Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13896
• Subject: NM_001164781.1
• Aligned Length: 1117
• Identities: 859
• Gaps: 251

Alignment

Query    1  ATGGAGTCCATCTTCCACGAGAAACAAGAAGGCTCACTTTGTGCTCAACATTGCCTGAATAACTTATTGCAAGG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  AGAATATTTTAGCCCCGTGGAATTATCCTCAATTGCACATCAGCTGGATGAGGAGGAGAGGATGAGAATGGCAG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AAGGAGGAGTTACTAGTGAAGATTATCGCACGTTTTTACAGCAGCCTTCTGGAAATATGGATGACAGTGGTTTT  222
                                                                    |||||             
Sbjct    1  --------------------------------------------------------ATGGA-------------  5

Query  223  TTCTCTATTC-------AGGTTATAAGCAATGCCTTGAAAGTTTGGGGTTTAGAACTAATCCTGTTCAACAGTC  289
            .||..|.|||       |.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    6  GTCCATCTTCCACGAGAAAGTTATAAGCAATGCCTTGAAAGTTTGGGGTTTAGAACTAATCCTGTTCAACAGTC  79

Query  290  CAGAGTATCAGAGGCTCAGGATCGATCCTATAAATGAAAGATCATTTATATGCAATTATAAGGAACACTGGTTT  363
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   80  CAGAGTATCAGAGGCTCAGGATCGATCCTATAAATGAAAGATCATTTATATGCAATTATAAGGAACACTGGTTT  153

Query  364  ACAGTTAGAAAATTAGGAAAACAGTGGTTTAACTTGAATTCTCTCTTGACGGGTCCAGAATTAATATCAGATAC  437
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  154  ACAGTTAGAAAATTAGGAAAACAGTGGTTTAACTTGAATTCTCTCTTGACGGGTCCAGAATTAATATCAGATAC  227

Query  438  ATATCTTGCACTTTTCTTGGCTCAATTACAACAGGAAGGTTATTCTATATTTGTCGTTAAGGGTGATCTGCCAG  511
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  228  ATATCTTGCACTTTTCTTGGCTCAATTACAACAGGAAGGTTATTCTATATTTGTCGTTAAGGGTGATCTGCCAG  301

Query  512  ATTGCGAAGCTGACCAACTCCTGCAGATGATTAGGGTCCAACAGATGCATCGACCAAAACTTATTGGAGAAGAA  585
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  302  ATTGCGAAGCTGACCAACTCCTGCAGATGATTAGGGTCCAACAGATGCATCGACCAAAACTTATTGGAGAAGAA  375

Query  586  TTAGCACAACTAAAAGAGCAAAGAGTCCATAAAACAGACCTGGAACGAGTGTTAGAAGCAAATGATGGCTCAGG  659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  376  TTAGCACAACTAAAAGAGCAAAGAGTCCATAAAACAGACCTGGAACGAGTGTTAGAAGCAAATGATGGCTCAGG  449

Query  660  AATGTTAGACGAAGATGAGGAGGATTTGCAGAGGGCTCTGGCACTAAGTCGCCAAGAAATTGACATGGAAGATG  733
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  450  AATGTTAGACGAAGATGAGGAGGATTTGCAGAGGGCTCTGGCACTAAGTCGCCAAGAAATTGACATGGAAGATG  523

Query  734  AGGAAGCAGATCTCCGCAGGGCTATTCAGCTAAGTATGCAAGGTAGTTCCAGAAACATATCTCAAGATATGACA  807
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  524  AGGAAGCAGATCTCCGCAGGGCTATTCAGCTAAGTATGCAAGGTAGTTCCAGAAACATATCTCAAGATATGACA  597

Query  808  CAGACATCAGGTACAAATCTTACTTCAGAAGAGCTTCGGAAGAGACGAGAAGCCTACTTTGAAAAACAGCAGCA  881
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  598  CAGACATCAGGTACAAATCTTACTTCAGAAGAGCTTCGGAAGAGACGAGAAGCCTACTTTGAAAAACAGCAGCA  671

Query  882  AAAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGGGACCTATCAG  955
            ||||||||||                           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  672  AAAGCAGCAA---------------------------CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGGGACCTATCAG  718

Query  956  GACAGAGTTCACATCCATGTGAAAGGCCAGCCACCAGTTCAGGAGCACTTGGGAGTGATCTAGGTGATGCTATG  1029
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  719  GACAGAGTTCACATCCATGTGAAAGGCCAGCCACCAGTTCAGGAGCACTTGGGAGTGATCTAGGTGATGCTATG  792

Query 1030  AGTGAAGAAGACATGCTTCAGGCAGCTGTGACCATGTCTTTAGAAACTGTCAGAAATGATTAGAAAACAAAAGG  1103
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.||||
Sbjct  793  AGTGAAGAAGACATGCTTCAGGCAGCTGTGACCATGTCTTTAGAAACTGTCAGAAATGATTTGAAAACAGAAGG  866

Query 1104  AAAAAAA  1110
            |||||||
Sbjct  867  AAAAAAA  873