Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_12183
- Subject:
- XM_011533920.1
- Aligned Length:
- 4500
- Identities:
- 2772
- Gaps:
- 1728
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGAAGTATTAAGAGATCCAATTAAGAAGAATAGTTCTGAGTCTAAACCAGCCCAGAGTGGCTTCTCTAGGGG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 AAACTCCCCGCTCAGCTGCCCTGAATCTGTGGAGGCTAGTCCAGCAGTTAATGAGAAGAGCGTGTATTCCACTC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 ATAATTATGGGACCACTCAGAGGCATGGGTGTCGAGGACTGCCTTATGCTGATCATAATTACGGAGCCCCTCCT 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 CCTCCGACACCTCCTGCTTCTCCCCCTGTCCAGACGATCATCCCTCGTTCTGACCTGAATGGCCTGCCGTCGCC 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 TGTAGAGGAACGCTGTGGAGACAGCCCGAACTCTGAAGGAGAAACTGTACCTACCTGGTGTCCTTGTGGTCTTT 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 CTCAGGATGGCTTCCTTCTCAACTGTGACAAGTGCAGGGGAATGAGCAGGGGGAAGGTTATTAGACTTCATCGG 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 CGGAAGCAGGACAACATATCAGGTGGGGATAGCAGTGCAACAGAAAGCTGGGATGAGGAGCTTTCTCCTTCCAC 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 TGTGTTGTATACAGCAACACAGCACACACCTACAAGCATCACCTTAACTGTTAGAAGAACCAAACCCAAGAAGC 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 GGAAAAAGAGTCCAGAAAAGGGTCGTGCAGCACCAAAGACGAAGAAAATCAAGGCATTTCGAGAGGGATCCCGG 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 AAGTCCTTGCGGATGAAGAATTCTCCCTCTGAAGCACAGAATTTAGATGAGAATACAACTGAGGGCTGGGAAAA 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 TCGGATAAGACTATGGACTGACCAGTATGAAGAAGCTTTCACTAATCAGTACAGTGCAGATGTACAGAACGCGC 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 TTGAACAACACCTACATTCTAGCAAGGAATTTGTGGGCAAACCTACTATTTTAGACACTATTAATAAGACTGAA 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 TTGGCCTGTAATAACACAGTTATTGGTTCCCAAATGCAGTTACAGCTGGGAAGAGTCACTCGTGTTCAAAAGCA 962
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 963 CCGGAAGATCCTGAGGGCTGCAAGAGATTTGGCTTTGGACACTCTTATAATAGAGTATCGTGGGAAAGTCATGT 1036
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1037 TACGACAGCAATTTGAGGTCAATGGGCATTTCTTCAAAAAACCATACCCCTTTGTGCTCTTCTACTCAAAATTC 1110
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1111 AATGGTGTAGAGATGTGTGTGGATGCCCGTACTTTCGGTAATGATGCTCGGTTCATCAGAAGATCATGTACACC 1184
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1185 AAATGCAGAGGTGCGACACATGATTGCAGATGGGATGATTCACCTGTGCATCTATGCTGTGTCTGCCATCACCA 1258
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1259 AGGATGCTGAGGTCACCATAGCATTTGATTATGAGTATAGTAACTGTAATTATAAAGTGGACTGTGCCTGTCAC 1332
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1333 AAGGGAAACCGGAATTGTCCTATACAAAAAAGGAATCCTAATGCTACAGAACTGCCACTCCTACCACCTCCTCC 1406
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1407 AAGCCTACCCACCATTGGAGCAGAGACTAGACGTAGAAAAGCACGACGGAAAGAGCTAGAGATGGAGCAGCAGA 1480
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1481 ATGAGGCTTCAGAGGAGAATAATGACCAGCAATCACAAGAAGTTCCAGAAAAAGTAACTGTATCCAGTGATCAT 1554
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1555 GAGGAAGTAGACAATCCAGAAGAAAAACCAGAAGAAGAGAAAGAAGAGGTTATAGATGACCAGGAGAACCTAGC 1628
Query 1 -------------------------------------------ATGCATGCTTTTGAAAACTTAGAGAAAAGAA 31
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 TCATAGCAGGAGGACCAGGGAAGATAGAAAGGTAGAAGCCATCATGCATGCTTTTGAAAACTTAGAGAAAAGAA 1702
Query 32 AGAAGCGGCGGGATCAGCCCTTGGAACAGAGCAACTCTGATGTAGAGATTACTACAACCACCTCAGAGACTCCT 105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 AGAAGCGGCGGGATCAGCCCTTGGAACAGAGCAACTCTGATGTAGAGATTACTACAACCACCTCAGAGACTCCT 1776
Query 106 GTTGGTGAAGAGACAAAAACTGAAGCCCCTGAATCTGAAGTTAGCAACTCTGTTTCAAATGTTACCATCCCAAG 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 GTTGGTGAAGAGACAAAAACTGAAGCCCCTGAATCTGAAGTTAGCAACTCTGTTTCAAATGTTACCATCCCAAG 1850
Query 180 CACCCCACAGAGTGTTGGTGTGAATACCCGGAGGTCTTCCCAAGCAGGGGATATTGCTGCAGAAAAACTAGTCC 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 CACCCCACAGAGTGTTGGTGTGAATACCCGGAGGTCTTCCCAAGCAGGGGATATTGCTGCAGAAAAACTAGTCC 1924
Query 254 CCAAGCCACCTCCAGCAAAGCCTTCTAGGCCCCGGCCGAAGAGTCGAATTTCTCGGTACAGGACCAGTTCAGCC 327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 CCAAGCCACCTCCAGCAAAGCCTTCTAGGCCCCGGCCGAAGAGTCGAATTTCTCGGTACAGGACCAGTTCAGCC 1998
Query 328 CAAAGACTAAAGCGTCAGAAGCAGGCCAATGCACAGCAGGCAGAATTGTCACAAGCTGCCTTGGAAGAGGGAGG 401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 CAAAGACTAAAGCGTCAGAAGCAGGCCAATGCACAGCAGGCAGAATTGTCACAAGCTGCCTTGGAAGAGGGAGG 2072
Query 402 AAGTAACAGTTTAGTAACTCCTACTGAAGCTGGAAGTCTAGACAGTTCAGGAGAAAACAGGCCATTAACAGGGT 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 AAGTAACAGTTTAGTAACTCCTACTGAAGCTGGAAGTCTAGACAGTTCAGGAGAAAACAGGCCATTAACAGGGT 2146
Query 476 CTGACCCAACTGTGGTGTCAATTACTGGATCCCATGTCAACCGTGCTGCATCTAAATACCCCAAAACCAAAAAG 549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 CTGACCCAACTGTGGTGTCAATTACTGGATCCCATGTCAACCGTGCTGCATCTAAATACCCCAAAACCAAAAAG 2220
Query 550 TATCTAGTTACAGAATGGTTGAATGACAAAGCAGAGAAGCAAGAGTGCCCTGTTGAGTGCCCTTTACGTATCAC 623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TATCTAGTTACAGAATGGTTGAATGACAAAGCAGAGAAGCAAGAGTGCCCTGTTGAGTGCCCTTTACGTATCAC 2294
Query 624 AACGGATCCAACTGTACTGGCAACGACCCTAAACATGTTACCAGGTCTTATCCATTCCCCGTTAATTTGCACCA 697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 AACGGATCCAACTGTACTGGCAACGACCCTAAACATGTTACCAGGTCTTATCCATTCCCCGTTAATTTGCACCA 2368
Query 698 CCCCCAAACACTACATTCGCTTTGGCTCACCCTTTATCCCTGAGAGACGTCGAAGGCCCCTTCTGCCTGATGGC 771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 CCCCCAAACACTACATTCGCTTTGGCTCACCCTTTATCCCTGAGAGACGTCGAAGGCCCCTTCTGCCTGATGGC 2442
Query 772 ACATTCAGCTCCTGTAAGAAGCGCTGGATAAAACAAGCCTTAGAAGAAGGGATGACTCAAACATCATCTGTACC 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 ACATTCAGCTCCTGTAAGAAGCGCTGGATAAAACAAGCCTTAGAAGAAGGGATGACTCAAACATCATCTGTACC 2516
Query 846 CCAAGAGACTAGAACTCAGCACCTATACCAAAGCAATGAGAATAGTAGCTCTTCTAGTATCTGCAAAGACAATG 919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CCAAGAGACTAGAACTCAGCACCTATACCAAAGCAATGAGAATAGTAGCTCTTCTAGTATCTGCAAAGACAATG 2590
Query 920 CAGACTTGTTGAGCCCATTAAAGAAATGGAAGTCTCGCTATCTGATGGAGCAGAATGTCACCAAGTTACTTCGG 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 CAGACTTGTTGAGCCCATTAAAGAAATGGAAGTCTCGCTATCTGATGGAGCAGAATGTCACCAAGTTACTTCGG 2664
Query 994 CCTCTGTCTCCAGTCACACCACCCCCTCCCAATTCAGGCTCAAAGAGTCCCCAGCTGGCCACACCTGGCTCATC 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 CCTCTGTCTCCAGTCACACCACCCCCTCCCAATTCAGGCTCAAAGAGTCCCCAGCTGGCCACACCTGGCTCATC 2738
Query 1068 TCACCCAGGAGAAGAGGAGTGTCGAAATGGATACAGCCTCATGTTTTCACCAGTCACATCTCTTACTACTGCTA 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 TCACCCAGGAGAAGAGGAGTGTCGAAATGGATACAGCCTCATGTTTTCACCAGTCACATCTCTTACTACTGCTA 2812
Query 1142 GTCGCTGCAACACTCCTCTACAGTTT------------------------------------------------ 1167
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 GTCGCTGCAACACTCCTCTACAGTTTGAGAACATATCCTCCCCTGAGAGTTCCCCTGCGCATAGGCCCGAGTCC 2886
Query 1168 ---------GAGCTTTGTCACCGAAAAGACCTGGATTTGGCAAAAGTAGGATACCTTGACTCCAACACTAACAG 1232
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 CTGTCACCCGAGCTTTGTCACCGAAAAGACCTGGATTTGGCAAAAGTAGGATACCTTGACTCCAACACTAACAG 2960
Query 1233 CTGTGCTGATAGACCTTCCCTACTCAACTCAGGTCATTCTGACCTGGCTCCTCATCCCTCCCTCGGACCCACTT 1306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 CTGTGCTGATAGACCTTCCCTACTCAACTCAGGTCATTCTGACCTGGCTCCTCATCCCTCCCTCGGACCCACTT 3034
Query 1307 CTGAGACTGGTTTCCCAAGCAGAAGTGGAGATGGACATCAGACCCTCGTGAGAAACTCAGACCAGGCATTTCGG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 CTGAGACTGGTTTCCCAAGCAGAAGTGGAGATGGACATCAGACCCTCGTGAGAAACTCAGACCAGGCATTTCGG 3108
Query 1381 ACAGAGTTCAACTTGATGTATGCCTACTCCCCTTTGAATGCTATGCCTCGAGCAGATGGACTGTATCGAGGATC 1454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 ACAGAGTTCAACTTGATGTATGCCTACTCCCCTTTGAATGCTATGCCTCGAGCAGATGGACTGTATCGAGGATC 3182
Query 1455 TCCTCTAGTGGGGGATAGGAAGCCTTTACATTTGGATGGGGGATATTGTTCCCCTGCAGAAGGATTTTCCAGCA 1528
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 TCCTCTAGTGGGGGATAGGAAGCCTTTACATTTGGATGGGGGATATTGTTCCCCTGCAGAAGGATTTTCCAGCA 3256
Query 1529 GATATGAACATGGCTTAATGAAAGACCTCTCTCGTGGATCCTTGTCACCTGGTGGTGAAAGGGCCTGTGAAGGA 1602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 GATATGAACATGGCTTAATGAAAGACCTCTCTCGTGGATCCTTGTCACCTGGTGGTGAAAGGGCCTGTGAAGGA 3330
Query 1603 GTCCCATCTGCCCCCCAGAACCCACCACAGAGGAAAAAAGTATCCCTGCTGGAGTACCGAAAACGGAAACAAGA 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 GTCCCATCTGCCCCCCAGAACCCACCACAGAGGAAAAAAGTATCCCTGCTGGAGTACCGAAAACGGAAACAAGA 3404
Query 1677 AGCTAAGGAAAATTCTGCTGGTGGGGGAGGTGACTCTGCACAGAGCAAAAGCAAGTCTGCAGGAGCTGGGCAAG 1750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 AGCTAAGGAAAATTCTGCTGGTGGGGGAGGTGACTCTGCACAGAGCAAAAGCAAGTCTGCAGGAGCTGGGCAAG 3478
Query 1751 GCAGCAGTAACTCCGTTTCCGACACTGGTGCCCATGGTGTGCAGGGATCCTCAGCCCGAACTCCATCTTCCCCT 1824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 GCAGCAGTAACTCCGTTTCCGACACTGGTGCCCATGGTGTGCAGGGATCCTCAGCCCGAACTCCATCTTCCCCT 3552
Query 1825 CACAAAAAATTCTCCCCATCTCATTCCTCTATGTCCCATTTGGAGGCGGTAAGCCCATCAGATTCCAGAGGCAC 1898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553 CACAAAAAATTCTCCCCATCTCATTCCTCTATGTCCCATTTGGAGGCGGTAAGCCCATCAGATTCCAGAGGCAC 3626
Query 1899 TTCTTCATCTCACTGCAGACCTCAAGAGAATATCAGCAGTAGGTGGATGGTTCCCACATCAGTAGAACGACTCC 1972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627 TTCTTCATCTCACTGCAGACCTCAAGAGAATATCAGCAGTAGGTGGATGGTTCCCACATCAGTAGAACGACTCC 3700
Query 1973 GAGAAGGAGGGAGCATCCCCAAGGTCCTCCGAAGCAGCGTGAGGGTGGCCCAAAAGGGAGAGCCCTCTCCCACA 2046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701 GAGAAGGAGGGAGCATCCCCAAGGTCCTCCGAAGCAGCGTGAGGGTGGCCCAAAAGGGAGAGCCCTCTCCCACA 3774
Query 2047 TGGGAGAGTAACATCACAGAGAAAGACTCAGACCCTGCAGATGGAGAAGGCCCAGAGACATTAAGCTCAGCACT 2120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3775 TGGGAGAGTAACATCACAGAGAAAGACTCAGACCCTGCAGATGGAGAAGGCCCAGAGACATTAAGCTCAGCACT 3848
Query 2121 CTCTAAAGGAGCAACAGTTTACAGCCCTTCCAGATACAGCTACCAGCTCCTGCAGTGTGATAGTCCTCGGACAG 2194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849 CTCTAAAGGAGCAACAGTTTACAGCCCTTCCAGATACAGCTACCAGCTCCTGCAGTGTGATAGTCCTCGGACAG 3922
Query 2195 AATCACAAAGCCTCCTTCAGCAGAGTTCCTCCCCCTTCAGAGGACATCCTACACAGTCTCCAGGATACAGTTAT 2268
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3923 AATCACAAAGCCTCCTTCAGCAGAGTTCCTCCCCCTTCAGAGGACATCCTACACAGTCTCCAGGATACAGTTAT 3996
Query 2269 CGAACTACTGCACTGAGACCTGGAAACCCCCCCTCTCACGGTTCTTCAGAATCATCCCTCTCTTCCACGTCCTA 2342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3997 CGAACTACTGCACTGAGACCTGGAAACCCCCCCTCTCACGGTTCTTCAGAATCATCCCTCTCTTCCACGTCCTA 4070
Query 2343 TTCCAGCCCCGCCCACCCTGTGTCCACAGACTCGTTGGCCCCATTTACGGGGACACCAGGGTATTTTAGCAGCC 2416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4071 TTCCAGCCCCGCCCACCCTGTGTCCACAGACTCGTTGGCCCCATTTACGGGGACACCAGGGTATTTTAGCAGCC 4144
Query 2417 AGCCACATTCTGGAAACAGCACTGGCAGCAATCTTCCAAGGAGGAGCTGCCCTTCTAGTGCTGCTAGCCCTACC 2490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4145 AGCCACATTCTGGAAACAGCACTGGCAGCAATCTTCCAAGGAGGAGCTGCCCTTCTAGTGCTGCTAGCCCTACC 4218
Query 2491 CTGCAGGGACCCTCAGACTCGCCAACCTCAGATTCAGTTTCTCAGTCCAGCACAGGAACTCTGAGTTCCACCTC 2564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4219 CTGCAGGGACCCTCAGACTCGCCAACCTCAGATTCAGTTTCTCAGTCCAGCACAGGAACTCTGAGTTCCACCTC 4292
Query 2565 CTTTCCTCAGAACTCTAGGTCGTCATTGCCATCAGACTTACGGACTATCAGTCTGCCCAGTGCTGGGCAGTCAG 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4293 CTTTCCTCAGAACTCTAGGTCGTCATTGCCATCAGACTTACGGACTATCAGTCTGCCCAGTGCTGGGCAGTCAG 4366
Query 2639 CTGTCTACCAGGCCTCCAGGGTATCTGCGGTTTCCAATTCACAGCACTACCCACACCGTGGGAGTGGGGGTGTG 2712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4367 CTGTCTACCAGGCCTCCAGGGTATCTGCGGTTTCCAATTCACAGCACTACCCACACCGTGGGAGTGGGGGTGTG 4440
Query 2713 CACCAGTACCGACTCCAGCCACTGCAAGGGTCAGGAGTCAAGACTCAGACGGGACTTTCC 2772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4441 CACCAGTACCGACTCCAGCCACTGCAAGGGTCAGGAGTCAAGACTCAGACGGGACTTTCC 4500
