Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_12651
• Subject: NM_001002292.3
• Aligned Length: 1662
• Identities: 1262
• Gaps: 372

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCTGGGGCAATTATAGAAAACATGAGCACCAAGAAGCTGTGCATTGTTGGTGGGATTCTGCTCGTGTTCCA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AATCATCGCCTTTCTGGTGGGAGGCTTGATTGGGCCCACAACGGCAGTGTCCTACATGTCGGTGAAATGTGTGG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ATGCCCGTAAGAACCATCACAAGACAAAATGGTTCGTGCCTTGGGGACCCAATCATTGTGACAAGATCCGAGAC  222

Query    1  ------------------------------------------------------------------------AT  2
                                                                                    ||
Sbjct  223  ATTGAAGAGGCAATTCCAAGGGAAATTGAAGCCAATGACATCGTGTTTTCTGTTCACATTCCCCTCCCCCACAT  296

Query    3  GGAGATGAGTCCTTGGTTCCAATTCATGCTGTTTATCCTGCAGCTGGACATTGCCTTCAAGCTAAACAACCAAA  76
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGAGATGAGTCCTTGGTTCCAATTCATGCTGTTTATCCTGCAGCTGGACATTGCCTTCAAGCTAAACAACCAAA  370

Query   77  TCAGAGAAAATGCAGAAGTCTCCATGGACGTTTCCCTGGCTTACCGTGATGACGCATTTGCTGAGTGGACTGAA  150
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCAGAGAAAATGCAGAAGTCTCCATGGACGTTTCCCTGGCTTACCGTGATGACGCGTTTGCTGAGTGGACTGAA  444

Query  151  ATGGCCCATGAAAGAGTACCACGGAAACTCAAATGCACCTTCACATCTCCCAAGACTCCAGAGCATGAGGGCCG  224
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATGGCCCATGAAAGAGTACCACGGAAACTCAAATGCACCTTCACATCTCCCAAGACTCCAGAGCATGAGGGCCG  518

Query  225  TTACTATGAATGTGATGTCCTTCCTTTCATGGAAATTGGGTCTGTGGCCCATAAGTTTTACCTTTTAAACATCC  298
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTACTATGAATGTGATGTCCTTCCTTTCATGGAAATTGGGTCTGTGGCCCATAAGTTTTACCTTTTAAACATCC  592

Query  299  GGCTGCCTGTGAATGAGAAGAAGAAAATCAATGTGGGAATTGGGGAGATAAAGGATATCCGGTTGGTGGGGATC  372
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GGCTGCCTGTGAATGAGAAGAAGAAAATCAATGTGGGAATTGGGGAGATAAAGGATATCCGGTTGGTGGGGATC  666

Query  373  CACCAAAATGGAGGCTTCACCAAGGTGTGGTTTGCCATGAAGACCTTCCTTACGCCCAGCATCTTCATCATTAT  446
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CACCAAAATGGAGGCTTCACCAAGGTGTGGTTTGCCATGAAGACCTTCCTTACGCCCAGCATCTTCATCATTAT  740

Query  447  GGTGTGGTATTGGAGGAGGATCACCATGATGTCCCGACCCCCAGTGCTTCTGGAAAAAGTCATCTTTGCCCTTG  520
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGTGTGGTATTGGAGGAGGATCACCATGATGTCCCGACCCCCAGTGCTTCTGGAAAAAGTCATCTTTGCCCTTG  814

Query  521  GGATTTCCATGACCTTTATCAATATCCCAGTGGAATGGTTTTCCATCGGGTTTGACTGGACCTGGATGCTGCTG  594
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGATTTCCATGACCTTTATCAATATCCCAGTGGAATGGTTTTCCATCGGGTTTGACTGGACCTGGATGCTGCTG  888

Query  595  TTTGGTGACATCCGACAGGGCATCTTCTATGCGATGCTTCTGTCCTTCTGGATCATCTTCTGTGGCGAGCACAT  668
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TTTGGTGACATCCGACAGGGCATCTTCTATGCGATGCTTCTGTCCTTCTGGATCATCTTCTGTGGCGAGCACAT  962

Query  669  GATGGATCAGCACGAGCGGAACCACATCGCAGGGTATTGGAAGCAAGTCGGACCCATTGCCGTTGGCTCCTTCT  742
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GATGGATCAGCACGAGCGGAACCACATCGCAGGGTATTGGAAGCAAGTCGGACCCATTGCCGTTGGCTCCTTCT  1036

Query  743  GCCTCTTCATATTTGACATGTGTGAGAGAGGGGTACAACTCACGAATCCCTTCTACAGTATCTGGACTACAGAC  816
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GCCTCTTCATATTTGACATGTGTGAGAGAGGGGTACAACTCACGAATCCCTTCTACAGTATCTGGACTACAGAC  1110

Query  817  ATTGGAACAGAGCTGGCCATGGCCTTCATCATCGTGGCTGGAATCTGCCTCTGCCTCTACTTCCTGTTTCTATG  890
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  ATTGGAACAGAGCTGGCCATGGCCTTCATCATCGTGGCTGGAATCTGCCTCTGCCTCTACTTCCTGTTTCTATG  1184

Query  891  CTTCATGGTATTTCAGGTGTTTCGGAACATCAGTGGGAAGCAGTCCAGCCTGCCAGCTATGAGCAAAGTCCGGC  964
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CTTCATGGTATTTCAGGTGTTTCGGAACATCAGTGGGAAGCAGTCCAGCCTGCCAGCTATGAGCAAAGTCCGGC  1258

Query  965  GGCTACACTATGAGGGGCTAATTTTTAGGTTCAAGTTCCTCATGCTTATCACCTTGGCCTGCGCTGCCATGACT  1038
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GGCTACACTATGAGGGGCTAATTTTTAGGTTCAAGTTCCTCATGCTTATCACCTTGGCCTGCGCTGCCATGACT  1332

Query 1039  GTCATCTTCTTCATCGTTAGTCAGGTAACGGAAGGCCATTGGAAATGGGGCGGCGTCACAGTCCAAGTGAACAG  1112
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GTCATCTTCTTCATCGTTAGTCAGGTAACGGAAGGCCATTGGAAATGGGGCGGCGTCACAGTCCAAGTGAACAG  1406

Query 1113  TGCCTTTTTCACAGGCATCTATGGGATGTGGAATCTGTATGTCTTTGCTCTGATGTTCTTGTATGCACCATCCC  1186
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGCCTTTTTCACAGGCATCTATGGGATGTGGAATCTGTATGTCTTTGCTCTGATGTTCTTGTATGCACCATCCC  1480

Query 1187  ATAAAAACTATGGAGAAGACCAGTCCAATGG----------CGATCT-------GGG-----TGTCCATAGTGG  1238
            |||||||||||||||||||||||||||||||          |.||.|       |||     |||.|.|.||..
Sbjct 1481  ATAAAAACTATGGAGAAGACCAGTCCAATGGAATGCAACTCCCATGTAAATCGAGGGAAGATTGTGCTTTGTTT  1554

Query 1239  G--------------GAAGAACTCCAGCTCACCACCACTA---------TCACCCATGTGGACGGACCCACTGA  1289
            |              .|||||.|   |.|||.|.|..|.|         |||.|.|||...|||.|.|..|||.
Sbjct 1555  GTTTCGGAACTTTATCAAGAATT---GTTCAGCGCTTCGAAATATTCCTTCATCAATGACAACGCAGCTTCTGG  1625

Query 1290  GATCTACAAGTTGACCCGCAAGGAGGCCCAGGAG  1323
            .||.                              
Sbjct 1626  TATT------------------------------  1629