Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13005
• Subject: NM_029277.2
• Aligned Length: 2538
• Identities: 2051
• Gaps: 240

Alignment

Query    1  ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATATTGAGGTGGAATATGATTATGAATA  74
                  |||||.||.||||||||.|||||.|.|.|||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct    1  ------ATGGCCGAGAGAAGTGGAAAGATCACTGCAGGACAAGCGTATATTGAGGTGGAGTATGATTATGAGTA  68

Query   75  TGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGATAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACT  148
            |||.|||||||||||||||||||||||.|.||||||||||.|.|||.||.|||||||.||||||||||||||||
Sbjct   69  TGACGCAAAGGACAGAAAGATTGTGATCAGACAAGGGGAGCGCTACCTCCTGGTGAAGAAGACCAATGATGACT  142

Query  149  GGTGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCAGTATGTGAAGGAGGTCACGCGC  222
            ||||||||||||..||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct  143  GGTGGCAAGTCAGACCTGATGAGAACTCAAAAGCATTTTATGTGCCAGCACAGTATGTCAAGGAGGTCACTCGC  216

Query  223  AAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGGTAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCA  296
            ||||||||.|||||||||||.|||||||.|.|.||.||||||||||||||.|.|||.|.|||.||||||.||||
Sbjct  217  AAAGCTCTGATGCCACCTGTGAAGCAGGCAACAGGACTGCCAAATAACTCTATGAAGACAATACAGAGTATGCA  290

Query  297  TCTTCAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGGAAAGCCATCGTCATCTGTTC  370
            |||.||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  291  TCTCCAGAGATCGACAGAAAATGTGAACAAAATGCCTGAGCTTTCAAGTTTTGGAAAGCCATCGTCATCTGTTC  364

Query  371  AAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATCAGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTA  444
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||.|||||||..|||.||||||.||||||||
Sbjct  365  AAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATCAGAATTTCGGATCCAATTATAATTCAGGCCAGACTCTCAACCTA  438

Query  445  AGCCTGGACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAAAGTTTCCAGCCAGAATAG  518
            |||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  439  AGCCTGGACCTGACCCATAATAATGGAAAGTTTAACAGTGACTCACATTCTCCTAAAGTTTCCAGCCAGAATAG  512

Query  519  GACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAGAGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAAT  592
            ||||||||.||||||||||||||||||.||||||||||||||..|||||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct  513  GACACGCTTATTTGGTCATTTTCCCGGGCCAGAGTTCTTGGACATAGAGAAAACTAGCTTCTCTCAGGAACAGT  586

Query  593  CTTGTGATTCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGATGAACTTAGCAGCAGC  666
            |.|||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct  587  CATGTGACTCAGCTGGAGAAGGCTCCGAAAGAATACAGCAGGATTCCGAGTCTGGAGATGAACTTAGCAGCAGC  660

Query  667  TCCACTGAACAGATAAGGGCAACCACACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCA  740
            ||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct  661  TCCACTGAGCAGATGAGGGCAACCACACCCCCTAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCAGTCTATGCTAACCTACA  734

Query  741  AGAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGCAATTCAGATTAATGGAGAATGGG  814
            .||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||..|||||||.|||||||
Sbjct  735  GGAACTGAAAATATCACAGTCTGCTCTTCCTCCTCTTCCTGGGAGCCCAGCAATTCAAGTTAATGGGGAATGGG  808

Query  815  AAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTTGCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCT  888
            |.|||||.||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||.|....||.|||||..||||.||||||||.|||
Sbjct  809  AGACTCACAAAGACAGTTCAGGCCGTTGTTACTACTATAACCGCACAACCCAGGAGCGAACCTGGAAACCACCT  882

Query  889  CGTTGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGATCAAG----------------  946
            ||.|||.||||.||||..||||..|||   .|||||||.||.|..|||||.||.||||                
Sbjct  883  CGATGGGCTCGAGATGTGAGCACAAGC---CGAGATTTTCAGAGCCCAGGAGAGCAAGAGCCTCTTTCATCAGA  953

Query  947  --------------------------------------------------------------------------  946
                                                                                      
Sbjct  954  AGAAAACTACCACAGCAGTTGTTTCAGCCAGTCAGATAGTCAGTGTGGCTCTCCTCCCAGGGGTTGGTCAGAAG  1027

Query  947  ---------------------------------------------------AGTGGCTCAAGCATGTTGATGAT  969
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028  AGCTGGATGAACGTGGGCATACCTTGTATACCAGTGACTATACTAAGGAAAAGTGGCTCAAGCATGTTGATGAT  1101

Query  970  CAAGGTAGACAATATTACTACAGTGCAGACGGATCTCGGTCAGAATGGGAATTGCCAAAGTATAATGCTTCATC  1043
            |||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102  CAAGGTAGACAGTATTACTACAGCGCAGATGGATCTCGGTCAGAGTGGGAATTGCCAAAGTATAATGCTTCATC  1175

Query 1044  CCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAGGAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTAACAAAGT  1117
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct 1176  TCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAGGAGCTTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTGTTAACTAAAT  1249

Query 1118  GGAGACATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGATAAGGAATCTCCAACTGCCTCAAAACCCTGCTTTCCTGAA  1191
            |||||||||||||||||||.|||||                 |||||||..|                      
Sbjct 1250  GGAGACATAGCACCATTGTGTTGGA-----------------CTCCAACGAC----------------------  1284

Query 1192  AATGAGTCTTCTCCCTCCTCACCAAAGCACCAAGATACAGCCAGCAGTCCAAAGGATCAAGAGAAATATGGATT  1265
                                                               ||||.|||.||||||||||||.|
Sbjct 1285  ---------------------------------------------------AAGGGTCAGGAGAAATATGGACT  1307

Query 1266  ATTAAATGTAACAAAAATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCGAAAGAACTGGTTGTCTTCTTGGGCGGTGTTGC  1339
            .||||||||||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||
Sbjct 1308  GTTAAATGTAACAAAAATTACTGAAAATGGGAAAAAAGTTCGAAAGAACTGGTTGTCTTCTTGGGCAGTGCTGC  1381

Query 1340  AGGGTTCATCTTTACTTTTTACCAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGGTTTGGCAGTAATCAGTCCAAACCA  1413
            |||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1382  AGGGTTCGTCTTTACTTTTTACGAAAACTCAAGGAAGTAGTACAAGCTGGTTTGGGAGTAATCAGTCCAAACCA  1455

Query 1414  GAGTTCACAGTGGACCTCAAGGGGGCAACAATTGAGATGGCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGAATGTATT  1487
            ||.||||||||||||||.|||||||||...|||||.|||||.||||||||.|||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 1456  GAATTCACAGTGGACCTGAAGGGGGCAGTGATTGAAATGGCATCAAAGGACAAATCGAGCAAGAAGAATGTATT  1529

Query 1488  TGAGCTGAAAACTCGTCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTGTTATTAATGATTGGTTTA  1561
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||..|||||||||||||||||||||
Sbjct 1530  TGAGCTGAAAACTCGACAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGATAATGATGCTGTTATTAATGATTGGTTTA  1603

Query 1562  AAGTTCTTAGTAGTACAATCAATAATCAGGCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACCGGATTCA  1635
            ||||||||||||||||.||||||||.||||.||.|||..|.|||||||.|..|||||||||.|.|||.||||||
Sbjct 1604  AAGTTCTTAGTAGTACTATCAATAACCAGGTAGCAGAGGCCGATGAAGCAGCTGAAGAGGAAACACCAGATTCA  1677

Query 1636  CCAGGAATAGAAAAGCATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAAAGCTTCGTTCCTTTAAAGTATCTAG  1709
            |||||..|||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|..|||||.|||||.||..|.||||.|||.||
Sbjct 1678  CCAGGGGTAGAAAAGCATGATAAAGAAAAGGACCAGAAGGAGCTTAAAAAACTTCGCTCAATGAAAGGATCCAG  1751

Query 1710  CATAGATTCTTCAGAACAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCACTTTGCAAG  1783
            |||.|||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1752  CATGGATTCTTCAGAGCAGAAGAAAACTAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACCCGGCGCCCCACTTTGCAAG  1825

Query 1784  CTGTTCGTGAAAAAGGTTATATTAAAGATCAGGTATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAGAGAGAAT  1857
            ||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1826  CTGTTCGTGAGAAAGGTTATATCAAAGATCAAGTATTTGGATCTAATCTTGCTAATCTGTGTCAGAGGGAGAAT  1899

Query 1858  GGCACAGTACCAAAGTTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATGGTTTGGATATTGATGGGATATA  1931
            ||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||.|||.|||||||.||.||
Sbjct 1900  GGGACAGTGCCAAAGTTTGTGAAGTTATGCATTGAGCATGTCGAAGAGCATGGTTTAGATGTTGATGGTATTTA  1973

Query 1932  CAGAGTAAGTGGCAACCTCGCAGTGATCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATGATGAGAAATTGGACTTGA  2005
            ||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1974  CAGAGTGAGTGGCAACCTTGCCGTGATCCAGAAGCTGAGGTTCGCAGTCAATCATGATGAGAAGTTGGACTTGA  2047

Query 2006  ATGACAGTAAATGGGAAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCTCAAAATGTTTTTTCGAGAATTACCAGAACCT  2079
            |||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2048  ATGACAGTAAATGGGAAGACATTCATGTCATCACGGGAGCACTCAAAATGTTTTTTCGAGAACTACCAGAACCT  2121

Query 2080  CTTTTTACATTTAATCATTTTAATGATTTTGTTAATGCAATTAAGCAAGAACCAAGACAGCGAGTCGCTGCTGT  2153
            ||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||.||||.||
Sbjct 2122  CTTTTTACGTTTAATCATTTCAATGATTTTGTTAATGCAATTAAACAAGAACCGAGACAGCGTGTCACTGCAGT  2195

Query 2154  TAAGGACCTAATCAGACAGTTGCCAAAGCCAAACCAAGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTCAGAAGAG  2227
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||..|||||||||.|||.|
Sbjct 2196  TAAGGACCTAATCAGACAGTTGCCAAAGCCAAATCAAGATACAATGCAGATTCTGTTTAGACATCTCAAAAGGG  2269

Query 2228  TTATAGAAAATGGAGAGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTTTTTGGTCCCACTCTATTAAAA  2301
            ||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||..||||.
Sbjct 2270  TTATAGAAAATGGAGAAAAAAACCGAATGACCTATCAGAGCATAGCGATTGTTTTTGGCCCCACCCTTCTAAAG  2343

Query 2302  CCAGAAAAAGAGACTGGTAATATAGCAGTTCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTCTTCTGGA  2375
            |||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||..|.|||||.|||||
Sbjct 2344  CCAGAAAGAGAGACTGGTAATATAGCAGTTCATACTGTGTACCAGAACCAGATTGTAGAGCTGATTCTCCTGGA  2417

Query 2376  ACTGAGTTCCATCTTCGGACGT  2397
            |.|.||..|..||||.||||||
Sbjct 2418  ATTAAGCACTGTCTTTGGACGT  2439