Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_13920
Subject:
NM_001114663.1
Aligned Length:
3292
Identities:
2638
Gaps:
306

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCTGAGGGCGCGGCTAGCAGGGAGGCTCCGGCGCCTCTCGACGTTGCCGGGGGCGAAGACGACCCCCGAGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CGGCGCCGACGCTGCCTCAGGGGACGCCCCACCCCCGGCCTTGGGGGGCCGGATGAGGGACCGTCGCAGTGGGG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TCGCGCTGCCGGGCGCTGCGGGGGTCCCCGCGGATAGCGAGGCCGGCCTCCTGGAGGCTGCACGAGCGACCCCC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  CGGCGTAGCAGCATCATCAAGGATCCTTCAAACCAAAAATGTGGTGGCAGAAAGAAAACAGTGTCTTTCAGTAG  296

Query    1  -ATGCCATCGGA-AAGAAAATTAGCAGTGCAAATGACTGCATCAGCTTCATGCAAGCTGGCTGTGAGTTGAAGA  72
             ||||||||||| |||||.|||||||||||..|.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||.||||||
Sbjct  297  CATGCCATCGGAGAAGAAGATTAGCAGTGCCCACGACTGCATTAGCTTCATGCAGGCTGGCTGCGAGCTGAAGA  370

Query   73  AAGTCCGGCCAAATTCTCGCATTTACAACCGTTTTTTCACTCTGGACACAGACCTTCAAGCTCTTCGCTGGGAA  146
            ||||.||.||.||.||||||||.||||||||.||||||||.||.||.||.|||||.||.|||||.|||||||||
Sbjct  371  AAGTGCGCCCGAACTCTCGCATCTACAACCGATTTTTCACCCTAGATACCGACCTCCAGGCTCTACGCTGGGAA  444

Query  147  CCTTCAAAGAAAGACCTCGAGAAAGCCAAGCTTGATATTTCTGCCATAAAAGAGATCAGACTGGGGAAAAACAC  220
            |||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct  445  CCTTCCAAGAAAGACCTTGAAAAAGCCAAGCTGGACATTTCTGCCATCAAAGAGATCAGGCTGGGGAAGAACAC  518

Query  221  GGAAACATTTAGAAACAATGGCCTTGCTGACCAGATCTGTGAGGACTGTGCCTTTTCCATACTCCACGGGGAAA  294
            .||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct  519  AGAGACATTCAGAAACAATGGCCTTGCTGACCAGATCTGTGAAGACTGTGCCTTCTCCATACTCCATGGGGAAA  592

Query  295  ACTATGAGTCTCTGGACCTAGTTGCCAATTCAGCAGATGTGGCAAACATCTGGGTGTCTGGGTTACGGTACCTG  368
            |.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  593  ATTACGAGTCTCTGGACCTAGTTGCCAATTCAGCAGATGTGGCAAACATCTGGGTGTCGGGGTTACGGTACCTG  666

Query  369  GTTTCTCGAAGTAAGCAGCCTCTTGATTTTATGGAGGGCAACCAGAACACACCACGGTTCATGTGGTTGAAAAC  442
            ||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  667  GTCTCTCGTAGTAAGCAACCGCTTGATTTTATAGAGGGTAACCAGAACACACCACGGTTCATGTGGCTGAAAAC  740

Query  443  AGTGTTTGAAGCAGCAGATGTTGATGGGAATGGGATTATGTTGGAAGACACCTCTGTAGAGTTAATAAAACAAC  516
            .||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||||
Sbjct  741  GGTGTTTGAAGCAGCAGATGTTGATGGAAATGGGATTATGTTAGAAGACACTTCAGTGGAGTTAATAAAACAAC  814

Query  517  TCAACCCTACTCTGAAGGAAGCCAAGATCAGGTTAAAGTTTAAAGAAATCCAGAAGAGCAAGGAAAAACTAACC  590
            ||||||||||||||||||||.|.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct  815  TCAACCCTACTCTGAAGGAATCTAAGATCAGGTTAAAATTTAAAGAAATCCAGAAGAGCAAAGAAAAACTAACT  888

Query  591  ACCCGCGTGACCGAAGAGGAATTTTGTGAAGCTTTTTGTGAACTTTGCACCAGGCCAGAAGTGTATTTCTTACT  664
            |||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  889  ACCCGGGTGACAGAAGAGGAATTTTGTGAAGCATTTTGCGAACTGTGCACCAGGCCAGAAGTGTACTTCTTACT  962

Query  665  TGTACAGATATCTAAAAACAAAGAATATTTGGATGCCAATGATCTCATGCTCTTTTTAGAAGCTGAGCAAGGAG  738
            |||.|||||||||||.||||||||.||..|||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  963  TGTCCAGATATCTAAGAACAAAGAGTACCTGGATGCCAATGACCTCATGCTCTTCTTAGAAGCTGAGCAAGGTG  1036

Query  739  TCACCCATATCACCGAGGATATATGCTTAGACATCATAAGGAGATACGAACTTTCTGAAGAGGGACGTCAAAAA  812
            |||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.||.||||||||.||.||.||.|||
Sbjct 1037  TCACCCACATCACTGAGGATATGTGTTTAGACATCATTAGGAGATATGAGCTCTCTGAAGATGGCCGCCAGAAA  1110

Query  813  GGGTTTCTTGCAATTGATGGCTTTACCCAGTATTTATTGTCATCAGAATGTGACATTTTTGATCCTGAGCAAAA  886
            ||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1111  GGCTTCCTTGCAATTGATGGGTTTACCCAGTATTTATTGTCTCCAGAATGTGACATTTTTGATCCAGAGCAAAA  1184

Query  887  GAAGGTTGCCCAAGATATGACCCAGCCATTATCTCACTACTATATCAATGCCTCTCATAACACCTATCTAATAG  960
            .||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||
Sbjct 1185  AAAAGTTGCCCAAGATATGACCCAACCCTTATCTCACTACTATATCAATGCGTCTCATAATACCTACCTGATAG  1258

Query  961  AAGACCAGTTCAGGGGGCCAGCTGACATCAATGGGTACATTAGAGCTTTGAAAATGGGCTGTCGAAGCGTTGAA  1034
            ||||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||..|.|||||.|||||.|||||||||.|||||.||||.
Sbjct 1259  AAGATCAGTTCAGGGGACCAGCAGATATCAATGGGTATGTGAGAGCATTGAAGATGGGCTGTAGAAGCATTGAG  1332

Query 1035  CTCGATGTAAGTGATGGTTCAGATAATGAACCAATCCTTTGTAATCGAAATAACATGACAACCCATG----TTT  1104
            ||||||||.|||||||||.|.||||||||.||.||||||||||||.|.||.||||||    .|||||    |||
Sbjct 1333  CTCGATGTGAGTGATGGTCCGGATAATGAGCCCATCCTTTGTAATAGGAACAACATG----GCCATGCACCTTT  1402

Query 1105  CCTTTCGAAGTGTCATAGAGGTAATAAATAAATTTGCCTTTGTTGCTTCTGAATACCCACTCATTCTTTGCTTG  1178
            |||||||||||||..|.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 1403  CCTTTCGAAGTGTTCTGGAGGTGATAAATAAGTTTGCCTTTGTTGCTTCAGAGTACCCACTCATTCTCTGCTTG  1476

Query 1179  GGAAATCACTGCTCCTTGCCGCAGCAGAAGGTAATGGCTCAACAGATGAAAAAGGTCTTTGGCAATAAACTCTA  1252
            ||.|||||||||||..||||.||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||.||||||.|.|||||.||
Sbjct 1477  GGGAATCACTGCTCTCTGCCTCAGCAGAAAGTCATGGCACAGCAGATGAAAAAGGTGTTTGGCGAGAAACTTTA  1550

Query 1253  TACTGAAGCACCTTTGCCCTCAGAATCCTACCTCCCATCACCAGAAAAATTAAAAAGAATGATCATTGTGAAAG  1326
            |||.||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||.||||||.||||||..|||||.||||||||||
Sbjct 1551  TACAGAAGCACCTTTGTCTTCAGAATCCTACCTCCCATCACCTGAAAAACTAAAAAATATGATTATTGTGAAAG  1624

Query 1327  GAAAGAAGTTGCCTTCTGATCCAGATGTGTTAGAAGGAGAAGTAACAGATGAAGATGAAGAAGCTGAAATGTCT  1400
            |||||||.||||||||.||..|||||.||||||||||||||||.||.||.||.||.||||||||.||.|||||.
Sbjct 1625  GAAAGAAATTGCCTTCGGAATCAGATCTGTTAGAAGGAGAAGTGACCGACGAGGACGAAGAAGCCGAGATGTCG  1698

Query 1401  CGAAGGATGTCGGTAGATTACAATGGTGAGCAGAAGCAAATCCGACTCTGTAGGGAGCTCTCTGATTTGGTGTC  1474
            ||.||||||||.|..||||||||.|||||||||||.||.|||.|.|||||..|.|||||||||||.|||||.||
Sbjct 1699  CGGAGGATGTCAGGGGATTACAACGGTGAGCAGAAACATATCTGGCTCTGCCGAGAGCTCTCTGACTTGGTATC  1772

Query 1475  TATTTGTAAATCTGTTCAATACAGGGATTTTGAACTATCTATGAAAAGCCAAAACTATTGGGAAATGTGTTCAT  1548
            .||.||.|||||||||||..||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1773  CATCTGCAAATCTGTTCAGCACAGGGATTTTGAACTGTCTATGAAAACCCAAAACTACTGGGAAATGTGTTCAT  1846

Query 1549  TTAGTGAAACAGAGGCCAGCCGCATTGCAAATGAGTACCCAGAGGATTTTGTTAATTATAATAAGAAGTTCTTA  1622
            ||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||.||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1847  TTAGTGAAACAGAGGCCAGCCGGATTGCCAATGAATACCCAGAGGACTTCGTGAATTATAACAAGAAGTTCTTA  1920

Query 1623  TCAAGAATCTATCCAAGTGCCATGAGGATCGATTCCAGTAACTTGAATCCACAGGACTTTTGGAATTGTGGCTG  1696
            |||||..||||.||.|||||||||.||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1921  TCAAGGGTCTACCCTAGTGCCATGCGGATAGATTCCAGTAATTTGAACCCACAGGACTTCTGGAACTGTGGCTG  1994

Query 1697  TCAGATTATAGCAATGAATTTTCAGACTCCGGGTCCAATGATGGACCATCACACGGGCTGGTTTCTTCAAAACG  1770
            |||||||.|.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||..|||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 1995  TCAGATTGTGGCGATGAATTTTCAAACTCCCGGTCCAATGATGGACCTCCACACTGGCTGGTTTCTTCAAAATG  2068

Query 1771  GGGGATGTGGTTATGTTCTAAGGCCGTCTATAATGCGAGATGAAGTTTCTTACTTCAGCGCAAATACAAAGGGC  1844
            |.||||||||.||.||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069  GAGGATGTGGCTACGTCCTCAGGCCATCTATCATGCGAGATGAAGTTTCGTACTTCAGCGCAAATACAAAGGGC  2142

Query 1845  ATTCTACCTGGGGTGTCTCCTCTAGCTCTTCATATCAAGATCATCAGTGGTCAGAATTTCCCAAAGCCCAAGGG  1918
            |||.|.|||||.||||||||.||.|.||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 2143  ATTGTCCCTGGCGTGTCTCCCCTGGTTCTTCACATCAAGATCATCAGTGGTCAGAACTTCCCAAAGCCCAAAGG  2216

Query 1919  AGCTTGTGCCAAAGGGGATGTCATAGATCCCTATGTTTGTATAGAGATACACGGAATTCCAGCGGATTGTTCGG  1992
            |||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||.|||||.|..|
Sbjct 2217  AGCCTGTGCCAAAGGGGATGTCATAGACCCCTATGTTTGTGTGGAGATTCACGGAATTCCAGCTGATTGCTGCG  2290

Query 1993  AACAAAGAACTAAAACTGTACAGCAAAACAGTGATAATCCTATTTTTGATGAAACTTTTGAGTTCCAAGTAAAC  2066
            |.||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.|||
Sbjct 2291  AGCAAAGAACTAAAACTGTACAACAGAACAGCGATAATCCAATTTTTGATGAAACTTTCGAGTTTCAAGTCAAC  2364

Query 2067  CTACCTGAGCTGGCCATGATCCGTTTTGTTGTTCTGGATGATGACTACATTGGGGATGAGTTTATAGGGCAATA  2140
            ||.||.||||||.|||||.||||||||||..||.||||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||.||
Sbjct 2365  CTTCCCGAGCTGACCATGGTCCGTTTTGTCATTTTGGATGATGATTATATTGGGGATGAGTTCATTGGGCAGTA  2438

Query 2141  TACGATACCATTTGAATGTTTGCAGCCTGGATATCGGCATGTTCCCCTGCGTTCTTTTGTGGGTGACATCATGG  2214
            ||||||.||||||||||||.|||||||.||.||.|||||.||||||.||||.||.|||||.||.||.|||||||
Sbjct 2439  TACGATCCCATTTGAATGTCTGCAGCCCGGGTACCGGCACGTTCCCTTGCGCTCCTTTGTTGGGGATATCATGG  2512

Query 2215  AGCACGTAACCCTTTTTGTCCACATAGCAATAACTAATCGAAGTGGAGGAGGAAAGGCACAGAAGCGCAGTCTT  2288
            |||||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||..||||||||||.||.|||
Sbjct 2513  AGCACGTGACCCTTTTCGTTCACATAGCAATAACCAATCGCAGTGGAGGAGGAAAACCACAGAAGCGAAGCCTT  2586

Query 2289  TCAGTGAGAATGGGGAAGAAAGTTCGGGAATATACCATGCTCAGGAATATCGGTCTTAAAACCATTGATGACAT  2362
            ||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 2587  TCTGTGAGAATGGGGAAGAAAGTTCGAGAATACACCATGCTCAGGAATATTGGTCTTAAAACCATAGATGATAT  2660

Query 2363  CTTTAAAATAGCGGTTCATCCATTACGAGAAGCCATAGATATGAGAGAAAATATGCAGAATGCAATCGTGTCTA  2436
            |||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||.
Sbjct 2661  CTTCAAAATAGCAGTTCATCCCTTACGAGAAGCCATAGATATGAGAGAAAACATGCAGAACGCCATAGTGTCTG  2734

Query 2437  TTAAGGAACTATGTGGACTCCCTCCAATTGCCAGTCTGAAGCAGTGCCTGTTAACTCTGTCATCTCGGCTCATC  2510
            |||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct 2735  TTAAGGAGCTGTGTGGACTCCCGCCGATTGCCAGTCTGAAACAGTGCCTGTTAACCCTGTCCTCTCGTCTCATC  2808

Query 2511  ACCAGTGACAATACTCCTTCAGTCTCACTTGTGATGAAAGACAGCTTTCCTTACCTGGAGCCTCTGGGTGCAAT  2584
            ||||||||||.||||||.||.||.||.||.||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2809  ACCAGTGACAGTACTCCCTCTGTGTCTCTGGTGATGAAGGACTGCTTTCCTTACCTGGAGCCTCTGGGTGCCAT  2882

Query 2585  TCCAGATGTGCAGAAAAAGATGCTGACTGCTTATGATCTGATGATTCAAGAGAGCCGGTTTCTCATAGAAATGG  2658
            |||||||||||||||.|.|||||||.||||.|||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||
Sbjct 2883  TCCAGATGTGCAGAAGAGGATGCTGGCTGCATATGATCTGATGATTCAAGAGAGCCGGGTCCTCATAGAAATGG  2956

Query 2659  CGGACACAGTCCAGGAAAAGATTGTACAGTGTCAGAAAGCAGGGATGGAGTTCCATGAAGAACTTCATAATTTG  2732
            |.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.||
Sbjct 2957  CTGACACAGTTCAGGAAAAGATTGTACAGTGTCAGAAAGCAGGGATGGAATTCCATGAGGAACTTCATAATCTG  3030

Query 2733  GGGGCAAAAGAAGGCTTGAAGGGAAGAAAACTCAACAAAGCAACTGAGAGCTTTGCTTGGAACATTACAGTATT  2806
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|.|||||||||.||||||||.|||||.|||||
Sbjct 3031  GGGGCAAAGGAAGGCTTGAAGGGAAGAAAACTCAACAAGGCCATTGAGAGCTTCGCTTGGAATATTACGGTATT  3104

Query 2807  GAAGGGCCAAGGAGATCTGTTGAAGAATGCCAAGAATGAAGCTATAGAAAACATGAAGCAGATCCAGCTGGCAT  2880
            ||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||||||||..|.||.|||||.|||||.|||||||||||.|
Sbjct 3105  GAAGGGACAAGGAGACCTGCTGAAGAATGCCAAGAATGAAGCCGTGGAGAACATAAAGCAAATCCAGCTGGCCT  3178

Query 2881  GCCTGTCCTGTGGACTGAGTAAAGCCCCCAGCAGCAGTGCTGAGGCCAAGAGCAAGCGCAGCCTGGAAGCCATA  2954
            ||.||||.||||||||||||||||.|||..||.|..|..|.|||||||||.|||||||||||.|||||||.|||
Sbjct 3179  GCTTGTCTTGTGGACTGAGTAAAGGCCCTGGCGGTGGCTCAGAGGCCAAGGGCAAGCGCAGCTTGGAAGCGATA  3252

Query 2955  GAGGAGAAGGAAAGTAGTGAGGAGAATGGGAAGCTG  2990
            ||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 3253  GAGGAGAAAGAAAGTAGTGAGGAGAACGGGAAGCTG  3288