Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14554
• Subject: NM_001287345.1
• Aligned Length: 1977
• Identities: 1448
• Gaps: 528

Alignment

Query    1  ATGGCCGCAGTGATTCTGGAGAGCATCTTTCTGAAGCGATCCCAACAGAAAAAGAAAACATCACCTCTAAACTT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCCGCAGTGATTCTGGAGAGCATCTTTCTGAAGCGATCCCAACAGAAAAAGAAAACATCACCTCTAAACTT  74

Query   75  CAAGAAGCGCCTGTTTCTCTTGACCGTGCACAAACTCTCCTACTATGAGTATGACTTTGAACGTGGGAGAAGAG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAAGAAGCGCCTGTTTCTCTTGACCGTGCACAAACTCTCCTACTATGAGTATGACTTTGAACGTGGGAGAAGAG  148

Query  149  GCAGTAAGAAGGGTTCAATAGATGTTGAGAAGATCACTTGTGTTGAAACAGTGGTTCCTGAAAAAAATCCTCCT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCAGTAAGAAGGGTTCAATAGATGTTGAGAAGATCACTTGTGTTGAAACAGTGGTTCCTGAAAAAAATCCTCCT  222

Query  223  CCAGAAAGACAGATTCCGAGAAGAGGTGAAGAGTCCAGTGAAATGGAGCAAATTTCAATCATTGAAAGGTTCCC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCAGAAAGACAGATTCCGAGAAGAGGTGAAGAGTCCAGTGAAATGGAGCAAATTTCAATCATTGAAAGGTTCCC  296

Query  297  TTATCCCTTCCAGGTTGTATATGATGAAGGGCCTCTCTACGTCTTCTCCCCAACTGAAGAACTAAGGAAGCGGT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTATCCCTTCCAGGTTGTATATGATGAAGGGCCTCTCTACGTCTTCTCCCCAACTGAAGAACTAAGGAAGCGGT  370

Query  371  GGATTCACCAGCTCAAAAACGTAATCCGGTACAACAGTGATCTGGTTCAGAAATATCACCCTTGCTTCTGGATC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGATTCACCAGCTCAAAAACGTAATCCGGTACAACAGTGATCTGGTTCAGAAATATCACCCTTGCTTCTGGATC  444

Query  445  GATGGGCAGTATCTCTGCTGCTCTCAGACAGCCAAAAATGCTATGGGCTGCCAAATTTTGGAGAACAGGAATGG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GATGGGCAGTATCTCTGCTGCTCTCAGACAGCCAAAAATGCTATGGGCTGCCAAATTTTGGAGAACAGGAATGG  518

Query  519  AAGCTTAAAACCTGGGAGTTCTCACCGGAAGACAAAAAAGCCTCTTCCCCCAACGCCTGAGGAGGACCAGATCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AAGCTTAAAACCTGGGAGTTCTCACCGGAAGACAAAAAAGCCTCTTCCCCCAACGCCTGAGGAGGACCAGATCT  592

Query  593  TGAAAAAGCCACTACCGCCTGAGCCAGCAGCAGCACCAGTCTCCACAAGTGAGCTGAAAAAGGTTGTGGCCCTT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGAAAAAGCCACTACCGCCTGAGCCAGCAGCAGCACCAGTCTCCACAAGTGAGCTGAAAAAGGTTGTGGCCCTT  666

Query  667  TATGATTACATGCCAATGAATGCAAATGATCTACAGCTGCGGAAGGGTGATGAATATTTTATCTTGGAGGAAAG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TATGATTACATGCCAATGAATGCAAATGATCTACAGCTGCGGAAGGGTGATGAATATTTTATCTTGGAGGAAAG  740

Query  741  CAACTTACCATGGTGGAGAGCACGAGATAAAAATGGGCAGGAAGGCTACATTCCTAGTAACTATGTCACTGAAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAACTTACCATGGTGGAGAGCACGAGATAAAAATGGGCAGGAAGGCTACATTCCTAGTAACTATGTCACTGAAG  814

Query  815  CAGAAGACTCCATAGAAATGTATGAGTGGTATTCCAAACACATGACTCGGAGTCAGGCTGAGCAACTGCTAAAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CAGAAGACTCCATAGAAATGTATGAGTGGTATTCCAAACACATGACTCGGAGTCAGGCTGAGCAACTGCTAAAG  888

Query  889  CAAGAGGGGAAAGAAGGAGGTTTCATTGTCAGAGACTCCAGCAAAGCTGGCAAATATACAGTGTCTGTGTTTGC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CAAGAGGGGAAAGAAGGAGGTTTCATTGTCAGAGACTCCAGCAAAGCTGGCAAATATACAGTGTCTGTGTTTGC  962

Query  963  TAAATCCACAGGGGACCCTCAAGGGGTGATACGTCATTATGTTGTGTGTTCCACACCTCAGAGCCAGTATTACC  1036
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct  963  TAAATCCACAGGGGACCCTCAAGGGGTGATACGTCATTATGTTGTGTGTTCCACACCTCAGAGCCAGTATT---  1033

Query 1037  TGGCTGAGAAGCACCTTTTCAGCACCATCCCTGAGCTCATTAACTACCATCAGCACAACTCTGCAGGACTCATA  1110
                                                                                      
Sbjct 1034  --------------------------------------------------------------------------  1033

Query 1111  TCCAGGCTCAAATATCCAGTGTCTCAACAAAACAAGAATGCACCTTCCACTGCAGGCCTGGGATACGGATCATG  1184
                                                                                      
Sbjct 1034  --------------------------------------------------------------------------  1033

Query 1185  GGAAATTGATCCAAAGGACCTGACCTTCTTGAAGGAGCTGGGGACTGGACAATTTGGGGTAGTGAAGTATGGGA  1258
                                                                                      
Sbjct 1034  --------------------------------------------------------------------------  1033

Query 1259  AATGGAGAGGCCAGTACGACGTGGCCATCAAGATGATCAAAGAAGGCTCCATGTCTGAAGATGAATTCATTGAA  1332
                                                                                      
Sbjct 1034  --------------------------------------------------------------------------  1033

Query 1333  GAAGCCAAAGTCATGATGAATCTTTCCCATGAGAAGCTGGTGCAGTTGTATGGCGTCTGCACCAAGCAGCGCCC  1406
                                                                                      
Sbjct 1034  --------------------------------------------------------------------------  1033

Query 1407  CATCTTCATCATCACTGAGTACATGGCCAATGGCTGCCTCCTGAACTACCTGAGGGAGATGCGCCACCGCTTCC  1480
                                                                                      
Sbjct 1034  --------------------------------------------------------------------------  1033

Query 1481  AGACTCAGCAGCTGCTAGAGATGTGCAAGGATGTCTGTGAAGCCATGGAATACCTGGAGTCAAAGCAGTTCCTT  1554
                                                                                      
Sbjct 1034  --------------------------------------------------------------------------  1033

Query 1555  CACCGAGACCTGGCAGCTCGAAACTGTTTGGTAAACGATCAAGGAGTTGTTAAAGTATCTGATTTCGGCCTGTC  1628
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034  -------ACCTGGCAGCTCGAAACTGTTTGGTAAACGATCAAGGAGTTGTTAAAGTATCTGATTTCGGCCTGTC  1100

Query 1629  CAGGTATGTCCTGGATGATGAATACACAAGCTCAGTAGGCTCCAAATTTCCAGTCCGGTGGTCCCCACCGGAAG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101  CAGGTATGTCCTGGATGATGAATACACAAGCTCAGTAGGCTCCAAATTTCCAGTCCGGTGGTCCCCACCGGAAG  1174

Query 1703  TCCTGATGTATAGCAAGTTCAGCAGCAAATCTGACATTTGGGCTTTTGGGGTTTTGATGTGGGAAATTTACTCC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1175  TCCTGATGTATAGCAAGTTCAGCAGCAAATCTGACATTTGGGCTTTTGGGGTTTTGATGTGGGAAATTTACTCC  1248

Query 1777  CTGGGGAAGATGCCATATGAGAGATTTACTAACAGTGAGACTGCTGAACACATTGCCCAAGGCCTACGTCTCTA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249  CTGGGGAAGATGCCATATGAGAGATTTACTAACAGTGAGACTGCTGAACACATTGCCCAAGGCCTACGTCTCTA  1322

Query 1851  CAGGCCTCATCTGGCTTCAGAGAAGGTATATACCATCATGTACAGTTGTTGGCATGAGAAAGCAGATGAGCGTC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323  CAGGCCTCATCTGGCTTCAGAGAAGGTATATACCATCATGTACAGTTGCTGGCATGAGAAAGCAGATGAGCGTC  1396

Query 1925  CCACTTTCAAAATTCTTCTGAGCAATATTCTAGATGTCATGGATGAAGAATCC  1977
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397  CCACTTTCAAAATTCTTCTGAGCAATATTCTAGATGTCATGGATGAAGAATCC  1449