Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_12183
- Subject:
- XM_017321771.1
- Aligned Length:
- 3999
- Identities:
- 2520
- Gaps:
- 1236
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGAGCAGGGGGAAGGTTATTAGACTTCATCGGCGGAAGCAGGACAACATATCAGGTGGGGATAGCAGTGCAAC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 AGAAAGCTGGGATGAGGAGCTTTCTCCTTCCACTGTGTTGTACACAGCAACACAGCACACACCTACAAGCATCA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CCTTAACTGTTAGAAGAACCAAACCCAAGAAGCGGAAAAAGAGTCCAGAAAAGGGTCGTGCAGCACCAAAGACG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 AAGAAGATCAAGAATTCTCCCTCGGAAGCACAGAATTTAGATGAAAATACCACTGAGGGCTGGGAAAATCGGAT 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 AAGACTATGGACTGATCAATATGAAGAAGCTTTCACTAATCAGTACAGTGCAGATGTACAGAATGCCCTTGAGC 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 AACATCTCCATTCTAACAAGGAATTTGTGGGCAAACCTGCAATTTTAGACACTATTAATAAAACTGAACTGGCC 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 TGTAATAATACAGTAATCGGTTCCCAAATGCAGTTACAGCTGGGAAGAGTCACTCGTGTTCAAAAGCACCGGAA 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 AATCCTGAGGGCTGCAAGAGATTTGGCTTTGGACACTCTTATAATAGAATATCGTGGGAAAGTCATGTTACGAC 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 AACAATTTGAGGTCAATGGGCATTTCTTTAAAAAACCATATCCCTTTGTGCTCTTCTACTCAAAATTCAATGGT 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 GTAGAGATGTGTGTCGATGCTCGTACTTTCGGTAATGATGCTCGGTTCATCAGAAGATCATGTACACCAAATGC 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 AGAGGTGAGACACATGATTGCAGATGGGATGATTCACTTGTGTATCTATGCCGTATCTGCTATCACCAAGGATG 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 CAGAAGTCACCATTGCATTTGATTATGAATATAGTAACTGTAATTACAAAGTGGACTGTGCTTGTCACAAGGGA 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 AACCGGAATTGCCCTATACAGAAAAGAAATCCCAATGCTGCAGAATTGCCACTCCCACCTCCTCCTAGCTTTCC 962
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 963 CACCATTGGAGCAGAGACCAGACGTAGAAAAGCACGGCGGAAAGAGCTGGAGCTGGAGCAGCAAAATGAGGTTC 1036
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1037 CAGAAGAGAATCCTGACCCGCAACCACAAGAAGTTCCAGAAAAAGTAACTGTATCCAATGAGCATGAGGAAGTT 1110
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1111 GACAATCCAGAAGAAAAACCAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAGGCTACAGATGACCAGGAGAACTCTGCTCATAG 1184
Query 1 -------------------------------------ATGCATGCTTTTGAAAACTTAGAGAAAAGAAAGAAGC 37
|||||||||||||||...||||||||.||||||||.|
Sbjct 1185 CAGAAGGACTCGAGAAGACCGAAAGGTTGAAGCCATCATGCATGCTTTTGAATCTTTAGAGAAGAGAAAGAAAC 1258
Query 38 GGCGGGATCAGCCCTTGGAACAGAGCAACTCTGATGTAGAGATTACTACAACCACCTCAGAGACTCCT----GT 107
|||||||||||||..|.||||||||||.|||.||..|||||||||||||.|.||..||||||| | ||
Sbjct 1259 GGCGGGATCAGCCTGTAGAACAGAGCAGCTCGGACATAGAGATTACTACTAGCAGTTCAGAGA----TAGTAGT 1328
Query 108 TGGTGAAGAGACAAAAACTGAAGCCCCTGAATCTGAAGTTAGCAACTCTGTTTCAAATGTTACCATCCCAAGCA 181
|||.||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||.|.||||||||||||||.|.||||||||||
Sbjct 1329 TGGAGAAGAGACAAAAACTGCAGCCCCTGAGTCTGAAGTTAGCAGCCCTGTTTCAAATGTTGCTATCCCAAGCA 1402
Query 182 CCCCACAGAGTGTTGGTGTGAATACCCGGAGGTCTTCCCAAGCAGGGGATATTGCTGCAGAAAAACTAGTCCCC 255
||||||||||...||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||.|.|||||||||||.|.|.||||.
Sbjct 1403 CCCCACAGAGCACTGGTGTGAATACTCGGAGGTCCTCCCATGCTGGGGATGTAGCTGCAGAAAAGCCAATCCCT 1476
Query 256 AAGCCACCTCCAGCAAAGCCTTCTAGGCCCCGGCCGAAGAGTCGAATTTCTCGGTACAGGACCAGTTCAGCCCA 329
||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.|||.||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1477 AAACCACCTCCAGCTAAGCCTTCTAGACCCCGACCGAAAAGTAGAATTTCTCGGTACCGGACCAGTTCAGCCCA 1550
Query 330 AAGACTAAAGCGTCAGAAGCAGGCCAATGCACAGCAGGCAGAATTGTCACAAGCTGCCTTGGAAGAGGGAGGAA 403
|||||||||.||.|||||||||||||.||||||.|||||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1551 AAGACTAAAACGCCAGAAGCAGGCCATTGCACAACAGGCAGAACTGTCGCAAGCTGCCTTGGAAGAAGGAGGAA 1624
Query 404 GTAACAGTTTAGTAACTCCTACTGAAGCTGGAAGTCTAGACAGTTCAGGAGAAAACAGGCCATTAACAGGGTCT 477
||||||..|.||||||||||.||||||||||||.|..|||||||||||||||.|||||.|...|||||||||||
Sbjct 1625 GTAACAACTCAGTAACTCCTCCTGAAGCTGGAAATACAGACAGTTCAGGAGAGAACAGACAGCTAACAGGGTCT 1698
Query 478 GACCCAACTGTGGTGTCAATTACTGGATCCCATGTCAACCGTGCTGCATCTAAATACCCCAAAACCAAAAAGTA 551
||||||||||||.|.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 GACCCAACTGTGATATCAGTTACTGGATCCCATGTCAACCGTGCTGCATCTAAATACCCCAAAACCAAAAAGTA 1772
Query 552 TCTAGTTACAGAATGGTTGAATGACAAAGCAGAGAAGCAAGAGTGCCCTGTTGAGTGCCCTTTACGTATCACAA 625
||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|
Sbjct 1773 TCTAGTTACAGAATGGTTAAATGACAAGGCAGAGAAGCAAGAATGCCCTGTTGAGTGTCCTTTGCGTATCACCA 1846
Query 626 CGGATCCAACTGTACTGGCAACGACCCTAAACATGTTACCAGGTCTTATCCATTCCCCGTTAATTTGCACCACC 699
|.||.||||||||..|||||||.|||||.||||||.|||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 1847 CTGACCCAACTGTGTTGGCAACAACCCTGAACATGCTACCAGGTCTTATTCATTCCCCATTAATTTGTACCACC 1920
Query 700 CCCAAACACTACATTCGCTTTGGCTCACCCTTTATCCCTGAGAGACGTCGAAGGCCCCTTCTGCCTGATGGCAC 773
|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 CCCAAACACTACATTCGCTTTGGCTCACCCTTTATGCCTGAGAGGCGTCGAAGGCCCCTTCTGCCTGATGGCAC 1994
Query 774 ATTCAGCTCCTGTAAGAAGCGCTGGATAAAACAAGCCTTAGAAGAAGGGATGACTCAAACATCATCTGTACCCC 847
||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||||
Sbjct 1995 ATTCAGCTCCTGTAAGAAGCGCTGGATAAAGCAAGCCTTGGAAGAAGGGATGACTCAGACTTCATCTGTGCCCC 2068
Query 848 AAGAGACTAGAACTCAGCACCTATACCAAAGCAATGAGAATAGTAGCTCTTCTAGTATCTGCAAAGACAATGCA 921
|||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||.|||||..||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 2069 AAGAGACTAGAACACAGCACCTATACCAAAGTAATGAGACTAGTAATTCTTCTAGTATCTGTAAAGACAATGCA 2142
Query 922 GACTTGTTGAGCCCATTAAAGAAATGGAAGTCTCGCTATCTGATGGAGCAGAATGTCACCAAGTTACTTCGGCC 995
|||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||.|||
Sbjct 2143 GACTTACTGAGCCCATTAAAGAAATGGAAGTCTCGCTATCTGATGGAGCAGAATATCACCAAGTTGCTTCAGCC 2216
Query 996 TCTGTCTCCAGTCACACCACCCCCTCCCAATTCAGGCTCAAAGAGTCCCCAGCTGGCCACACCTGGCTCA-TCT 1068
||||||||||||.|||||||||||.||||..||||||||||||||||||||||||.||||||||||| || .||
Sbjct 2217 TCTGTCTCCAGTTACACCACCCCCACCCAGCTCAGGCTCAAAGAGTCCCCAGCTGACCACACCTGGC-CAGACT 2289
Query 1069 CACCCAGGAGAAGAGGAGTGTCGAAATGGATACAGCCTCATGTTTTCACCAGTCACATCTCTTACTACTGCTAG 1142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 2290 CACCCAGGAGAAGAGGAGTGTCGAAATGGATACAGCCTCATGTTCTCACCAATCACATCTCTTACTACTGCTAG 2363
Query 1143 TCGCTGCAACACTCCTCTACAGTTTGAGCTTTGTCACCGAAAAGACCTGGATTTGGCAAAAGTAGGATACCTTG 1216
|||.|.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||.||||.||..|
Sbjct 2364 TCGTTCCAACACTCCTCTGCAGTTTGAGCTTTGTCACCGAAAAGACCTAGATTTGACAAAAGTGGGATTCCCAG 2437
Query 1217 ACTCCAACACTAACAGCTGTGCTGATAGACCTTCCCTACTCAACT-CAGGTCATTCTGACCTGGCTCCTCATCC 1289
||||||.||||.|||||||.||||||||.||.|||||.||.|||| || .||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 2438 ACTCCAGCACTCACAGCTGCGCTGATAGGCCCTCCCTGCTTAACTGCA-ATCATCCTGACCTGGCTTCTCATCC 2510
Query 1290 CTCCCTCGGACCCACTTCTGAGACTGGTTTCCCAAGCAGAAGTGGAGATGGACATCAGACCCTCGTGAGAAACT 1363
|||..|.|..|||||.||.|||.||||.|||||||||||.|||||||||||.|.|||||||.|..|||||||||
Sbjct 2511 CTCTGTTGTTCCCACCTCCGAGGCTGGCTTCCCAAGCAGGAGTGGAGATGGTCCTCAGACCTTGCTGAGAAACT 2584
Query 1364 CAGACCAGGCATTTCGGACAGAGTTCAACTTGATGTATGCCTACTCCCCTTTGAATGCTATGCCTCGAGCAGAT 1437
||||||||||.|||.|||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2585 CAGACCAGGCGTTTAGGACAGAGTTCAATTTGATGTACGCCTACTCCCCTTTGAATGCTATGCCTCGAGCAGAT 2658
Query 1438 GGACTGTATCGAGGATCTCCTCTAGTGGGGGATAGGAAGCCTTTACATTTGGATGGGGGATATTGTTCCCCTGC 1511
|||||||||.||||.|||||..|.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||
Sbjct 2659 GGACTGTATAGAGGGTCTCCCTTGGTGGGAGACAGGAAGCCTTTACATTTAGATGGAGGATATTGTTCCCCTGC 2732
Query 1512 AGAAGGATTTTCCAGCAGATATGAACATGGCTTAATGAAAGACCTCTCTCGTGGATCCTTGTCACCTGGTGGTG 1585
.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||.|||||||||||||||
Sbjct 2733 TGAAGGCTTTTCCAGCAGATATGAACATGGCTTTATGAAAGACCTCTCTCGGGGATCCATGTCACCTGGTGGTG 2806
Query 1586 AAAGGGCCTGTGAAGGAGTCCCATCTGCCCCCCAGAACCCACCACAGAGGAAAAAAGTATCCCTGCTGGAGTAC 1659
|||||.||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||.||||||.||||.||||||
Sbjct 2807 AAAGGACCTGTGAAGGAGTCCCATCTGCTCCTCAGAACCCACCGCAAAGGAAAAAGGTATCCTTGCTAGAGTAC 2880
Query 1660 CGAAAACGGAAACAAGAAGCTAAGGAAAATTCTGCTGGTGGGGGAGGTGACTCTGCACAGAGCAAAAGCAAGTC 1733
||.|||.|.|||||||||||||||||.|||| |||||||||||..|||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2881 CGCAAAAGAAAACAAGAAGCTAAGGAGAATT---CTGGTGGGGGAAATGACTCTTCACAGAGCAAAAGCAAGTC 2951
Query 1734 TGCAGGAGCTGGGCAAGGCAGCAGTAACTCCGTTTCCGACACTGGTGCCCATGGTGTGCAGGGATCCTCAGCCC 1807
|.||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2952 TTCAGGAGCTGGGCAAGGCAGCAGTAACTCTGTTTCTGACACTGGTGCCCATGGTGTGCAGGGATCCTCAGCCG 3025
Query 1808 GAACTCCATCTTCCCCTCACAAAAAATTCTCCCCATCTCATTCCTCTATGTCCCATTTGGAGGCGGTAAGCCCA 1881
||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||...||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 3026 GAACCCCGTCATCCCCTCACAAAAAATTTTCCCCGTCTCATTCCTCTGCATCGCATTTGGAGGCGGTAAGCCCG 3099
Query 1882 TCAGATTCCAGAGGCACTTCTTCATCTCACTGCAGACCTCAAGAGAATATCAGCAGTAGGTGGATGGTTCCCAC 1955
|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 3100 TCAGATTCCAGGGGCACTTCTTCCTCTCACTGCAGACCTCAAGAAAACATCAGCAGTAGGTGGATGGTTCCTAC 3173
Query 1956 ATCAGTAGAACGACTCCGAGAAGGAGGGAGCATCCCCAAGGTCCTCCGAAGCAGCGTGAGGGTGGCCCAAAAGG 2029
||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.||.|||||.||||
Sbjct 3174 ATCAGTTGAACGACTCCGAGAAGGAGGTAGCATCCCTAAGGTTCTTCGAAGCAGTGTGAGAGTTGCCCAGAAGG 3247
Query 2030 GAGAGCCCTCTCCCACATGGGAGAGTAACATCACAGAGAAAGACTCAGACCCTGCAGATGGAGAAGGCCCAGAG 2103
|||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3248 GAGAGCCTTCTCCAACATGGGAGAGTAACATCACAGAGAAAGAGTCAGACCCTGCAGATGGAGAAGGCCCAGAG 3321
Query 2104 ACATTAAGCTCAGCACTCTCTAAAGGAGCAACAGTTTACAGCCCTTCCAGATACAGCTACCAGCTCCTGCAGTG 2177
.||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 3322 CCATTGAGCTCAGCACTCTCTAAAGGAGCAACTGTTTACAGCCCTTCCAGATATAGCTACCAGCTCCTGCAGTG 3395
Query 2178 TGATAGTCCTCGGACAGAATCACAAAGCCTCCTTCAGCAGAGTTCCTCCCCCTTCAGAGGACATCCTACACAGT 2251
|||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.||.|
Sbjct 3396 TGACAGTCCACGGACAGAATCACAAAGCCTCCTTCAGCAGAGTTCGTCCCCCTTTAGAGGACATCCCACCCAAT 3469
Query 2252 CTCCAGGATACAGTTATCGAACTACTGCACTGAGACCTGGAAACCCCCCCTCTCACGGTTCTTCAGAATCATCC 2325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 3470 CTCCAGGATACAGTTATCGAACTACTGCACTGAGACCTGGAAACCCTCCCTCTCACGGTTCTTCAGAATCCTCC 3543
Query 2326 CTCTCTTCCACGTCCTATTCCAGCCCCGCCCACCCTGTGTCCACAGACTCGTTGGCCCCATTTACGGGGACACC 2399
|||||||||||||||||..|||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 3544 CTCTCTTCCACGTCCTACCCCAGCCCTGCCCACCCTGTGTCTACAGACTCGTTGGCCCCATTTACGGGGACTCC 3617
Query 2400 AGGGTATTTTAGCAGCCAGCCACATTCTGGAAACAGCACTGGCAGCAATCTTCCAAGGAGGAGCTGCCCTTCTA 2473
||||||||..|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||.|
Sbjct 3618 AGGGTATTACAGCAGCCAGCCGCATTCTGGAAACAGCACTGGCAGCAATCTTCCAAGGAGGAGCTGTTCTTCAA 3691
Query 2474 GTGCTGCTAGCCCTACCCTGCAGGGACCCTCAGACTCGCCAACCTCAGATTCAGTTTCTCAGTCCAGCACAGGA 2547
||||||||||||||||||..|||||.|||||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 3692 GTGCTGCTAGCCCTACCCCACAGGGCCCCTCAGACTCACCGACCTCAGACTCGGTTTCTCAGTCCAGCACAGGA 3765
Query 2548 ACTCTGAGTTCCACCTCCTTTCCTCAGAACTCTAGGTCGTCATTGCCATCAGACTTACGGACTATCAGTCTGCC 2621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3766 ACTCTGAGTTCCACCTCCTTTCCTCAGAACTCTAGGTCTTCATTGCCATCAGACTTACGGACTATCAGTCTGCC 3839
Query 2622 CAGTGCTGGGCAGTCAGCTGTCTACCAGGCCTCCAGGGTATCTGCGGTTTCCAATTCACAGCACTACCCACACC 2695
||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 3840 CAATGCTGGGCAGTCAGCTGCCTACCAGGCCTCCAGGGTATCTGCGGTTTCCAATTCACAGCACTACCCACATC 3913
Query 2696 GTGGGAGTGGGGGTGTGCACCAGTACCGACTCCAGCCACTGCAAGGGTCAGGAGTCAAGACTCAGACGGGACTT 2769
||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 3914 GTGGTAGTGGGGGTGTACACCAGTACCGACTCCAGCCACTGCAAGGGTCAGGAGTCAAGACTCAGACAGGACTT 3987
Query 2770 TCC 2772
|||
Sbjct 3988 TCC 3990
