Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_12372
• Subject: NM_001303515.1
• Aligned Length: 2325
• Identities: 2082
• Gaps: 243

Alignment

Query    1  ATGGGATGTAATATGTGCGTGGTCCAGAAACCGGAGGAGCAGTACAAAGTGATGCTGCAGGTGAACGGGAAGGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GCTCTCCAAGCTGTCTCAGGAGCAAACTCTGCAGGCCCTGCGCTCCTCCAAGGAGCCCCTGGTGATCCAGGTGC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TGAGACGCAGCCCCCGCCTCCGGGGGGACAGCTCCTGTCACGACCTGCAGCTGGTGGACAGTGGCACTCAGACC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GACATCACCTTCGAGCATATCATGGCGCTGGGCAAGCTGCGTCCGCCCACCCCGCCCATGGTCATCCTGGAGCC  296
                                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ---------------------ATGGCGCTGGGCAAGCTGCGTCCGCCCACCCCGCCCATGGTCATCCTGGAGCC  53

Query  297  GTACGTCCTCTCTGAGCTCCCCCCAATCAGCCATGAGTATTATGACCCGGCGGAGTTTATGGAGGGCGGCCCGC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   54  GTACGTCCTCTCTGAGCTCCCCCCAATCAGCCATGAGTATTATGACCCGGCGGAGTTTATGGAGGGCGGCCCGC  127

Query  371  AGGAGGCAGACCGCTTGGATGAGCTGGAGTATGAGGAGGTGGAGCTGTATAAAAGCAGCCACCGGGACAAGCTG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  128  AGGAGGCAGACCGCTTGGATGAGCTGGAGTATGAGGAGGTGGAGCTGTATAAAAGCAGCCACCGGGACAAGCTG  201

Query  445  GGCCTGATGGTTTGCTACCGCACGGACGACGAGGAGGACCTGGGCATTTATGTCGGAGAGGTAAATCCCAACAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  202  GGCCTGATGGTTTGCTACCGCACGGACGACGAGGAGGACCTGGGCATTTATGTCGGAGAGGTAAATCCCAACAG  275

Query  519  CATTGCAGCCAAAGACGGCCGGATCCGTGAGGGAGACCGCATCATCCAGATTAACGGTGTAGACGTCCAGAACC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  276  CATTGCAGCCAAAGACGGCCGGATCCGTGAGGGAGACCGCATCATCCAGATTAACGGTGTAGACGTCCAGAACC  349

Query  593  GGGAAGAGGCGGTGGCCATCCTGAGCCAGGAAGAGAACACCAACATCTCCCTGCTGGTGGCCCGACCTGAGAGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  350  GGGAAGAGGCGGTGGCCATCCTGAGCCAGGAAGAGAACACCAACATCTCCCTGCTGGTGGCCCGACCTGAGAGT  423

Query  667  CAGCTGGCGAAAAGGTGGAAGGACAGCGACCGGGATGACTTCCTGGATGACTTTGGCTCTGAGAATGAGGGGGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  424  CAGCTGGCGAAAAGGTGGAAGGACAGCGACCGGGATGACTTCCTGGATGACTTTGGCTCTGAGAATGAGGGGGA  497

Query  741  GCTGCGTGCTCGTAAACTGAAATCACCCCCTGCCCAGCAGCCCGGAAACGAAGAGGAGAAGGGGGCTCCCGATG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  498  GCTGCGTGCTCGTAAACTGAAATCACCCCCTGCCCAGCAGCCCGGAAACGAAGAGGAGAAGGGGGCTCCCGATG  571

Query  815  CCGGCCCAGGCCTGAGCAACAGCCAGGAGCTGGACAGCGGGGTGGGCCGGACTGACGAGAGCACCCGGAACGAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  572  CCGGCCCAGGCCTGAGCAACAGCCAGGAGCTGGACAGCGGGGTGGGCCGGACTGACGAGAGCACCCGGAACGAA  645

Query  889  GAGAGCTCTGAGCACGACCTGCTGGGGGACGAACCCCCGAGCTCCACCAACACCCCGGGAAGCCTGCGCAAGTT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  646  GAGAGCTCTGAGCACGACCTGCTGGGGGACGAACCCCCGAGCTCCACCAACACCCCGGGAAGCCTGCGCAAGTT  719

Query  963  TGGCCTGCAAGGGGACGCCCTGCAGAGCCGGGACTTCCATTTCAGCATGGACTCTCTGCTGGCCGAGGGGGCGG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  720  TGGCCTGCAAGGGGACGCCCTGCAGAGCCGGGACTTCCATTTCAGCATGGACTCTCTGCTGGCCGAGGGGGCGG  793

Query 1037  GGCTGGGAGGGGGCGACGTCCCGGGCCTCACGGATGAGGAGTATGAGCGCTACCGTGAGCTCCTGGAGATCAAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  794  GGCTGGGAGGGGGCGACGTCCCGGGCCTCACGGATGAGGAGTATGAGCGCTACCGTGAGCTCCTGGAGATCAAG  867

Query 1111  TGCCACCTGGAGAACGGCAACCAGCTGGGCCTCCTCTTTCCCCGGGCCTCCGGAGGCAACAGCGCCCTGGACGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  868  TGCCACCTGGAGAACGGCAACCAGCTGGGCCTCCTCTTTCCCCGGGCCTCCGGAGGCAACAGCGCCCTGGACGT  941

Query 1185  CAACCGCAACGAGAGCCTGGGCCACGAGATGGCCATGCTGGAGGAGGAGCTAAGGCACCTGGAATTCAAGTGCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  942  CAACCGCAACGAGAGCCTGGGCCACGAGATGGCCATGCTGGAGGAGGAGCTAAGGCACCTGGAATTCAAGTGCC  1015

Query 1259  GCAACATACTGCGGGCGCAGAAGATGCAGCAGCTGCGTGAGCGCTGCATGAAGGCCTGGCTGCTGGAGGAGGAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016  GCAACATACTGCGGGCGCAGAAGATGCAGCAGCTGCGTGAGCGCTGCATGAAGGCCTGGCTGCTGGAGGAGGAG  1089

Query 1333  AGCCTCTACGACCTGGCGGCCAGCGAGCCCAAGAAGCACGAGCTGTCCGACATCTCCGAGCTGCCCGAGAAGTC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090  AGCCTCTACGACCTGGCGGCCAGCGAGCCCAAGAAGCACGAGCTGTCCGACATCTCCGAGCTGCCCGAGAAGTC  1163

Query 1407  GGACAAGGACAGCACCAGCGCCTACAACACTGGGGAGAGCTGCCGCAGCACCCCGCTGCTTGTGGAGCCCCTGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164  GGACAAGGACAGCACCAGCGCCTACAACACTGGGGAGAGCTGCCGCAGCACCCCGCTGCTTGTGGAGCCCCTGC  1237

Query 1481  CCGAGAGCCCCCTGCGGCGGGCCATGGCCGGCAACTCCAACTTGAACCGGACCCCTCCCGGCCCCGCTGTTGCC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238  CCGAGAGCCCCCTGCGGCGGGCCATGGCCGGCAACTCCAACTTGAACCGGACCCCTCCCGGCCCCGCTGTTGCC  1311

Query 1555  ACCCCCGCCAAGGCAGCTCCTCCACCGGGGAGCCCCGCCAAGTTCCGGTCCCTCTCCCGGGATCCTGAGGCCGG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312  ACCCCCGCCAAGGCAGCTCCTCCACCGGGGAGCCCCGCCAAGTTCCGGTCCCTCTCCCGGGATCCTGAGGCCGG  1385

Query 1629  CCGGAGGCAGCACGCGGAGGAGCGCGGCCGCCGCAACCCCAAGACGGGGTTGACCCTGGAGCGTGTGGGCCCTG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386  CCGGAGGCAGCACGCGGAGGAGCGCGGCCGCCGCAACCCCAAGACGGGGTTGACCCTGGAGCGTGTGGGCCCTG  1459

Query 1703  AAAGCAGCCCTTACCTCTCGCGGCGCCACCGCGGCCAGGGCCAGGAGGGCGAGCACTACCACAGCTGCGTGCAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460  AAAGCAGCCCTTACCTCTCGCGGCGCCACCGCGGCCAGGGCCAGGAGGGCGAGCACTACCACAGCTGCGTGCAG  1533

Query 1777  CTGGCCCCGACGCGAGGCCTGGAGGAGCTGGGCCACGGCCCCCTGAGCTTGGCCGGTGGCCCTCGGGTGGGCGG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534  CTGGCCCCGACGCGAGGCCTGGAGGAGCTGGGCCACGGCCCCCTGAGCTTGGCCGGTGGCCCTCGGGTGGGCGG  1607

Query 1851  GGTGGCGGCCGCGGCCACTGAAGCACCGCGCATGGAGTGGAAAGTGAAGGTGCGCAGCGACGGAACCCGCTACG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608  GGTGGCGGCCGCGGCCACTGAAGCACCGCGCATGGAGTGGAAAGTGAAGGTGCGCAGCGACGGAACCCGCTACG  1681

Query 1925  TGGCCAAGCGGCCCGTGCGAGATCGGCTGCTGAAAGCCCGTGCCCTGAAGATCCGGGAGGAGCGCAGCGGTATG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682  TGGCCAAGCGGCCCGTGCGAGATCGGCTGCTGAAAGCCCGTGCCCTGAAGATCCGGGAGGAGCGCAGCGGTATG  1755

Query 1999  ACGACCGACGACGACGCGGTGAGCGAGATGAAGATGGGCCGCTACTGGAGCAAGGAGGAGCGGAAGCAGCACCT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1756  ACGACCGACGACGACGCGGTGAGCGAGATGAAGATGGGCCGCTACTGGAGCAAGGAGGAGCGGAAGCAGCACCT  1829

Query 2073  GATCCGGGCCCGTGAGCAGCGGAAGCGGCGCGAGTTCATGATGCAGAGCCGGCTGGAGTGCCTGCGGGAGCAGC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830  GATCCGGGCCCGTGAGCAGCGGAAGCGGCGCGAGTTCATGATGCAGAGCCGGCTGGAGTGCCTGCGGGAGCAGC  1903

Query 2147  AGAATGGCGACAGCAAGCCCGAGCTCAACATCATTGCCCTGAGCCACCGCAAAACCATGAAGAAGCGGAACAAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904  AGAATGGCGACAGCAAGCCCGAGCTCAACATCATTGCCCTGAGCCACCGCAAAACCATGAAGAAGCGGAACAAG  1977

Query 2221  AAGATCCTGGACAACTGGATCACCATCCAGGAGATGCTGGCCCACGGCGCGCGCTCCGCCGATGGCAAGCGGGT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978  AAGATCCTGGACAACTGGATCACCATCCAGGAGATGCTGGCCCACGGCGCGCGCTCCGCCGATGGCAAGCGGGT  2051

Query 2295  CTACAACCCTCTTCTCTCAGTCACCACCGTG  2325
            |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052  CTACAACCCTCTTCTCTCAGTCACCACCGTG  2082