Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14712
• Subject: NM_001122952.1
• Aligned Length: 1617
• Identities: 1362
• Gaps: 144

Alignment

Query    1  ------------------------------------------------ATGTATTCTCCGCTCTG--------T  18
                                                            ||..|.|..|.|||.||        |
Sbjct    1  ATGAAGCTTGCTGACAGCGTAATGGCAGGGAAAGCTTCCGACGGCTCCATCAAATGGCAGCTTTGCTACGACAT  74

Query   19  CTCACCCA-------------GGATGAATTTCATCCTTTCATCGAAGCACTTCTGCCCCACGTCCGAGCCTTTG  79
            |||..|||             ||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct   75  CTCGGCCAGAACTTGGTGGATGGATGAGTTTCATCCTTTCATTGAAGCACTTCTGCCCCATGTCCGCGCCTTCG  148

Query   80  CCTACACATGGTTCAACCTGCAGGCCCGAAAACGAAAATACTTCAAAAAACATGAAAAGCGTATGTCAAAAGAA  153
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct  149  CCTACACATGGTTCAACCTGCAGGCCCGAAAGCGGAAATACTTCAAAAAACATGAGAAGCGCATGTCGAAAGAA  222

Query  154  GAAGAGAGAGCCGTGAAGGATGAATTGCTAAGTGAAAAACCAGAGGTCAAGCAGAAGTGGGCATCTCGACTTCT  227
            ||.|||||.|||||||||||||||.|||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct  223  GAGGAGAGGGCCGTGAAGGATGAACTGCTAAGCGAGAAGCCCGAGGTCAAGCAGAAGTGGGCTTCCCGACTTCT  296

Query  228  GGCAAAGTTGCGGAAAGATATCCGACCCGAATATCGAGAGGATTTTGTTCTTACAGTTACAGGGAAAAAACCTC  301
            |||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGCCAAGTTACGGAAAGATATCCGACCCGAGTACCGAGAGGATTTTGTTCTTACAGTTACAGGGAAAAAACCTC  370

Query  302  CATGTTGTGTTCTTTCCAACCCAGACCAGAAAGGCAAGATGCGAAGAATTGACTGCCTCCGCCAGGCAGATAAA  375
            ||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CATGCTGTGTTCTTTCCAACCCTGATCAGAAAGGCAAGATGCGGAGAATTGACTGCCTCCGCCAGGCAGATAAA  444

Query  376  GTCTGGAGGTTGGACCTTGTTATGGTGATTTTGTTTAAAGGTATTCCGCTGGAAAGTACTGATGGCGAGCGCCT  449
            ||.||||||||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTATGGAGGTTGGACCTCGTCATGGTGATCTTGTTCAAAGGTATTCCGCTGGAAAGTACTGATGGCGAGCGCCT  518

Query  450  TGTAAAGTCCCCACAATGCTCTAATCCAGGGCTCTGTGTCCAACCCCATCACATAGGGGTTTCTGTTAAGGAAC  523
            |||||||...|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  519  TGTAAAGAGTCCACAGTGCTCTAATCCAGGGCTCTGTGTCCAGCCCCATCACATAGGGGTTTCTGTAAAGGAAC  592

Query  524  TCGATTTATATTTGGCATACTTTGTGCATGCAGCAGATTCAAGTCAATCTGAAAGTCCCAGCCAGCCAAGTGAC  597
            |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  593  TCGATTTATATTTGGCATACTTTGTACATGCAGCAGATTCAAGTCAATCTGAAAGTCCCAGCCAGCCAAGTGAA  666

Query  598  GCTGACATTAAGGACCAGCCAGAAAATGGACATTTGGGCTTCCAGGACAGTTTTGTCACATCAGGTGTTTTTAG  671
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||
Sbjct  667  GCTGACATTAAGGACCAGCCAGAAAATGGACATTTGGGCTTCCAGGACAGCTTTGTCACATCAGGTGTTTTCAG  740

Query  672  TGTCACTGAGCTAGTAAGAGTGTCACAGACACCAATAGCTGCAGGAACTGGCCCAAATTTTTCTCTCTCAGATT  745
            |||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||
Sbjct  741  TGTGACTGAGCTAGTAAGAGTGTCACAAACACCAATAGCTGCAGGAACCGGCCCCAATTTTTCTCTCTCTGATT  814

Query  746  TGGAAAGTTCTTCATACTACAGCATGAGTCCAGGAGCAATGAGGAGGTCTTTACCCAGCACATCCTCTACGAGC  819
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|||
Sbjct  815  TGGAAAGTTCTTCATACTACAGCATGAGTCCAGGAGCAATGAGGAGGTCTCTGCCCAGCACATCCTCTACCAGC  888

Query  820  TCCACAAAGCGCCTCAAGTCTGTGGAGGATGAAATGGACAGTCCTGGTGAGGAGCCATTTTATACAGGCCAAGG  893
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||
Sbjct  889  TCTACAAAGCGCCTCAAGTCTGTGGAGGATGAAATGGACAGTCCTGGTGAAGAACCATTTTACACAGGCCAAGG  962

Query  894  GCGCTCCCCAGGAAGTGGCAGTCAGTCAAGTGGATGGCATGAAGTGGAGCCAGGAATGCCATCTCCAACCACAC  967
            ||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||..||||||||||||.|||||
Sbjct  963  GCGCTCCCCAGGGAGTGGCAGCCAGTCCAGTGGATGGCATGAAGTAGAGCCAGGCTTGCCATCTCCAAGCACAC  1036

Query  968  TGAAGAAGTCGGAGAAGTCTGGTTTCAGCAGCCCCTCCCCTTCTCAGACCTCCTCCCTGGGAACGGCGTTCACA  1041
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct 1037  TGAAGAAGTCTGAGAAGTCTGGTTTCAGCAGCCCCTCCCCTTCGCAGACCTCCTCCCTGGGAACAGCATTCACA  1110

Query 1042  CAGCATCACCGACCTGTCATTACAGGACCCAGAGCAAGTCCGCATGCAACACCATCGACTCTTCATTTCCCGAC  1115
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.||.||
Sbjct 1111  CAGCATCACCGACCTGTCATTACAGGACCCAGAGCAAGTCCACATGCGACGCCATCGACTCTCCACTTTCCAAC  1184

Query 1116  ATCACCCATTATCCAGCAGCCTGGGCCTTACTTCTCACACCCAGCCATCCGCTATCACCCTCAGGAGACGCTGA  1189
            .||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GTCACCCATCATCCAGCAGCCTGGGCCTTACTTCTCACACCCAGCCATCCGTTACCACCCTCAGGAGACGCTGA  1258

Query 1190  AAGAATTTGTCCAACTTGTCTGCCCTGATGCTGGTCAGCAGGCTGGACAGGTGGGGTTCCTCAATCCCAATGGG  1263
            ||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1259  AAGAGTTTGTCCAACTTGTCTGTCCTGATGCTGGTCAGCAAGCTGGACAGGTGGGGTTCCTCAATCCCAATGGA  1332

Query 1264  AGCAGCCAAGGCAAGGTGCACAACCCATTCCTTCCCACCCCAATGTTGCCACCGCCACCGCCACCACCGATGGC  1337
            |||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||
Sbjct 1333  AGCAGTCAAGGCAAGGTGCACAACCCATTCCTCCCCACCCCAATGTTGCCGCCGCCGCCACCACCACCGATGGC  1406

Query 1338  CAGGCCTGTGCCTCTGCCGGTGCCAGACACAAAGCCTCCAACCACGTCAACAGAAGGAGGTGCAGCCTCCCCCA  1411
            ||||||||||||||||||..||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CAGGCCTGTGCCTCTGCCCATGCCAGACACCAAGCCTCCAACCACATCAACAGAAGGAGGTGCAGCCTCCCCCA  1480

Query 1412  CGTCACCAATCCT-----------GGTACCT---------------------------------GGGATAAAAG  1441
            |.|||||.| |||           .|.||||                                 |||||..|||
Sbjct 1481  CCTCACCGA-CCTACTCGACACCCAGCACCTCCCCCGCAAACCGATTCGTCAGTGTTGGACCACGGGATCCAAG  1553

Query 1442  --TTGCAGCGTCCCACCATCCACCAGACAGAC-CACCCCT----CCCCTTCTCAACTCTG---  1494
              |||.|       |..||||..|| |||||| ||..|||    |            |||   
Sbjct 1554  CTTTGTA-------AATATCCCTCA-ACAGACACAGTCCTGGTAC------------CTGGGA  1596