Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13548
• Subject: NM_001353151.1
• Aligned Length: 2745
• Identities: 2490
• Gaps: 252

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAACAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCAGTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  AAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAAACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATC  222

Query    1  ------------------------------ATGCAGAAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAA  44
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAGAAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAA  296

Query   45  ACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAAC  118
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAAC  370

Query  119  TACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAA  192
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAA  444

Query  193  AGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAA  266
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAA  518

Query  267  AACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGT  340
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGT  592

Query  341  GTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGT  414
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGT  666

Query  415  GATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAA  488
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAA  740

Query  489  AGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAAC  562
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAAC  814

Query  563  ATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAG  636
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  815  ATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAA  888

Query  637  AGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATA  710
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATA  962

Query  711  TTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTC  784
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTC  1036

Query  785  AGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGAT  858
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGAT  1110

Query  859  GTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTAT  932
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTAT  1184

Query  933  TAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTC  1006
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTC  1258

Query 1007  AGATTGAGGAACGAGACAGACAACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAG  1080
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAG  1332

Query 1081  AAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACA  1154
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACA  1406

Query 1155  GGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTC  1228
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTC  1480

Query 1229  TCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGA  1302
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGA  1554

Query 1303  ATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAAT  1376
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAAT  1628

Query 1377  GGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATA  1450
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATA  1702

Query 1451  TGAATTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCA  1524
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TGAATTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCA  1776

Query 1525  GAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTAT  1598
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTAT  1850

Query 1599  TGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACA  1672
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACA  1924

Query 1673  ATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAA  1746
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAA  1998

Query 1747  AGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCA  1820
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCA  2072

Query 1821  AAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGC  1894
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGC  2146

Query 1895  ACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGG  1968
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  ACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGG  2220

Query 1969  TGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACC  2042
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACC  2294

Query 2043  AGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATG  2116
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  AGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATG  2368

Query 2117  AGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATT  2190
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATT  2442

Query 2191  CCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCC  2264
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCC  2516

Query 2265  TCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTC  2338
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTC  2590

Query 2339  TTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGC  2412
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGC  2664

Query 2413  CTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTC  2486
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTC  2738

Query 2487  TTCATTT  2493
            |||||||
Sbjct 2739  TTCATTT  2745