Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11964
• Subject: NM_001243144.2
• Aligned Length: 1320
• Identities: 1131
• Gaps: 189

Alignment

Query    1  ATGATCATCCCCTCTCTAGAGGAGCTGGACTCCCTCAAGTACAGTGACCTGCAGAACTTAGCCAAGAGTCTGGG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGATCATCCCCTCTCTAGAGGAGCTGGACTCCCTCAAGTACAGTGACCTGCAGAACTTAGCCAAGAGTCTGGG  74

Query   75  TCTCCGGGCCAACCTGAGGGCAACCAAGTTGTTAAAAGCCTTGAAAGGCTACATTAAACATGAGGCAAGAAAAG  148
            ||||||||||||||||||                                                        
Sbjct   75  TCTCCGGGCCAACCTGAG--------------------------------------------------------  92

Query  149  GAAATGAGAATCAGGATGAAAGTCAAACTTCTGCATCCTCTTGTGATGAGACTGAGATACAGATCAGCAACCAG  222
                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   93  -------------GGATGAAAGTCAAACTTCTGCATCCTCTTGTGATGAGACTGAGATACAGATCAGCAACCAG  153

Query  223  GAAGAAGCTGAGAGACAGCCACTTGGCCATGTCACCAAAACAAGGAGAAGGTGCAAGACTGTCCGTGTGGACCC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  154  GAAGAAGCTGAGAGACAGCCACTTGGCCATGTCACCAAAACAAGGAGAAGGTGCAAGACTGTCCGTGTGGACCC  227

Query  297  TGACTCA---CAGAATCATTCAGAGATAAAAATAAGTAATCCCACTGAATTCCAGAATCATGAAAAGCAGGAAA  367
            |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  228  TGACTCACAGCAGAATCATTCAGAGATAAAAATAAGTAATCCCACTGAATTCCAGAATCATGAAAAGCAGGAAA  301

Query  368  GCCAGGATCTCAGAGCTACTGCAAAAGTTCCTTCTCCACCAGACGAGCACCAAGAAGCTGAGAATGCTGTTTCC  441
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  302  GCCAGGATCTCAGAGCTACTGCAAAAGTTCCTTCTCCACCAGACGAGCACCAAGAAGCTGAGAATGCTGTTTCC  375

Query  442  TCAGGTAACAGAGATTCAAAGGTACCTTCAGAAGGAAAGAAATCTCTCTACACAGATGAGTCATCCAAACCTGG  515
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  376  TCAGGTAACAGAGATTCAAAGGTACCTTCAGAAGGAAAGAAATCTCTCTACACAGATGAGTCATCCAAACCTGG  449

Query  516  AAAAAATAAAAGAACTGCAATCACTACTCCAAACTTTAAGAAGCTTCATGAAGCTCATTTTAAGGAAATGGAGT  589
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  450  AAAAAATAAAAGAACTGCAATCACTACTCCAAACTTTAAGAAGCTTCATGAAGCTCATTTTAAGGAAATGGAGT  523

Query  590  CCATTGATCAATATATTGAGAGAAAAAAGAAACATTTTGAAGAACACAATTCCATGAATGAACTGAAGCAGCCC  663
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  524  CCATTGATCAATATATTGAGAGAAAAAAGAAACATTTTGAAGAACACAATTCCATGAATGAACTGAAGCAGCCC  597

Query  664  ATCAATAAGGGAGGGGTCAGGACTCCAGTACCTCCAAGAGGAAGACTCTCTGTGGCTTCTACTCCCATCAGCCA  737
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  598  ATCAATAAGGGAGGGGTCAGGACTCCAGTACCTCCAAGAGGAAGACTCTCTGTGGCTTCTACTCCCATCAGCCA  671

Query  738  ACGACGCTCGCAAGGCCGGTCTTGTGGCCCTGCAAGTCAGAGTACCTTGGGTCTGAAGGGGTCACTCAAGCGCT  811
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  672  ACGACGCTCGCAAGGCCGGTCTTGTGGCCCTGCAAGTCAGAGTACCTTGGGTCTGAAGGGGTCACTCAAGCGCT  745

Query  812  CTGCTATCTCTGCAGCTAAAACGGGTGTCAGGTTTTCAGCTGCTACTAAAGATAATGAGCATAAGCGTTCACTG  885
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  746  CTGCTATCTCTGCAGCTAAAACGGGTGTCAGGTTTTCAGCTGCTACTAAAGATAATGAGCATAAGCGTTCACTG  819

Query  886  ACCAAGACTCCAGCCAGAAAGTCTGCACATGTGACCGTGTCTGGGGGCACCCCAAAAGGCGAGGCTGTGCTTGG  959
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  820  ACCAAGACTCCAGCCAGAAAGTCTGCACATGTGACCGTGTCTGGGGGCACCCCAAAAGGCGAGGCTGTGCTTGG  893

Query  960  GACACACAAATTAAAGACCATCACGGGGAATTCTGCTGCTGTTATTACCCCATTCAAGTTGACAACTGAGGCAA  1033
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                  
Sbjct  894  GACACACAAATTAAAGACCATCACGGGGAATTCTGCTGCT----------------------------------  933

Query 1034  CGCAGACTCCAGTCTCCAATAAGAAACCAGTGTTTGATCTTAAAGCAAGTTTGTCTCGTCCCCTCAACTATGAA  1107
                                                                                      
Sbjct  934  --------------------------------------------------------------------------  933

Query 1108  CCACACAAAGGAAAGCTAAAACCATGGGGGCAATCTAAAGAAAATAATTATCTAAATCAACATGTCAACAGAAT  1181
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  934  ---------GGAAAGCTAAAACCATGGGGGCAATCTAAAGAAAATAATTATCTAAATCAACATGTCAACAGAAT  998

Query 1182  TAACTTCTACAAGAAAACTTACAAACAACCCCATCTCCAGACAAAGGAAGAGCAACGGAAGAAACGCGAGCAAG  1255
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  999  TAACTTCTACAAGAAAACTTACAAACAACCCCATCTCCAGACAAAGGAAGAGCAACGGAAGAAACGCGAGCAAG  1072

Query 1256  AACGAAAGGAGAAGAAAGCAAAGGTTTTGGGAATGCGAAGGGGCCTCATTTTGGCTGAAGAT  1317
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073  AACGAAAGGAGAAGAAAGCAAAGGTTTTGGGAATGCGAAGGGGCCTCATTTTGGCTGAAGAT  1134