Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14704
• Subject: NM_001166281.2
• Aligned Length: 2607
• Identities: 2318
• Gaps: 288

Alignment

Query    1  ATGAGAGAGCTCGTCAACATTCCACTGGTACATATTCTTACTCTGGTTGCCTTCAGCGGAACTGAGAAACTTCC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGAGAGCTCGTCAACATTCCACTGGTACATATTCTTACTCTGGTTGCCTTCAGCGGAACTGAGAAACTTCC  74

Query   75  AAAAGCTCCTGTCATCACCACTCCTCTTGAAACAGTGGATGCCTTAGTTGAAGAAGTGGCTACTTTCATGTGTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AAAAGCTCCTGTCATCACCACTCCTCTTGAAACAGTGGATGCCTTAGTTGAAGAAGTGGCTACTTTCATGTGTG  148

Query  149  CAGTGGAATCCTACCCCCAGCCTGAGATTTCCTGGACTAGAAATAAAATTCTCATTAAACTCTTTGACACCCGG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGTGGAATCCTACCCCCAGCCTGAGATTTCCTGGACTAGAAATAAAATTCTCATTAAACTCTTTGACACCCGG  222

Query  223  TACAGCATCCGGGAGAATGGGCAGCTCCTCACCATCCTGAGTGTGGAAGACAGTGATGATGGCATTTACTGCTG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TACAGCATCCGGGAGAATGGGCAGCTCCTCACCATCCTGAGTGTGGAAGACAGTGATGATGGCATTTACTGCTG  296

Query  297  CACGGCCAACAATGGTGTGGGAGGAGCTGTGGAGAGTTGTGGAGCCCTGCAAGTGAAGATGAAACCTAAAATAA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CACGGCCAACAATGGTGTGGGAGGAGCTGTGGAGAGTTGTGGAGCCCTGCAAGTGAAGATGAAACCTAAAATAA  370

Query  371  CTCGCCCTCCCATAAATGTGAAAATAATAGAGGGATTAAAAGCAGTCCTACCATGTACTACAATGGGTAATCCC  444
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTCGTCCTCCCATAAATGTGAAAATAATAGAGGGATTAAAAGCAGTCCTACCATGTACTACAATGGGTAATCCC  444

Query  445  AAACCATCAGTGTCTTGGATAAAGGGAGACAGCCCTCTCAGGGAAAATTCCCGAATTGCAGTTCTTGAATCTGG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAACCATCAGTGTCTTGGATAAAGGGAGACAGCCCTCTCAGGGAAAATTCCCGAATTGCAGTTCTTGAATCTGG  518

Query  519  GAGCTTGAGGATTCATAACGTACAAAAGGAAGATGCAGGACAGTATCGATGTGTGGCAAAAAACAGCCTCGGGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAGCTTGAGGATTCATAACGTACAAAAGGAAGATGCAGGACAGTATCGATGTGTGGCAAAAAACAGCCTCGGGA  592

Query  593  CAGCATATTCCAAAGTGGTGAAGCTGGAAGTTGAGGTTTTTGCCAGGATCCTGCGGGCTCCTGAATCCCACAAT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CAGCATATTCCAAAGTGGTGAAGCTGGAAGTTGAGGTTTTTGCCAGGATCCTGCGGGCTCCTGAATCCCACAAT  666

Query  667  GTCACCTTTGGCTCCTTTGTGACCCTGCACTGTACAGCAACAGGCATTCCTGTCCCCACCATCACCTGGATTGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GTCACCTTTGGCTCCTTTGTGACCCTGCACTGTACAGCAACAGGCATTCCTGTCCCCACCATCACCTGGATTGA  740

Query  741  AAACGGAAATGCTGTTTCTTCTGGGTCCATTCAAGAGAGTGTGAAAGACCGAGTGATTGACTCAAGACTGCAGC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AAACGGAAATGCTGTTTCTTCTGGGTCCATTCAAGAGAGTGTGAAAGACCGAGTGATTGACTCAAGACTGCAGC  814

Query  815  TGTTTATCACCAAGCCAGGACTCTACACATGCATAGCTACCAATAAGCATGGGGAGAAGTTCAGTACTGCCAAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TGTTTATCACCAAGCCAGGACTCTACACATGCATAGCTACCAATAAGCATGGGGAGAAGTTCAGTACTGCCAAG  888

Query  889  GCTGCAGCCACCATCAGCATAGCAGAATGGAGTAAACCACAGAAAGATAACAAAGGCTACTGCGCCCAGTACAG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||                                            
Sbjct  889  GCTGCAGCCACCATCAGCATAGCAGAATGG--------------------------------------------  918

Query  963  AGGGGAGGTGTGTAATGCAGTCCTGGCAAAAGATGCTCTTGTTTTTCTCAACACCTCCTATGCGGACCCTGAGG  1036
                                                                                      
Sbjct  919  --------------------------------------------------------------------------  918

Query 1037  AGGCCCAAGAGCTACTGGTCCACACGGCCTGGAATGAACTGAAAGTAGTGAGCCCAGTCTGCCGGCCAGCTGCT  1110
                                                                                      
Sbjct  919  --------------------------------------------------------------------------  918

Query 1111  GAGGCTTTGTTGTGTAACCACATCTTCCAGGAGTGCAGTCCTGGAGTAGTGCCTACTCCTATTCCCATTTGCAG  1184
                                                                                    ||
Sbjct  919  ------------------------------------------------------------------------AG  920

Query 1185  AGAGTACTGCTTGGCAGTAAAGGAGCTCTTCTGCGCAAAAGAATGGCTGGTAATGGAAGAGAAGACCCACAGAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  921  AGAGTACTGCTTGGCAGTAAAGGAGCTCTTCTGCGCAAAAGAATGGCTGGTAATGGAAGAGAAGACCCACAGAG  994

Query 1259  GACTCTACAGATCCGAGATGCATTTGCTGTCCGTGCCAGAATGCAGCAAGCTTCCCAGCATGCATTGGGACCCC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  995  GACTCTACAGATCCGAGATGCATTTGCTGTCCGTGCCAGAATGCAGCAAGCTTCCCAGCATGCATTGGGACCCC  1068

Query 1333  ACGGCCTGTGCCAGACTGCCACATCTAGATTATAACAAAGAAAACCTAAAAACATTCCCACCAATGACGTCCTC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||                        ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069  ACGGCCTGTGCCAGACTGCCACATCTAG------------------------CATTCCCACCAATGACGTCCTC  1118

Query 1407  AAAGCCAAGTGTGGACATTCCAAATCTGCCTTCCTCCTCCTCTTCTTCCTTCTCTGTCTCACCTACATACTCCA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119  AAAGCCAAGTGTGGACATTCCAAATCTGCCTTCCTCCTCCTCTTCTTCCTTCTCTGTCTCACCTACATACTCCA  1192

Query 1481  TGACTGTAATAATCTCCATCATGTCCAGCTTTGCAATATTTGTGCTTCTTACCATAACTACTCTCTATTGCTGC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193  TGACTGTAATAATCTCCATCATGTCCAGCTTTGCAATATTTGTGCTTCTTACCATAACTACTCTCTATTGCTGC  1266

Query 1555  CGAAGAAGAAAACAATGGAAAAATAAGAAAAGAGAATCAGCAGCAGTAACCCTCACCACACTGCCTTCTGAGCT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267  CGAAGAAGAAAACAATGGAAAAATAAGAAAAGAGAATCAGCAGCAGTAACCCTCACCACACTGCCTTCTGAGCT  1340

Query 1629  CTTACTAGATAGACTTCATCCCAACCCCATGTACCAGAGGATGCCGCTCCTTCTGAACCCCAAATTGCTCAGCC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341  CTTACTAGATAGACTTCATCCCAACCCCATGTACCAGAGGATGCCGCTCCTTCTGAACCCCAAATTGCTCAGCC  1414

Query 1703  TGGAGTATCCAAGGAATAACATTGAATATGTGAGAGACATCGGAGAGGGAGCGTTTGGAAGGGTGTTTCAAGCA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415  TGGAGTATCCAAGGAATAACATTGAATATGTGAGAGACATCGGAGAGGGAGCGTTTGGAAGGGTGTTTCAAGCA  1488

Query 1777  AGGGCACCAGGCTTACTTCCCTATGAACCTTTCACTATGGTGGCAGTAAAGATGCTCAAAGAAGAAGCCTCGGC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489  AGGGCACCAGGCTTACTTCCCTATGAACCTTTCACTATGGTGGCAGTAAAGATGCTCAAAGAAGAAGCCTCGGC  1562

Query 1851  AGATATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCAGCCCTCATGGCAGAATTTGACAACCCTAACATTGTGAAGCTAT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563  AGATATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCAGCCCTCATGGCAGAATTTGACAACCCTAACATTGTGAAGCTAT  1636

Query 1925  TAGGAGTGTGTGCTGTCGGGAAGCCAATGTGCCTGCTCTTTGAATACATGGCCTATGGTGACCTCAATGAGTTC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637  TAGGAGTGTGTGCTGTCGGGAAGCCAATGTGCCTGCTCTTTGAATACATGGCCTATGGTGACCTCAATGAGTTC  1710

Query 1999  CTCCGCAGCATGTCCCCTCACACCGTGTGCAGCCTCAGTCACAGTGACTTGTCTATGAGGGCTCAGGTCTCCAG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711  CTCCGCAGCATGTCCCCTCACACCGTGTGCAGCCTCAGTCACAGTGACTTGTCTATGAGGGCTCAGGTCTCCAG  1784

Query 2073  CCCTGGGCCCCCACCCCTCTCCTGTGCTGAGCAGCTTTGCATTGCCAGGCAGGTGGCAGCTGGCATGGCTTACC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785  CCCTGGGCCCCCACCCCTCTCCTGTGCTGAGCAGCTTTGCATTGCCAGGCAGGTGGCAGCTGGCATGGCTTACC  1858

Query 2147  TCTCAGAACGTAAGTTTGTTCACCGAGATTTAGCCACCAGGAACTGCCTGGTGGGCGAGAACATGGTGGTGAAA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859  TCTCAGAACGTAAGTTTGTTCACCGAGATTTAGCCACCAGGAACTGCCTGGTGGGCGAGAACATGGTGGTGAAA  1932

Query 2221  ATTGCCGACTTTGGCCTCTCCAGGAACATCTACTCAGCAGACTACTACAAAGCTAATGAAAACGACGCTATCCC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1933  ATTGCCGACTTTGGCCTCTCCAGGAACATCTACTCAGCAGACTACTACAAAGCTAATGAAAACGACGCTATCCC  2006

Query 2295  TATCCGTTGGATGCCACCAGAGTCCATTTTTTATAACCGCTACACTACAGAGTCTGATGTGTGGGCCTATGGCG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2007  TATCCGTTGGATGCCACCAGAGTCCATTTTTTATAACCGCTACACTACAGAGTCTGATGTGTGGGCCTATGGCG  2080

Query 2369  TGGTCCTCTGGGAGATCTTCTCCTATGGCCTGCAGCCCTACTATGGGATGGCCCATGAGGAGGTCATTTACTAC  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2081  TGGTCCTCTGGGAGATCTTCTCCTATGGCCTGCAGCCCTACTATGGGATGGCCCATGAGGAGGTCATTTACTAC  2154

Query 2443  GTGCGAGATGGCAACATCCTCTCCTGCCCTGAGAACTGCCCCGTGGAGCTGTACAATCTCATGCGTCTATGTTG  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155  GTGCGAGATGGCAACATCCTCTCCTGCCCTGAGAACTGCCCCGTGGAGCTGTACAATCTCATGCGTCTATGTTG  2228

Query 2517  GAGCAAGCTGCCTGCAGACAGACCCAGTTTCACCAGTATTCACCGAATTCTGGAACGCATGTGTGAGAGGGCAG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2229  GAGCAAGCTGCCTGCAGACAGACCCAGTTTCACCAGTATTCACCGAATTCTGGAACGCATGTGTGAGAGGGCAG  2302

Query 2591  AGGGAACTGTGAGTGTC  2607
            |||||||||||||||||
Sbjct 2303  AGGGAACTGTGAGTGTC  2319