Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13856
• Subject: XM_005270618.3
• Aligned Length: 2688
• Identities: 2194
• Gaps: 493

Alignment

Query    1  ATGGCTGCGGCGGCCCAGCTCTCTCTGACACAGTTATCAAGTGGGAATCCTGTATATGAAAAATACTATAGACA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTGCGGCGGCCCAGCTCTCTCTGACACAGTTATCAAGTGGGAATCCTGTATATGAAAAATACTATAGACA  74

Query   75  GGTTGATACAGGCAATACTGGAAGGGTGTTGGCTTCTGATGCTGCTGCTTTCCTGAAAAAATCAGGGCTTCCAG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGTTGATACAGGCAATACTGGAAGGGTGTTGGCTTCTGATGCTGCTGCTTTCCTGAAAAAATCAGGGCTTCCAG  148

Query  149  ACTTGATACTTGGAAAGATTTGGGATTTAGCCGACACAGATGGCAAAGGTATCCTGAACAAACAAGAATTCTTT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ACTTGATACTTGGAAAGATTTGGGATTTAGCCGACACAGATGGCAAAGGTATCCTGAACAAACAAGAATTCTTT  222

Query  223  GTTGCTTTGCGTCTTGTGGCATGTGCCCAGAATGGATTGGAAGTTTCACTAAGTAGTTTGAACCTGGCTGTTCC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTTGCTTTGCGTCTTGTGGCATGTGCCCAGAATGGATTGGAAGTTTCACTAAGTAGTTTGAACCTGGCTGTTCC  296

Query  297  TCCACCAAGATTTCATGATACCAGTAGTCCTTTGCTAATCAGTGGAACCTCTGCAGCTGAGCTCCCATGGGCTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCCACCAAGATTTCATGATACCAGTAGTCCTTTGCTAATCAGTGGAACCTCTGCAGCTGAGCTCCCATGGGCTG  370

Query  371  TAAAACCTGAAGATAAGGCCAAATATGATGCAATATTTGATAGTTTAAGCCCAGTGAATGGATTTCTGTCTGGT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TAAAACCTGAAGATAAGGCCAAATATGATGCAATATTTGATAGTTTAAGCCCAGTGAATGGATTTCTGTCTGGT  444

Query  445  GATAAAGTGAAACCAGTGTTGCTCAACTCTAAGTTACCTGTGGATATCCTTGGAAGAGTTTGGGAGTTGAGTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GATAAAGTGAAACCAGTGTTGCTCAACTCTAAGTTACCTGTGGATATCCTTGGAAGAGTTTGGGAGTTGAGTGA  518

Query  519  TATTGACCATGATGGAATGCTTGACAGAGATGAGTTTGCAGTTGCTATGTTTTTGGTATACTGTGCACTGGAGA  592
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                               
Sbjct  519  TATTGACCATGATGGAATGCTTGACAGAGATGAGTTTGCAGTT-------------------------------  561

Query  593  AAGAACCTGTGCCAATGTCCTTGCCTCCAGCCTTGGTGCCACCATCTAAGAGAAAAACGTGGGTTGTATCCCCT  666
                                                                       |||||||||||||||
Sbjct  562  -----------------------------------------------------------TGGGTTGTATCCCCT  576

Query  667  GCAGAAAAAGCTAAATATGATGAAATCTTCCTGAAAACTGATAAAGATATGGACGGATTTGTGTCTGGATTGGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  577  GCAGAAAAAGCTAAATATGATGAAATCTTCCTGAAAACTGATAAAGATATGGACGGATTTGTGTCTGGATTGGA  650

Query  741  GGTCCGTGAAATATTCTTGAAAACAGGTTTACCTTCTACCTTACTAGCCCATATATGGTCATTATGCGACACAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  651  GGTCCGTGAAATATTCTTGAAAACAGGTTTACCTTCTACCTTACTAGCCCATATATGGTCATTATGCGACACAA  724

Query  815  AGGACTGTGGGAAGCTTTCAAAGGATCAGTTTGCCTTGGCTTTTCACTTAATCAGTCAGAAGTTAATCAAGGGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  725  AGGACTGTGGGAAGCTTTCAAAGGATCAGTTTGCCTTGGCTTTTCACTTAATCAGTCAGAAGTTAATCAAGGGC  798

Query  889  ATTGATCCTCCTCACGTTCTTACTCCTGAAATGATTCCACCATCAGACAGGGCCAGTTTACAAAAGAACATCAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  799  ATTGATCCTCCTCACGTTCTTACTCCTGAAATGATTCCACCATCAGACAGGGCCAGTTTACAAAAGAACATCAT  872

Query  963  AGGATCAAGTCCTGTTGCAGATTTCTCTGCTATTAAGGAACTAGATACTCTTAACAATGAAATAGTTGACCTAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  873  AGGATCAAGTCCTGTTGCAGATTTCTCTGCTATTAAGGAACTAGATACTCTTAACAATGAAATAGTTGACCTAC  946

Query 1037  AGAGGGAAAAGAATAATGTGGAACAGGACCTTAAGGAGAAGGAAGATACTATTAAACAGAGGACAAGTGAGGTT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  947  AGAGGGAAAAGAATAATGTGGAACAGGACCTTAAGGAGAAGGAAGATACTATTAAACAGAGGACAAGTGAGGTT  1020

Query 1111  CAGGATCTTCAAGATGAAGTTCAAAGGGAGAATACTAATCTGCAAAAACTACAGGCCCAGAAACAGCAGGTACA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021  CAGGATCTTCAAGATGAAGTTCAAAGGGAGAATACTAATCTGCAAAAACTACAGGCCCAGAAACAGCAGGTACA  1094

Query 1185  GGAACTCCTTGATGAACTGGATGAGCAGAAAGCCCAGCTGGAGGAGCAACTCAAGGAAGTCAGAAAGAAATGTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095  GGAACTCCTTGATGAACTGGATGAGCAGAAAGCCCAGCTGGAGGAGCAACTCAAGGAAGTCAGAAAGAAATGTG  1168

Query 1259  CTGAGGAGGCCCAACTG---------------------------------------------------------  1275
            |||||||||||||||||                                                         
Sbjct 1169  CTGAGGAGGCCCAACTGATCTCTTCTCTGAAAGCTGAATTAACTAGTCAGGAATCGCAGATCTCCACTTACGAA  1242

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1243  GAAGAATTGGCAAAAGCTAGAGAAGAGCTGAGCCGTCTACAGCAAGAAACAGCAGAATTGGAGGAGAGTGTAGA  1316

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1317  GTCAGGGAAGGCTCAGTTGGAACCTCTTCAGCAGCACCTACAAGATTCACAACAGGAAATTAGTTCAATGCAAA  1390

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1391  TGAAACTGATGGAAATGAAAGATTTGGAAAATCATAATAGTCAGTTAAATTGGTGCAGTAGCCCACACAGCATT  1464

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1465  CTTGTAAACGGAGCTACAGATTATTGCAGCCTCAGCACCAGCAGCAGTGAAACAGCCAACCTTAATGAACATGT  1538

Query 1276  -------------------------------------------------GCAAGAAGTAGTCCTGAACTACTGC  1300
                                                             |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539  TGAAGGCCAGAGCAACCTAGAGTCTGAGCCCATACACCAGGAATCTCCAGCAAGAAGTAGTCCTGAACTACTGC  1612

Query 1301  CTTCTGGTGTGACTGATGAAAATGAGGTGACTACAGCTGTTACTGAAAAAGTTTGTTCTGAACTCGACAATAAT  1374
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613  CTTCTGGTGTGACTGATGAAAATGAGGTGACTACAGCTGTTACTGAAAAAGTTTGTTCTGAACTCGACAATAAT  1686

Query 1375  AGACATTCAAAAGAGGAAGATCCATTTAATGTAGACTCAAGTTCGCTGACAGGTCCAGTTGCAGATACAAACTT  1448
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687  AGACATTCAAAAGAGGAAGATCCATTTAATGTAGACTCAAGTTCGCTGACAGGTCCAGTTGCAGATACAAACTT  1760

Query 1449  GGATTTTTTCCAGTCTGATCCTTTTGTTGGCAGTGATCCTTTCAAGGATGATCCTTTTGGAAAAATCGATCCAT  1522
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761  GGATTTTTTCCAGTCTGATCCTTTTGTTGGCAGTGATCCTTTCAAGGATGATCCTTTTGGAAAAATCGATCCAT  1834

Query 1523  TTGGTGGTGATCCTTTCAAAGGTTCAGATCCATTTGCATCAGACTGTTTCTTCAGGCAATCTACTGATCCTTTT  1596
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835  TTGGTGGTGATCCTTTCAAAGGTTCAGATCCATTTGCATCAGACTGTTTCTTCAGGCAATCTACTGATCCTTTT  1908

Query 1597  GCCACTTCAAGCACTGACCCTTTCAGTGCAGCCAACAATAGCAGTATTACATCGGTAGAAACGTTGAAGCACAA  1670
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909  GCCACTTCAAGCACTGACCCTTTCAGTGCAGCCAACAATAGCAGTATTACATCGGTAGAAACGTTGAAGCACAA  1982

Query 1671  TGATCCTTTTGCTCCTGGTGGAACAGTTGTTGCAGCAAGCGATTCAGCCACAGACCCCTTTGCTTCTGTTTTTG  1744
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983  TGATCCTTTTGCTCCTGGTGGAACAGTTGTTGCAGCAAGCGATTCAGCCACAGACCCCTTTGCTTCTGTTTTTG  2056

Query 1745  GGAATGAATCATTTGGAGGTGGATTTGCTGACTTCAGCACATTGTCAAAGGTCAACAATGAAGATCCTTTTCGT  1818
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057  GGAATGAATCATTTGGAGGTGGATTTGCTGACTTCAGCACATTGTCAAAGGTCAACAATGAAGATCCTTTTCGT  2130

Query 1819  TCAGCCACATCGAGCTCTGTCAGCAACGTAGTGATTACAAAAAATGTATTTGAGGAAACATCGGTCAAAAGTGA  1892
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2131  TCAGCCACATCGAGCTCTGTCAGCAACGTAGTGATTACAAAAAATGTATTTGAGGAAACATCGGTCAAAAGTGA  2204

Query 1893  AGATGAACCCCCAGCACTGCCACCAAAGATCGGAACTCCAACAAGACCCTGCCCTCTACCACCTGGGAAAAGAT  1966
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205  AGATGAACCCCCAGCACTGCCACCAAAGATCGGAACTCCAACAAGACCCTGCCCTCTACCACCTGGGAAAAGAT  2278

Query 1967  CCATCAACAAATTGGATTCTCCTGATCCCTTTAAACTGAATGATCCATTTCAGCCTTTCCCAGGCAACGATAGC  2040
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279  CCATCAACAAATTGGATTCTCCTGATCCCTTTAAACTGAATGATCCATTTCAGCCTTTCCCAGGCAACGATAGC  2352

Query 2041  CCCAAAGAAAAAGATCCTGAAATGTTTTGTGATCCATTCACTTCTGCTACTACCACTACCAATAAAGAGGCTGA  2114
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2353  CCCAAAGAAAAAGATCCTGAAATATTTTGTGATCCATTCACTTCTGCTACTACCACTACCAATAAAGAGGCTGA  2426

Query 2115  TCCAAGCAATTTTGCCAACTTCAGTGCTTATCCCTCTGAAGAAGATATGATCGAATGGGCCAAGAGGGAAAGTG  2188
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2427  TCCAAGCAATTTTGCCAACTTCAGTGCTTATCCCTCTGAAGAAGATATGATCGAATGGGCCAAGAGGGAAAGTG  2500

Query 2189  AGAGAGAGGAAGAGCAGAGGCTTGCCCGACTAAATCAGCAGGAACAAGAAGACTTAGAACTGGCTATTGCACTC  2262
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2501  AGAGAGAGGAAGAGCAGAGGCTTGCCCGACTAAATCAGCAGGAACAAGAAGACTTAGAACTGGCTATTGCACTC  2574

Query 2263  AGCAAATCTGAGATAT-AGAAGCA  2285
            |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2575  AGCAAATCTGAGATATCAGAAGCA  2598