Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13005
• Subject: NM_001270696.2
• Aligned Length: 2538
• Identities: 2307
• Gaps: 231

Alignment

Query    1  ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATATTGAGGTGGAATATGATTATGAATA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATATTGAGGTGGAATATGATTATGAATA  74

Query   75  TGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGATAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGATAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACT  148

Query  149  GGTGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCAGTATGTGAAGGAGGTCACGCGC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGTGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCAGTATGTGAAGGAGGTCACGCGC  222

Query  223  AAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGGTAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGGTAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCA  296

Query  297  TCTTCAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGGAAAGCCATCGTCATCTGTTC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCTTCAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGGAAAGCCATCGTCATCTGTTC  370

Query  371  AAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATCAGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATCAGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTA  444

Query  445  AGCCTGGACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAAAGTTTCCAGCCAGAATAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGCCTGGACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAAAGTTTCCAGCCAGAATAG  518

Query  519  GACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAGAGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAAT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAGAGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAAT  592

Query  593  CTTGTGATTCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGATGAACTTAGCAGCAGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTTGTGATTCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGATGAACTTAGCAGCAGC  666

Query  667  TCCACTGAACAGATAAGGGCAACCACACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TCCACTGAACAGATAAGGGCAACCACACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCA  740

Query  741  AGAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGCAATTCAGATTAATGGAGAATGGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGCAATTCAGATTAATGGAGAATGGG  814

Query  815  AAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTTGCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTTGCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCT  888

Query  889  CGTTGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGATCAAG----------------  946
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
Sbjct  889  CGTTGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGATCAAGAGCTTCTTTCATCGGA  962

Query  947  --------------------------------------------------------------------------  946
                                                                                      
Sbjct  963  AGAAAACTACTACAGCACTTCTTACAGCCAGTCAGATAGTCAGTGTGGTTCTCCTCCAAGGGGTTGGTCAGAAG  1036

Query  947  ---------------------------------------------------AGTGGCTCAAGCATGTTGATGAT  969
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGTTGGATGAACGTGGGCATACCTTATATACCAGTGACTATACTAATGAAAAGTGGCTCAAGCATGTTGATGAT  1110

Query  970  CAAGGTAGACAATATTACTACAGTGCAGACGGATCTCGGTCAGAATGGGAATTGCCAAAGTATAATGCTTCATC  1043
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CAAGGTAGACAATATTACTACAGTGCAGACGGATCTCGGTCAGAATGGGAATTGCCAAAGTATAATGCTTCATC  1184

Query 1044  CCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAGGAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTAACAAAGT  1117
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAGGAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTAACAAAGT  1258

Query 1118  GGAGACATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGATAAGGAATCTCCAACTGCCTCAAAACCCTGCTTTCCTGAA  1191
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||                                       
Sbjct 1259  GGAGACATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGAT---------------------------------------  1293

Query 1192  AATGAGTCTTCTCCCTCCTCACCAAAGCACCAAGATACAGCCAGCAGTCCAAAGGATCAAGAGAAATATGGATT  1265
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1294  ---------------------------------------------------AAGGATCAAGAGAAATATGGATT  1316

Query 1266  ATTAAATGTAACAAAAATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCGAAAGAACTGGTTGTCTTCTTGGGCGGTGTTGC  1339
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317  ATTAAATGTAACAAAAATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCGAAAGAACTGGTTGTCTTCTTGGGCGGTGTTGC  1390

Query 1340  AGGGTTCATCTTTACTTTTTACCAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGGTTTGGCAGTAATCAGTCCAAACCA  1413
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391  AGGGTTCATCTTTACTTTTTACCAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGGTTTGGCAGTAATCAGTCCAAACCA  1464

Query 1414  GAGTTCACAGTGGACCTCAAGGGGGCAACAATTGAGATGGCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGAATGTATT  1487
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465  GAGTTCACAGTGGACCTCAAGGGGGCAACAATTGAGATGGCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGAATGTATT  1538

Query 1488  TGAGCTGAAAACTCGTCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTGTTATTAATGATTGGTTTA  1561
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539  TGAGCTGAAAACTCGTCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTGTTATTAATGATTGGTTTA  1612

Query 1562  AAGTTCTTAGTAGTACAATCAATAATCAGGCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACCGGATTCA  1635
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613  AAGTTCTTAGTAGTACAATCAATAATCAGGCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACCGGATTCA  1686

Query 1636  CCAGGAATAGAAAAGCATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAAAGCTTCGTTCCTTTAAAGTATCTAG  1709
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687  CCAGGAATAGAAAAGCATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAAAGCTTCGTTCCTTTAAAGTATCTAG  1760

Query 1710  CATAGATTCTTCAGAACAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCACTTTGCAAG  1783
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761  CATAGATTCTTCAGAACAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCACTTTGCAAG  1834

Query 1784  CTGTTCGTGAAAAAGGTTATATTAAAGATCAGGTATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAGAGAGAAT  1857
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835  CTGTTCGTGAAAAAGGTTATATTAAAGATCAGGTATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAGAGAGAAT  1908

Query 1858  GGCACAGTACCAAAGTTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATGGTTTGGATATTGATGGGATATA  1931
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909  GGCACAGTACCAAAGTTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATGGTTTGGATATTGATGGGATATA  1982

Query 1932  CAGAGTAAGTGGCAACCTCGCAGTGATCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATGATGAGAAATTGGACTTGA  2005
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983  CAGAGTAAGTGGCAACCTCGCAGTGATCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATGATGAGAAATTGGACTTGA  2056

Query 2006  ATGACAGTAAATGGGAAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCTCAAAATGTTTTTTCGAGAATTACCAGAACCT  2079
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057  ATGACAGTAAATGGGAAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCTCAAAATGTTTTTTCGAGAATTACCAGAACCT  2130

Query 2080  CTTTTTACATTTAATCATTTTAATGATTTTGTTAATGCAATTAAGCAAGAACCAAGACAGCGAGTCGCTGCTGT  2153
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2131  CTTTTTACATTTAATCATTTTAATGATTTTGTTAATGCAATTAAGCAAGAACCAAGACAGCGAGTCGCTGCTGT  2204

Query 2154  TAAGGACCTAATCAGACAGTTGCCAAAGCCAAACCAAGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTCAGAAGAG  2227
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205  TAAGGACCTAATCAGACAGTTGCCAAAGCCAAACCAAGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTCAGAAGAG  2278

Query 2228  TTATAGAAAATGGAGAGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTTTTTGGTCCCACTCTATTAAAA  2301
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279  TTATAGAAAATGGAGAGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTTTTTGGTCCCACTCTATTAAAA  2352

Query 2302  CCAGAAAAAGAGACTGGTAATATAGCAGTTCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTCTTCTGGA  2375
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2353  CCAGAAAAAGAGACTGGTAATATAGCAGTTCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTCTTCTGGA  2426

Query 2376  ACTGAGTTCCATCTTCGGACGT  2397
            ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2427  ACTGAGTTCCATCTTCGGACGT  2448