Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_13795
- Subject:
- NM_020800.3
- Aligned Length:
- 2913
- Identities:
- 2176
- Gaps:
- 651
Alignment
Query 1 ATGCACAATTTTGAGGAAGAGTTAACTTGTCCCATATGTTATAGTATTTTTGAAGATCCTCGTGTACTGCCATG 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 CTCTCATACATTTTGTAGAAATTGTTTGGAAAACATTCTTCAGGCATCTGGTAACTTTTATATATGGAGACCTT 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TACGAATTCCACTCAAGTGCCCTAATTGCAGAAGTATTACTGAAATTGCTCCAACTGGCATTGAATCTTTACCT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 GTTAATTTTGCACTAAGGGCTATTATTGAAAAGTACCAGCAAGAAGACCATCCAGATATTGTCACCTGCCCTGA 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 ACATTACAGGCAACCATTAAATGTTTACTGTCTATTAGATAAAAAATTAGTTTGTGGTCATTGCCTTACCATAG 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 GTCAACATCATGGTCATCCTATAGATGACCTTCAAAGTGCCTATTTGAAAGA---AAAGGACACTCCTCAAAAA 441
||| |..|||.|||| |.|| || |||.||||| |||| |.||||.||
Sbjct 1 ---------ATG---AGACTAAAGAT-ATCT---------CT-TTTAAAAGAACCAAAG------CATCAAGAA 45
Query 442 CTGCTTGAACAGT----TGACTGACACACACTGGACAGATCTTACCCATCTTATTGAAAAGCCGAAAGAACAAA 511
.| ||| ||..|| ..|||||| ||| |..||||.|||.|.|
Sbjct 46 TT--------AGTAAGCTGTGTG-----GGCTGGAC------TAC------TGCTGAAGAGCTGTA-------- 86
Query 512 AATCTCATTCTGAGAAAATGAT--CCAAGGCGATA------AGGAAGCTGTTCTCCAGTATTTTAAGGAGCTTA 577
.||||...|.| ||||| ||| |||| .||||..||||..||||
Sbjct 87 ---TTCATGTAGTG---ATGATCACCA----GATAGTGAAGTGGAACTTGTTAACCAG---------------- 134
Query 578 ATGATACATTAGAACAGAAAAAAAAAAGTTTCCTAACGGCTCTCTGTGATGTTGGCAATCTA----ATTAATCA 647
|||.|| |||..|||.|..||||.|||||.| |||| ||.|| |||
Sbjct 135 -TGAAAC-----AACTCAAATAGTAAAGCTTCCTGA----------TGAT-------ATTTACCCTATT----- 180
Query 648 AGAATAT-AC-----TCCACAAA--TTG-----AAAGAATGAAGGA-AATACGAGAGCAG-CAGCTTGAATTAA 706
||.|.| || ||||.||| ||| |||||| | ||..|.|| |||| .|||||
Sbjct 181 -GATTTTCACTGGTTTCCAAAAAGTTTGGGTGTAAAGAA------ACAAACCCAG-GCAGAAAGCTT------- 239
Query 707 TGGCACTGACAATATCTTTACAAGAAGAGTCTCCACTTAAATTTCTTGAAA-----AAGTTGATGATGTACGCC 775
||.| ||.||||..||| ||.| .||||||||.|...| |||||
Sbjct 240 TGTC-CTCACAAGTTCT------GATG---------GTAAATTTCATCTGATTTCCAAGTT------------- 284
Query 776 AGCATGTACAGATCTTGAAACAAAGACCACTTCCTGAGGTTCAACCCGTTGAAATTTATCCTCG-AGTAAGCAA 848
|.|.|.|| ||.||.|||| |...||.|.||| |.||.|| | ||||
Sbjct 285 ---AGGAAGAG----TGGAAAAAAG------TGTAGAAGCTCA--CTGTGGA-----------GCAGTA----- 327
Query 849 AATATTGAAAGAAGA-------ATGGAGCAGAACAG---------AAATTGGACAA-ATTAAGAACGTTCTCAT 905
.|||.|.||||| |||.|| |||||| .|.|||||.|| || |.||
Sbjct 328 ---CTTGCAGGAAGATGGAATTATGAAG--GAACAGCATTAGTTACAGTTGGAGAAGAT---GGAC-------- 385
Query 906 TCCCAAAATGAAAATTTCTCCAAAAA---GGATG------TCATGTT---CCTGGCCTGGAACACCAGTGTATT 967
||||.|||||||...||||.| ||||| |||..|| |...||..||||||||||||||||
Sbjct 386 -----AAATAAAAATTTGGTCAAAGACTGGGATGCTTAGATCAACTTTAGCTCAGCAAGGAACACCAGTGTATT 454
Query 968 CAGTAGCGTGGGGCCCTGATTCAGAAAAGGTTCTTTATACAGCAGGCAAGCAGCTAATCATTAAACCTCTTCAA 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 455 CAGTAGCGTGGGGCCCTGATTCAGAAAAGGTTCTTTATACAGCAGGCAAGCAGCTAATCATTAAACCTCTTCAA 528
Query 1042 CCAAATGCTAAAGTTTTGCAGTGGAAAGCTCATGATGGCATTATTTTAAAAGTAGATTGGAACTCGGTCAATGA 1115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 529 CCAAATGCTAAAGTTTTGCAGTGGAAAGCTCATGATGGCATTATTTTAAAAGTAGATTGGAACTCGGTCAATGA 602
Query 1116 TCTTATTTTATCTGCTGGTGAAGACTGTAAATATAAGGTATGGGATAGTTACGGCCGCCCACTGTACAATTCAC 1189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 TCTTATTTTATCTGCTGGTGAAGACTGTAAATATAAGGTATGGGATAGTTACGGCCGCCCACTGTACAATTCAC 676
Query 1190 AACCTCATGAGCATCCCATTACTTCAGTTGCCTGGGCTCCAGATGGAGAATTATTTGCTGTTGGATCGTTTCAT 1263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 677 AACCTCATGAGCATCCCATTACTTCAGTTGCCTGGGCTCCAGATGGAGAATTATTTGCTGTTGGATCGTTTCAT 750
Query 1264 ACTTTACGCTTGTGTGATAAAACTGGGTGGTCATATGCATTAGAAAAACCCAACACTGGCAGCATATTTAATAT 1337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 751 ACTTTACGCTTGTGTGATAAAACTGGGTGGTCATATGCATTAGAAAAACCCAACACTGGCAGCATATTTAATAT 824
Query 1338 TGCATGGTCTATCGATGGCACTCAGATTGCTGGAGCCTGTGGAAATGGACATGTCGTTTTTGCACATGTGGTGG 1411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 TGCATGGTCTATCGATGGCACTCAGATTGCTGGAGCCTGTGGAAATGGACATGTCGTTTTTGCACATGTGGTGG 898
Query 1412 AACAACATTGGGAGTGGAAAAATTTTCAAGTAACATTAACGAAAAGAAGAGCCATGCAGGTTCGTAATGTTCTT 1485
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 AACAACATTGGGAGTGGAAAAATTTTCAAGTAACATTAACGAAAAGAAGAGCCATGCAGGTTCGTAATGTTCTT 972
Query 1486 AATGATGCAGTGGATTTACTGGAATTCCGTGATAGAGTCATTAAAGCATCTTTGAACTATGCACACTTAGTTGT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 AATGATGCAGTGGATTTACTGGAATTCCGTGATAGAGTCATTAAAGCATCTTTGAACTATGCACACTTAGTTGT 1046
Query 1560 TTCAACGTCTCTTCAATGTTACGTGTTCTCCACGAAGAACTGGAACACACCAATTATATTTGATCTCAAAGAAG 1633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1047 TTCAACGTCTCTTCAATGTTACGTGTTCTCCACGAAGAACTGGAACACACCAATTATATTTGATCTCAAAGAAG 1120
Query 1634 GAACTGTTAGTTTGATTCTGCAGGCAGAAAGACATTTTCTTCTTGTAGATGGTAGTAGTATCTATTTATATTCA 1707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 GAACTGTTAGTTTGATTCTGCAGGCAGAAAGACATTTTCTTCTTGTAGATGGTAGTAGTATCTATTTATATTCA 1194
Query 1708 TATGAAGGGCGCTTTATTTCATCTCCAAAATTTCCTGGAATGAGAACAGATATTCTGAATGCACAGACTGTGTC 1781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 TATGAAGGGCGCTTTATTTCATCTCCAAAATTTCCTGGAATGAGAACAGATATTCTGAATGCACAGACTGTGTC 1268
Query 1782 TTTGAGTAATGATACCATAGCAATAAGAGACAAAGCTGATGAAAAAATAATCTTCCTCTTTGAGGCATCAACCG 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 TTTGAGTAATGATACCATAGCAATAAGAGACAAAGCTGATGAAAAAATAATCTTCCTCTTTGAGGCATCAACCG 1342
Query 1856 GAAAGCCGTTAGGTGATGGAAAGTTTCTTTCTCATAAGAATGAAATCTTGGAAATTGCTCTGGATCAAAAAGGA 1929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343 GAAAGCCGTTAGGTGATGGAAAGTTTCTTTCTCATAAGAATGAAATCTTGGAAATTGCTCTGGATCAAAAAGGA 1416
Query 1930 CTTACCAATGATAGAAAAATTGCTTTCATTGATAAAAATAGAGATCTCTGTATCACTTCTGTGAAACGATTTGG 2003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417 CTTACCAATGATAGAAAAATTGCTTTCATTGATAAAAATAGAGATCTCTGTATCACTTCTGTGAAACGATTTGG 1490
Query 2004 GAAGGAAGAACAAATTATCAAGCTTGGAACAATGGTGCATACTTTGGCATGGAACGATACATGCAATATCCTTT 2077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 GAAGGAAGAACAAATTATCAAGCTTGGAACAATGGTGCATACTTTGGCATGGAACGATACATGCAATATCCTTT 1564
Query 2078 GTGGACTTCAAGATACTCGATTTATAGTGTGGTATTACCCCAATACAGTTTATGTGGACAGAGACATTTTGCCT 2151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565 GTGGACTTCAAGATACTCGATTTATAGTGTGGTATTACCCCAATACAGTTTATGTGGACAGAGACATTTTGCCT 1638
Query 2152 AAAACATTATATGAAAGGGATGCAAGTGAATTTAGTAAAAATCCCCATATTGTGAGTTTTGTTGGAAATCAAGT 2225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 AAAACATTATATGAAAGGGATGCAAGTGAATTTAGTAAAAATCCCCATATTGTGAGTTTTGTTGGAAATCAAGT 1712
Query 2226 AACTATTAGAAGAGCTGATGGCTCCCTGGTTCACATCAGCATAACACCATATCCTGCTATTCTCCATGAATATG 2299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1713 AACTATTAGAAGAGCTGATGGCTCCCTGGTTCACATCAGCATAACACCATATCCTGCTATTCTCCATGAATATG 1786
Query 2300 TAAGCAGTTCAAAATGGGAAGATGCTGTGAGACTTTGTCGCTTTGTTAAGGAGCAAACCATGTGGGCTTGTCTA 2373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 TAAGCAGTTCAAAATGGGAAGATGCTGTGAGACTTTGTCGCTTTGTTAAGGAGCAAACCATGTGGGCTTGTCTA 1860
Query 2374 GCTGCTATGGCAGTTGCTAATCGAGATATGACTACTGCAGAAGTAGCCTATGCAGCAATTGGTGAAATTGATAA 2447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GCTGCTATGGCAGTTGCTAATCGAGATATGACTACTGCAGAAATAGCCTATGCAGCAATTGGTGAAATTGATAA 1934
Query 2448 GGTTCAGTACATCAATTCTATAAAAAATCTTCCATCTAAAGAATCAAAAATGGCCCACATACTACTGTTTAGTG 2521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 GGTTCAGTACATCAATTCTATAAAAAATCTTCCATCTAAAGAATCAAAAATGGCCCACATACTACTGTTTAGTG 2008
Query 2522 GGAACATACAGGAGGCTGAAATAGTACTTCTTCAGGCTGGCCTTGTTTATCAAGCAATCCAGATCAATATTAAT 2595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2009 GGAACATACAGGAGGCTGAAATAGTACTTCTTCAGGCTGGCCTTGTTTATCAAGCAATCCAGATCAATATTAAT 2082
Query 2596 CTCTACAACTGGGAAAGGGCACTGGAATTGGCTGTAAAATACAAAACACATGTTGATACAGTTCTTGCTTACCG 2669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 CTCTACAACTGGGAAAGGGCACTGGAATTGGCTGTAAAATACAAAACACATGTTGATACAGTTCTTGCTTACCG 2156
Query 2670 TCAAAAGTTTTTGGAGACATTTGGTAAACAGGAAACTAATAAACGATACTTGCATTATGCAGAAGGTCTCCAAA 2743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 TCAAAAGTTTTTGGAGACATTTGGTAAACAGGAAACTAATAAACGATACTTGCATTATGCAGAAGGTCTCCAAA 2230
Query 2744 TAGATTGGGAGAAAATCAAAGCCAAAATTGAGATGGAAATTACAAAAGAAAGAGAGCAATCATCAAGCAGCCAA 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 TAGATTGGGAGAAAATCAAAGCCAAAATTGAGATGGAAATTACAAAAGAAAGAGAGCAATCATCAAGCAGCCAA 2304
Query 2818 TCCAGCAAGAGTATAGGTTTAAAGCCC 2844
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 TCCAGCAAGAGTATAGGTTTAAAGCCC 2331