Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_12183
- Subject:
- XM_011533927.1
- Aligned Length:
- 4443
- Identities:
- 2772
- Gaps:
- 1671
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGAAGTATTAAGAGATCCAATTAAGAAGAATAGTTCTGAGTCTAAACCAGCCCAGAGTGGCTTCTCTAGGGG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 AAACTCCCCGCTCAGCTGCCCTGAATCTGTGGAGGCTAGTCCAGCAGTTAATGAGAAGAGCGTGTATTCCACTC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 ATAATTATGGGACCACTCAGAGGCATGGGTGTCGAGGACTGCCTTATGCTACGATCATCCCTCGTTCTGACCTG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 AATGGCCTGCCGTCGCCTGTAGAGGAACGCTGTGGAGACAGCCCGAACTCTGAAGGAGAAACTGTACCTACCTG 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 GTGTCCTTGTGGTCTTTCTCAGGATGGCTTCCTTCTCAACTGTGACAAGTGCAGGGGAATGAGCAGGGGGAAGG 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 TTATTAGACTTCATCGGCGGAAGCAGGACAACATATCAGGTGGGGATAGCAGTGCAACAGAAAGCTGGGATGAG 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 GAGCTTTCTCCTTCCACTGTGTTGTATACAGCAACACAGCACACACCTACAAGCATCACCTTAACTGTTAGAAG 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 AACCAAACCCAAGAAGCGGAAAAAGAGTCCAGAAAAGGGTCGTGCAGCACCAAAGACGAAGAAAATCAAGGCAT 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 TTCGAGAGGGATCCCGGAAGTCCTTGCGGATGAAGAATTCTCCCTCTGAAGCACAGAATTTAGATGAGAATACA 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 ACTGAGGGCTGGGAAAATCGGATAAGACTATGGACTGACCAGTATGAAGAAGCTTTCACTAATCAGTACAGTGC 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 AGATGTACAGAACGCGCTTGAACAACACCTACATTCTAGCAAGGAATTTGTGGGCAAACCTACTATTTTAGACA 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 CTATTAATAAGACTGAATTGGCCTGTAATAACACAGTTATTGGTTCCCAAATGCAGTTACAGCTGGGAAGAGTC 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 ACTCGTGTTCAAAAGCACCGGAAGATCCTGAGGGCTGCAAGAGATTTGGCTTTGGACACTCTTATAATAGAGTA 962
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 963 TCGTGGGAAAGTCATGTTACGACAGCAATTTGAGGTCAATGGGCATTTCTTCAAAAAACCATACCCCTTTGTGC 1036
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1037 TCTTCTACTCAAAATTCAATGGTGTAGAGATGTGTGTGGATGCCCGTACTTTCGGTAATGATGCTCGGTTCATC 1110
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1111 AGAAGATCATGTACACCAAATGCAGAGGTGCGACACATGATTGCAGATGGGATGATTCACCTGTGCATCTATGC 1184
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1185 TGTGTCTGCCATCACCAAGGATGCTGAGGTCACCATAGCATTTGATTATGAGTATAGTAACTGTAATTATAAAG 1258
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1259 TGGACTGTGCCTGTCACAAGGGAAACCGGAATTGTCCTATACAAAAAAGGAATCCTAATGCTACAGAACTGCCA 1332
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1333 CTCCTACCACCTCCTCCAAGCCTACCCACCATTGGAGCAGAGACTAGACGTAGAAAAGCACGACGGAAAGAGCT 1406
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1407 AGAGATGGAGCAGCAGAATGAGGCTTCAGAGGAGAATAATGACCAGCAATCACAAGAAGTTCCAGAAAAAGTAA 1480
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1481 CTGTATCCAGTGATCATGAGGAAGTAGACAATCCAGAAGAAAAACCAGAAGAAGAGAAAGAAGAGGTTATAGAT 1554
Query 1 ------------------------------------------------------------ATGCATGCTTTTGA 14
||||||||||||||
Sbjct 1555 GACCAGGAGAACCTAGCTCATAGCAGGAGGACCAGGGAAGATAGAAAGGTAGAAGCCATCATGCATGCTTTTGA 1628
Query 15 AAACTTAGAGAAAAGAAAGAAGCGGCGGGATCAGCCCTTGGAACAGAGCAACTCTGATGTAGAGATTACTACAA 88
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AAACTTAGAGAAAAGAAAGAAGCGGCGGGATCAGCCCTTGGAACAGAGCAACTCTGATGTAGAGATTACTACAA 1702
Query 89 CCACCTCAGAGACTCCTGTTGGTGAAGAGACAAAAACTGAAGCCCCTGAATCTGAAGTTAGCAACTCTGTTTCA 162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CCACCTCAGAGACTCCTGTTGGTGAAGAGACAAAAACTGAAGCCCCTGAATCTGAAGTTAGCAACTCTGTTTCA 1776
Query 163 AATGTTACCATCCCAAGCACCCCACAGAGTGTTGGTGTGAATACCCGGAGGTCTTCCCAAGCAGGGGATATTGC 236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 AATGTTACCATCCCAAGCACCCCACAGAGTGTTGGTGTGAATACCCGGAGGTCTTCCCAAGCAGGGGATATTGC 1850
Query 237 TGCAGAAAAACTAGTCCCCAAGCCACCTCCAGCAAAGCCTTCTAGGCCCCGGCCGAAGAGTCGAATTTCTCGGT 310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TGCAGAAAAACTAGTCCCCAAGCCACCTCCAGCAAAGCCTTCTAGGCCCCGGCCGAAGAGTCGAATTTCTCGGT 1924
Query 311 ACAGGACCAGTTCAGCCCAAAGACTAAAGCGTCAGAAGCAGGCCAATGCACAGCAGGCAGAATTGTCACAAGCT 384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 ACAGGACCAGTTCAGCCCAAAGACTAAAGCGTCAGAAGCAGGCCAATGCACAGCAGGCAGAATTGTCACAAGCT 1998
Query 385 GCCTTGGAAGAGGGAGGAAGTAACAGTTTAGTAACTCCTACTGAAGCTGGAAGTCTAGACAGTTCAGGAGAAAA 458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 GCCTTGGAAGAGGGAGGAAGTAACAGTTTAGTAACTCCTACTGAAGCTGGAAGTCTAGACAGTTCAGGAGAAAA 2072
Query 459 CAGGCCATTAACAGGGTCTGACCCAACTGTGGTGTCAATTACTGGATCCCATGTCAACCGTGCTGCATCTAAAT 532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 CAGGCCATTAACAGGGTCTGACCCAACTGTGGTGTCAATTACTGGATCCCATGTCAACCGTGCTGCATCTAAAT 2146
Query 533 ACCCCAAAACCAAAAAGTATCTAGTTACAGAATGGTTGAATGACAAAGCAGAGAAGCAAGAGTGCCCTGTTGAG 606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 ACCCCAAAACCAAAAAGTATCTAGTTACAGAATGGTTGAATGACAAAGCAGAGAAGCAAGAGTGCCCTGTTGAG 2220
Query 607 TGCCCTTTACGTATCACAACGGATCCAACTGTACTGGCAACGACCCTAAACATGTTACCAGGTCTTATCCATTC 680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TGCCCTTTACGTATCACAACGGATCCAACTGTACTGGCAACGACCCTAAACATGTTACCAGGTCTTATCCATTC 2294
Query 681 CCCGTTAATTTGCACCACCCCCAAACACTACATTCGCTTTGGCTCACCCTTTATCCCTGAGAGACGTCGAAGGC 754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 CCCGTTAATTTGCACCACCCCCAAACACTACATTCGCTTTGGCTCACCCTTTATCCCTGAGAGACGTCGAAGGC 2368
Query 755 CCCTTCTGCCTGATGGCACATTCAGCTCCTGTAAGAAGCGCTGGATAAAACAAGCCTTAGAAGAAGGGATGACT 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 CCCTTCTGCCTGATGGCACATTCAGCTCCTGTAAGAAGCGCTGGATAAAACAAGCCTTAGAAGAAGGGATGACT 2442
Query 829 CAAACATCATCTGTACCCCAAGAGACTAGAACTCAGCACCTATACCAAAGCAATGAGAATAGTAGCTCTTCTAG 902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CAAACATCATCTGTACCCCAAGAGACTAGAACTCAGCACCTATACCAAAGCAATGAGAATAGTAGCTCTTCTAG 2516
Query 903 TATCTGCAAAGACAATGCAGACTTGTTGAGCCCATTAAAGAAATGGAAGTCTCGCTATCTGATGGAGCAGAATG 976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TATCTGCAAAGACAATGCAGACTTGTTGAGCCCATTAAAGAAATGGAAGTCTCGCTATCTGATGGAGCAGAATG 2590
Query 977 TCACCAAGTTACTTCGGCCTCTGTCTCCAGTCACACCACCCCCTCCCAATTCAGGCTCAAAGAGTCCCCAGCTG 1050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 TCACCAAGTTACTTCGGCCTCTGTCTCCAGTCACACCACCCCCTCCCAATTCAGGCTCAAAGAGTCCCCAGCTG 2664
Query 1051 GCCACACCTGGCTCATCTCACCCAGGAGAAGAGGAGTGTCGAAATGGATACAGCCTCATGTTTTCACCAGTCAC 1124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 GCCACACCTGGCTCATCTCACCCAGGAGAAGAGGAGTGTCGAAATGGATACAGCCTCATGTTTTCACCAGTCAC 2738
Query 1125 ATCTCTTACTACTGCTAGTCGCTGCAACACTCCTCTACAGTTT------------------------------- 1167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 ATCTCTTACTACTGCTAGTCGCTGCAACACTCCTCTACAGTTTGAGAACATATCCTCCCCTGAGAGTTCCCCTG 2812
Query 1168 --------------------------GAGCTTTGTCACCGAAAAGACCTGGATTTGGCAAAAGTAGGATACCTT 1215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 CGCATAGGCCCGAGTCCCTGTCACCCGAGCTTTGTCACCGAAAAGACCTGGATTTGGCAAAAGTAGGATACCTT 2886
Query 1216 GACTCCAACACTAACAGCTGTGCTGATAGACCTTCCCTACTCAACTCAGGTCATTCTGACCTGGCTCCTCATCC 1289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 GACTCCAACACTAACAGCTGTGCTGATAGACCTTCCCTACTCAACTCAGGTCATTCTGACCTGGCTCCTCATCC 2960
Query 1290 CTCCCTCGGACCCACTTCTGAGACTGGTTTCCCAAGCAGAAGTGGAGATGGACATCAGACCCTCGTGAGAAACT 1363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 CTCCCTCGGACCCACTTCTGAGACTGGTTTCCCAAGCAGAAGTGGAGATGGACATCAGACCCTCGTGAGAAACT 3034
Query 1364 CAGACCAGGCATTTCGGACAGAGTTCAACTTGATGTATGCCTACTCCCCTTTGAATGCTATGCCTCGAGCAGAT 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 CAGACCAGGCATTTCGGACAGAGTTCAACTTGATGTATGCCTACTCCCCTTTGAATGCTATGCCTCGAGCAGAT 3108
Query 1438 GGACTGTATCGAGGATCTCCTCTAGTGGGGGATAGGAAGCCTTTACATTTGGATGGGGGATATTGTTCCCCTGC 1511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 GGACTGTATCGAGGATCTCCTCTAGTGGGGGATAGGAAGCCTTTACATTTGGATGGGGGATATTGTTCCCCTGC 3182
Query 1512 AGAAGGATTTTCCAGCAGATATGAACATGGCTTAATGAAAGACCTCTCTCGTGGATCCTTGTCACCTGGTGGTG 1585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 AGAAGGATTTTCCAGCAGATATGAACATGGCTTAATGAAAGACCTCTCTCGTGGATCCTTGTCACCTGGTGGTG 3256
Query 1586 AAAGGGCCTGTGAAGGAGTCCCATCTGCCCCCCAGAACCCACCACAGAGGAAAAAAGTATCCCTGCTGGAGTAC 1659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 AAAGGGCCTGTGAAGGAGTCCCATCTGCCCCCCAGAACCCACCACAGAGGAAAAAAGTATCCCTGCTGGAGTAC 3330
Query 1660 CGAAAACGGAAACAAGAAGCTAAGGAAAATTCTGCTGGTGGGGGAGGTGACTCTGCACAGAGCAAAAGCAAGTC 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 CGAAAACGGAAACAAGAAGCTAAGGAAAATTCTGCTGGTGGGGGAGGTGACTCTGCACAGAGCAAAAGCAAGTC 3404
Query 1734 TGCAGGAGCTGGGCAAGGCAGCAGTAACTCCGTTTCCGACACTGGTGCCCATGGTGTGCAGGGATCCTCAGCCC 1807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 TGCAGGAGCTGGGCAAGGCAGCAGTAACTCCGTTTCCGACACTGGTGCCCATGGTGTGCAGGGATCCTCAGCCC 3478
Query 1808 GAACTCCATCTTCCCCTCACAAAAAATTCTCCCCATCTCATTCCTCTATGTCCCATTTGGAGGCGGTAAGCCCA 1881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 GAACTCCATCTTCCCCTCACAAAAAATTCTCCCCATCTCATTCCTCTATGTCCCATTTGGAGGCGGTAAGCCCA 3552
Query 1882 TCAGATTCCAGAGGCACTTCTTCATCTCACTGCAGACCTCAAGAGAATATCAGCAGTAGGTGGATGGTTCCCAC 1955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553 TCAGATTCCAGAGGCACTTCTTCATCTCACTGCAGACCTCAAGAGAATATCAGCAGTAGGTGGATGGTTCCCAC 3626
Query 1956 ATCAGTAGAACGACTCCGAGAAGGAGGGAGCATCCCCAAGGTCCTCCGAAGCAGCGTGAGGGTGGCCCAAAAGG 2029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627 ATCAGTAGAACGACTCCGAGAAGGAGGGAGCATCCCCAAGGTCCTCCGAAGCAGCGTGAGGGTGGCCCAAAAGG 3700
Query 2030 GAGAGCCCTCTCCCACATGGGAGAGTAACATCACAGAGAAAGACTCAGACCCTGCAGATGGAGAAGGCCCAGAG 2103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701 GAGAGCCCTCTCCCACATGGGAGAGTAACATCACAGAGAAAGACTCAGACCCTGCAGATGGAGAAGGCCCAGAG 3774
Query 2104 ACATTAAGCTCAGCACTCTCTAAAGGAGCAACAGTTTACAGCCCTTCCAGATACAGCTACCAGCTCCTGCAGTG 2177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3775 ACATTAAGCTCAGCACTCTCTAAAGGAGCAACAGTTTACAGCCCTTCCAGATACAGCTACCAGCTCCTGCAGTG 3848
Query 2178 TGATAGTCCTCGGACAGAATCACAAAGCCTCCTTCAGCAGAGTTCCTCCCCCTTCAGAGGACATCCTACACAGT 2251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849 TGATAGTCCTCGGACAGAATCACAAAGCCTCCTTCAGCAGAGTTCCTCCCCCTTCAGAGGACATCCTACACAGT 3922
Query 2252 CTCCAGGATACAGTTATCGAACTACTGCACTGAGACCTGGAAACCCCCCCTCTCACGGTTCTTCAGAATCATCC 2325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3923 CTCCAGGATACAGTTATCGAACTACTGCACTGAGACCTGGAAACCCCCCCTCTCACGGTTCTTCAGAATCATCC 3996
Query 2326 CTCTCTTCCACGTCCTATTCCAGCCCCGCCCACCCTGTGTCCACAGACTCGTTGGCCCCATTTACGGGGACACC 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3997 CTCTCTTCCACGTCCTATTCCAGCCCCGCCCACCCTGTGTCCACAGACTCGTTGGCCCCATTTACGGGGACACC 4070
Query 2400 AGGGTATTTTAGCAGCCAGCCACATTCTGGAAACAGCACTGGCAGCAATCTTCCAAGGAGGAGCTGCCCTTCTA 2473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4071 AGGGTATTTTAGCAGCCAGCCACATTCTGGAAACAGCACTGGCAGCAATCTTCCAAGGAGGAGCTGCCCTTCTA 4144
Query 2474 GTGCTGCTAGCCCTACCCTGCAGGGACCCTCAGACTCGCCAACCTCAGATTCAGTTTCTCAGTCCAGCACAGGA 2547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4145 GTGCTGCTAGCCCTACCCTGCAGGGACCCTCAGACTCGCCAACCTCAGATTCAGTTTCTCAGTCCAGCACAGGA 4218
Query 2548 ACTCTGAGTTCCACCTCCTTTCCTCAGAACTCTAGGTCGTCATTGCCATCAGACTTACGGACTATCAGTCTGCC 2621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4219 ACTCTGAGTTCCACCTCCTTTCCTCAGAACTCTAGGTCGTCATTGCCATCAGACTTACGGACTATCAGTCTGCC 4292
Query 2622 CAGTGCTGGGCAGTCAGCTGTCTACCAGGCCTCCAGGGTATCTGCGGTTTCCAATTCACAGCACTACCCACACC 2695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4293 CAGTGCTGGGCAGTCAGCTGTCTACCAGGCCTCCAGGGTATCTGCGGTTTCCAATTCACAGCACTACCCACACC 4366
Query 2696 GTGGGAGTGGGGGTGTGCACCAGTACCGACTCCAGCCACTGCAAGGGTCAGGAGTCAAGACTCAGACGGGACTT 2769
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4367 GTGGGAGTGGGGGTGTGCACCAGTACCGACTCCAGCCACTGCAAGGGTCAGGAGTCAAGACTCAGACGGGACTT 4440
Query 2770 TCC 2772
|||
Sbjct 4441 TCC 4443
