGTGTTGCCAGCACCTGCTCAGAGTTCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAATATTATTGATGTTCTAGCAGCAGCCAGCTATATGCAAATGTTCAGTGTTGCCAGCACCTGCTCAGAGTTCA  370

Query  371  TGAAATCAAGCATTTTATGGAATACACCCAACAGCCAACCTGAAAAGGGTCTAGATGCTGGACAAGAAAATAAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGAAATCAAGCATTTTATGGAATACACCCAACAGCCAACCTGAAAAGGGTCTAGATGCTGGACAAGAAAATAAT  444

Query  445  TCTAACTGCAATTTTACTTCTCGAGATGGGAGCATTTCTCCCGTGTCCTCAGAGTGCAGTGTGGTAGAAAGAAC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TCTAACTGCAATTTTACTTCTCGAGATGGGAGCATTTCTCCCGTGTCCTCAGAGTGCAGTGTGGTAGAAAGAAC  518

Query  519  CATTCCTGTCTGCCGAGAATCCCGGAGAAAGCGCGAAAGCTACATTGTTATGTCTCCTGAAAGTCCTGTAAAGT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CATTCCTGTCTGCCGAGAATCCCGGAGAAAGCGCAAAAGCTACATTGTTATGTCTCCTGAAAGTCCTGTAAAGT  592

Query  593  GTGGCACACAAACAAGCTCACCCCAGGTATTGAATTCTTCAGCTTCCTACTCAGAAAATAGAAACCAACCAGTT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTGGCACACAAACAAGCTCACCCCAGGTATTGAATTCTTCAGCTTCCTACTCAGAAAATAGAAACCAACCAGTT  666

Query  667  GACTCTTCCTTAGCTTTTCCTTGGACTTTTCCTTTTGGAATTGATCGAAGGATTCAGCCTGAGAAAGTTAAGCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GACTCTTCCTTAGCTTTTCCTTGGACTTTTCCTTTTGGAATTGATCGAAGGATTCAGCCTGAGAAAGTTAAGCA  740

Query  741  AGCAGAAAATACCCGGACTTTAGAATTACCTGGCCCATCTGAGACCGGTAGAAGAATGGCTGATTATGTGACTT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGCAGAAAATACCCGGACTTTAGAATTACCTGGCCCATCTGAGACCGGTAGAAGAATGGCTGATTATGTGACTT  814

Query  815  GTGAGAGCACAAAAACTACCTTGCCTTTAGGTACCGAAGAAGATGTCCGGGTCAAAGTAGAAAGATTAAGTGAT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GTGAGAGCACAAAAACTACCTTGCCTTTAGGTACCGAAGAAGATGTCCGGGTCAAAGTAGAAAGATTAAGTGAT  888

Query  889  GAGGAGGTCCATGAGGAAGTGTCCCAGCCTGTCAGTGCATCTCAGAGTTCGCTGAGTGATCAGCAGACAGTTCC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GAGGAGGTCCATGAGGAAGTGTCCCAGCCTGTCAGTGCATCTCAGAGTTCGCTGAGTGATCAGCAGACAGTTCC  962

Query  963  AGGAAGTGAACAAGTCCAAGAGGACCTTCTGATTAGTCCACAGTCTTCCTCTATAGGCTCAGTAGATGAAGGCG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGGAAGTGAACAAGTCCAAGAGGACCTTCTGATTAGTCCACAGTCTTCCTCTATAGGCTCAGTAGATGAAGGCG  1036

Query 1037  TTTCTGAGGGCTTGCCTACACTTCAAAGCACGTCTAGCACTAATGCTCCTCCGGATGATGATGATCGATTGGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
Sbjct 1037  TTTCTGAGGGCTTGCCTACACTTCAAAGCACGTCTAGCACTAATGCTCCTCCGGATGATGATGATC--------  1102

Query 1111  AATGTTCAGTATCCCTACCAACTCTACATTGCTCCTTCCACCAGCAGTACAGAGCGACCAAGTCCAAATGGTCC  1184
                                                          ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1103  ----------------------------------------------GTACAGAGCGACCAAGTCCAAATGGTCC  1130

Query 1185  CGACAGACCTTTTCAGTGTCCAACCTGCGGGGTGCGATTCACCCGTATTCAGAACCTAAAGCAGCACATGCTCA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131  CGACAGACCTTTTCAGTGTCCAACCTGCGGGGTGCGATTCACCCGTATTCAGAACCTAAAGCAGCACATGCTCA  1204

Query 1259  TCCACTCAGGAATTAAACCATTTCAGTGTGACCGCTGTGGGAAAAAGTTCACCAGGGCTTACTCGCTAAAGATG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205  TCCACTCAGGAATTAAACCATTTCAGTGTGACCGCTGTGGGAAAAAGTTCACCAGGGCTTACTCGCTAAAGATG  1278

Query 1333  CATCGCCTAAAGCATGAAGGGCATCCCAGGAAA-------TCAGCTTCTAG--ATCTAGCTCTGCCAC--TAAC  1395
            |||||||||||||||||||         |.|||       ||.|.|.|.||  ||.|||   ||||||  |.||
Sbjct 1279  CATCGCCTAAAGCATGAAG---------GTAAACGCTGTTTCCGGTGCCAGATATGTAG---TGCCACTTTCAC  1340

Query 1396  TGCTGT--------------------------------------------------------------------  1401
            |.|..|                                                                    
Sbjct 1341  TTCCTTCGGGGAATATAAACACCACATGAGGGTTTCCCGGCACATTATCCGCAAGCCTCGGATTTACGAGTGCA  1414

Query 1402  --------------------------------------------------------------------------  1401
                                                                                      
Sbjct 1415  AAACATGTGGCGCCATGTTCACCAACTCTGGAAATTTAATCGTGCACCTGAGGAGTCTGAACCATGAAGCATCA  1488

Query 1402  --------------------------------------------------------------------------  1401
                                                                                      
Sbjct 1489  GAGCTAGCAAACTACTTCCAGAGCAGTGATTTCCTAGTACCGGACTACTTAAACCAGGAACAAGAAGAGACCCT  1562

Query 1402  --------------------------------------------------------------------------  1401
                                                                                      
Sbjct 1563  TGTTCAATATGATCTTGGAGAACACGGTTTTGAAAGCAACTCCTCTGTTCAAATGCCTGTCATTTCACAGGTCT  1636

Query 1402  --------------------------------------------------------------------------  1401
                                                                                      
Sbjct 1637  CCTCAACCCAGAATTGTGAAAGCACTTTTCCCTTGGGGTCTCTTGGTGGGCTGGCAGAAAAAGAGGAAGAAGTG  1710

Query 1402  --------------------------------------------------------------------------  1401
                                                                                      
Sbjct 1711  CCAGAGCAGCCAAAGAGCAGTGCTTGTGCTGAGGCAACCAGAGATGACCCCCCAAAATCAGAGCTGTCTTCTAT  1784

Query 1402  ----------  1401
                      
Sbjct 1785  AACTATTGAG  1794