Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13006
• Subject: NM_001270698.2
• Aligned Length: 2523
• Identities: 2307
• Gaps: 216

Alignment

Query    1  ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATATTGAGGTGGAATATGATTATGAATA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATATTGAGGTGGAATATGATTATGAATA  74

Query   75  TGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGATAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGATAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACT  148

Query  149  GGTGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCAGTATGTGAAGGAGGTCACGCGC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGTGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCAGTATGTGAAGGAGGTCACGCGC  222

Query  223  AAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGGTAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGGTAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCA  296

Query  297  TCTTCAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGGAAAGCCATCGTCATCTGTTC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCTTCAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGGAAAGCCATCGTCATCTGTTC  370

Query  371  AAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATCAGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATCAGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTA  444

Query  445  AGCCTGGACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAAAGTTTCCAGCCAGAATAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGCCTGGACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAAAGTTTCCAGCCAGAATAG  518

Query  519  GACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAGAGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAAT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAGAGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAAT  592

Query  593  CTTGTGATTCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGATGAACTTAGCAGCAGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTTGTGATTCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGATGAACTTAGCAGCAGC  666

Query  667  TCCACTGAACAGATAAGGGCAACCACACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TCCACTGAACAGATAAGGGCAACCACACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCA  740

Query  741  AGAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGCAATTCAGATTAATGGAGAATGGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGCAATTCAGATTAATGGAGAATGGG  814

Query  815  AAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTTGCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTTGCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCT  888

Query  889  CGTTGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGATCAAGAGCTTCTTTCATCGGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
Sbjct  889  CGTTGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGATCAAG----------------  946

Query  963  AGAAAACTACTACAGCACTTCTTACAGCCAGTCAGATAGTCAGTGTGGTTCTCCTCCAAGGGGTTGGTCAGAAG  1036
                                                                                      
Sbjct  947  --------------------------------------------------------------------------  946

Query 1037  AGTTGGATGAACGTGGGCATACCTTATATACCAGTGACTATACTAATGAAAAGTGGCTCAAGCATGTTGATGAT  1110
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct  947  ---------------------------------------------------AGTGGCTCAAGCATGTTGATGAT  969

Query 1111  CAAGGTAGACAATATTACTACAGTGCAGACGGATCTCGGTCAGAATGGGAATTGCCAAAGTATAATGCTTCATC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  970  CAAGGTAGACAATATTACTACAGTGCAGACGGATCTCGGTCAGAATGGGAATTGCCAAAGTATAATGCTTCATC  1043

Query 1185  CCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAGGAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTAACAAAGT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044  CCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAGGAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTAACAAAGT  1117

Query 1259  GGAGACATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGATAAGGAATCTCCAACTGCCTCAAAACCCTGCTTTCCTGAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                    
Sbjct 1118  GGAGACATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGATAAG------------------------------------  1155

Query 1333  AATGAGTCTTCTCCCTCCTCACCAAAGCACCAAGATACAGATCAAGAGAAATATGGATTATTAAATGTAACAAA  1406
                                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156  ---------------------------------------GATCAAGAGAAATATGGATTATTAAATGTAACAAA  1190

Query 1407  AATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCGAAAGAACTGGTTGTCTTCTTGGGCGGTGTTGCAGGGTTCATCTTTAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191  AATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCGAAAGAACTGGTTGTCTTCTTGGGCGGTGTTGCAGGGTTCATCTTTAC  1264

Query 1481  TTTTTACCAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGGTTTGGCAGTAATCAGTCCAAACCAGAGTTCACAGTGGAC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265  TTTTTACCAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGGTTTGGCAGTAATCAGTCCAAACCAGAGTTCACAGTGGAC  1338

Query 1555  CTCAAGGGGGCAACAATTGAGATGGCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGAATGTATTTGAGCTGAAAACTCG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339  CTCAAGGGGGCAACAATTGAGATGGCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGAATGTATTTGAGCTGAAAACTCG  1412

Query 1629  TCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTGTTATTAATGATTGGTTTAAAGTTCTTAGTAGTA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1413  TCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTGTTATTAATGATTGGTTTAAAGTTCTTAGTAGTA  1486

Query 1703  CAATCAATAATCAGGCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACCGGATTCACCAGGAATAGAAAAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487  CAATCAATAATCAGGCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACCGGATTCACCAGGAATAGAAAAG  1560

Query 1777  CATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAAAGCTTCGTTCCTTTAAAGTATCTAGCATAGATTCTTCAGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561  CATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAAAGCTTCGTTCCTTTAAAGTATCTAGCATAGATTCTTCAGA  1634

Query 1851  ACAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCACTTTGCAAGCTGTTCGTGAAAAAG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1635  ACAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCACTTTGCAAGCTGTTCGTGAAAAAG  1708

Query 1925  GTTATATTAAAGATCAGGTATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAGAGAGAATGGCACAGTACCAAAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1709  GTTATATTAAAGATCAGGTATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAGAGAGAATGGCACAGTACCAAAG  1782

Query 1999  TTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATGGTTTGGATATTGATGGGATATACAGAGTAAGTGGCAA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1783  TTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATGGTTTGGATATTGATGGGATATACAGAGTAAGTGGCAA  1856

Query 2073  CCTCGCAGTGATCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATGATGAGAAATTGGACTTGAATGACAGTAAATGGG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857  CCTCGCAGTGATCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATGATGAGAAATTGGACTTGAATGACAGTAAATGGG  1930

Query 2147  AAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCTCAAAATGTTTTTTCGAGAATTACCAGAACCTCTTTTTACATTTAAT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931  AAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCTCAAAATGTTTTTTCGAGAATTACCAGAACCTCTTTTTACATTTAAT  2004

Query 2221  CATTTTAATGATTTTGTTAATGCAATTAAGCAAGAACCAAGACAGCGAGTCGCTGCTGTTAAGGACCTAATCAG  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2005  CATTTTAATGATTTTGTTAATGCAATTAAGCAAGAACCAAGACAGCGAGTCGCTGCTGTTAAGGACCTAATCAG  2078

Query 2295  ACAGTTGCCAAAGCCAAACCAAGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTCAGAAGAGTTATAGAAAATGGAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2079  ACAGTTGCCAAAGCCAAACCAAGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTCAGAAGAGTTATAGAAAATGGAG  2152

Query 2369  AGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTTTTTGGTCCCACTCTATTAAAACCAGAAAAAGAGACT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153  AGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTTTTTGGTCCCACTCTATTAAAACCAGAAAAAGAGACT  2226

Query 2443  GGTAATATAGCAGTTCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTCTTCTGGAACTGAGTTCCATCTT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2227  GGTAATATAGCAGTTCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTCTTCTGGAACTGAGTTCCATCTT  2300

Query 2517  CGGACGT  2523
            |||||||
Sbjct 2301  CGGACGT  2307