Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14034
• Subject: NM_001178116.1
• Aligned Length: 1575
• Identities: 1340
• Gaps: 235

Alignment

Query    1  ATGGCAGAGCTGCAGATGTTACTAGAGGAGGAGATCCCGTCTGGCAAGAGGGCGCTGATCGAGAGTTACCAGAA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCAGAGCTGCAGATGTTACTAGAGGAGGAGATCCCGTCTGGCAAGAGGGCGCTGATCGAGAGTTACCAGAA  74

Query   75  CCTGACTCGGGTGGCAGACTACTGTGAAAACAACTACATA----------------------------------  114
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                  
Sbjct   75  CCTGACTCGGGTGGCAGACTACTGTGAAAACAACTACATACAGAGACATGGTTTTGCTGTGTTGCTGTGTCTGC  148

Query  115  -----------------CAGGCTACAGACAAGAGAAAAGCTTTAGAGGAGACCAAAGCCTATACAACCCAATCT  171
                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TCTCAAACTCCTGGCCTCAGGCTACAGACAAGAGAAAAGCTTTAGAGGAGACCAAAGCCTATACAACCCAATCT  222

Query  172  CTAGCTAGTGTTGCTTATCAAATAAATGCATTGGCCAACAATGTACTCCAGTTGCTGGATATCCAAGCCTCTCA  245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CTAGCTAGTGTTGCTTATCAAATAAATGCATTGGCCAACAATGTACTCCAGTTGCTGGATATCCAAGCCTCTCA  296

Query  246  GCTTCGGAGAATGGAGTCTTCCATCAATCATATCTCACAGACTGTGGATATTCATAAGGAGAAAGTGGCACGAA  319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GCTTCGGAGAATGGAGTCTTCCATCAATCATATCTCACAGACTGTGGATATTCATAAGGAGAAAGTGGCACGAA  370

Query  320  GAGAGATTGGTATTTTGACAACAAATAAGAATACATCAAGAACTCACAAAATAATAGCACCTGCGAATATGGAG  393
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GAGAGATTGGTATTTTGACAACAAATAAGAATACATCAAGAACTCACAAAATAATAGCACCTGCGAATATGGAG  444

Query  394  CGCCCTGTAAGGTATATTCGGAAACCTATCGATTACACAGTTCTGGATGATGTGGGCCATGGTGT---------  458
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
Sbjct  445  CGCCCTGTAAGGTATATTCGGAAACCTATCGATTACACAGTTCTGGATGATGTGGGCCATGGTGTCAAGTGGCT  518

Query  459  ------CAAGCATGGAAATAACCAGCCTGCAAGAACTGGCACACTGTCGAGAACAAATCCTCCTACTCAGAAAC  526
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AAAAGCCAAGCATGGAAATAACCAGCCTGCAAGAACTGGCACACTGTCGAGAACAAATCCTCCTACTCAGAAAC  592

Query  527  CGCCAAGTCCTCCCATGTCAGGCCGGGGAACACTGGGACGGAATACTCCTTATAAAACCCTGGAACCTGTTAAA  600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CGCCAAGTCCTCCCATGTCAGGCCGGGGAACACTGGGACGGAATACTCCTTATAAAACCCTGGAACCTGTTAAA  666

Query  601  CCCCCAACAGTTCCTAATGACTATATGACCAGTCCTGCTAGGCTTGGAAGTCAGCATAGTCCAGGCAGGACAGC  674
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CCCCCAACAGTTCCTAATGACTATATGACCAGTCCTGCTAGGCTTGGAAGTCAGCATAGTCCAGGCAGGACAGC  740

Query  675  ATCTTTAAATCAGAGACCAAGGACACACAGTGGAAGTAGTGGAGGAAGTGGAAGTCGAGAAAACAGTGGTAGCA  748
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATCTTTAAATCAGAGACCAAGGACACACAGTGGAAGTAGTGGAGGAAGTGGAAGTCGAGAAAACAGTGGTAGCA  814

Query  749  GTAGTATTGGCATTCCCATTGCTGTGCCTACACCTTCGCCACCCACTATTGGACC-------------------  803
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
Sbjct  815  GTAGTATTGGCATTCCCATTGCTGTGCCTACACCTTCGCCACCCACTATTGGACCAGAAAACATTTCTGTCCCT  888

Query  804  --------------------------------------------------------------AGCAGCCCCGGG  815
                                                                          ||||||||||||
Sbjct  889  CCTCCTTCTGGAGCTCCACCAGCACCACCTCTGGCACCACTTCTCCCAGTGAGCACTGTGATAGCAGCCCCGGG  962

Query  816  CTCAGCTCCTGGTTCCCAGTATGGCACAATGACCAGGCAGATATCTCGACACAACTCTACTACTTCTTCGACAT  889
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTCAGCTCCTGGTTCCCAGTATGGCACAATGACCAGGCAGATATCTCGACACAACTCTACTACTTCTTCGACAT  1036

Query  890  CTTCTGGTGGATACAGACGAACTCCCTCTGTGACTGCTCAATTTTCTGCTCAGCCTCATGTTAATGGAGGTCCA  963
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTTCTGGTGGATACAGACGAACTCCCTCTGTGACTGCTCAATTTTCTGCTCAGCCTCATGTTAATGGAGGTCCA  1110

Query  964  CTTTATTCTCAAAATTCAATTTCTATTGCTCCACCCCCTCCCCCTATGCCTCAGTTGACTCCACAGATACCTCT  1037
            ||||||||||||||||||                                                        
Sbjct 1111  CTTTATTCTCAAAATTCA--------------------------------------------------------  1128

Query 1038  CACAGGCTTCGTGGCCAGGGTGCAGGAAAACATTGCTGATAGTCCAACTCCACCGCCACCACCTCCACCAGATG  1111
                                           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129  -------------------------------ATTGCTGATAGTCCAACTCCACCGCCACCACCTCCACCAGATG  1171

Query 1112  ACATTCCCATGTTTGATGACTCTCCACCTCCCCCACCACCACCACCAGTGGATTATGAAGATGAGGAGGCTGCA  1185
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1172  ACATTCCCATGTTTGATGACTCTCCACCTCCCCCACCACCACCACCAGTGGATTATGAAGATGAGGAGGCTGCA  1245

Query 1186  GTAGTTCAGTATAATGATCCATATGCAGATGGGGATCCTGCTTGGGCCCCCAAGAATTATATTGAGAAAGTTGT  1259
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246  GTAGTTCAGTATAATGATCCATATGCAGATGGGGATCCTGCTTGGGCCCCCAAGAATTATATTGAGAAAGTTGT  1319

Query 1260  TGCAATATATGATTATACAAAAGACAAGGATGATGAGCTGTCATTTATGGAGGGTGCAATCATTTATGTTATAA  1333
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320  TGCAATATATGATTATACAAAAGACAAGGATGATGAGCTGTCATTTATGGAGGGTGCAATCATTTATGTTATAA  1393

Query 1334  AGAAGAATGATGATGGCTGGTATGAAGGAGTCTGCAATCGAGTGACTGGTCTGTTCCCTGGGAACTATGTTGAA  1407
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394  AGAAGAATGATGATGGCTGGTATGAAGGAGTCTGCAATCGAGTGACTGGTCTGTTCCCTGGGAACTATGTTGAA  1467

Query 1408  TCAATCATGCA-TATACTGAT  1427
            ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1468  TCAATCATGCACTATACTGAT  1488