Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_13548
- Subject:
- NM_001353156.1
- Aligned Length:
- 2499
- Identities:
- 1928
- Gaps:
- 558
Alignment
Query 1 ATGCAGAAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TGAAAACATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAG 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 GAAATAGATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 TCTAATCAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGA 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 AAATAAATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAAT 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 GGAAACCAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCC 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 CAGTGGAGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGA 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 TCCTTGGAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATT----CTTGAC-CAATCTAG-GG 586
|||||..|..|| |||.|| ||.|.| .|.|.||| ||
Sbjct 1 ---------------------------------ATGGGGCATTCA-CAACTTAGAGCTAGTCAGACTTTAGAGG 40
Query 587 AAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAAT 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 41 AAACAGTACTGCTGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAAT 114
Query 661 AAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAG 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 AAGCAAATAGAAGATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAG 188
Query 735 ATGGGCAATGCACTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACA 808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 189 ATGGGCAATGCACTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACA 262
Query 809 AACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACA 882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 263 AACAACCTGAGTACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACA 336
Query 883 ACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAG 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 ACCGGAAGCCAGGTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAG 410
Query 957 TAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACAAC 1030
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 411 TAAGAAAACAAACTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGAC 484
Query 1031 GACAAAAACAATTAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAG 1104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 GACAAAAACAATTAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAG 558
Query 1105 GAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACA 1178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 559 GAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACA 632
Query 1179 GTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGA 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 633 GTATGAAGAAGACATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGA 706
Query 1253 CAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGA 1326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 707 CAATGCAGCGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGA 780
Query 1327 CATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTC 1400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CATGACACTTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTC 854
Query 1401 AAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGG 1474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 855 AAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTAAGAAGG 928
Query 1475 ATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATG 1548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 929 ATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATG 1002
Query 1549 GAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAA 1622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 GAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAA 1076
Query 1623 CAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATC 1696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATC 1150
Query 1697 AGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAG 1770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 AGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAG 1224
Query 1771 CCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGT 1844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1225 CCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGT 1298
Query 1845 AAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTT 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 AAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTT 1372
Query 1919 CACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAA 1992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 CACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAA 1446
Query 1993 GAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAAC 2066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 GAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAAC 1520
Query 2067 CCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAA 2140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1521 CCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAA 1594
Query 2141 GTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATC 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1595 GTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATC 1668
Query 2215 TATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTG 2288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 TATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTG 1742
Query 2289 TGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATA 2362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 TGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATA 1816
Query 2363 GGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTG 2436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1817 GGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTG 1890
Query 2437 GAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT 2493
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 GAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT 1947