Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13827
• Subject: NM_001317196.2
• Aligned Length: 2500
• Identities: 2157
• Gaps: 326

Alignment

Query    1  ATGGGGCTCCCTCGTGGACCTCTCGCGTCTCTCCTCCTTCTCCAGGTTTGCTGGCTGCAGTGCGCGGCCTCCGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GCCGTGCCGGGCGGTCTTCAGGGAGGCTGAAGTGACCTTGGAGGCGGGAGGCGCGGAGCAGGAGCCCGGCCAGG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CGCTGGGGAAAGTATTCATGGGCTGCCCTGGGCAAGAGCCAGCTCTGTTTAGCACTGATAATGATGACTTCACT  222
                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -----------------ATGGGCTGCCCTGGGCAAGAGCCAGCTCTGTTTAGCACTGATAATGATGACTTCACT  57

Query  223  GTGCGGAATGGCGAGACAGTCCAGGAAAGAAGGTCACTGAAGGAAAGGAATCCATTGAAGATCTTCCCATCCAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   58  GTGCGGAATGGCGAGACAGTCCAGGAAAGAAGGTCACTGAAGGAAAGGAATCCATTGAAGATCTTCCCATCCAA  131

Query  297  ACGTATCTTACGAAGACACAAGAGAGATTGGGTGGTTGCTCCAATATCTGTCCCTGAAAATGGCAAGGGTCCCT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  132  ACGTATCTTACGAAGACACAAGAGAGATTGGGTGGTTGCTCCAATATCTGTCCCTGAAAATGGCAAGGGTCCCT  205

Query  371  TCCCCCAGAGACTGAATCAGCTCAAGTCTAATAAAGATAGAGACACCAAGATTTTCTACAGCATCACGGGGCCG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  206  TCCCCCAGAGACTGAATCAGCTCAAGTCTAATAAAGATAGAGACACCAAGATTTTCTACAGCATCACGGGGCCG  279

Query  445  GGGGCAGACAGCCCCCCTGAGGGTGTCTTCGCTGTAGAGAAGGAGACAGGCTGGTTGTTGTTGAATAAGCCACT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  280  GGGGCAGACAGCCCCCCTGAGGGTGTCTTCGCTGTAGAGAAGGAGACAGGCTGGTTGTTGTTGAATAAGCCACT  353

Query  519  GGACCGGGAGGAGATTGCCAAGTATGAGCTCTTTGGCCACGCTGTGTCAGAGAATGGTGCCTCAGTGGAGGACC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  354  GGACCGGGAGGAGATTGCCAAGTATGAGCTCTTTGGCCACGCTGTGTCAGAGAATGGTGCCTCAGTGGAGGACC  427

Query  593  CCATGAACATCTCCATCATCGTGACCGACCAGAATGACCACAAGCCCAAGTTTACCCAGGACACCTTCCGAGGG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  428  CCATGAACATCTCCATCATCGTGACCGACCAGAATGACCACAAGCCCAAGTTTACCCAGGACACCTTCCGAGGG  501

Query  667  AGTGTCTTAGAGGGAGTCCTACCAGGTACTTCTGTGATGCAGGTGACAGCCACAGATGAGGATGATGCCATCTA  740
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  502  AGTGTCTTAGAGGGAGTCCTACCAGGTACTTCTGTGATGCAGGTGACAGCCACGGATGAGGATGATGCCATCTA  575

Query  741  CACCTACAATGGGGTGGTTGCTTACTCCATCCATAGCCAAGAACCAAAGGACCCACACGACCTCATGTTCACAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  576  CACCTACAATGGGGTGGTTGCTTACTCCATCCATAGCCAAGAACCAAAGGACCCACACGACCTCATGTTCACCA  649

Query  815  TTCACCGGAGCACAGGCACCATCAGCGTCATCTCCAGTGGCCTGGACCGGGAAAAAGTCCCTGAGTACACACTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  650  TTCACCGGAGCACAGGCACCATCAGCGTCATCTCCAGTGGCCTGGACCGGGAAAAAGTCCCTGAGTACACACTG  723

Query  889  ACCATCCAGGCCACAGACATGGATGGGGACGGCTCCACCACCACGGCAGTGGCAGTAGTGGAGATCCTTGATGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  724  ACCATCCAGGCCACAGACATGGATGGGGACGGCTCCACCACCACGGCAGTGGCAGTAGTGGAGATCCTTGATGC  797

Query  963  CAATGACAATGCTCCCATGTTTGACCCCCAGAAGTACGAGGCCCATGTGCCTGAGAATGCAGTGGGCCATGAGG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  798  CAATGACAATGCTCCCATGTTTGACCCCCAGAAGTACGAGGCCCATGTGCCTGAGAATGCAGTGGGCCATGAGG  871

Query 1037  TGCAGAGGCTGACGGTCACTGATCTGGACGCCCCCAACTCACCAGCGTGGCGTGCCACCTACCTTATCATGGGC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  872  TGCAGAGGCTGACGGTCACTGATCTGGACGCCCCCAACTCACCAGCGTGGCGTGCCACCTACCTTATCATGGGC  945

Query 1111  GGTGACGACGGGGACCATTTTACCATCACCACCCACCCTGAGAGCAACCAGGGCATCCTGACAACCAGGAAGGG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  946  GGTGACGACGGGGACCATTTTACCATCACCACCCACCCTGAGAGCAACCAGGGCATCCTGACAACCAGGAAGGG  1019

Query 1185  TTTGGATTTTGAGGCCAAAAACCAGCACACCCTGTACGTTGAAGTGACCAACGAGGCCCCTTTTGTGCTGAAGC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020  TTTGGATTTTGAGGCCAAAAACCAGCACACCCTGTACGTTGAAGTGACCAACGAGGCCCCTTTTGTGCTGAAGC  1093

Query 1259  TCCCAACCTCCACAGCCACCATAGTGGTCCACGTGGAGGATGTGAATGAGGCACCTGTGTTTGTCCCACCCTCC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094  TCCCAACCTCCACAGCCACCATAGTGGTCCACGTGGAGGATGTGAATGAGGCACCTGTGTTTGTCCCACCCTCC  1167

Query 1333  AAAGTCGTTGAGGTCCAGGAGGGCATCCCCACTGGGGAGCCTGTGTGTGTCTACACTGCAGAAGACCCTGACAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1168  AAAGTCGTTGAGGTCCAGGAGGGCATCCCCACTGGGGAGCCTGTGTGTGTCTACACTGCAGAAGACCCTGACAA  1241

Query 1407  GGAGAATCAAAAGATCAGCTACCGCATCCTGAGAGACCCAGCAGGGTGGCTAGCCATGGACCCAGACAGTGGGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242  GGAGAATCAAAAGATCAGCTACCGCATCCTGAGAGACCCAGCAGGGTGGCTAGCCATGGACCCAGACAGTGGGC  1315

Query 1481  AGGTCACAGCTGTGGGCACCCTCGACCGTGAGGATGAGCAGTTTGTGAGGAACAACATCTATGAAGTCATGGTC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316  AGGTCACAGCTGTGGGCACCCTCGACCGTGAGGATGAGCAGTTTGTGAGGAACAACATCTATGAAGTCATGGTC  1389

Query 1555  TTGGCCATGGACAATGGAAGCCCTCCCACCACTGGCACGGGAACCCTTCTGCTAACACTGATTGATGTCAACGA  1628
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1390  TTGGCCATGGACAATGGAAGCCCTCCCACCACTGGCACGGGAACCCTTCTGCTAACACTGATTGATGTCAATGA  1463

Query 1629  CCATGGCCCAGTCCCTGAGCCCCGTCAGATCACCATCTGCAACCAAAGCCCTGTGCGCCAGGTGCTGAACATCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464  CCATGGCCCAGTCCCTGAGCCCCGTCAGATCACCATCTGCAACCAAAGCCCTGTGCGCCAGGTGCTGAACATCA  1537

Query 1703  CGGACAAGGACCTGTCTCCCCACACCTCCCCTTTCCAGGCCCAGCTCACAGATGACTCAGACATCTACTGGACG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538  CGGACAAGGACCTGTCTCCCCACACCTCCCCTTTCCAGGCCCAGCTCACAGATGACTCAGACATCTACTGGACG  1611

Query 1777  GCAGAGGTCAACGAGGAAGGTGACACAGTGGTCTTGTCCCTGAAGAAGTTCCTGAAGCAGGATACATATGACGT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612  GCAGAGGTCAACGAGGAAGGTGACACAGTGGTCTTGTCCCTGAAGAAGTTCCTGAAGCAGGATACATATGACGT  1685

Query 1851  GCACCTTTCTCTGTCTGACCATGGCAACAAAGAGCAGCTGACGGTGATCAGGGCCACTGTGTGCGACTGCCATG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686  GCACCTTTCTCTGTCTGACCATGGCAACAAAGAGCAGCTGACGGTGATCAGGGCCACTGTGTGCGACTGCCATG  1759

Query 1925  GCCATGTCGAAACCTGCCCTGGACCCTGGAAAGGAGGTTTCATCCTCCCTGTGCTGGGGGCTGTCCTGGCTCTG  1998
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760  GCCATGTCGAAACCTGCCCTGGACCCTGGAAGGGAGGTTTCATCCTCCCTGTGCTGGGGGCTGTCCTGGCTCTG  1833

Query 1999  CTGTTCCTCCTGCTGGTGCTGCTTTTGTTGGTGAGAAAGAAGCGGAAGATCAAGGAGCCCCTCCTACTCCCAGA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1834  CTGTTCCTCCTGCTGGTGCTGCTTTTGTTGGTGAGAAAGAAGCGGAAGATCAAGGAGCCCCTCCTACTCCCAGA  1907

Query 2073  AGATGACACCCGTGACAACGTCTTCTACTATGGCGAAGAGGGGGGTGGCGAAGAGGACCAGGACTATGACATCA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908  AGATGACACCCGTGACAACGTCTTCTACTATGGCGAAGAGGGGGGTGGCGAAGAGGACCAGGACTATGACATCA  1981

Query 2147  CCCAGCTCCACCGAGGTCTGGAGGCCAGGCCGGAGGTGGTTCTCCGCAATGACGTGGCACCAACCATCATCCCG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982  CCCAGCTCCACCGAGGTCTGGAGGCCAGGCCGGAGGTGGTTCTCCGCAATGACGTGGCACCAACCATCATCCCG  2055

Query 2221  ACACCCATGTACCGTCCTAGGCCAGCCAACCCAGATGAAATCGGCAACTTTATAATTGAGGGGAGGGGA----G  2290
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||    |
Sbjct 2056  ACACCCATGTACCGTCCTCGGCCAGCCAACCCAGATGAAATCGGCAACTTTATAATTGA--------GAACCTG  2121

Query 2291  AGAGG-GGCTCACAGAG------------------AGGAAA------TG------------GAGGCTTGCAGCT  2327
            | ||| ||||.|||.||                  |.||.|      ||            ||||   ||||| 
Sbjct 2122  A-AGGCGGCTAACACAGACCCCACAGCCCCGCCCTACGACACCCTCTTGGTGTTCGACTATGAGG---GCAGC-  2190

Query 2328  GGC-AAGAGGCAG-GNCCCGCCGCTCC-----------------------------------------------  2352
            ||| ..||.||.| |.|||...|||||                                               
Sbjct 2191  GGCTCCGACGCCGCGTCCCTGAGCTCCCTCACCTCCTCCGCCTCCGACCAAGACCAAGATTACGATTATCTGAA  2264

Query 2353  ----------------------------------------------------------  2352
                                                                      
Sbjct 2265  CGAGTGGGGCAGCCGCTTCAAGAAGCTGGCAGACATGTACGGTGGCGGGGAGGACGAC  2322