Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14378
• Subject: XM_017003398.1
• Aligned Length: 1366
• Identities: 1066
• Gaps: 281

Alignment

Query    1  ATGAATGTCTTTGTGACCTTACAAATTTTGGTTGACTTTGTGAAGAAACAATTGAAAACTGTCTTTGAAAGACT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TAGGCTGGAGCAACAGAGAATAGAAAATGATCTTTCAGACTGGAGTATAAAGATTCTAGATCATTCTTTGGAAG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AAAAGACTAACCCGCTTAGTGAACTGCCCATTGAATTAGAAAG----TTTGGAATGCCCATACCCTGATTTGAA  218
                              .|||  ||||  |||.|.|.|.|||    .||||              |||||   
Sbjct    1  ------------------ATGA--TGCC--TTGGAGTTGTAAGGAGAGTTGG--------------GATTT---  35

Query  219  ATCTTCAATTCTCAGTGAGTTCTATAAGTTTACACAGAAATATCAG--AAGAAGCTTCAAGACTTTAATCTGCA  290
                             |||.| |.||||    ..||.||||  ||  .|||.|.|||         |||||| 
Sbjct   36  -----------------AGTAC-ACAAGT----GGAGGAATA--AGCACAGATGGTTC---------ATCTGC-  75

Query  291  GTTGGAAGACATA----TACAGAAACTGTCAACTAAGTGAAGAAGACCACTGGATTTACCAGGCTATTTTGGAT  360
                       ||    .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   76  -----------TACTCTAACAGAAACTGTCAACTAAGTGAAGAAGACCACTGGATTTACCAGGCTATTTTGGAT  138

Query  361  CAGTACCCTGGAGATCTCTTTGGAAGAAGGACTCTGTATCTGGACATGTTACAAAGATATTTTCCTCACAAATC  434
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  139  CAGTACCCTGGAGATCTCTTTGGAAGAAGGACTCTGTATCTGGACATGTTACAAAGATATTTTCCTCACAAATC  212

Query  435  TAGGCATGATTTGGTTGAACACGAGAAATATTGTGACCAATATCGCTTTGCTATAGAGCAGCAAAATATCCTGA  508
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  213  TAGGCATGATTTGGTTGAACACGAGAAATATTGTGACCAATATCGCTTTGCTATAGAGCAGCAAAATATCCTGA  286

Query  509  TATCAAATTGGAATAAAAATAGGAAAGACTTTATACAGAAGGCTGTGCTGACACTCACTGAGGCTTGTGCAACA  582
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  287  TATCAAATTGGAATAAAAATAAGAAAGACTTTATACAGAAGGCTGTGCTGACACTCACTGAGGCTTGTGCAACA  360

Query  583  CATGAAATGGAGAGCATGTTGGCTAAGGACAAGAAAAAGCAACAGGAATTGTGTGCTGATCTGAAAGCCAA---  653
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct  361  CATGAAATGGAGAGCATGTTGGCTAAGGACAAGAAAAAGCAACAGGAATTGTGTGCTGATCTGAAAGCCAAGGA  434

Query  654  ------------------------------------GGTTCGTCAATGGCGAGCCCACCAAGAAGAGGTAGCAA  691
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  435  AGTGATTCTATTCAGAGATAACCAATATCATTATTTGGTTCGTCAATGGCGAGCCCACCAAGAAGAGGTAGCAA  508

Query  692  GACTGGAAATGGAAATTTCTGCCAGAAGAAGAGAAAAGGAAGAGGAGAAAGAGAAACTGTGGAAGAAGAAGGAA  765
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  509  GACTGGAAATGGAAATTTCTGCCAGAAGAAGAGAAAAGGAAGAGGAGAAAGAGAAACTGTGGAAGAAGAAGGAA  582

Query  766  TTGTTGCAAAGAGCAGAGAAGAAAAAAAGCATAAAAAAATACTGGGCCAAGAAAAAACAGAAGTGGCAAGAAAT  839
            ||||||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  583  TTGTTGCAAAGAGCAGAGAAGAAAAAAAAAATAAAAAAATACTGGGCCAAGAAAAAACAGAAGTGGCAAGAAAT  656

Query  840  GGAAATGAGAGATCTTCAGCGTCTAGAAGAACTGAAGAAATTAATCGCTGAACAGTCACTAAAAGACAGAGAAA  913
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  657  GGAAATGAGAGATCTTCAGCGTCTAGAAGAACTGAAGAAATTAATCGCTGAACAGTCACTAAAAGACAGAGAAA  730

Query  914  GGGTTAAATATAGACAAGAATTATTGGAAAGGCGTTTGATGGAGAAAAAGGAAGTGGCCCTTCAAGAAGCTCAT  987
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  731  GGGTTAAATATAGACAAGAATTATTGGAAAGGCGTTTGATGGAGAAAAAGGAAGTGGCCCTTCAAGAAGCTCAT  804

Query  988  GAAGACAAAGAGAGAGCACGGCGGCTAGAAGCCCTTAGGAAACAGGTTGCTGTTGTTGCTCAATTTGATCCTGT  1061
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  805  GAAGACAAAGAGAGAGCACGGCGGCTAGAAGCCCTTAGGAAACAGGTTGCTGTTGTTGCTCAATTTGATCCTGT  878

Query 1062  TAGAATGATGTCAGATACAATGGCATCAAAAGCTAGAATGGGCATTGAAATTGAAGAAGAATTTATTCTTCAAA  1135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  879  TAGAATGATGTCAGATACAATGGCATCAAAAGCTAGAATGGGCATTGAAATTGAAGAAGAATTTATTCTTCAAA  952

Query 1136  AGCCACTCTTCACATTGAATACATACAATGAACAGCAGATAATTTCTGACCCTAGACTTCGCTTCGAGTTAGCA  1209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  953  AGCCACTCTTCACATTGAATACATACAATGAACAGCAGATAATTTCTGACCCTAGACTTCGCTTCGAGTTAGCA  1026

Query 1210  CTTCGAGAAGCTGGACTTCATAGAACACTTTATGCTAAAGAGATATTACCAAAAATTAGTCCTCAAAAACCTCC  1283
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027  CTTCGAGAAGCTGGACTTCATAGAACACTTTATGCTAAAGAGATATTACCAAAAATTAGTCCTCAAAAACCTCC  1100

Query 1284  AAGAAAGGACATGGAGTCTACTGTATTGAAAATA  1317
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1101  AAGAAAGGACATGGAGTCTACTGTATTTAAAATA  1134