Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_12519
• Subject: NM_001350161.2
• Aligned Length: 2077
• Identities: 1849
• Gaps: 206

Alignment

Query    1  ATGGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGGAGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCTTTGG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGTCCTGGACAGTGTGGAAGCAGGAGACACAACACCTCCTACCAAAAGGAAGAGCAAGTTCTCAGGCTTTGG  74

Query   75  CAAGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGAGGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTTTTAG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAAGATCTTCAAGCCCTGGAAATGGAGGAAAAAAAAAAGTAGTGATAAATTTAAAGAGACTTCAGAAGTTTTAG  148

Query  149  AACGGAAAATATCTATGCGAAAGCCAAGAGAAGAGCTGGTTAAGAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGAGCAA  222
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AACGGAAAATATCTATGCGAAAGCCAAGAGAAGAGCTGGTTAAAAGAGGGGTTCTGTTGGAAGACCCTGAGCAA  222

Query  223  GGTGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAGCGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATGCCAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGTGGTGAGGATCCAGGAAAGCCAAGCGATGCCATGTTAAAGAATGGCCATACCACCCCCATAGGGAATGCCAG  296

Query  297  ATCATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGGAAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAAGAGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ATCATCTAGTCCAGTCCAAGTAGAGGAAGAGCCAGTAAGATTAGCAAGTCTTAGGAAAGCTATTCCAGAAGAGG  370

Query  371  ACCTAAAGAAACGACTAGGCTCAACTGGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGTACCC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ACCTAAAGAAACGACTAGGCTCAACTGGAAGCCAGCCTAATTCTGAAGCAGAGTCTGTTCCTGAGAATGTACCC  444

Query  445  AAACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAGACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGGATGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAACCACCTTTACTTCCTCCCAAAAGACCCTTGTCCTCTTCTCATGAAGCAAGTGAAGGGCAAGCAAAGGATGC  518

Query  519  CACTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGTTCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACTGCTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CACTTCCTCTGGCGGCACGGCAAGGTTCATCATCTCCACCTCCATCACCACAGCACCCGCTGCCACCACTGCTG  592

Query  593  CCACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAATCTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGCTCCT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCACAAGCCTTGCAAAGACTGTTAATCTCTCTGTCACCCCTTCCCCAGCACCCAGGACTCTGCCTGCTGCTCCT  666

Query  667  GCCAGCACTAACACTACTGCTACCCCAAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTCCCCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCCAGCACTAACACTACTGCTACCCCAAGCCTCACTCATATGGTCCCTGCCAAGCAGCCCCCTATCCCTCCCCC  740

Query  741  TAAACCAGCTCACAGAAATAGCAACCCTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTGTTAT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TAAACCAGCTCACAGAAATAGCAACCCTGTCATTGCTGAACTGTCCCAAGCAATAAACAGTGGTACATTGTTAT  814

Query  815  CAAAACCGTCCCCACCCTTACCACCTAAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGCTGCT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CAAAACCGTCCCCACCCTTACCACCTAAGAGAGGCATTCCATCAACCTCAGTACCCACCTTGGAGTCTGCTGCT  888

Query  889  GCCATCACCACAAAAACACCAAGTGATGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTACCAAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCCATCACCACAAAAACACCAAGTGATGAAAGAGAGAAGAGCACGTGTTCTATGGGCTCGGAACTACTACCAAT  962

Query  963  GATCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCCCACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCATTCC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GATCTCACCTCGCTCTCCGTCCCCCCCACTGCCTACTCATATACCTCCAGAGCCTCCACGCACCCCTCCATTCC  1036

Query 1037  CTGCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCAGAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCCCCAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTGCTAAGACTTTTCAAGTTGTGCCAGAAATTGAGTTTCCACCATCCTTAGATCTACACCAGGAGATTCCCCAG  1110

Query 1111  CAGGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCCCAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCTCTAG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CAGGAAGATCAGAAAAAGGAAGTCCCCAAGAGGATACTGGACCAGAACTTTGGGGAGCCCCATATACCCTCTAG  1184

Query 1185  GCTGCCTCCACTCCCACTGCATATTCGAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATTCTGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCTGCCTCCACTCCCACTGCATATTCGAATCCAGCAGGCCCTCACCAGCCCACTTCCCATGACTCCTATTCTGG  1258

Query 1259  AGGGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTGCTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCTGGGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGGGTTCTCACAGAGCTCATTCGTTGCTTTTTGAAAACAGTGACAGCTTTTCTGAGGACAGCAGTACGCTGGGT  1332

Query 1333  CGGACCAGGTCTCTTCCCATCACTATTGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAACCTG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CGGACCAGGTCTCTTCCCATCACTATTGAAATGCTAAAAGTTCCAGACGATGAAGAAGAAGAGGAGCAAACCTG  1406

Query 1407  TCCATCCACATTCAGTGAAGAAATGACACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAGGAAG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TCCATCCACATTCAGTGAAGAAATGACACCTACCTCAGTCATTCCTAAATTACCACAGTGTCTACGGGAGGAAG  1480

Query 1481  AAGAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCAGAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAGCTAT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AAGAGAAGGAGAGCGACTCTGATTCAGAAGGTCCCATTCAGTACCGAGATGAAGAAGATGAAGATGAAAGCTAT  1554

Query 1555  CAGAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAAGAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTGAACC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CAGAGTGCTCTCGCCAACAAAGTGAAGAGGAAAGACACACTGGCAATGAAGTTGAACCACAGACCCAGTGAACC  1628

Query 1629  AGAGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTTGTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGAAACA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGAGTTGAACCTGAATTCTTGGCCTTGTAAAAGCAAGGAGGAGTGGAATGAAATACGGCACCAGATTGGAAACA  1702

Query 1703  CACTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGACCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAAC---AATAT  1773
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||.||
Sbjct 1703  CACTGATCCGGCGACTGAGTCAAAGACCAACACCAGAAGAACTAGAACAACGCAATATATTGCAACCTAAAAAT  1776

Query 1774  -----------------AGA-----GTGAAATTTGGCCTTAAAAGTCTCCTCACTGAGAAGGTTTGG-------  1818
                             |||     |.||||       |||||.|||..|||||| ||||.|.|..|       
Sbjct 1777  GAAGCTGATCGTCAGGCAGAAAAACGAGAAA-------TTAAACGTCGGCTCACT-AGAAAGCTCAGTCAAAGG  1842

Query 1819  ---------GCT----TCCTTG---GGGCTATT-TG--------TGAGCATGTTCAG-----------------  1850
                     |||    ||||||   ||...||| ||        |||..||||..||                 
Sbjct 1843  CCAACTGTCGCTGAACTCCTTGCCAGGAAGATTCTGAGGTTTAATGAATATGTAGAGGTAACAGATGCTCAAGA  1916

Query 1851  -TCTGAC-----------CAATCCAT------------CCCCTGTTCTCTCAGCACT-ACTTGGC---------  1890
             |.||||           |||.||.|            ||||||           || ||..|||         
Sbjct 1917  TTATGACCGGCGAGCCGACAAACCTTGGACCAAACTGACCCCTG-----------CTGACAAGGCTGCCATAAG  1979

Query 1891  --------------------------------------------------------------------------  1890
                                                                                      
Sbjct 1980  AAAAGAATTAAATGAATTTAAAAGCTCCGAGATGGAGGTTCATGAAGAGAGCAAACATTTTACACGCTACCATC  2053

Query 1891  -----  1890
                 
Sbjct 2054  GTCCA  2058