Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13548
• Subject: NR_148377.1
• Aligned Length: 3196
• Identities: 2471
• Gaps: 722

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AATTGGCGTAGCGCTTGCTGAGCGGCGGCGGCAACCGACGTACACAAGGGGCTTGAGCGTTCTGTGGAGAGAGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCGAGGTCAGGCCATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TATTGTCTCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCT  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  TTAAGAACAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAA  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  GAAGCCAGTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATT  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------ATGCAG  6
                                                                                ||||||
Sbjct  371  TATGTAAACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAG  444

Query    7  AAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAA  80
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAA  518

Query   81  CATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATA  154
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATA  592

Query  155  GATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAAT  228
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAAT  666

Query  229  CAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAA  302
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAA  740

Query  303  ATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAAC  376
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAG-------------------TAGAGAATGAATGGAAAC  795

Query  377  CAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGG  450
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  796  CAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGG  869

Query  451  AGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTG  524
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  870  AGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTG  943

Query  525  GAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGC  598
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  944  GAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGC  1017

Query  599  TGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAA  672
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  TGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAA  1091

Query  673  GATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCA  746
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  GATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCA  1165

Query  747  CTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGT  820
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  CTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGT  1239

Query  821  ACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAG  894
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  ACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAG  1313

Query  895  GTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAA  968
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314  GTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAA  1387

Query  969  CTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACAACGACAAAAACAAT  1042
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1388  CTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAT  1461

Query 1043  TAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGA  1116
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462  TAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGA  1535

Query 1117  AAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGA  1190
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536  AAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGA  1609

Query 1191  CATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAG  1264
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610  CATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAGCGAG  1683

Query 1265  CACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCT  1338
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684  CACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACACTTCT  1757

Query 1339  AGACTGATTAAAAATCTTGGT--------------------------------GTTGATACAATACAAATGGAA  1380
            |||||||||||||||||||||                                |||||||||||||||||||||
Sbjct 1758  AGACTGATTAAAAATCTTGGTGTGTTGTTTTATCAGGTGATTTCTCTTTGCCAGTTGATACAATACAAATGGAA  1831

Query 1381  TATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAA  1454
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832  TATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAAGACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAA  1905

Query 1455  TTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAAT  1528
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906  TTCTACGACTTCTAAGAAGGATACTGGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAAT  1979

Query 1529  CACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGA  1602
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980  CACATTGTGGATCATTAATGGAGAGGGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGA  2053

Query 1603  CAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCG  1676
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054  CAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCG  2127

Query 1677  GTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGC  1750
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128  GTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTCACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGC  2201

Query 1751  CTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAG  1824
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202  CTGATTGGAATATAAATAAGCCACCTAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAG  2275

Query 1825  CAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCT  1898
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276  CAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGAGGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCT  2349

Query 1899  CTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGC  1972
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350  CTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCAGAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGC  2423

Query 1973  ATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTT  2046
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2424  ATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCCTCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTT  2497

Query 2047  CCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAG  2120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498  CCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAACAAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAG  2571

Query 2121  AGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGT  2194
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572  AGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAATCAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGT  2645

Query 2195  ATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAG  2268
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2646  ATGTTCGAACAAATGAGATCTATTACCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAG  2719

Query 2269  TACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAA  2342
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2720  TACCAAAATTCACAAGACTGTGGCCAAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAA  2793

Query 2343  TCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTC  2416
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2794  TCCTAACATGGTGAAAAATAGGGATCGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTC  2867

Query 2417  TCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCA  2490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2868  TCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAGTAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCA  2941

Query 2491  TTT-----------------------------------------------------------------------  2493
            |||                                                                       
Sbjct 2942  TTTTAAATGTAGAAAATCAAATCCTTCACATTTGATTTGTGTCTTCCAAATTATAAAATGTGCTCACTGGCTCA  3015

Query 2494  --------------------------------------------------------------------------  2493
                                                                                      
Sbjct 3016  ACTGTATTTTTCAAATAGCCTAGATTTACTTATTTTTTTAAATGCTCATTAAAAACTTGTATACTATGTAGTAA  3089

Query 2494  --------------------------------------------------------------------------  2493
                                                                                      
Sbjct 3090  AATGCTGTACTTGTTCTATACAATAAAACAGATACTTCTTTTGTAAAAGCTTAGTAGTAAAAAAAAAAAAAAAA  3163

Query 2494  --------------  2493
                          
Sbjct 3164  AAAAAAAAAAAAAA  3177