Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13548
• Subject: NM_001353149.1
• Aligned Length: 2844
• Identities: 2469
• Gaps: 372

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTCTCCATA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAACAAAAA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCAGTTGGT  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  TCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAAACAATG  296

Query    1  -------------------------------------------------------ATGCAGAAGACTAGAAACA  19
                                                                   |||||||||||||||||||
Sbjct  297  TATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAGAAGACTAGAAACA  370

Query   20  CCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGT  93
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGT  444

Query   94  TTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCT  167
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCT  518

Query  168  GACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATG  241
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATG  592

Query  242  AGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAAT  315
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAAT  666

Query  316  GAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATT  389
            |||||||||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAACATCAGGAGACATCTAAACA---------------------AGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATT  719

Query  390  CAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAG  463
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  720  CAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAG  793

Query  464  ATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAA  537
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  794  ATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAA  867

Query  538  AGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTT  611
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  868  AGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTT  941

Query  612  CAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAA  685
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  942  CAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAA  1015

Query  686  GAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTA  759
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016  GAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTA  1089

Query  760  AAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTC  833
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090  AAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTC  1163

Query  834  TCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAG  907
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164  TCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAG  1237

Query  908  AGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCT  981
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238  AGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCT  1311

Query  982  ATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACAACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAA  1055
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312  ATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAA  1385

Query 1056  AGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAAC  1129
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386  AGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAAC  1459

Query 1130  AAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAA  1203
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460  AAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAA  1533

Query 1204  AAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGC  1277
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534  AAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGC  1607

Query 1278  ACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAA  1351
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608  ACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAA  1681

Query 1352  ATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAA  1425
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682  ATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAA  1755

Query 1426  ATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTT  1499
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1756  ATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTT  1829

Query 1500  AAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCAT  1573
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830  AAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCAT  1903

Query 1574  CTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAA  1647
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904  CTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAA  1977

Query 1648  GGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAAC  1721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978  GGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAAC  2051

Query 1722  AAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCAT  1795
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052  AAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCAT  2125

Query 1796  CAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCAT  1869
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2126  CAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCAT  2199

Query 1870  TTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCA  1943
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2200  TTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCA  2273

Query 1944  TCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCA  2017
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274  TCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCA  2347

Query 2018  GCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACAT  2091
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2348  GCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACAT  2421

Query 2092  TTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGG  2165
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2422  TTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGG  2495

Query 2166  GATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCAT  2239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2496  GATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCAT  2569

Query 2240  TGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGAT  2313
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2570  TGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGAT  2643

Query 2314  TCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAA  2387
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2644  TCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAA  2717

Query 2388  GGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTG  2461
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718  GGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTG  2791

Query 2462  AAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  2493
            ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2792  AAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  2823