Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_12193
- Subject:
- NM_001369346.1
- Aligned Length:
- 4131
- Identities:
- 2753
- Gaps:
- 1377
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGCTTCACACAAACTCCAGAGGTGAAGAGGGCATCTTCTATAAGGTTCCAGGTAGAATGGGAGTATATACTTT 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GAAGAAAGATGTGCCGGATGGGGTGAAAGAGCTGTCAGAAGGTTCAGAAGAAAGCAGTGATGGTCAGTCAGATT 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CCCAGAGTTCTGAGAACAGCAGCAGCAGCAGTGATGGTGGCAGCAACAAGGAGGGAAAAAAGAGCAGGTGGAAA 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 AGGAAAGTATCGTCGTCCTCCCCGCAGTCAGGCTGCCCATCACCCACCATTCCAGCAGGTAAAGTCATTTCTCC 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 ATCACAGAAGCACAGCAAGAAGGCACTAAAGCAGGCGCTAAAGCAGCAACAGCAGAAGAAGCAGCAGCAGCAAT 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 GCAGGCCAAGCATATCCATCTCCTCCAACCAGCATCTCTCACTAAAGACTGTCAAAGCAGCCAGTGACTCTGTA 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 CCTGCCAAACCTGCAACATGGGAAGGAAAGCAATCTGATGGACAGACAGGCAGCCCTCAAAACTCAAACTCCAG 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 CTTTTCTTCCTCAGTTAAAGTGGAAAATACTTTACTAGGCTTGGGGAAGAAGTCATTCCAGAGATCTGAGAGAC 592
Query 1 --------------ATGAAAAGAACTAAATGTGCTGACATTGACGTTGAGACACCGGACTCCATTCTGGTTAAT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 TCCATACCAGACAAATGAAAAGAACTAAATGTGCTGACATTGACGTTGAGACACCGGACTCCATTCTGGTTAAT 666
Query 61 ACAAATCTGCGAGCACTGATCAACAAGCACACATTTTCAGTCCTTCCTGGAGATTGCCAGCAACGACTGCTTTT 134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 ACAAATCTGCGAGCACTGATCAACAAGCACACATTTTCAGTCCTTCCTGGAGATTGCCAGCAACGACTGCTTTT 740
Query 135 ACTACTCCCAGAGGTAGATCGACAGGTTGGTCCAGATGGTTTAATGAAGTTAAATGGCTCAGCCCTTAACAATG 208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 ACTACTCCCAGAGGTAGATCGACAGGTTGGTCCAGATGGTTTAATGAAGTTAAATGGCTCAGCCCTTAACAATG 814
Query 209 AATTCTTCACTTCAGCAGCCCAAGGCTGGAAGGAAAGACTCTCAGAAGGTGAGTTTACACCTGAGATGCAGGTG 282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 AATTCTTCACTTCAGCAGCCCAAGGCTGGAAGGAAAGACTCTCAGAAGGTGAGTTTACACCTGAGATGCAGGTG 888
Query 283 AGAATTCGACAAGAGATTGAGAAGGAGAAAAAAGTGGAGCCATGGAAAGAACAATTCTTTGAAAGCTACTATGG 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 AGAATTCGACAAGAGATTGAGAAGGAGAAAAAAGTGGAGCCATGGAAAGAACAATTCTTTGAAAGCTACTATGG 962
Query 357 GCAGAGTTCTGGCCTGAGCCTTGAAGATTCTAAGAAATTGACAGCTTCTCCCAGTGATCCCAAAGTAAAGAAAA 430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 GCAGAGTTCTGGCCTGAGCCTTGAAGATTCTAAGAAATTGACAGCTTCTCCCAGTGATCCCAAAGTAAAGAAAA 1036
Query 431 CCCCAGCTGAACAACCAAAATCCATGCCTGTGTCAGAGGCCTCTCTTATCAGAATAGTTCCAGTAGTCTCCCAG 504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 CCCCAGCTGAACAACCAAAATCCATGCCTGTGTCAGAGGCCTCTCTTATCAGAATAGTTCCAGTAGTCTCCCAG 1110
Query 505 TCAGAGTGTAAAGAAGAAGCATTGCAAATGTCATCACCAGGCAGAAAAGAAGAGTGTGAAAGCCAAGGTGAAGT 578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 TCAGAGTGTAAAGAAGAAGCATTGCAAATGTCATCACCAGGCAGAAAAGAAGAGTGTGAAAGCCAAGGTGAAGT 1184
Query 579 GCAGCCGAACTTCTCCACATCTTCAGAGCCCCTGCTTTCCTCAGCTCTCAATACACATGAGCTTAGCAGCATTC 652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 GCAGCCGAACTTCTCCACATCTTCAGAGCCCCTGCTTTCCTCAGCTCTCAATACACATGAGCTTAGCAGCATTC 1258
Query 653 TTCCCATCAAGTGCCCAAAGGATGAGGATCTCTTGGAGCAGAAGCCAGTCACCTCTGCTGAACAGGAATCTGAG 726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TTCCCATCAAGTGCCCAAAGGATGAGGATCTCTTGGAGCAGAAGCCAGTCACCTCTGCTGAACAGGAATCTGAG 1332
Query 727 AAGAACCATCTCACCACAGCTTCTAATTATAACAAAAGTGAAAGCCAAGAATCTTTAGTTACATCGCCAAGCAA 800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 AAGAACCATCTCACCACAGCTTCTAATTATAACAAAAGTGAAAGCCAAGAATCTTTAGTTACATCGCCAAGCAA 1406
Query 801 ACCCAAGAGTCCTGGGGTTGAAAAACCAATAGTGAAGCCCACAGCAGGAGCGGGTCCACAGGAGACTAATATGA 874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 ACCCAAGAGTCCTGGGGTTGAAAAACCAATAGTGAAGCCCACAGCAGGAGCGGGTCCACAGGAGACTAATATGA 1480
Query 875 AAGAACCTCTAGCAACTCTTGTTGATCAGAGCCCAGAAAGCCTCAAGAGGAAGTCTTCCCTCACCCAAGAAGAG 948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 AAGAACCTCTAGCAACTCTTGTTGATCAGAGCCCAGAAAGCCTCAAGAGGAAGTCTTCCCTCACCCAAGAAGAG 1554
Query 949 GCCCCTGTGAGCTGGGAGAAGAGGCCACGTGTCACTGAGAATCGCCAGCACCAGCAGCCATTTCAGGTCTCACC 1022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GCCCCTGTGAGCTGGGAGAAGAGGCCACGTGTCACTGAGAATCGCCAGCACCAGCAGCCATTTCAGGTCTCACC 1628
Query 1023 ACAGCCCTTTCTCAATAGAGGGGACAGAATCCAGGTGCGAAAAGTACCACCTCTCAAGATCCCGGTCTCCAGAA 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 ACAGCCCTTTCTCAATAGAGGGGACAGAATCCAGGTGCGAAAAGTACCACCTCTCAAGATCCCGGTCTCCAGAA 1702
Query 1097 TCTCCCCCATGCCGTTTCATCCATCGCAGGTCTCTCCCAGGGCTCGTTTTCCAGTCTCCATCACTAGTCCTAAC 1170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 TCTCCCCCATGCCGTTTCATCCATCGCAGGTCTCTCCCAGGGCTCGTTTTCCAGTCTCCATCACTAGTCCTAAC 1776
Query 1171 AGAACAGGAGCCAGAACTCTTGCAGACATCAAAGCAAAAGCCCAACTGGTCAAAGCACAGAGGGCAGCAGCTGC 1244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 AGAACAGGAGCCAGAACTCTTGCAGACATCAAAGCAAAAGCCCAACTGGTCAAAGCACAGAGGGCAGCAGCTGC 1850
Query 1245 CGCTGCCGCCGCAGCTGCTGCAGCCGCCTCAGTTGGAGGGACCATTCCAGGACCTGGCCCAGGGGGTGGACAAG 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 CGCTGCCGCCGCAGCTGCTGCAGCCGCCTCAGTTGGAGGGACCATTCCAGGACCTGGCCCAGGGGGTGGACAAG 1924
Query 1319 GTCCAGGAGAGGGTGGTGAAGGGCAGACTGCTAGAGGAGGCAGTCCAGGCTCAGACAGAGTCAGTGAAACTGGA 1392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 GTCCAGGAGAGGGTGGTGAAGGGCAGACTGCTAGAGGAGGCAGTCCAGGCTCAGACAGAGTCAGTGAAACTGGA 1998
Query 1393 AAGGGCCCCACACTGGAACTGGCAGGAACTGGAAGCAGGGGAGGTACGAGAGAGCTTTTACCCTGTGGTCCAGA 1466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 AAGGGCCCCACACTGGAACTGGCAGGAACTGGAAGCAGGGGAGGTACGAGAGAGCTTTTACCCTGTGGTCCAGA 2072
Query 1467 GACTCAGCCCCAGTCTGAGACCAAGACCACCCCAAGCCAGGCACAGCCTCATAGTGTCTCTGGAGCACAACTAC 1540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 GACTCAGCCCCAGTCTGAGACCAAGACCACCCCAAGCCAGGCACAGCCTCATAGTGTCTCTGGAGCACAACTAC 2146
Query 1541 AGCAAACCCCCCCAGTGCCTCCAACACCTGCCGTCAGTGGAGCATGCACAAGTGTCCCATCACCAGTCCACATA 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2147 AGCAAACCCCCCCAGTGCCTCCAACACCTGCCGTCAGTGGAGCATGCACAAGTGTCCCATCACCAGCCCACATA 2220
Query 1615 GAGAAATTGGATAATGAAAAACTGAACCCCACCAGAGCAACAGCCACAGTGGCCTCTGTCAGCCATCCACAAGG 1688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GAGAAATTGGATAATGAAAAACTGAACCCCACCAGAGCAACAGCCACAGTGGCCTCTGTCAGCCATCCACAAGG 2294
Query 1689 GCCCAGTAGTTGCAGACAGGAGAAAGCACCTTCTCCAA------------------------------------ 1726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 GCCCAGTAGTTGCAGACAGGAGAAAGCACCTTCTCCAACAGGTCCTGCTCTAATCTCAGGTGCCTCACCTGTTC 2368
Query 1727 -------------------------------------------------------------------------- 1726
Sbjct 2369 ATTGTGCAGCTGATGGCACAGTTGAGCTCAAAGCAGGTCCTAGTAAGAATATACCTAACCCTTCAGCCTCATCA 2442
Query 1727 -------------------------------------------------------------------------- 1726
Sbjct 2443 AAGACAGATGCTAGTGTGCCAGTGGCTGTAACTCCCTCCCCTTTAACATCTTTATTGACCACAGCCACTTTAGA 2516
Query 1727 -------------------------------------------------------------------------- 1726
Sbjct 2517 AAAGCTTCCTGTACCCCAGGTCAGTGCAACTACAGCACCTGCTGGATCAGCTCCACCCTCGAGCACTTTGCCAG 2590
Query 1727 -------------------------------------------------------------------------- 1726
Sbjct 2591 CAGCTTCTAGCCTTAAAACCCCAGGAACTTCTTTAAACATGAATGGACCCACTTTAAGACCAACCTCTAGTATC 2664
Query 1727 -------------------------------------------------------------------------- 1726
Sbjct 2665 CCTGCTAATAATCCTTTAGTGACTCAGCTGCTTCAAGGCAAAGATGTTCCCATGGAGCAAATTCTGCCTAAACC 2738
Query 1727 -------------------------------------------------------------------------- 1726
Sbjct 2739 TCTCACCAAAGTTGAAATGAAAACGGTTCCACTGACTGCAAAAGAGGAAAGGGGGATGGGAGCGCTCATAGCTA 2812
Query 1727 -------------------------------------------------------------------------- 1726
Sbjct 2813 CCAACACAACAGAAAATAGCACCAGAGAGGAAGTTAATGAGAGACAGTCCCATCCAGCTACGCAGCAGCAGCTG 2886
Query 1727 -------------------------------------------------------------------------- 1726
Sbjct 2887 GGCAAAACCTTGCAAAGTAAGCAGCTCCCCCAGGTTCCAAGGCCCCTTCAGCTCTTTTCAGCTAAGGAGCTGAG 2960
Query 1727 -------------------------------------------------------------------------- 1726
Sbjct 2961 GGACTCCAGCATTGACACACACCAATACCACGAAGGACTAAGTAAAGCAACCCAAGATCAGATCCTTCAGACTC 3034
Query 1727 ---------------------------------------------------------------------CAGGT 1731
|||||
Sbjct 3035 TCATTCAGAGGGTTCGGAGGCAGAATCTTCTCTCAGTTGTGCCGCCCTCACAGTTCAACTTCGCTCACTCAGGT 3108
Query 1732 TTCCAGCTGGAAGACATCTCCACAAGCCAGAGGTTCATGCTGGGTTTTGCTGGCAGAAGGACATCCAAACCTGC 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 TTCCAGCTGGAAGACATCTCCACAAGCCAGAGGTTCATGCTGGGTTTTGCTGGCAGAAGGACATCCAAACCTGC 3182
Query 1806 AATGGCAGGGCACTACTTACTGAATATTTCTACCTACGGCCGGGGCTCAGAGAGCTTTAGGAGGACCCATTCTG 1879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 AATGGCAGGGCACTACTTACTGAATATTTCTACCTACGGCCGGGGCTCAGAGAGCTTTAGGAGGACCCATTCTG 3256
Query 1880 TAAACCCTGAAGATCGTTTTTGTCTAAGCAGCCCCACTGAAGCCTTGAAAATGGGATATACAGACTGTAAAAAT 1953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 TAAACCCTGAAGATCGTTTTTGTCTAAGCAGCCCCACTGAAGCCTTGAAAATGGGATATACAGACTGTAAAAAT 3330
Query 1954 GCAACAGGAGAGAGTAGCAGCAGCAAAGAAGATGACACTGATGAGGAAAGTACTGGTGATGAGCAGGAATCTGT 2027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 GCAACAGGAGAGAGTAGCAGCAGCAAAGAAGATGACACTGATGAGGAAAGTACTGGTGATGAGCAGGAATCTGT 3404
Query 2028 CACAGTGAAAGAGGAGCCCCAGGTTTCCCAGAGTGCTGGCAAGGGTGACACAAGTTCAGGACCTCACAGCAGGG 2101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 CACAGTGAAAGAGGAGCCCCAGGTTTCCCAGAGTGCTGGCAAGGGTGACACAAGTTCAGGACCTCACAGCAGGG 3478
Query 2102 AAACTCTATCTACCAGTGATTGCTTAGCTAGCAAGAATGTGAAGGCTGAGATACCATTGAATGAGCAAACCACT 2175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 AAACTCTATCTACCAGTGATTGCTTAGCTAGCAAGAATGTGAAGGCTGAGATACCATTGAATGAGCAAACCACT 3552
Query 2176 TTAAGTAAGGAGAATTACCTGTTCACTAGAGGCCAAACATTTGATGAAAAGACCCTAGCCAGAGATTTAATTCA 2249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553 TTAAGTAAGGAGAATTACCTGTTCACTAGAGGCCAAACATTTGATGAAAAGACCCTAGCCAGAGATTTAATTCA 3626
Query 2250 GGCAGCACAGAAGCAGATGGCTCATGCAGTGAGAGGTAAGGCAATCCGTAGCAGCCCCGAGCTTTTCAGTTCTA 2323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627 GGCAGCACAGAAGCAGATGGCTCATGCAGTGAGAGGTAAGGCAATCCGTAGCAGCCCCGAGCTTTTCAGTTCTA 3700
Query 2324 CTGTTCTTCCTCTGCCTGCAGACAGCCCCACCCACCAGCCCCTACTCCTTCCACCCCTGCAAACCCCGAAGTTG 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701 CTGTTCTTCCTCTGCCTGCAGACAGCCCCACCCACCAGCCCCTACTCCTTCCACCCCTGCAAACCCCGAAGTTG 3774
Query 2398 TATGGAAGCCCCACCCAGATAGGGCCAAGCTATAGAGGCATGATCAATGTCTCCACCTCATCTGACATGGACCA 2471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3775 TATGGAAGCCCCACCCAGATAGGGCCAAGCTATAGAGGCATGATCAATGTCTCCACCTCATCTGACATGGACCA 3848
Query 2472 TAACTCTGCTGTACCAGGTAGCCAGGTATCTAGCAATGTAGGTGATGTCATGTCATTTTCAGTGACTGTCACTA 2545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849 TAACTCTGCTGTACCAGGTAGCCAGGTATCTAGCAATGTAGGTGATGTCATGTCATTTTCAGTGACTGTCACTA 3922
Query 2546 CCATCCCTGCTAGCCAAGCTATGAATCCCAGCAGCCATGGCCAGACCATTCCTGTTCAGGCGTTCTCCGAAGAG 2619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3923 CCATCCCTGCTAGCCAAGCTATGAATCCCAGCAGCCATGGCCAGACCATTCCTGTTCAGGCGTTCTCCGAAGAG 3996
Query 2620 AACAGCATAGAGGGCACGCCTTCGAAATGTTACTGCCGCTTGAAAGCCATGATCATGTGCAAAGGCTGTGGCGC 2693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3997 AACAGCATAGAGGGCACGCCTTCGAAATGTTACTGCCGCTTGAAAGCCATGATCATGTGCAAAGGCTGTGGCGC 4070
Query 2694 TTTCTGCCATGATGATTGCATCGGCCCCTCCAAACTGTGCGTCTCCTGCCTTGTCGTTCGG 2754
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4071 TTTCTGCCATGATGATTGCATCGGCCCCTCCAAACTGTGCGTCTCCTGCCTTGTCGTTCGG 4131
