Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_12183
- Subject:
- XM_011533922.1
- Aligned Length:
- 4479
- Identities:
- 2772
- Gaps:
- 1707
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGAGCATTGCAATCCCTCTGGGAGTCACCACATCAGATACATCCTACTCAGATATGGCTGCTGGATCAGACCC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TGAATCTGTGGAGGCTAGTCCAGCAGTTAATGAGAAGAGCGTGTATTCCACTCATAATTATGGGACCACTCAGA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 GGCATGGGTGTCGAGGACTGCCTTATGCTGATCATAATTACGGAGCCCCTCCTCCTCCGACACCTCCTGCTTCT 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 CCCCCTGTCCAGACGATCATCCCTCGTTCTGACCTGAATGGCCTGCCGTCGCCTGTAGAGGAACGCTGTGGAGA 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 CAGCCCGAACTCTGAAGGAGAAACTGTACCTACCTGGTGTCCTTGTGGTCTTTCTCAGGATGGCTTCCTTCTCA 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 ACTGTGACAAGTGCAGGGGAATGAGCAGGGGGAAGGTTATTAGACTTCATCGGCGGAAGCAGGACAACATATCA 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 GGTGGGGATAGCAGTGCAACAGAAAGCTGGGATGAGGAGCTTTCTCCTTCCACTGTGTTGTATACAGCAACACA 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 GCACACACCTACAAGCATCACCTTAACTGTTAGAAGAACCAAACCCAAGAAGCGGAAAAAGAGTCCAGAAAAGG 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 GTCGTGCAGCACCAAAGACGAAGAAAATCAAGGCATTTCGAGAGGGATCCCGGAAGTCCTTGCGGATGAAGAAT 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 TCTCCCTCTGAAGCACAGAATTTAGATGAGAATACAACTGAGGGCTGGGAAAATCGGATAAGACTATGGACTGA 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 CCAGTATGAAGAAGCTTTCACTAATCAGTACAGTGCAGATGTACAGAACGCGCTTGAACAACACCTACATTCTA 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 GCAAGGAATTTGTGGGCAAACCTACTATTTTAGACACTATTAATAAGACTGAATTGGCCTGTAATAACACAGTT 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 ATTGGTTCCCAAATGCAGTTACAGCTGGGAAGAGTCACTCGTGTTCAAAAGCACCGGAAGATCCTGAGGGCTGC 962
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 963 AAGAGATTTGGCTTTGGACACTCTTATAATAGAGTATCGTGGGAAAGTCATGTTACGACAGCAATTTGAGGTCA 1036
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1037 ATGGGCATTTCTTCAAAAAACCATACCCCTTTGTGCTCTTCTACTCAAAATTCAATGGTGTAGAGATGTGTGTG 1110
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1111 GATGCCCGTACTTTCGGTAATGATGCTCGGTTCATCAGAAGATCATGTACACCAAATGCAGAGGTGCGACACAT 1184
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1185 GATTGCAGATGGGATGATTCACCTGTGCATCTATGCTGTGTCTGCCATCACCAAGGATGCTGAGGTCACCATAG 1258
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1259 CATTTGATTATGAGTATAGTAACTGTAATTATAAAGTGGACTGTGCCTGTCACAAGGGAAACCGGAATTGTCCT 1332
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1333 ATACAAAAAAGGAATCCTAATGCTACAGAACTGCCACTCCTACCACCTCCTCCAAGCCTACCCACCATTGGAGC 1406
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1407 AGAGACTAGACGTAGAAAAGCACGACGGAAAGAGCTAGAGATGGAGCAGCAGAATGAGGCTTCAGAGGAGAATA 1480
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1481 ATGACCAGCAATCACAAGAAGTTCCAGAAAAAGTAACTGTATCCAGTGATCATGAGGAAGTAGACAATCCAGAA 1554
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1555 GAAAAACCAGAAGAAGAGAAAGAAGAGGTTATAGATGACCAGGAGAACCTAGCTCATAGCAGGAGGACCAGGGA 1628
Query 1 ----------------------ATGCATGCTTTTGAAAACTTAGAGAAAAGAAAGAAGCGGCGGGATCAGCCCT 52
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AGATAGAAAGGTAGAAGCCATCATGCATGCTTTTGAAAACTTAGAGAAAAGAAAGAAGCGGCGGGATCAGCCCT 1702
Query 53 TGGAACAGAGCAACTCTGATGTAGAGATTACTACAACCACCTCAGAGACTCCTGTTGGTGAAGAGACAAAAACT 126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 TGGAACAGAGCAACTCTGATGTAGAGATTACTACAACCACCTCAGAGACTCCTGTTGGTGAAGAGACAAAAACT 1776
Query 127 GAAGCCCCTGAATCTGAAGTTAGCAACTCTGTTTCAAATGTTACCATCCCAAGCACCCCACAGAGTGTTGGTGT 200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 GAAGCCCCTGAATCTGAAGTTAGCAACTCTGTTTCAAATGTTACCATCCCAAGCACCCCACAGAGTGTTGGTGT 1850
Query 201 GAATACCCGGAGGTCTTCCCAAGCAGGGGATATTGCTGCAGAAAAACTAGTCCCCAAGCCACCTCCAGCAAAGC 274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GAATACCCGGAGGTCTTCCCAAGCAGGGGATATTGCTGCAGAAAAACTAGTCCCCAAGCCACCTCCAGCAAAGC 1924
Query 275 CTTCTAGGCCCCGGCCGAAGAGTCGAATTTCTCGGTACAGGACCAGTTCAGCCCAAAGACTAAAGCGTCAGAAG 348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 CTTCTAGGCCCCGGCCGAAGAGTCGAATTTCTCGGTACAGGACCAGTTCAGCCCAAAGACTAAAGCGTCAGAAG 1998
Query 349 CAGGCCAATGCACAGCAGGCAGAATTGTCACAAGCTGCCTTGGAAGAGGGAGGAAGTAACAGTTTAGTAACTCC 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 CAGGCCAATGCACAGCAGGCAGAATTGTCACAAGCTGCCTTGGAAGAGGGAGGAAGTAACAGTTTAGTAACTCC 2072
Query 423 TACTGAAGCTGGAAGTCTAGACAGTTCAGGAGAAAACAGGCCATTAACAGGGTCTGACCCAACTGTGGTGTCAA 496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 TACTGAAGCTGGAAGTCTAGACAGTTCAGGAGAAAACAGGCCATTAACAGGGTCTGACCCAACTGTGGTGTCAA 2146
Query 497 TTACTGGATCCCATGTCAACCGTGCTGCATCTAAATACCCCAAAACCAAAAAGTATCTAGTTACAGAATGGTTG 570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 TTACTGGATCCCATGTCAACCGTGCTGCATCTAAATACCCCAAAACCAAAAAGTATCTAGTTACAGAATGGTTG 2220
Query 571 AATGACAAAGCAGAGAAGCAAGAGTGCCCTGTTGAGTGCCCTTTACGTATCACAACGGATCCAACTGTACTGGC 644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 AATGACAAAGCAGAGAAGCAAGAGTGCCCTGTTGAGTGCCCTTTACGTATCACAACGGATCCAACTGTACTGGC 2294
Query 645 AACGACCCTAAACATGTTACCAGGTCTTATCCATTCCCCGTTAATTTGCACCACCCCCAAACACTACATTCGCT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 AACGACCCTAAACATGTTACCAGGTCTTATCCATTCCCCGTTAATTTGCACCACCCCCAAACACTACATTCGCT 2368
Query 719 TTGGCTCACCCTTTATCCCTGAGAGACGTCGAAGGCCCCTTCTGCCTGATGGCACATTCAGCTCCTGTAAGAAG 792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 TTGGCTCACCCTTTATCCCTGAGAGACGTCGAAGGCCCCTTCTGCCTGATGGCACATTCAGCTCCTGTAAGAAG 2442
Query 793 CGCTGGATAAAACAAGCCTTAGAAGAAGGGATGACTCAAACATCATCTGTACCCCAAGAGACTAGAACTCAGCA 866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CGCTGGATAAAACAAGCCTTAGAAGAAGGGATGACTCAAACATCATCTGTACCCCAAGAGACTAGAACTCAGCA 2516
Query 867 CCTATACCAAAGCAATGAGAATAGTAGCTCTTCTAGTATCTGCAAAGACAATGCAGACTTGTTGAGCCCATTAA 940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CCTATACCAAAGCAATGAGAATAGTAGCTCTTCTAGTATCTGCAAAGACAATGCAGACTTGTTGAGCCCATTAA 2590
Query 941 AGAAATGGAAGTCTCGCTATCTGATGGAGCAGAATGTCACCAAGTTACTTCGGCCTCTGTCTCCAGTCACACCA 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AGAAATGGAAGTCTCGCTATCTGATGGAGCAGAATGTCACCAAGTTACTTCGGCCTCTGTCTCCAGTCACACCA 2664
Query 1015 CCCCCTCCCAATTCAGGCTCAAAGAGTCCCCAGCTGGCCACACCTGGCTCATCTCACCCAGGAGAAGAGGAGTG 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 CCCCCTCCCAATTCAGGCTCAAAGAGTCCCCAGCTGGCCACACCTGGCTCATCTCACCCAGGAGAAGAGGAGTG 2738
Query 1089 TCGAAATGGATACAGCCTCATGTTTTCACCAGTCACATCTCTTACTACTGCTAGTCGCTGCAACACTCCTCTAC 1162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 TCGAAATGGATACAGCCTCATGTTTTCACCAGTCACATCTCTTACTACTGCTAGTCGCTGCAACACTCCTCTAC 2812
Query 1163 AGTTT---------------------------------------------------------GAGCTTTGTCAC 1179
||||| ||||||||||||
Sbjct 2813 AGTTTGAGAACATATCCTCCCCTGAGAGTTCCCCTGCGCATAGGCCCGAGTCCCTGTCACCCGAGCTTTGTCAC 2886
Query 1180 CGAAAAGACCTGGATTTGGCAAAAGTAGGATACCTTGACTCCAACACTAACAGCTGTGCTGATAGACCTTCCCT 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 CGAAAAGACCTGGATTTGGCAAAAGTAGGATACCTTGACTCCAACACTAACAGCTGTGCTGATAGACCTTCCCT 2960
Query 1254 ACTCAACTCAGGTCATTCTGACCTGGCTCCTCATCCCTCCCTCGGACCCACTTCTGAGACTGGTTTCCCAAGCA 1327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 ACTCAACTCAGGTCATTCTGACCTGGCTCCTCATCCCTCCCTCGGACCCACTTCTGAGACTGGTTTCCCAAGCA 3034
Query 1328 GAAGTGGAGATGGACATCAGACCCTCGTGAGAAACTCAGACCAGGCATTTCGGACAGAGTTCAACTTGATGTAT 1401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 GAAGTGGAGATGGACATCAGACCCTCGTGAGAAACTCAGACCAGGCATTTCGGACAGAGTTCAACTTGATGTAT 3108
Query 1402 GCCTACTCCCCTTTGAATGCTATGCCTCGAGCAGATGGACTGTATCGAGGATCTCCTCTAGTGGGGGATAGGAA 1475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 GCCTACTCCCCTTTGAATGCTATGCCTCGAGCAGATGGACTGTATCGAGGATCTCCTCTAGTGGGGGATAGGAA 3182
Query 1476 GCCTTTACATTTGGATGGGGGATATTGTTCCCCTGCAGAAGGATTTTCCAGCAGATATGAACATGGCTTAATGA 1549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 GCCTTTACATTTGGATGGGGGATATTGTTCCCCTGCAGAAGGATTTTCCAGCAGATATGAACATGGCTTAATGA 3256
Query 1550 AAGACCTCTCTCGTGGATCCTTGTCACCTGGTGGTGAAAGGGCCTGTGAAGGAGTCCCATCTGCCCCCCAGAAC 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 AAGACCTCTCTCGTGGATCCTTGTCACCTGGTGGTGAAAGGGCCTGTGAAGGAGTCCCATCTGCCCCCCAGAAC 3330
Query 1624 CCACCACAGAGGAAAAAAGTATCCCTGCTGGAGTACCGAAAACGGAAACAAGAAGCTAAGGAAAATTCTGCTGG 1697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 CCACCACAGAGGAAAAAAGTATCCCTGCTGGAGTACCGAAAACGGAAACAAGAAGCTAAGGAAAATTCTGCTGG 3404
Query 1698 TGGGGGAGGTGACTCTGCACAGAGCAAAAGCAAGTCTGCAGGAGCTGGGCAAGGCAGCAGTAACTCCGTTTCCG 1771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 TGGGGGAGGTGACTCTGCACAGAGCAAAAGCAAGTCTGCAGGAGCTGGGCAAGGCAGCAGTAACTCCGTTTCCG 3478
Query 1772 ACACTGGTGCCCATGGTGTGCAGGGATCCTCAGCCCGAACTCCATCTTCCCCTCACAAAAAATTCTCCCCATCT 1845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 ACACTGGTGCCCATGGTGTGCAGGGATCCTCAGCCCGAACTCCATCTTCCCCTCACAAAAAATTCTCCCCATCT 3552
Query 1846 CATTCCTCTATGTCCCATTTGGAGGCGGTAAGCCCATCAGATTCCAGAGGCACTTCTTCATCTCACTGCAGACC 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553 CATTCCTCTATGTCCCATTTGGAGGCGGTAAGCCCATCAGATTCCAGAGGCACTTCTTCATCTCACTGCAGACC 3626
Query 1920 TCAAGAGAATATCAGCAGTAGGTGGATGGTTCCCACATCAGTAGAACGACTCCGAGAAGGAGGGAGCATCCCCA 1993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627 TCAAGAGAATATCAGCAGTAGGTGGATGGTTCCCACATCAGTAGAACGACTCCGAGAAGGAGGGAGCATCCCCA 3700
Query 1994 AGGTCCTCCGAAGCAGCGTGAGGGTGGCCCAAAAGGGAGAGCCCTCTCCCACATGGGAGAGTAACATCACAGAG 2067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701 AGGTCCTCCGAAGCAGCGTGAGGGTGGCCCAAAAGGGAGAGCCCTCTCCCACATGGGAGAGTAACATCACAGAG 3774
Query 2068 AAAGACTCAGACCCTGCAGATGGAGAAGGCCCAGAGACATTAAGCTCAGCACTCTCTAAAGGAGCAACAGTTTA 2141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3775 AAAGACTCAGACCCTGCAGATGGAGAAGGCCCAGAGACATTAAGCTCAGCACTCTCTAAAGGAGCAACAGTTTA 3848
Query 2142 CAGCCCTTCCAGATACAGCTACCAGCTCCTGCAGTGTGATAGTCCTCGGACAGAATCACAAAGCCTCCTTCAGC 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849 CAGCCCTTCCAGATACAGCTACCAGCTCCTGCAGTGTGATAGTCCTCGGACAGAATCACAAAGCCTCCTTCAGC 3922
Query 2216 AGAGTTCCTCCCCCTTCAGAGGACATCCTACACAGTCTCCAGGATACAGTTATCGAACTACTGCACTGAGACCT 2289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3923 AGAGTTCCTCCCCCTTCAGAGGACATCCTACACAGTCTCCAGGATACAGTTATCGAACTACTGCACTGAGACCT 3996
Query 2290 GGAAACCCCCCCTCTCACGGTTCTTCAGAATCATCCCTCTCTTCCACGTCCTATTCCAGCCCCGCCCACCCTGT 2363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3997 GGAAACCCCCCCTCTCACGGTTCTTCAGAATCATCCCTCTCTTCCACGTCCTATTCCAGCCCCGCCCACCCTGT 4070
Query 2364 GTCCACAGACTCGTTGGCCCCATTTACGGGGACACCAGGGTATTTTAGCAGCCAGCCACATTCTGGAAACAGCA 2437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4071 GTCCACAGACTCGTTGGCCCCATTTACGGGGACACCAGGGTATTTTAGCAGCCAGCCACATTCTGGAAACAGCA 4144
Query 2438 CTGGCAGCAATCTTCCAAGGAGGAGCTGCCCTTCTAGTGCTGCTAGCCCTACCCTGCAGGGACCCTCAGACTCG 2511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4145 CTGGCAGCAATCTTCCAAGGAGGAGCTGCCCTTCTAGTGCTGCTAGCCCTACCCTGCAGGGACCCTCAGACTCG 4218
Query 2512 CCAACCTCAGATTCAGTTTCTCAGTCCAGCACAGGAACTCTGAGTTCCACCTCCTTTCCTCAGAACTCTAGGTC 2585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4219 CCAACCTCAGATTCAGTTTCTCAGTCCAGCACAGGAACTCTGAGTTCCACCTCCTTTCCTCAGAACTCTAGGTC 4292
Query 2586 GTCATTGCCATCAGACTTACGGACTATCAGTCTGCCCAGTGCTGGGCAGTCAGCTGTCTACCAGGCCTCCAGGG 2659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4293 GTCATTGCCATCAGACTTACGGACTATCAGTCTGCCCAGTGCTGGGCAGTCAGCTGTCTACCAGGCCTCCAGGG 4366
Query 2660 TATCTGCGGTTTCCAATTCACAGCACTACCCACACCGTGGGAGTGGGGGTGTGCACCAGTACCGACTCCAGCCA 2733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4367 TATCTGCGGTTTCCAATTCACAGCACTACCCACACCGTGGGAGTGGGGGTGTGCACCAGTACCGACTCCAGCCA 4440
Query 2734 CTGCAAGGGTCAGGAGTCAAGACTCAGACGGGACTTTCC 2772
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4441 CTGCAAGGGTCAGGAGTCAAGACTCAGACGGGACTTTCC 4479
