Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_12183
- Subject:
- NM_001080517.3
- Aligned Length:
- 4326
- Identities:
- 2772
- Gaps:
- 1554
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGAGCATTGCAATCCCTCTGGGAGTCACCACATCAGATACATCCTACTCAGATATGGCTGCTGGATCAGACCC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TGAATCTGTGGAGGCTAGTCCAGCAGTTAATGAGAAGAGCGTGTATTCCACTCATAATTATGGGACCACTCAGA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 GGCATGGGTGTCGAGGACTGCCTTATGCTACGATCATCCCTCGTTCTGACCTGAATGGCCTGCCGTCGCCTGTA 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 GAGGAACGCTGTGGAGACAGCCCGAACTCTGAAGGAGAAACTGTACCTACCTGGTGTCCTTGTGGTCTTTCTCA 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 GGATGGCTTCCTTCTCAACTGTGACAAGTGCAGGGGAATGAGCAGGGGGAAGGTTATTAGACTTCATCGGCGGA 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 AGCAGGACAACATATCAGGTGGGGATAGCAGTGCAACAGAAAGCTGGGATGAGGAGCTTTCTCCTTCCACTGTG 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 TTGTATACAGCAACACAGCACACACCTACAAGCATCACCTTAACTGTTAGAAGAACCAAACCCAAGAAGCGGAA 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 AAAGAGTCCAGAAAAGGGTCGTGCAGCACCAAAGACGAAGAAAATCAAGAATTCTCCCTCTGAAGCACAGAATT 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 TAGATGAGAATACAACTGAGGGCTGGGAAAATCGGATAAGACTATGGACTGACCAGTATGAAGAAGCTTTCACT 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 AATCAGTACAGTGCAGATGTACAGAACGCGCTTGAACAACACCTACATTCTAGCAAGGAATTTGTGGGCAAACC 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 TACTATTTTAGACACTATTAATAAGACTGAATTGGCCTGTAATAACACAGTTATTGGTTCCCAAATGCAGTTAC 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 AGCTGGGAAGAGTCACTCGTGTTCAAAAGCACCGGAAGATCCTGAGGGCTGCAAGAGATTTGGCTTTGGACACT 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 CTTATAATAGAGTATCGTGGGAAAGTCATGTTACGACAGCAATTTGAGGTCAATGGGCATTTCTTCAAAAAACC 962
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 963 ATACCCCTTTGTGCTCTTCTACTCAAAATTCAATGGTGTAGAGATGTGTGTGGATGCCCGTACTTTCGGTAATG 1036
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1037 ATGCTCGGTTCATCAGAAGATCATGTACACCAAATGCAGAGGTGCGACACATGATTGCAGATGGGATGATTCAC 1110
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1111 CTGTGCATCTATGCTGTGTCTGCCATCACCAAGGATGCTGAGGTCACCATAGCATTTGATTATGAGTATAGTAA 1184
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1185 CTGTAATTATAAAGTGGACTGTGCCTGTCACAAGGGAAACCGGAATTGTCCTATACAAAAAAGGAATCCTAATG 1258
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1259 CTACAGAACTGCCACTCCTACCACCTCCTCCAAGCCTACCCACCATTGGAGCAGAGACTAGACGTAGAAAAGCA 1332
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1333 CGACGGAAAGAGCTAGAGATGGAGCAGCAGAATGAGGCTTCAGAGGAGAATAATGACCAGCAATCACAAGAAGT 1406
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1407 TCCAGAAAAAGTAACTGTATCCAGTGATCATGAGGAAGTAGACAATCCAGAAGAAAAACCAGAAGAAGAGAAAG 1480
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1481 AAGAGGTTATAGATGACCAGGAGAACCTAGCTCATAGCAGGAGGACCAGGGAAGATAGAAAGGTAGAAGCCATC 1554
Query 1 ATGCATGCTTTTGAAAACTTAGAGAAAAGAAAGAAGCGGCGGGATCAGCCCTTGGAACAGAGCAACTCTGATGT 74
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 ATGCATGCTTTTGAAAACTTAGAGAAAAGAAAGAAGCGGCGGGATCAGCCCTTGGAACAGAGCAACTCTGATGT 1628
Query 75 AGAGATTACTACAACCACCTCAGAGACTCCTGTTGGTGAAGAGACAAAAACTGAAGCCCCTGAATCTGAAGTTA 148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AGAGATTACTACAACCACCTCAGAGACTCCTGTTGGTGAAGAGACAAAAACTGAAGCCCCTGAATCTGAAGTTA 1702
Query 149 GCAACTCTGTTTCAAATGTTACCATCCCAAGCACCCCACAGAGTGTTGGTGTGAATACCCGGAGGTCTTCCCAA 222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 GCAACTCTGTTTCAAATGTTACCATCCCAAGCACCCCACAGAGTGTTGGTGTGAATACCCGGAGGTCTTCCCAA 1776
Query 223 GCAGGGGATATTGCTGCAGAAAAACTAGTCCCCAAGCCACCTCCAGCAAAGCCTTCTAGGCCCCGGCCGAAGAG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 GCAGGGGATATTGCTGCAGAAAAACTAGTCCCCAAGCCACCTCCAGCAAAGCCTTCTAGGCCCCGGCCGAAGAG 1850
Query 297 TCGAATTTCTCGGTACAGGACCAGTTCAGCCCAAAGACTAAAGCGTCAGAAGCAGGCCAATGCACAGCAGGCAG 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TCGAATTTCTCGGTACAGGACCAGTTCAGCCCAAAGACTAAAGCGTCAGAAGCAGGCCAATGCACAGCAGGCAG 1924
Query 371 AATTGTCACAAGCTGCCTTGGAAGAGGGAGGAAGTAACAGTTTAGTAACTCCTACTGAAGCTGGAAGTCTAGAC 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 AATTGTCACAAGCTGCCTTGGAAGAGGGAGGAAGTAACAGTTTAGTAACTCCTACTGAAGCTGGAAGTCTAGAC 1998
Query 445 AGTTCAGGAGAAAACAGGCCATTAACAGGGTCTGACCCAACTGTGGTGTCAATTACTGGATCCCATGTCAACCG 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 AGTTCAGGAGAAAACAGGCCATTAACAGGGTCTGACCCAACTGTGGTGTCAATTACTGGATCCCATGTCAACCG 2072
Query 519 TGCTGCATCTAAATACCCCAAAACCAAAAAGTATCTAGTTACAGAATGGTTGAATGACAAAGCAGAGAAGCAAG 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 TGCTGCATCTAAATACCCCAAAACCAAAAAGTATCTAGTTACAGAATGGTTGAATGACAAAGCAGAGAAGCAAG 2146
Query 593 AGTGCCCTGTTGAGTGCCCTTTACGTATCACAACGGATCCAACTGTACTGGCAACGACCCTAAACATGTTACCA 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 AGTGCCCTGTTGAGTGCCCTTTACGTATCACAACGGATCCAACTGTACTGGCAACGACCCTAAACATGTTACCA 2220
Query 667 GGTCTTATCCATTCCCCGTTAATTTGCACCACCCCCAAACACTACATTCGCTTTGGCTCACCCTTTATCCCTGA 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GGTCTTATCCATTCCCCGTTAATTTGCACCACCCCCAAACACTACATTCGCTTTGGCTCACCCTTTATCCCTGA 2294
Query 741 GAGACGTCGAAGGCCCCTTCTGCCTGATGGCACATTCAGCTCCTGTAAGAAGCGCTGGATAAAACAAGCCTTAG 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 GAGACGTCGAAGGCCCCTTCTGCCTGATGGCACATTCAGCTCCTGTAAGAAGCGCTGGATAAAACAAGCCTTAG 2368
Query 815 AAGAAGGGATGACTCAAACATCATCTGTACCCCAAGAGACTAGAACTCAGCACCTATACCAAAGCAATGAGAAT 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 AAGAAGGGATGACTCAAACATCATCTGTACCCCAAGAGACTAGAACTCAGCACCTATACCAAAGCAATGAGAAT 2442
Query 889 AGTAGCTCTTCTAGTATCTGCAAAGACAATGCAGACTTGTTGAGCCCATTAAAGAAATGGAAGTCTCGCTATCT 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 AGTAGCTCTTCTAGTATCTGCAAAGACAATGCAGACTTGTTGAGCCCATTAAAGAAATGGAAGTCTCGCTATCT 2516
Query 963 GATGGAGCAGAATGTCACCAAGTTACTTCGGCCTCTGTCTCCAGTCACACCACCCCCTCCCAATTCAGGCTCAA 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 GATGGAGCAGAATGTCACCAAGTTACTTCGGCCTCTGTCTCCAGTCACACCACCCCCTCCCAATTCAGGCTCAA 2590
Query 1037 AGAGTCCCCAGCTGGCCACACCTGGCTCATCTCACCCAGGAGAAGAGGAGTGTCGAAATGGATACAGCCTCATG 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AGAGTCCCCAGCTGGCCACACCTGGCTCATCTCACCCAGGAGAAGAGGAGTGTCGAAATGGATACAGCCTCATG 2664
Query 1111 TTTTCACCAGTCACATCTCTTACTACTGCTAGTCGCTGCAACACTCCTCTACAGTTTGAGCTTTGTCACCGAAA 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 TTTTCACCAGTCACATCTCTTACTACTGCTAGTCGCTGCAACACTCCTCTACAGTTTGAGCTTTGTCACCGAAA 2738
Query 1185 AGACCTGGATTTGGCAAAAGTAGGATACCTTGACTCCAACACTAACAGCTGTGCTGATAGACCTTCCCTACTCA 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 AGACCTGGATTTGGCAAAAGTAGGATACCTTGACTCCAACACTAACAGCTGTGCTGATAGACCTTCCCTACTCA 2812
Query 1259 ACTCAGGTCATTCTGACCTGGCTCCTCATCCCTCCCTCGGACCCACTTCTGAGACTGGTTTCCCAAGCAGAAGT 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 ACTCAGGTCATTCTGACCTGGCTCCTCATCCCTCCCTCGGACCCACTTCTGAGACTGGTTTCCCAAGCAGAAGT 2886
Query 1333 GGAGATGGACATCAGACCCTCGTGAGAAACTCAGACCAGGCATTTCGGACAGAGTTCAACTTGATGTATGCCTA 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 GGAGATGGACATCAGACCCTCGTGAGAAACTCAGACCAGGCATTTCGGACAGAGTTCAACTTGATGTATGCCTA 2960
Query 1407 CTCCCCTTTGAATGCTATGCCTCGAGCAGATGGACTGTATCGAGGATCTCCTCTAGTGGGGGATAGGAAGCCTT 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 CTCCCCTTTGAATGCTATGCCTCGAGCAGATGGACTGTATCGAGGATCTCCTCTAGTGGGGGATAGGAAGCCTT 3034
Query 1481 TACATTTGGATGGGGGATATTGTTCCCCTGCAGAAGGATTTTCCAGCAGATATGAACATGGCTTAATGAAAGAC 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 TACATTTGGATGGGGGATATTGTTCCCCTGCAGAAGGATTTTCCAGCAGATATGAACATGGCTTAATGAAAGAC 3108
Query 1555 CTCTCTCGTGGATCCTTGTCACCTGGTGGTGAAAGGGCCTGTGAAGGAGTCCCATCTGCCCCCCAGAACCCACC 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 CTCTCTCGTGGATCCTTGTCACCTGGTGGTGAAAGGGCCTGTGAAGGAGTCCCATCTGCCCCCCAGAACCCACC 3182
Query 1629 ACAGAGGAAAAAAGTATCCCTGCTGGAGTACCGAAAACGGAAACAAGAAGCTAAGGAAAATTCTGCTGGTGGGG 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 ACAGAGGAAAAAAGTATCCCTGCTGGAGTACCGAAAACGGAAACAAGAAGCTAAGGAAAATTCTGCTGGTGGGG 3256
Query 1703 GAGGTGACTCTGCACAGAGCAAAAGCAAGTCTGCAGGAGCTGGGCAAGGCAGCAGTAACTCCGTTTCCGACACT 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 GAGGTGACTCTGCACAGAGCAAAAGCAAGTCTGCAGGAGCTGGGCAAGGCAGCAGTAACTCCGTTTCCGACACT 3330
Query 1777 GGTGCCCATGGTGTGCAGGGATCCTCAGCCCGAACTCCATCTTCCCCTCACAAAAAATTCTCCCCATCTCATTC 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 GGTGCCCATGGTGTGCAGGGATCCTCAGCCCGAACTCCATCTTCCCCTCACAAAAAATTCTCCCCATCTCATTC 3404
Query 1851 CTCTATGTCCCATTTGGAGGCGGTAAGCCCATCAGATTCCAGAGGCACTTCTTCATCTCACTGCAGACCTCAAG 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 CTCTATGTCCCATTTGGAGGCGGTAAGCCCATCAGATTCCAGAGGCACTTCTTCATCTCACTGCAGACCTCAAG 3478
Query 1925 AGAATATCAGCAGTAGGTGGATGGTTCCCACATCAGTAGAACGACTCCGAGAAGGAGGGAGCATCCCCAAGGTC 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 AGAATATCAGCAGTAGGTGGATGGTTCCCACATCAGTAGAACGACTCCGAGAAGGAGGGAGCATCCCCAAGGTC 3552
Query 1999 CTCCGAAGCAGCGTGAGGGTGGCCCAAAAGGGAGAGCCCTCTCCCACATGGGAGAGTAACATCACAGAGAAAGA 2072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553 CTCCGAAGCAGCGTGAGGGTGGCCCAAAAGGGAGAGCCCTCTCCCACATGGGAGAGTAACATCACAGAGAAAGA 3626
Query 2073 CTCAGACCCTGCAGATGGAGAAGGCCCAGAGACATTAAGCTCAGCACTCTCTAAAGGAGCAACAGTTTACAGCC 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627 CTCAGACCCTGCAGATGGAGAAGGCCCAGAGACATTAAGCTCAGCACTCTCTAAAGGAGCAACAGTTTACAGCC 3700
Query 2147 CTTCCAGATACAGCTACCAGCTCCTGCAGTGTGATAGTCCTCGGACAGAATCACAAAGCCTCCTTCAGCAGAGT 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701 CTTCCAGATACAGCTACCAGCTCCTGCAGTGTGATAGTCCTCGGACAGAATCACAAAGCCTCCTTCAGCAGAGT 3774
Query 2221 TCCTCCCCCTTCAGAGGACATCCTACACAGTCTCCAGGATACAGTTATCGAACTACTGCACTGAGACCTGGAAA 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3775 TCCTCCCCCTTCAGAGGACATCCTACACAGTCTCCAGGATACAGTTATCGAACTACTGCACTGAGACCTGGAAA 3848
Query 2295 CCCCCCCTCTCACGGTTCTTCAGAATCATCCCTCTCTTCCACGTCCTATTCCAGCCCCGCCCACCCTGTGTCCA 2368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849 CCCCCCCTCTCACGGTTCTTCAGAATCATCCCTCTCTTCCACGTCCTATTCCAGCCCCGCCCACCCTGTGTCCA 3922
Query 2369 CAGACTCGTTGGCCCCATTTACGGGGACACCAGGGTATTTTAGCAGCCAGCCACATTCTGGAAACAGCACTGGC 2442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3923 CAGACTCGTTGGCCCCATTTACGGGGACACCAGGGTATTTTAGCAGCCAGCCACATTCTGGAAACAGCACTGGC 3996
Query 2443 AGCAATCTTCCAAGGAGGAGCTGCCCTTCTAGTGCTGCTAGCCCTACCCTGCAGGGACCCTCAGACTCGCCAAC 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3997 AGCAATCTTCCAAGGAGGAGCTGCCCTTCTAGTGCTGCTAGCCCTACCCTGCAGGGACCCTCAGACTCGCCAAC 4070
Query 2517 CTCAGATTCAGTTTCTCAGTCCAGCACAGGAACTCTGAGTTCCACCTCCTTTCCTCAGAACTCTAGGTCGTCAT 2590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4071 CTCAGATTCAGTTTCTCAGTCCAGCACAGGAACTCTGAGTTCCACCTCCTTTCCTCAGAACTCTAGGTCGTCAT 4144
Query 2591 TGCCATCAGACTTACGGACTATCAGTCTGCCCAGTGCTGGGCAGTCAGCTGTCTACCAGGCCTCCAGGGTATCT 2664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4145 TGCCATCAGACTTACGGACTATCAGTCTGCCCAGTGCTGGGCAGTCAGCTGTCTACCAGGCCTCCAGGGTATCT 4218
Query 2665 GCGGTTTCCAATTCACAGCACTACCCACACCGTGGGAGTGGGGGTGTGCACCAGTACCGACTCCAGCCACTGCA 2738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4219 GCGGTTTCCAATTCACAGCACTACCCACACCGTGGGAGTGGGGGTGTGCACCAGTACCGACTCCAGCCACTGCA 4292
Query 2739 AGGGTCAGGAGTCAAGACTCAGACGGGACTTTCC 2772
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4293 AGGGTCAGGAGTCAAGACTCAGACGGGACTTTCC 4326
