Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13856
• Subject: XM_006502739.3
• Aligned Length: 2814
• Identities: 1972
• Gaps: 640

Alignment

Query    1  ATGGCTGCGGCGGCCCAGCTCTCTCTGACACAGTTATCAAGTGGGAATCCTGTATATGAAAAATACTATAGACA  74
            |||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct    1  ATGGCTGCGGCAGCCCAGCTCTCCCTGACACAGTTGTCAAGTGGGAATCCTGTATATGAAAAATACTACAGACA  74

Query   75  GGTTGATACAGGCAATACTGGAAGGGTGTTGGCTTCTGATGCTGCTGCTTTCCTGAAAAAATCAGGGCTTCCAG  148
            ||||||..|||||||||||||||||||||||||.|..|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct   75  GGTTGAGGCAGGCAATACTGGAAGGGTGTTGGCGTTAGATGCTGCTGCATTCCTGAAAAAGTCAGGGCTTCCAG  148

Query  149  ACTTGATACTTGGAAAGATTTGGGATTTAGCCGACACAGATGGCAAAGGTATCCTGAACAAACAAGAATTCTTT  222
            |||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||||.|||||||         
Sbjct  149  ACTTGATTCTTGGAAAGATTTGGGATTTAGCTGACACAGATGGCAAAGGTGTCCTGAGCAAACAA---------  213

Query  223  GTTGCTTTGCGTCTTGTGGCATGTGCCCAGAATGGATTGGAAGTTTCACTAAGTAGTTTGAACCTGGCTGTTCC  296
                                                                                      
Sbjct  214  --------------------------------------------------------------------------  213

Query  297  TCCACCAAGATTTCATGATACCAGTAGTCCTTTGCTAATCAGTGGAACCTCTGCAGCTGAGCTCCCATGGGCTG  370
                         |||||..||||.|||||.|||||||.||||||..||||.|..|||||||||||.|||||||
Sbjct  214  -------------CATGACTCCAGCAGTCCGTTGCTAACCAGTGGGCCCTCAGTTGCTGAGCTCCCGTGGGCTG  274

Query  371  TAAAACCTGAAGATAAGGCCAAATATGATGCAATATTTGATAGTTTAAGCCCAGTGAATGGATTTCTGTCTGGT  444
            ||||..||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct  275  TAAAGTCTGAAGATAAAGCCAAATATGATGCAATTTTTGACAGTTTAAGCCCAGTGGATGGATTTTTGTCTGGT  348

Query  445  GATAAAGTGAAACCAGTGTTGCTCAACTCTAAGTTACCTGTGGATATCCTTGGAAGAGTTTGGGAGTTGAGTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  349  GATAAAGTGAAACCAGTGTTGCTCAACTCTAAGTTACCTGTGGAAATCCTTGGAAGAGTTTGGGAGTTGAGTGA  422

Query  519  TATTGACCATGATGGAATGCTTGACAGAGATGAGTTTGCAGTTGCTATGTTTTTGGTATACTGTGCACTGGAGA  592
            |||||||||.|||||||.|||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  423  TATTGACCACGATGGAAAGCTGGACAGAGATGAGTTTGCAGTTGCCATGTTTTTGGTATACTGTGCACTGGAGA  496

Query  593  AAGAACCTGTGCCAATGTCCTTGCCTCCAGCCTTGGTGCCACCATCTAAGAGAAAAAC----------------  650
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||                
Sbjct  497  AAGAACCTGTGCCAATGTCCTTGCCTCCAGCCTTGGTGCCACCTTCTAAGAGAAAAACGGTCAGTATATCAGGC  570

Query  651  --------------------------------------------------------------------------  650
                                                                                      
Sbjct  571  TCCAAGTGGGTGATCCCCTCTTCAGCAGCCAAGGAATCTTACCACTCCTTACCACCTGTAGGCATTTCACCTAC  644

Query  651  ------------------GTGGGTTGTATCCCCTGCAGAAAAAGCTAAATATGATGAAATCTTCCTGAAAACTG  706
                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||
Sbjct  645  CAAAGCACCGTTAAGACAGTGGGTTGTATCCCCTGCAGAAAAAGCTAAATATGATGAAATTTTTCTGAAAACTG  718

Query  707  ATAAAGATATGGACGGATTTGTGTCTGGATTGGAGGTCCGTGAAATATTCTTGAAAACAGGTTTACCTTCTACC  780
            ||||.||||||||.||||.||||||||||.|||||||||||||||..|||.||||||||||||||||||||.||
Sbjct  719  ATAAGGATATGGATGGATATGTGTCTGGACTGGAGGTCCGTGAAACCTTCCTGAAAACAGGTTTACCTTCTGCC  792

Query  781  TTACTAGCCCATATATGGTCATTATGCGACACAAAGGACTGTGGGAAGCTTTCAAAGGATCAGTTTGCCTTGGC  854
            ||.||||||||.||.||||||.||||.||||||||||.||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct  793  TTGCTAGCCCACATTTGGTCACTATGTGACACAAAGGGCTGTGGGAAGCTTTCAAAAGACCAGTTTGCCTTGGC  866

Query  855  TTTTCACTTAATCAGTCAGAAGTTAATCAAGGGCATTGATCCTCCTCACGTTCTTACTCCTGAAATGATTCCAC  928
            ||||||||||||||.||||||||||||.||.||||||||.||||||||...|||.||||||||.||||||||||
Sbjct  867  TTTTCACTTAATCAATCAGAAGTTAATAAAAGGCATTGACCCTCCTCATAGTCTCACTCCTGAGATGATTCCAC  940

Query  929  CATCAGACAGGGCCAGTTTACAAAAGAACATCATAGGATCAAGTCCTGTTGCAGATTTCTCTGCTATTAAGGAA  1002
            ||||||||||..|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  941  CATCAGACAGATCCAGTTTACAAAAGAACATCACAGGATCAAGTCCTGTTGCAGATTTTTCTGCTATTAAGGAA  1014

Query 1003  CTAGATACTCTTAACAATGAAATAGTTGACCTACAGAGGGAAAAGAATAATGTGGAACAGGACCTTAAGGAGAA  1076
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1015  CTAGATACCCTTAACAATGAAATAGTTGACCTGCAGAGGGAAAAGAACAATGTGGAGCAGGACCTTAAAGAGAA  1088

Query 1077  GGAAGATACTATTAAACAGAGGACAAGTGAGGTTCAGGATCTTCAAGATGAAGTTCAAAGGGAGAATACTAATC  1150
            ||||||.||..||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1089  GGAAGACACAGTTAAGCAGAGGACCAGTGAGGTTCAGGATCTTCAAGATGAAGTTCAAAGGGAGAGTATTAATC  1162

Query 1151  TGCAAAAACTACAGGCCCAGAAACAGCAGGTACAGGAACTCCTTGATGAACTGGATGAGCAGAAAGCCCAGCTG  1224
            |.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||.|.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1163  TACAAAAACTGCAGGCCCAGAAGCAGCAGGTGCAGGAGCTCCTGGGTGAACTGGATGAGCAGAAAGCCCAGCTG  1236

Query 1225  GAGGAGCAACTCAAGGAAGTCAGAAAGAAATGTGCTGAGGAGGCCCAACTG-----------------------  1275
            ||||||||.|||.||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.|||                       
Sbjct 1237  GAGGAGCAGCTCCAGGAAGTCAGGAAAAAGTGTGCTGAGGAGGCCCAGCTGATTTCTTCCCTGAAAGCAGAAAT  1310

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1311  AACTAGTCAAGAATCTCAGATCTCCAGTTATGAGGAAGAACTGTTGAAAGCTAGAGAAGAACTAAGTCGCCTAC  1384

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1385  AACAAGAAACAGCACAATTGGAAGAAAGTGTGGAGTCAGGGAAGGCTCAGCTGGAACCTCTTCAGCAGCACCTA  1458

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1459  CAAGAGTCACAACAGGAAATCAGCTCAATGCAAATGAGATTGGAAATGAAAGATCTGGAAACTGATAATAACCA  1532

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1533  ATCAAATTGGAGCAGTAGCCCACAAAGCGTTCTTGTTAATGGTGCTACAGATTACTGTAGCCTCAGCACCAGCA  1606

Query 1276  --------------------------------------------------------------------------  1275
                                                                                      
Sbjct 1607  GCAGTGAAACAGCCAACTTCAACGAACATGCTGAAGGCCAAAACAACCTAGAGTCTGAACCCACACACCAGGAG  1680

Query 1276  ------GCAAGAAGTAGTCCTGAACTACTGCCTTCTGGTGTGACTGATGAAAATGAG---GTGACTACAGCTGT  1340
                  |.||||||||||||||||.|....|||||||.||||||||||||||.||||   ||||||...||||.
Sbjct 1681  TCCTCAGTAAGAAGTAGTCCTGAAATCGCACCTTCTGATGTGACTGATGAAAGTGAGGCTGTGACTGTGGCTGG  1754

Query 1341  TACTGAAAAAGTTTGTTCTGAACTC--------GACAATAATAGACATTCAAAAGAGGAAGATCCATTTAATGT  1406
            ||.|||.||||||        ||||        |||.||.|.|..||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755  TAATGAGAAAGTT--------ACTCCGAGATTTGACGATGACAAGCACTCAAAAGAGGAAGATCCATTTAATGT  1820

Query 1407  AGACTCAAGTTCGCTGACAGGTCCAGTTGCAGATACAAACTTGGATTTTTTCCAGTCTGATCCTTTTGTTGGCA  1480
            |||.||||||||.|||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1821  AGAATCAAGTTCACTGACAGATGCAGTTGCAGATACAAACTTGGATTTTTTCCAGTCTGATCCTTTTGTTGGCA  1894

Query 1481  GTGATCCTTTCAAGGATGATCCTTTTGGAAAAATCGATCCATTTGGTGGTGATCCTTTCAAAGGTTCAGATCCA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.
Sbjct 1895  GTGATCCTTTCAAGGATGATCCTTTTGGAAAAATTGATCCATTTGGTGGTGACCCTTTCAAAGGCTCAGATCCT  1968

Query 1555  TTTGCATCAGACTGTTTCTTCAGGCA---ATCTACTGATCCTTTTGCCACTTCAAGCACTGACCCTTTCAGTGC  1625
            |||||.||.||.||.|||||.|.|||   .|||||||||||||||.||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 1969  TTTGCGTCTGATTGCTTCTTTAAGCAGACTTCTACTGATCCTTTTACCACTTCAAGTACGGACCCTTTCAGTGC  2042

Query 1626  AGCCAACAATAGCAGTATTACATCGGTAGAAACGTTGAAGCACAATGATCCTTTTGCTCCTGGTGGAACAGTTG  1699
            |.|||.|||.|||||||.|||||||||||||||.|.||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043  ATCCAGCAACAGCAGTAATACATCGGTAGAAACTTGGAAGCACAATGACCCATTTGCTCCTGGTGGAACAGTTG  2116

Query 1700  T---TGCAGCAAGCGATTCAGCCACAGACCCCTTTGCTTCTGTTTTTGGGAATGAATCATTTGGAGGTGGATTT  1770
            |   ||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2117  TTGCTGCAGCGAGTGATTCAGCCACAGACCCTTTTGCTTCTGTTTTCGGAAATGAATCATTTGGAGATGGATTT  2190

Query 1771  GCTGACTTCAGCACATTGTCAAAGGTCAACAATGAAGATCCTTTTCGTTCAGCCACATCGAGCTCTGTCAGCAA  1844
            |||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||..|.|..|||.|||.||.|||..||||| 
Sbjct 2191  GCTGACTTCAGCACATTATCAAAGGTCAACAATGAAGATGCTTTTAATCCTACCATATCAAGTTCTACCAGCA-  2263

Query 1845  CGTAGTG---ATTACAAAAAATGTATTTGAGGAAACATCGGTCAAAAGTGAAGATGAACCCCCAGCACTGCC-A  1914
             || |||   |||.|||||..|.|.||.|||||||||.|...|||.||||||||||..||.||||||||||| .
Sbjct 2264  -GT-GTGACCATTGCAAAACCTATGTTAGAGGAAACAGCCAGCAAGAGTGAAGATGTGCCTCCAGCACTGCCGC  2335

Query 1915  CCAAAGATCGGAACTCCAACAAGACCCTGCCCTCTACCACCTGGGAAAAGATCCATCAACAAATTGGATTCTCC  1988
            |||||| |.||.||||||||||||||.|||||.|.|||.||||||||||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2336  CCAAAG-TTGGCACTCCAACAAGACCTTGCCCGCCACCCCCTGGGAAAAGACCCATCAACAAATTGGATTCTTC  2408

Query 1989  TGATCCCTTTAAACTGAATGATCCATTTCAGCCTTTCCCAGGCAACGATAGCCCCAAAGAAAAAGATCCTGAAA  2062
            |||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2409  TGATCCCCTTAAACTGAATGATCCATTTCAGCCTTTCCCAGGCAATGATAGTCCCAAAGAAAAAGATCCTGATA  2482

Query 2063  TGTTTTGTGATCCATTCACTTCTGCTACTACCACTACCAATAAAGAGGCTGATCCAAGCAATTTTGCCAACTTC  2136
            |||||||||||||||||||||   ||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 2483  TGTTTTGTGATCCATTCACTT---CTTCTACCACTACCAATAAAGAGGCTGACCCAAGCAATTTTGCTAACTTC  2553

Query 2137  AGTGCTTATCCCTCTGAAGAAGATATGATCGAATGGGCCAAGAGGGAAAGTGAGAGAGAGGAAGAGCAGAGGCT  2210
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||.|.||.|||||.||||||||
Sbjct 2554  AGTGCTTATCCCTCTGAAGAAGATATGATTGAATGGGCAAAAAGGGAAAGTGAGCGGGAAGAAGAACAGAGGCT  2627

Query 2211  TGCCCGACTAAATCAGCAGGAACAAGAAGACTTAGAACTGGCTATTGCACTCAGCAAATCTGAGATAT-AGAAG  2283
            ||||.||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.| |||||
Sbjct 2628  TGCCAGACTAAATCAGCAGGAGCAAGAAGACTTGGAACTGGCCATTGCACTTAGCAAATCTGAGATCTCAGAAG  2701

Query 2284  CA  2285
            ||
Sbjct 2702  CA  2703