Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13548
• Subject: NM_001353154.1
• Aligned Length: 2844
• Identities: 2362
• Gaps: 480

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAATATTGTCTCCATA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCTTTAAGAACAAAAA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAAGAAGCCAGTTGGT  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  TCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATTTATGTAAACAATG  296

Query    1  -------------------------------------------------------ATGCAGAAGACTAGAAACA  19
                                                                   |||||||||||||||||||
Sbjct  297  TATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAGAAGACTAGAAACA  370

Query   20  CCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGT  93
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAACATGAAGAGCAGT  444

Query   94  TTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCT  167
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATAGATCTCTTTCCCT  518

Query  168  GACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATG  241
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAATCAGCCAAAGGATG  592

Query  242  AGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAAT  315
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAAATCTGTCTTAAAT  666

Query  316  GAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATT  389
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAACCAGCTGATATATT  740

Query  390  CAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAG  463
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGGAGGAAAGAGCTAG  814

Query  464  ATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAA  537
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTGGAAAAAATCTGAA  888

Query  538  AGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTT  611
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTT  962

Query  612  CAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAA  685
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAA  1036

Query  686  GAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCACTTTGATTCATTA  759
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct 1037  GAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAA--------------------------------------------  1066

Query  760  AAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTC  833
                                                                                      
Sbjct 1067  --------------------------------------------------------------------------  1066

Query  834  TCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAG  907
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067  -----------AGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAG  1129

Query  908  AGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCT  981
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130  AGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCT  1203

Query  982  ATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACAACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAA  1055
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204  ATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAATTAGAGCATCAGAA  1277

Query 1056  AGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAAC  1129
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278  AGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAAC  1351

Query 1130  AAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAA  1203
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352  AAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGACATACTTAAGCAA  1425

Query 1204  AAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGC  1277
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426  AAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGC  1499

Query 1278  ACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAA  1351
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500  ACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCTAGACTGATTAAAA  1573

Query 1352  ATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAA  1425
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574  ATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAA  1647

Query 1426  ATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTT  1499
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648  ATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTT  1721

Query 1500  AAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCAT  1573
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722  AAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCAT  1795

Query 1574  CTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAA  1647
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796  CTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAA  1869

Query 1648  GGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAAC  1721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870  GGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAAC  1943

Query 1722  AAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCAT  1795
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944  AAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCAT  2017

Query 1796  CAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCAT  1869
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2018  CAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCAT  2091

Query 1870  TTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCA  1943
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092  TTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCA  2165

Query 1944  TCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCA  2017
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166  TCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCA  2239

Query 2018  GCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACAT  2091
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2240  GCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACAT  2313

Query 2092  TTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGG  2165
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2314  TTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGG  2387

Query 2166  GATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCAT  2239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388  GATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCAT  2461

Query 2240  TGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGAT  2313
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2462  TGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGAT  2535

Query 2314  TCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAA  2387
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2536  TCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAA  2609

Query 2388  GGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTG  2461
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2610  GGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTG  2683

Query 2462  AAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  2493
            ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2684  AAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT  2715