Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14704
• Subject: NM_001166280.2
• Aligned Length: 2637
• Identities: 2318
• Gaps: 318

Alignment

Query    1  ATGAGAGAGCTCGTCAACATTCCACTGGTACATATTCTTACTCTGGTTGCCTTCAGCGGAACTGAGAAACTTCC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGAGAGCTCGTCAACATTCCACTGGTACATATTCTTACTCTGGTTGCCTTCAGCGGAACTGAGAAACTTCC  74

Query   75  AAAAGCTCCTGTCATCACCACTCCTCTTGAAACAGTGGATGCCTTAGTTGAAGAAGTGGCTACTTTCATGTGTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AAAAGCTCCTGTCATCACCACTCCTCTTGAAACAGTGGATGCCTTAGTTGAAGAAGTGGCTACTTTCATGTGTG  148

Query  149  CAGTGGAATCCTACCCCCAGCCTGAGATTTCCTGGACTAGAAATAAAATTCTCATTAAACTCTTTGACACCCGG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGTGGAATCCTACCCCCAGCCTGAGATTTCCTGGACTAGAAATAAAATTCTCATTAAACTCTTTGACACCCGG  222

Query  223  TACAGCATCCGGGAGAATGGGCAGCTCCTCACCATCCTGAGTGTGGAAGACAGTGATGATGGCATTTACTGCTG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TACAGCATCCGGGAGAATGGGCAGCTCCTCACCATCCTGAGTGTGGAAGACAGTGATGATGGCATTTACTGCTG  296

Query  297  CACGGCCAACAATGGTGTGGGAGGAGCTGTGGAGAGTTGTGGAGCCCTGCAAGTGAAGATGAAACCTAAAATAA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CACGGCCAACAATGGTGTGGGAGGAGCTGTGGAGAGTTGTGGAGCCCTGCAAGTGAAGATGAAACCTAAAATAA  370

Query  371  CTCGCCCTCCCATAAATGTGAAAATAATAGAGGGATTAAAAGCAGTCCTACCATGTACTACAATGGGTAATCCC  444
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTCGTCCTCCCATAAATGTGAAAATAATAGAGGGATTAAAAGCAGTCCTACCATGTACTACAATGGGTAATCCC  444

Query  445  AAACCATCAGTGTCTTGGATAAAGGGAGACAGCCCTCTCAGGGAAAATTCCCGAATTGCAGTTCTTGAATCTGG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAACCATCAGTGTCTTGGATAAAGGGAGACAGCCCTCTCAGGGAAAATTCCCGAATTGCAGTTCTTGAATCTGG  518

Query  519  GAGCTTGAGGATTCATAACGTACAAAAGGAAGATGCAGGACAGTATCGATGTGTGGCAAAAAACAGCCTCGGGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAGCTTGAGGATTCATAACGTACAAAAGGAAGATGCAGGACAGTATCGATGTGTGGCAAAAAACAGCCTCGGGA  592

Query  593  CAGCATATTCCAAAGTGGTGAAGCTGGAAGTTGAG------------------------------GTTTTTGCC  636
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||                              |||||||||
Sbjct  593  CAGCATATTCCAAAGTGGTGAAGCTGGAAGTTGAGGAAGAAAGTGAACCCGAACAAGATACTAAAGTTTTTGCC  666

Query  637  AGGATCCTGCGGGCTCCTGAATCCCACAATGTCACCTTTGGCTCCTTTGTGACCCTGCACTGTACAGCAACAGG  710
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGGATCCTGCGGGCTCCTGAATCCCACAATGTCACCTTTGGCTCCTTTGTGACCCTGCACTGTACAGCAACAGG  740

Query  711  CATTCCTGTCCCCACCATCACCTGGATTGAAAACGGAAATGCTGTTTCTTCTGGGTCCATTCAAGAGAGTGTGA  784
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CATTCCTGTCCCCACCATCACCTGGATTGAAAACGGAAATGCTGTTTCTTCTGGGTCCATTCAAGAGAGTGTGA  814

Query  785  AAGACCGAGTGATTGACTCAAGACTGCAGCTGTTTATCACCAAGCCAGGACTCTACACATGCATAGCTACCAAT  858
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAGACCGAGTGATTGACTCAAGACTGCAGCTGTTTATCACCAAGCCAGGACTCTACACATGCATAGCTACCAAT  888

Query  859  AAGCATGGGGAGAAGTTCAGTACTGCCAAGGCTGCAGCCACCATCAGCATAGCAGAATGGAGTAAACCACAGAA  932
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
Sbjct  889  AAGCATGGGGAGAAGTTCAGTACTGCCAAGGCTGCAGCCACCATCAGCATAGCAGAATGG--------------  948

Query  933  AGATAACAAAGGCTACTGCGCCCAGTACAGAGGGGAGGTGTGTAATGCAGTCCTGGCAAAAGATGCTCTTGTTT  1006
                                                                                      
Sbjct  949  --------------------------------------------------------------------------  948

Query 1007  TTCTCAACACCTCCTATGCGGACCCTGAGGAGGCCCAAGAGCTACTGGTCCACACGGCCTGGAATGAACTGAAA  1080
                                                                                      
Sbjct  949  --------------------------------------------------------------------------  948

Query 1081  GTAGTGAGCCCAGTCTGCCGGCCAGCTGCTGAGGCTTTGTTGTGTAACCACATCTTCCAGGAGTGCAGTCCTGG  1154
                                                                                      
Sbjct  949  --------------------------------------------------------------------------  948

Query 1155  AGTAGTGCCTACTCCTATTCCCATTTGCAGAGAGTACTGCTTGGCAGTAAAGGAGCTCTTCTGCGCAAAAGAAT  1228
                                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  949  ----------------------------AGAGAGTACTGCTTGGCAGTAAAGGAGCTCTTCTGCGCAAAAGAAT  994

Query 1229  GGCTGGTAATGGAAGAGAAGACCCACAGAGGACTCTACAGATCCGAGATGCATTTGCTGTCCGTGCCAGAATGC  1302
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  995  GGCTGGTAATGGAAGAGAAGACCCACAGAGGACTCTACAGATCCGAGATGCATTTGCTGTCCGTGCCAGAATGC  1068

Query 1303  AGCAAGCTTCCCAGCATGCATTGGGACCCCACGGCCTGTGCCAGACTGCCACATCTAGATTATAACAAAGAAAA  1376
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
Sbjct 1069  AGCAAGCTTCCCAGCATGCATTGGGACCCCACGGCCTGTGCCAGACTGCCACATCTAG----------------  1126

Query 1377  CCTAAAAACATTCCCACCAATGACGTCCTCAAAGCCAAGTGTGGACATTCCAAATCTGCCTTCCTCCTCCTCTT  1450
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127  --------CATTCCCACCAATGACGTCCTCAAAGCCAAGTGTGGACATTCCAAATCTGCCTTCCTCCTCCTCTT  1192

Query 1451  CTTCCTTCTCTGTCTCACCTACATACTCCATGACTGTAATAATCTCCATCATGTCCAGCTTTGCAATATTTGTG  1524
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193  CTTCCTTCTCTGTCTCACCTACATACTCCATGACTGTAATAATCTCCATCATGTCCAGCTTTGCAATATTTGTG  1266

Query 1525  CTTCTTACCATAACTACTCTCTATTGCTGCCGAAGAAGAAAACAATGGAAAAATAAGAAAAGAGAATCAGCAGC  1598
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267  CTTCTTACCATAACTACTCTCTATTGCTGCCGAAGAAGAAAACAATGGAAAAATAAGAAAAGAGAATCAGCAGC  1340

Query 1599  AGTAACCCTCACCACACTGCCTTCTGAGCTCTTACTAGATAGACTTCATCCCAACCCCATGTACCAGAGGATGC  1672
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341  AGTAACCCTCACCACACTGCCTTCTGAGCTCTTACTAGATAGACTTCATCCCAACCCCATGTACCAGAGGATGC  1414

Query 1673  CGCTCCTTCTGAACCCCAAATTGCTCAGCCTGGAGTATCCAAGGAATAACATTGAATATGTGAGAGACATCGGA  1746
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415  CGCTCCTTCTGAACCCCAAATTGCTCAGCCTGGAGTATCCAAGGAATAACATTGAATATGTGAGAGACATCGGA  1488

Query 1747  GAGGGAGCGTTTGGAAGGGTGTTTCAAGCAAGGGCACCAGGCTTACTTCCCTATGAACCTTTCACTATGGTGGC  1820
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489  GAGGGAGCGTTTGGAAGGGTGTTTCAAGCAAGGGCACCAGGCTTACTTCCCTATGAACCTTTCACTATGGTGGC  1562

Query 1821  AGTAAAGATGCTCAAAGAAGAAGCCTCGGCAGATATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCAGCCCTCATGGCAG  1894
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563  AGTAAAGATGCTCAAAGAAGAAGCCTCGGCAGATATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCAGCCCTCATGGCAG  1636

Query 1895  AATTTGACAACCCTAACATTGTGAAGCTATTAGGAGTGTGTGCTGTCGGGAAGCCAATGTGCCTGCTCTTTGAA  1968
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637  AATTTGACAACCCTAACATTGTGAAGCTATTAGGAGTGTGTGCTGTCGGGAAGCCAATGTGCCTGCTCTTTGAA  1710

Query 1969  TACATGGCCTATGGTGACCTCAATGAGTTCCTCCGCAGCATGTCCCCTCACACCGTGTGCAGCCTCAGTCACAG  2042
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711  TACATGGCCTATGGTGACCTCAATGAGTTCCTCCGCAGCATGTCCCCTCACACCGTGTGCAGCCTCAGTCACAG  1784

Query 2043  TGACTTGTCTATGAGGGCTCAGGTCTCCAGCCCTGGGCCCCCACCCCTCTCCTGTGCTGAGCAGCTTTGCATTG  2116
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785  TGACTTGTCTATGAGGGCTCAGGTCTCCAGCCCTGGGCCCCCACCCCTCTCCTGTGCTGAGCAGCTTTGCATTG  1858

Query 2117  CCAGGCAGGTGGCAGCTGGCATGGCTTACCTCTCAGAACGTAAGTTTGTTCACCGAGATTTAGCCACCAGGAAC  2190
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859  CCAGGCAGGTGGCAGCTGGCATGGCTTACCTCTCAGAACGTAAGTTTGTTCACCGAGATTTAGCCACCAGGAAC  1932

Query 2191  TGCCTGGTGGGCGAGAACATGGTGGTGAAAATTGCCGACTTTGGCCTCTCCAGGAACATCTACTCAGCAGACTA  2264
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1933  TGCCTGGTGGGCGAGAACATGGTGGTGAAAATTGCCGACTTTGGCCTCTCCAGGAACATCTACTCAGCAGACTA  2006

Query 2265  CTACAAAGCTAATGAAAACGACGCTATCCCTATCCGTTGGATGCCACCAGAGTCCATTTTTTATAACCGCTACA  2338
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2007  CTACAAAGCTAATGAAAACGACGCTATCCCTATCCGTTGGATGCCACCAGAGTCCATTTTTTATAACCGCTACA  2080

Query 2339  CTACAGAGTCTGATGTGTGGGCCTATGGCGTGGTCCTCTGGGAGATCTTCTCCTATGGCCTGCAGCCCTACTAT  2412
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2081  CTACAGAGTCTGATGTGTGGGCCTATGGCGTGGTCCTCTGGGAGATCTTCTCCTATGGCCTGCAGCCCTACTAT  2154

Query 2413  GGGATGGCCCATGAGGAGGTCATTTACTACGTGCGAGATGGCAACATCCTCTCCTGCCCTGAGAACTGCCCCGT  2486
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155  GGGATGGCCCATGAGGAGGTCATTTACTACGTGCGAGATGGCAACATCCTCTCCTGCCCTGAGAACTGCCCCGT  2228

Query 2487  GGAGCTGTACAATCTCATGCGTCTATGTTGGAGCAAGCTGCCTGCAGACAGACCCAGTTTCACCAGTATTCACC  2560
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2229  GGAGCTGTACAATCTCATGCGTCTATGTTGGAGCAAGCTGCCTGCAGACAGACCCAGTTTCACCAGTATTCACC  2302

Query 2561  GAATTCTGGAACGCATGTGTGAGAGGGCAGAGGGAACTGTGAGTGTC  2607
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2303  GAATTCTGGAACGCATGTGTGAGAGGGCAGAGGGAACTGTGAGTGTC  2349