Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_13795
- Subject:
- NM_001190242.1
- Aligned Length:
- 2855
- Identities:
- 1906
- Gaps:
- 946
Alignment
Query 1 ATGCACAATTTTGAGGAAGAGTTAACTTGTCCCATATGTTATAGTATTTTTGAAGATCCTCGTGTACTGCCATG 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 CTCTCATACATTTTGTAGAAATTGTTTGGAAAACATTCTTCAGGCATCTGGTAACTTTTATATATGGAGACCTT 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TACGAATTCCACTCAAGTGCCCTAATTGCAGAAGTATTACTGAAATTGCTCCAACTGGCATTGAATCTTTACCT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 GTTAATTTTGCACTAAGGGCTATTATTGAAAAGTACCAGCAAGAAGACCATCCAGATATTGTCACCTGCCCTGA 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 ACATTACAGGCAACCATTAAATGTTTACTGTCTATTAGATAAAAAATTAGTTTGTGGTCATTGCCTTACCATAG 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 GTCAACATCATGGTCATCCTATAGATGACCTTCAAAGTGCCTATTTGAAAGAAAAGGACACTCCTCAAAAACTG 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 CTTGAACAGTTGACTGACACACACTGGACAGATCTTACCCATCTTATTGAAAAGCCGAAAGAACAAAAATCTCA 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 TTCTGAGAAAATGATCCAAGGCGATAAGGAAGCTGTTCTCCAGTATTTTAAGGAGCTTAATGATACATTAGAAC 592
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 593 AGAAAAAAAAAAGTTTCCTAACGGCTCTCTGTGATGTTGGCAATCTAATTAATCAAGAATATACTCCACAAATT 666
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 667 GAAAGAATGAAGGAAATACGAGAGCAGCAGCTTGAATTAATGGCACTGACAATATCTTTACAAGAAGAGTCTCC 740
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 741 ACTTAAATTTCTTGAAAAAGTTGATGATGTACGCCAGCATGTACAGATCTTGAAACAAAGACCACTTCCTGAGG 814
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 815 TTCAACCCGTTGAAATTTATCCTCGAGTAAGCAAAATATTGAAAGAAGAATGGAGCAGAACAGAAATTGGACAA 888
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 889 ATTAAGAACGTTCTCATTCCCAAAATG-------AAAATTT--CTC--CAAAAAGGATGTCATGTTCCTGGCCT 951
||| .||.||| ||| |||
Sbjct 1 ------------------------ATGCTTAGATCAACTTTAGCTCAGCAA----------------------- 27
Query 952 GGAACACCAGTGTATTCAGTAGCGTGGGGCCCTGATTCAGAAAAGGTTCTTTATACAGCAGGCAAGCAGCTAAT 1025
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 28 GGAACACCAGTGTATTCAGTAGCGTGGGGCCCTGATTCAGAAAAGGTTCTTTATACAGCAGGCAAGCAGCTAAT 101
Query 1026 CATTAAACCTCTTCAACCAAATGCTAAAGTTTTGCAGTGGAAAGCTCATGATGGCATTATTTTAAAAGTAGATT 1099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 102 CATTAAACCTCTTCAACCAAATGCTAAAGTTTTGCAGTGGAAAGCTCATGATGGCATTATTTTAAAAGTAGATT 175
Query 1100 GGAACTCGGTCAATGATCTTATTTTATCTGCTGGTGAAGACTGTAAATATAAGGTATGGGATAGTTACGGCCGC 1173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 176 GGAACTCGGTCAATGATCTTATTTTATCTGCTGGTGAAGACTGTAAATATAAGGTATGGGATAGTTACGGCCGC 249
Query 1174 CCACTGTACAATTCACAACCTCATGAGCATCCCATTACTTCAGTTGCCTGGGCTCCAGATGGAGAATTATTTGC 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 250 CCACTGTACAATTCACAACCTCATGAGCATCCCATTACTTCAGTTGCCTGGGCTCCAGATGGAGAATTATTTGC 323
Query 1248 TGTTGGATCGTTTCATACTTTACGCTTGTGTGATAAAACTGGGTGGTCATATGCATTAGAAAAACCCAACACTG 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 324 TGTTGGATCGTTTCATACTTTACGCTTGTGTGATAAAACTGGGTGGTCATATGCATTAGAAAAACCCAACACTG 397
Query 1322 GCAGCATATTTAATATTGCATGGTCTATCGATGGCACTCAGATTGCTGGAGCCTGTGGAAATGGACATGTCGTT 1395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 398 GCAGCATATTTAATATTGCATGGTCTATCGATGGCACTCAGATTGCTGGAGCCTGTGGAAATGGACATGTCGTT 471
Query 1396 TTTGCACATGTGGTGGAACAACATTGGGAGTGGAAAAATTTTCAAGTAACATTAACGAAAAGAAGAGCCATGCA 1469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 TTTGCACATGTGGTGGAACAACATTGGGAGTGGAAAAATTTTCAAGTAACATTAACGAAAAGAAGAGCCATGCA 545
Query 1470 GGTTCGTAATGTTCTTAATGATGCAGTGGATTTACTGGAATTCCGTGATAGAGTCATTAAAGCATCTTTGAACT 1543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 546 GGTTCGTAATGTTCTTAATGATGCAGTGGATTTACTGGAATTCCGTGATAGAGTCATTAAAGCATCTTTGAACT 619
Query 1544 ATGCACACTTAGTTGTTTCAACGTCTCTTCAATGTTACGTGTTCTCCACGAAGAACTGGAACACACCAATTATA 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 ATGCACACTTAGTTGTTTCAACGTCTCTTCAATGTTACGTGTTCTCCACGAAGAACTGGAACACACCAATTATA 693
Query 1618 TTTGATCTCAAAGAAGGAACTGTTAGTTTGATTCTGCAGGCAGAAAGACATTTTCTTCTTGTAGATGGTAGTAG 1691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 694 TTTGATCTCAAAGAAGGAACTGTTAGTTTGATTCTGCAGGCAGAAAGACATTTTCTTCTTGTAGATGGTAGTAG 767
Query 1692 TATCTATTTATATTCATATGAAGGGCGCTTTATTTCATCTCCAAAATTTCCTGGAATGAGAACAGATATTCTGA 1765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 TATCTATTTATATTCATATGAAGGGCGCTTTATTTCATCTCCAAAATTTCCTGGAATGAGAACAGATATTCTGA 841
Query 1766 ATGCACAGACTGTGTCTTTGAGTAATGATACCATAGCAATAAGAGACAAAGCTGATGAAAAAATAATCTTCCTC 1839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 ATGCACAGACTGTGTCTTTGAGTAATGATACCATAGCAATAAGAGACAAAGCTGATGAAAAAATAATCTTCCTC 915
Query 1840 TTTGAGGCATCAACCGGAAAGCCGTTAGGTGATGGAAAGTTTCTTTCTCATAAGAATGAAATCTTGGAAATTGC 1913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 916 TTTGAGGCATCAACCGGAAAGCCGTTAGGTGATGGAAAGTTTCTTTCTCATAAGAATGAAATCTTGGAAATTGC 989
Query 1914 TCTGGATCAAAAAGGACTTACCAATGATAGAAAAATTGCTTTCATTGATAAAAATAGAGATCTCTGTATCACTT 1987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 TCTGGATCAAAAAGGACTTACCAATGATAGAAAAATTGCTTTCATTGATAAAAATAGAGATCTCTGTATCACTT 1063
Query 1988 CTGTGAAACGATTTGGGAAGGAAGAACAAATTATCAAGCTTGGAACAATGGTGCATACTTTGGCATGGAACGAT 2061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 CTGTGAAACGATTTGGGAAGGAAGAACAAATTATCAAGCTTGGAACAATGGTGCATACTTTGGCATGGAACGAT 1137
Query 2062 ACATGCAATATCCTTTGTGGACTTCAAGATACTCGATTTATAGTGTGGTATTACCCCAATACAGTTTATGTGGA 2135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 ACATGCAATATCCTTTGTGGACTTCAAGATACTCGATTTATAGTGTGGTATTACCCCAATACAGTTTATGTGGA 1211
Query 2136 CAGAGACATTTTGCCTAAAACATTATATGAAAGGGATGCAAGTGAATTTAGTAAAAATCCCCATATTGTGAGTT 2209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 CAGAGACATTTTGCCTAAAACATTATATGAAAGGGATGCAAGTGAATTTAGTAAAAATCCCCATATTGTGAGTT 1285
Query 2210 TTGTTGGAAATCAAGTAACTATTAGAAGAGCTGATGGCTCCCTGGTTCACATCAGCATAACACCATATCCTGCT 2283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 TTGTTGGAAATCAAGTAACTATTAGAAGAGCTGATGGCTCCCTGGTTCACATCAGCATAACACCATATCCTGCT 1359
Query 2284 ATTCTCCATGAATATGTAAGCAGTTCAAAATGGGAAGATGCTGTGAGACTTTGTCGCTTTGTTAAGGAGCAAAC 2357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 ATTCTCCATGAATATGTAAGCAGTTCAAAATGGGAAGATGCTGTGAGACTTTGTCGCTTTGTTAAGGAGCAAAC 1433
Query 2358 CATGTGGGCTTGTCTAGCTGCTATGGCAGTTGCTAATCGAGATATGACTACTGCAGAAGTAGCCTATGCAGCAA 2431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1434 CATGTGGGCTTGTCTAGCTGCTATGGCAGTTGCTAATCGAGATATGACTACTGCAGAAATAGCCTATGCAGCAA 1507
Query 2432 TTGGTGAAATTGATAAGGTTCAGTACATCAATTCTATAAAAAATCTTCCATCTAAAGAATCAAAAATGGCCCAC 2505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1508 TTGGTGAAATTGATAAGGTTCAGTACATCAATTCTATAAAAAATCTTCCATCTAAAGAATCAAAAATGGCCCAC 1581
Query 2506 ATACTACTGTTTAGTGGGAACATACAGGAGGCTGAAATAGTACTTCTTCAGGCTGGCCTTGTTTATCAAGCAAT 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 ATACTACTGTTTAGTGGGAACATACAGGAGGCTGAAATAGTACTTCTTCAGGCTGGCCTTGTTTATCAAGCAAT 1655
Query 2580 CCAGATCAATATTAATCTCTACAACTGGGAAAGGGCACTGGAATTGGCTGTAAAATACAAAACACATGTTGATA 2653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 CCAGATCAATATTAATCTCTACAACTGGGAAAGGGCACTGGAATTGGCTGTAAAATACAAAACACATGTTGATA 1729
Query 2654 CAGTTCTTGCTTACCGTCAAAAGTTTTTGGAGACATTTGGTAAACAGGAAACTAATAAACGATACTTGCATTAT 2727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 CAGTTCTTGCTTACCGTCAAAAGTTTTTGGAGACATTTGGTAAACAGGAAACTAATAAACGATACTTGCATTAT 1803
Query 2728 GCAGAAGGTCTCCAAATAGATTGGGAGAAAATCAAAGCCAAAATTGAGATGGAAATTACAAAAGAAAGAGAGCA 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1804 GCAGAAGGTCTCCAAATAGATTGGGAGAAAATCAAAGCCAAAATTGAGATGGAAATTACAAAAGAAAGAGAGCA 1877
Query 2802 ATCATCAAGCAGCCAATCCAGCAAGAGTATAGGTTTAAAGCCC 2844
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1878 ATCATCAAGCAGCCAATCCAGCAAGAGTATAGGTTTAAAGCCC 1920