Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13037
• Subject: NM_001286250.1
• Aligned Length: 1875
• Identities: 1278
• Gaps: 588

Alignment

Query    1  ATGCCGTCTGAACGCTGCCTCAGTATTCAAGAAATGCTGACAGGCCAGAGGCTCTGCCACTCCGAATCTCACAA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCGTCTGAACGCTGCCTCAGTATTCAAGAAATGCTGACAGGCCAGAGGCTCTGCCACTCCGAATCTCACAA  74

Query   75  TGACAGTGTCCTGGCAGCGCTGAATCAGCAGAGGAGTGATGGCATCCTCTGCGACATCACCCTGATTGCTGAGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGACAGTGTCCTGGCAGCGCTGAATCAGCAGAGGAGTGATGGCATCCTCTGCGACATCACCCTGATTGCTGAGG  148

Query  149  AACAGAAATTCCATGCTCACAAGGCAGTCCTAGCAGCATGCAGTGACTATTTCCGGGCAATGTTCAGTCTTTGT  222
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
Sbjct  149  AACAGAAATTCCATGCTCACAAGGCAGTCCTAGCAGCATGCAGTGACTATTTCCG-------------------  203

Query  223  ATGGTGGAAAGTGGAGCTGATGAGGTTAATTTGCACGGTGTGACCAGCCTTGGCTTAAAGCAGGCTCTGGAGTT  296
                                                                                      
Sbjct  204  --------------------------------------------------------------------------  203

Query  297  TGCATACACAGGACAGATTTTGCTGGAGCCAGGTGTGATCCAGGATGTGCTAGCAGCGGGCAGTCACCTACAGC  370
                           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  204  ---------------GATTTTGCTGGAGCCAGGTGTGATCCAGGATGTGCTAGCAGCGGGCAGTCACCTACAGC  262

Query  371  TGTTGGAGCTTCTCAATTTATGCTCCCACTATCTCATCCAGGAATTAAATAGCTTTAATTACTTGGATCTGTAC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  263  TGTTGGAGCTTCTCAATTTATGCTCCCACTATCTCATCCAGGAATTAAATAGCTTTAATTACTTGGATCTGTAC  336

Query  445  AGACTTGCTGACCTCTTTAACCTCACTTTGTTGGAGAAGGCAGTGATCGATTTCTTAGTGAAACATCTCTCTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  337  AGACTTGCTGACCTCTTTAACCTCACTTTGTTGGAGAAGGCAGTGATCGATTTCTTAGTGAAACATCTCTCTGA  410

Query  519  ACTCCTGAAGAGCCGCCCAGAAGAAGTTCTAACGCTTCCCTATTGCCTGCTTCAGGAGGTGCTGAAGAGCGACC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  411  ACTCCTGAAGAGCCGCCCAGAAGAAGTTCTAACGCTTCCCTATTGCCTGCTTCAGGAGGTGCTGAAGAGCGACC  484

Query  593  GCCTGACCTCCCTGAGTGAAGAGCAGATCTGGCAGCTAGCTGTGAGGTGGTTGGAACACAACTGCCACTACCAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  485  GCCTGACCTCCCTGAGTGAAGAGCAGATCTGGCAGCTAGCTGTGAGGTGGTTGGAACACAACTGCCACTACCAG  558

Query  667  TACATGGACGAGCTCCTGCAATACATCCGCTTTGGCCTAATGGATGTGGATACTCTCCATACAGTTGCCCTGTC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  559  TACATGGACGAGCTCCTGCAATACATCCGCTTTGGCCTAATGGATGTGGATACTCTCCATACAGTTGCCCTGTC  632

Query  741  CCACCCCCTTGTCCAAGCAAGTGAGACTGCAACAGCCCTTGTCAACGAGGCCCTGGAATACCACCAGAGCATCT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  633  CCACCCCCTTGTCCAAGCAAGTGAGACTGCAACAGCCCTTGTCAACGAGGCCCTGGAATACCACCAGAGCATCT  706

Query  815  ATGCACAGCCTGTCTGGCAGACTCGCAGGACCAAACCACGATTCCAGTCAGACACTCTGTATATCATTGGTGGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  707  ATGCACAGCCTGTCTGGCAGACTCGCAGGACCAAACCACGATTCCAGTCAGACACTCTGTATATCATTGGTGGG  780

Query  889  AAAAAGCGCGAGGTCTGCAAGGTCAAGGAACTTCGGTACTTCAATCCTGTTGATCAGGAGAATGCTCTCATAGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  781  AAAAAGCGCGAGGTCTGCAAGGTCAAGGAACTTCGGTACTTCAATCCTGTTGATCAGGAGAATGCTCTCATAGC  854

Query  963  TGCCATTGCCAACTGGAGTGAGCTGGCTCCCATGCCTGTGGGAAGGAGCCACCATTGTGTGGCAGTCATGGGGG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  855  TGCCATTGCCAACTGGAGTGAGCTGGCTCCCATGCCTGTGGGAAGGAGCCACCATTGTGTGGCAGTCATGGGGG  928

Query 1037  ACTTCCTGTTTGTGGCAGGAGGGGAAGTTGAGCATGCCAGTGGCCGGACGTGTGCTGTGAGGACTGCCTGTCGC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  929  ACTTCCTGTTTGTGGCAGGAGGGGAAGTTGAGCATGCCAGTGGCCGGACGTGTGCTGTGAGGACTGCCTGTCGC  1002

Query 1111  TATGACCCCCGCAGTAATTCCTGGGCAGAGATAGCACCCATGAAAAACTGCCGGGAGCATTTTGTGCTGGGTGC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003  TATGACCCCCGCAGTAATTCCTGGGCAGAGATAGCACCCATGAAAAACTGCCGGGAGCATTTTGTGCTGGGTGC  1076

Query 1185  CATGGAGGAATACCTCTATGCAGTTGGGGGCAGAAATGAACTGCGCCAGGTTCTGCCTACAGTTGAGCGATATT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077  CATGGAGGAATACCTCTATGCAGTTGGGGGCAGAAATGAACTGCGCCAGGTTCTGCCTACAGTTGAGCGATATT  1150

Query 1259  GCCCCAAGAAGAACAAATGGACTTTTGTTCAGTCCTTTGACAGATCCCTTTCATGCCATGCTGGATATGTGGCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151  GCCCCAAGAAGAACAAATGGACTTTTGTTCAGTCCTTTGACAGATCCCTTTCATGCCATGCTGGATATGTGGCT  1224

Query 1333  GATGGTCTTCTTTGGATATCAGGTAG---AAC--ATAC--CTCATGTTGGATTTATCAAAACACACTTTCATTG  1399
            ||||||||||||||||||||||||.|   |||  ||||  |.||        .|||||.||||..|  |.||.|
Sbjct 1225  GATGGTCTTCTTTGGATATCAGGTGGAGTAACTAATACGGCACA--------ATATCAGAACAGGC--TAATGG  1288

Query 1400  TGGTATATATT---------------------------------------------------------------  1410
            ||     |||.                                                               
Sbjct 1289  TG-----TATGAACCTAACCAGAATAAGTGGATAAGCCGTAGCCCCATGCTGCAGAGAAGGGTCTACCATTCCA  1357

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1358  TGGCTGCTGTACAAAGGAAGCTTTATGTTCTTGGAGGCAATGACCTAGACTACAATAATGACCGGATCCTTGTG  1431

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1432  CGCCATATAGATTCTTACAACATAGACACTGACCAGTGGACACGTTGTAATTTCAACCTGCTGACTGGCCAAAA  1505

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1506  TGAATCTGGAGTTGCTGTCCATAATGGGAGAATATATTTAGTTGGTGGATATTCAATTTGGACAAATGAGCCTC  1579

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1580  TGGCTTGTATCCAGGTACTGGATGTAAGCAGAGAAGGCAAAGAAGAAGTATTCTATGGGCCTACACTCCCTTTT  1653

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1654  GCTTCCAATGGAATAGCAGCATGCTTCCTTCCAGCTCCATATTTTACATGCCCTAACCTTCAAACTCTTCAAGT  1727

Query 1411  -------------------------  1410
                                     
Sbjct 1728  GCCTCATCACAGGATTGGCACCATC  1752