Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13335
• Subject: NM_001144937.3
• Aligned Length: 2199
• Identities: 1499
• Gaps: 699

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCTGGTGGACGAGAGACATGTTTGCCTTTGATTGGATTCATTCTTATCTGTCTTAAAATGGTTGCTTCAGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AAAATCAGCTCCTGAAATACCCACTATTGATCAGGCATATTCAAAACTCAGCAACAGTATCACTGTAGAATGGG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CTACAGTGCCGGGTGCCACCAGTTACCTCCTCACGGCTGAAGACGGGGACACAGTCATTGAAACCACGGTGGCC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  AATTCCCCAGGCACTGTGACGGGACTAAAGGCTGCAACCTGGTATGAAATCACCATCAGATCCATCAGCGCTGC  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  TGGGAGAAGCCAGGCGTCACCTCCAAAGCAGGCAAAGACAGTGTTGGCTGCACCAATTCTAGAAGTAAGCTCTC  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  CAAGTTCAGACTCCATTCTTGTGCAGTGGGAAGCTGTATATATGGCAATTGCATTCTCCGTGTCCATTATGCGA  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  GCCAATGGCTTGGGGAGTATATGGAAAGAGAATACTACAAACACCTCCTTGACATTCACCAGTTTAGAAGCCGG  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  AACTCTCTACACCATAAAGGCCTATGCATGGAATGCCAACAGAATCCCTGGGGATGACTCCACCTGCAATCAGA  592

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  593  GAACAAGTCCTCGGGCCCCTGCCAACATTCAAGTCTCTTTCGATAGTGGAGCTCTGAAGGCATCTTTTTCCTGG  666

Query    1  ---------------------------------ATGGCTTTGAGCGACTCTTCAGAGCTGACCTGCAGTACAAC  41
                                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCACGGGCAGAAGGAGCTTTCAATTATACTGTGATGGCTTTGAGCGACTCTTCAGAGCTGACCTGCAGTACAAC  740

Query   42  TTTCAGTTCCTGCACCATCTCTTCCCTCCAGTGTGGAACTGAATACTTGATTTCAGTTTTAGCAAGTAATGATG  115
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTTCAGTTCCTGCACCATCTCTTCCCTCCAGTGTGGAACTGAATACTTGATTTCAGTTTTAGCAAGTAATGATG  814

Query  116  CTGGATCTAGCAAATCATCTTCAGCAATGACCCTGAAAACTGTTGCTTGTGCACCCGGAAGAGTGACGATCCAA  189
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGGATCTAGCAAATCATCTTCAGCAATGACCCTGAAAACTGTTGCTTGTGCACCCGGAAGAGTGACGATCCAA  888

Query  190  GAAGATCCCCCTGGCCACCTGTCTGTGGCTTGGTCCAGTGTAGATCTGGGTGACTACTATGTGGTCTTTGTGAA  263
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GAAGATCCCCCTGGCCACCTGTCTGTGGCTTGGTCCAGTGTAGATCTGGGTGACTACTATGTGGTCTTTGTGAA  962

Query  264  GAGTGATGATGGCTTGGAAGTACACTGCAACACATCTCTCACTCAGTGCAACTTCTTATCTGAGTGTGGCTTCA  337
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GAGTGATGATGGCTTGGAAGTACACTGCAACACATCTCTCACTCAGTGCAACTTCTTATCTGAGTGTGGCTTCA  1036

Query  338  CTTATTTTATTAGTGTTTTTGTCTATAACAAGGCAGGGCAAAGTCCTTTGGGTGACATATTCAATTATACCACA  411
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTTATTTTATTAGTGTTTTTGTCTATAACAAGGCAGGGCAAAGTCCTTTGGGTGACATATTCAATTATACCACA  1110

Query  412  GCTCCCTGTTGTCCTAGTGACATTAACCCCGTGTTGGTGTCCAGTGACAGAGTTGAGATTGTCTGGTCTCCTGT  485
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GCTCCCTGTTGTCCTAGTGACATTAACCCCGTGTTGGTGTCCAGTGACAGAGTTGAGATTGTCTGGTCTCCTGT  1184

Query  486  CCGTGGTGCCGAACTGTATGAAACCAAGGCTGTAGATGGGTACAACATGGTTGAGTGCAATGACACTACTCCTG  559
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCGTGGTGCCGAACTGTATGAAACCAAGGCTGTAGATGGGTACAACATGGTTGAGTGCAATGACACTACTCCTG  1258

Query  560  CGTGCACCCTTTCGGCTCTAGAGTGTGACACCAAGTACAACATCACAGTGTATTCATTCAATGAAGTCCGAGGC  633
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CGTGCACCCTTTCGGCTCTAGAGTGTGACACCAAGTACAACATCACAGTGTATTCATTCAATGAAGTCCGAGGC  1332

Query  634  AGCAATATGTCATGTACTCCCCAGTTCATAACCACAGCTCCTTGCAGTCCTGAAATAAAAAATGTTTCAAGGGA  707
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AGCAATATGTCATGTACTCCCCAGTTCATAACCACAGCTCCTTGCAGTCCTGAAATAAAAAATGTTTCAAGGGA  1406

Query  708  TGCATTCTCCATGATTAATGTGCACTGGCGATCCACTAATGATGATGCTACTTACACGGTGACTGCCCAAGGGG  781
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGCATTCTCCATGATTAATGTGCACTGGCGATCCACTAATGATGATGCTACTTACACGGTGACTGCCCAAGGGG  1480

Query  782  AGAAAGGACTGTATCAGTGCAGCAGCACAGGAGAGTCCTGCACCATGCGGGGCTTGCCCTGTGGCTCAGTGTTC  855
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGAAAGGACTGTATCAGTGCAGCAGCACAGGAGAGTCCTGCACCATGCGGGGCTTGCCCTGTGGCTCAGTGTTC  1554

Query  856  TCTGTCACTGCTGTGGCCGAAACACAGGCAGGACGGAGCCTGCCCAGCTACAGTGTGCCCCTGGAAACAGTGCC  929
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TCTGTCACTGCTGTGGCCGAAACACAGGCAGGACGGAGCCTGCCCAGCTACAGTGTGCCCCTGGAAACAGTGCC  1628

Query  930  ATGCTGTCCAACCGGTCTGACAGTAACTCAAATCACCCAGTCAGTAATCAACGTGAGCTGGACTATTGGGAGAG  1003
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ATGCTGTCCAACCGGTCTGACAGTAACTCAAATCACCCAGTCAGTAATCAACGTGAGCTGGACTATTGGGAGAG  1702

Query 1004  TGGCTCAAACCCATGTTGCAGTTCTGGAGTCACACACTGGACAGTCTAAGTGTCACACTCATCAAAACCACTGC  1077
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TGGCTCAAACCCATGTTGCAGTTCTGGAGTCACACACTGGACAGTCTAAGTGTCACACTCATCAAAACCACTGC  1776

Query 1078  CTCCTAGGGTGCATCACATGTGGCATCAATTACACAGTGACATTAAAAGCAATTAGTGCCACCGGGTTGACTGC  1151
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CTCCTAGGATGCATCACATGTGGCATCAATTACACAGTGACATTAAAAGCAATTAGTGCCACCGGGTTGACTGC  1850

Query 1152  AGATTGCTCCTACCAAAGTTATTTCTCTGGTGCCTGCTGCCCTTTGGGGGTGAAATTATATAGGCTGGGCCCTA  1225
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AGATTGCTCCTACCAAAGTTATTTCTCTGGTGCCTGCTGCCCTTTGGGGGTGAAATTATATAGGCTGGGCCCTA  1924

Query 1226  ATGGCATCCGGATCTACTGGCAAGCCTCCAGGGGCTCTGCCAATTACAGCACTGACCTCTATGGCTCCAAAGGC  1299
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ATGGCATCCGGATCTACTGGCAAGCCTCCAGGGGCTCTGCCAATTACAGCACTGACCTCTATGGCTCCAAAGGC  1998

Query 1300  ATTTTCACGTGCACCCCGAGTGCTGGCCTCAGTTTCTGTGATGTCACTGAGATACCCTGTGGGGATGTATACAC  1373
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ATTTTCACGTGCACCCCGAGTGCTGGCCTCAGTTTCTGTGATGTCACTGAGATACCCTGTGGGGATGTATACAC  2072

Query 1374  TGTGATGGTCTCACCAGTTGCTAAAACAGGATTGAAGCTTACTTTCTGTCCAAAAAAAATATATTCAGTAACTT  1447
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TGTGATGGTCTCACCAGTTGCTAAAACAGGATTGAAGCTTACTTTCTGTCCAAAAAAAATATATTCAGTAACTT  2146

Query 1448  GCTCTGGAAGTACACTTGGAATGGTGATTTATAGAGGGAAGAGAAATGAAGAA  1500
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GCTCTGGAAGTACACTTGGAATGGTGATTTATAGAGGGAAGAGAAATGAAGAA  2199