Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_12570
• Subject: NM_001330301.2
• Aligned Length: 3171
• Identities: 2058
• Gaps: 1113

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAGTTCTCAACAGTTTCCTCGGTTAGGAGCCCCTTCTACCGGGCTGAGCCAGGCCCCTTCTCAGATTGCAAA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CAGTGGTTCTGCTGGATTGATAAACCCAGCTGCTACAGTCAATGATGAATCTGGTCGAGATTCTGAAGTCAGTG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCAGGGAGCACATGAGTTCCAGCAGCTCCCTCCAGTCCCGGGAGGAGAAGCAAGAGCCTGTTGTGGTAAGGCCC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  TATCCACAGGTGCAGATGTTGTCGACACACCATGCTGTCGCATCAGCCACACCTGTTGCAGTGACAGCCCCGCC  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  AGCACACCTGACGCCAGCAGTGCCACTTTCATTTTCGGAGGGACTTATGAAGCCGCCCCCGAAGCCCACCATGC  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  CTAGCCGTCCCATTGCTCCTGCTCCACCTTCTACCCTGTCACTTCCCCCCAAGGTTCCAGGGCAGGTTACCGTT  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  ACCATGGAGAGTAGCATCCCTCAAGCTTCAGCCATTCCTGTGGCAACAATCAGTGGACAACAGGGCCATCCCAG  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  TAACCTGCATCACATCATGACTACAAATGTGCAAATGTCTATCATCCGCAGCAATGCTCCTGGGCCCCCTCTTC  592

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  593  ACATTGGAGCTTCTCATTTACCTCGAGGTGCAGCTGCTGCTGCTGTGATGTCCAGTTCTAAAGTAACCACAGTC  666

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  667  CTGAGGCCGACCTCACAGCTGCCAAATGCTGCTACTGCTCAGCCAGCAGTACAGCACATCATTCACCAACCAAT  740

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  741  CCAGTCTCGGCCACCTGTGACCACCTCCAATGCCATCCCTCCTGCTGTGGTAGCAACTGTCTCAGCCACCAGAG  814

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  815  CTCAGTCTCCAGTCATCACTACGACAGCGGCGCATGCTACTGATTCAGCACTTAGTAGGCCAACCTTGTCTATC  888

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  889  CAGCATCCTCCATCTGCAGCAATCAGTATTCAGCGTCCTGCCCAGTCACGAGATGTCACAACAAGAATCACACT  962

Query    1  ----------------------------------------------ATGGCTCAGAAAACAATCTTCAGTACTG  28
                                                          ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACCATCTCACCCTGCATTAGGGACGCCAAAACAGCAGCTTCATACAATGGCTCAGAAAACAATCTTCAGTACTG  1036

Query   29  GCACGCCAGTGGCTGCAGCCACAGTAGCACCTATTTTGGCAACCAACACCATTCCTTCAGCGACCACAGCTGGA  102
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCACGCCAGTGGCTGCAGCCACAGTAGCACCTATTTTGGCAACCAACACCATTCCTTCAGCGACCACAGCTGGA  1110

Query  103  TCTGTGTCACACACGCAAGCTCCCACAAGTACCATTGTTACCATGACAGTACCCTCCCATTCCTCCCATGCTAC  176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TCTGTGTCACACACGCAAGCTCCCACAAGTACCATTGTTACCATGACAGTACCCTCCCATTCCTCCCATGCTAC  1184

Query  177  TGCTGTGACCACCTCAAACATCCCAGTCGCCAAGGTGGTGCCCCAGCAGATCACGCACACTTCTCCTCGGATCC  250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGCTGTGACCACCTCAAACATCCCAGTCGCCAAGGTGGTGCCCCAGCAGATCACGCACACTTCTCCTCGGATCC  1258

Query  251  AGCCAGACTACCCTGCCGAGAGGAGTAGCCTGATTCCCATCTCCGGACATCGGGCCTCTCCCAATCCTGTGGCC  324
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGCCAGACTACCCTGCCGAGAGGAGTAGCCTGATTCCCATCTCCGGACATCGGGCCTCTCCCAATCCTGTGGCC  1332

Query  325  ATGGAAACCCGAAGTGACAACAGACCGTCTGTTCCCGTTCAGTTCCAATATTTTTTGCCAACTTACCCCCCTTC  398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ATGGAAACCCGAAGTGACAACAGACCGTCTGTTCCCGTTCAGTTCCAATATTTTTTGCCAACTTACCCCCCTTC  1406

Query  399  TGCATACCCACTGGCGGCACATACCTACACCCCAATCACCAGTTCCGTGTCCACTATCCGACAGTATCCAGTTT  472
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGCATACCCACTGGCGGCACATACCTACACCCCAATCACCAGTTCCGTGTCCACTATCCGACAGTATCCAGTTT  1480

Query  473  CAGCTCAGGCTCCAAACTCTGCCATCACAGCTCAGACTGGTGTTGGGGTAGCGTCTACCGTCCACCTAAACCCC  546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CAGCTCAGGCTCCAAACTCTGCCATCACAGCTCAGACTGGTGTTGGGGTAGCGTCTACCGTCCACCTAAACCCC  1554

Query  547  ATGCAGTTGATGACAGTGGATGCATCGCATGCTCGACATATTCAAGGGATCCAGCCAGCACCCATCAGTACCCA  620
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ATGCAGTTGATGACAGTGGATGCATCGCATGCTCGACATATTCAAGGGATCCAGCCAGCACCCATCAGTACCCA  1628

Query  621  GGGTATCCAGCCGGCCCCCATTGGGACCCCAGGGATACAGCCTGCACCACTTGGCACACAGGGAATTCACTCAG  694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GGGTATCCAGCCGGCCCCCATTGGGACCCCAGGGATACAGCCTGCACCACTTGGCACACAGGGAATTCACTCAG  1702

Query  695  CAACCCCAATCAACACACAAGGGCTTCAGCCTGCACCTATGGGTACTCAGCAGCCTCAGCCTGAAGGAAAGACT  768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CAACCCCAATCAACACACAAGGGCTTCAGCCTGCACCTATGGGTACTCAGCAGCCTCAGCCTGAAGGAAAGACT  1776

Query  769  TCAGCAGTGGTGTTGGCAGATGGAGCCACAATTGTGGCCAACCCTATTAGCAATCCATTCAGTGCTGCTCCAGC  842
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TCAGCAGTGGTGTTGGCAGATGGAGCCACAATTGTGGCCAACCCTATTAGCAATCCATTCAGTGCTGCTCCAGC  1850

Query  843  AGCAACAACCGTGGTGCAGACCCACAGCCAGAGTGCTAGCACCAACGCTCCCGCCCAGGGCTCATCGCCACGGC  916
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AGCAACAACCGTGGTGCAGACCCACAGCCAGAGTGCTAGCACCAACGCTCCCGCCCAGGGCTCATCGCCACGGC  1924

Query  917  CAAGCATACTCCGGAAGAAACCTGCCACAGAT------------------------------------------  948
            ||||||||||||||||||||||||||||||||                                          
Sbjct 1925  CAAGCATACTCCGGAAGAAACCTGCCACAGATGGAATGGCAGTTCGGAAAACCCTCATTCCTCCTCAGCCTCCT  1998

Query  949  ---------------------------------------------------------------GGTGCCAAACC  959
                                                                           |||||||||||
Sbjct 1999  GATGTTGCTAGTCCTCGAGTGGAAAGCTCTATGCGGAGTACGTCTGGGTCACCTAGGCCTGCAGGTGCCAAACC  2072

Query  960  CAAGTCTGAAATCCACGTGTCTATGGCCACTCCGGTCACTGTGTCCATGGAGACTGTATCCAATCAAAATAATG  1033
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CAAGTCTGAAATCCACGTGTCTATGGCCACTCCGGTCACTGTGTCCATGGAGACTGTATCCAATCAAAATAATG  2146

Query 1034  ATCAGCCTACCATTGCCGTCCCTCCAACTGCCCAGCAGCCCCCACCGACCATTCCAACTATGATTGCAGCAGCC  1107
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  ATCAGCCTACCATTGCCGTCCCTCCAACTGCCCAGCAGCCCCCACCGACCATTCCAACTATGATTGCAGCAGCC  2220

Query 1108  AGTCCCCCGTCACAACCAGCCGTTGCCCTTTCAACCATTCCTGGAGCGGTCCCCATCACTCCACCCATCACCAC  1181
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AGTCCCCCGTCACAACCAGCCGTTGCCCTTTCAACCATTCCTGGAGCGGTCCCCATCACTCCACCCATCACCAC  2294

Query 1182  CATTGCAGCTGCACCACCTCCATCAGTCACTGTGGGTGGCAGTCTTTCCTCCGTCTTGGGCCCTCCCGTTCCTG  1255
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CATTGCAGCTGCACCACCTCCATCAGTCACTGTGGGTGGCAGTCTTTCCTCCGTCTTGGGCCCTCCCGTTCCTG  2368

Query 1256  AAATTAAAGTGAAAGAAGAAGTAGAACCAATGGATATCATGAGGCCAGTTTCTGCAGTTCCTCCACTGGCTACC  1329
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAATTAAAGTGAAAGAAGAAGTAGAACCAATGGATATCATGAGGCCAGTTTCTGCAGTTCCTCCACTGGCTACC  2442

Query 1330  AACACTGTGTCTCCATCTCTTGCATTGCTGGCAAACAACTTGTCCATGCCTACAAGTGACCTACCACCTGGTGC  1403
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  AACACTGTGTCTCCATCTCTTGCATTGCTGGCAAACAACTTGTCCATGCCTACAAGTGACCTACCACCTGGTGC  2516

Query 1404  CTCCCCAAGGAAAAAGCCTCGAAAGCAACAGCATGTGATCTCAACAGAAGAAGGTGACATGATGGAGACAAACA  1477
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CTCCCCAAGGAAAAAGCCTCGAAAGCAACAGCATGTGATCTCAACAGAAGAAGGTGACATGATGGAGACAAACA  2590

Query 1478  GCACTGATGATGAGAAGTCCACTGCCAAGAGTCTTCTGGTGAAGGCTGAGAAGCGCAAGTCTCCTCCCAAGGAG  1551
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GCACTGATGATGAGAAGTCCACTGCCAAGAGTCTTCTGGTGAAGGCTGAGAAGCGCAAGTCTCCTCCCAAGGAG  2664

Query 1552  TATATTGATGAGGAAGGTGTGAGATATGTCCCAGTGCGTCCAAGACCCCCCATTACTTTGCTTCGTCACTATCG  1625
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  TATATTGATGAGGAAGGTGTGAGATATGTCCCAGTGCGTCCAAGACCCCCCATTACTTTGCTTCGTCACTATCG  2738

Query 1626  GAACCCCTGGAAAGCTGCTTACCACCACTTTCAGAGGTACAGTGACGTCCGGGTCAAAGAGGAGAAGAAAGCTA  1699
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GAACCCCTGGAAAGCTGCTTACCACCACTTTCAGAGGTACAGTGACGTCCGGGTCAAAGAGGAGAAGAAAGCTA  2812

Query 1700  TGCTGCAGGAAATAGCTAATCAGAAAGGAGTATCCTGTCGTGCTCAAGGCTGGAAAGTCCACCTCTGTGCTGCC  1773
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  TGCTGCAGGAAATAGCTAATCAGAAAGGAGTATCCTGTCGTGCTCAAGGCTGGAAAGTCCACCTCTGTGCTGCC  2886

Query 1774  CAGTTACTACAGCTGACGAATCTAGAACATGATGTCTATGAAAGACTTACTAACCTGCAGGAAGGGATTATCCC  1847
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CAGTTACTACAGCTGACGAATCTAGAACATGATGTCTATGAAAGACTTACTAACCTGCAGGAAGGGATTATCCC  2960

Query 1848  AAAGAAAAAAGCAGCAACAGATGATGATCTCCACCGAATAAACGAACTGATACAGGGAAATATGCAGAGGTGTA  1921
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  AAAGAAAAAAGCAGCAACAGATGATGATCTCCACCGAATAAACGAACTGATACAGGGAAATATGCAGAGGTGTA  3034

Query 1922  AACTTGTGATGGATCAAATCAGTGAAGCCAGAGACTCCATGCTTAAGGTTTTAGATCATAAAGACCGTGTCCTG  1995
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  AACTTGTGATGGATCAAATCAGTGAAGCCAGAGACTCCATGCTTAAGGTTTTAGATCATAAAGACCGTGTCCTG  3108

Query 1996  AAGCTGCTTAACAAGAACGGGACTGTCAAAAAAGTGTCCAAATTGAAGCGAAAGGAAAAAGTC  2058
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  AAGCTGCTTAACAAGAACGGGACTGTCAAAAAAGTGTCCAAATTGAAGCGAAAGGAAAAAGTC  3171