Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14712
• Subject: NM_001145511.2
• Aligned Length: 1549
• Identities: 1436
• Gaps: 101

Alignment

Query    1  ATGTATTCTCCGCTCTGTCTCACCCA-GGATGAATTTCATCCTTTCATCGAAGCACTTCTGCCCCACGTCCGAG  73
                                     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------ATGGATGAATTTCATCCTTTCATCGAAGCACTTCTGCCCCACGTCCGAG  49

Query   74  CCTTTGCCTACACATGGTTCAACCTGCAGGCCCGAAAACGAAAATACTTCAAAAAACATGAAAAGCGTATGTCA  147
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   50  CCTTTGCCTACACATGGTTCAACCTGCAGGCCCGAAAACGAAAATACTTCAAAAAACATGAAAAGCGTATGTCA  123

Query  148  AAAGAAGAAGAGAGAGCCGTGAAGGATGAATTGCTAAGTGAAAAACCAGAGGTCAAGCAGAAGTGGGCATCTCG  221
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  124  AAAGAAGAAGAGAGAGCCGTGAAGGATGAATTGCTAAGTGAAAAACCAGAGGTCAAGCAGAAGTGGGCATCTCG  197

Query  222  ACTTCTGGCAAAGTTGCGGAAAGATATCCGACCCGAATATCGAGAGGATTTTGTTCTTACAGTTACAGGGAAAA  295
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  198  ACTTCTGGCAAAGTTGCGGAAAGATATCCGACCCGAATATCGAGAGGATTTTGTTCTTACAGTTACAGGGAAAA  271

Query  296  AACCTCCATGTTGTGTTCTTTCCAACCCAGACCAGAAAGGCAAGATGCGAAGAATTGACTGCCTCCGCCAGGCA  369
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  272  AACCTCCATGTTGTGTTCTTTCCAACCCAGACCAGAAAGGCAAGATGCGAAGAATTGACTGCCTCCGCCAGGCA  345

Query  370  GATAAAGTCTGGAGGTTGGACCTTGTTATGGTGATTTTGTTTAAAGGTATTCCGCTGGAAAGTACTGATGGCGA  443
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  346  GATAAAGTCTGGAGGTTGGACCTTGTTATGGTGATTTTGTTTAAAGGTATTCCGCTGGAAAGTACTGATGGCGA  419

Query  444  GCGCCTTGTAAAGTCCCCACAATGCTCTAATCCAGGGCTCTGTGTCCAACCCCATCACATAGGGGTTTCTGTTA  517
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  420  GCGCCTTGTAAAGTCCCCACAATGCTCTAATCCAGGGCTCTGTGTCCAACCCCATCACATAGGGGTTTCTGTTA  493

Query  518  AGGAACTCGATTTATATTTGGCATACTTTGTGCATGCAGCAGATTCAAGTCAATCTGAAAGTCCCAGCCAGCCA  591
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  494  AGGAACTCGATTTATATTTGGCATACTTTGTGCATGCAGCAGATTCAAGTCAATCTGAAAGTCCCAGCCAGCCA  567

Query  592  AGTGACGCTGACATTAAGGACCAGCCAGAAAATGGACATTTGGGCTTCCAGGACAGTTTTGTCACATCAGGTGT  665
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  568  AGTGACGCTGACATTAAGGACCAGCCAGAAAATGGACATTTGGGCTTCCAGGACAGTTTTGTCACATCAGGTGT  641

Query  666  TTTTAGTGTCACTGAGCTAGTAAGAGTGTCACAGACACCAATAGCTGCAGGAACTGGCCCAAATTTTTCTCTCT  739
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  642  TTTTAGTGTCACTGAGCTAGTAAGAGTGTCACAGACACCAATAGCTGCAGGAACTGGCCCAAATTTTTCTCTCT  715

Query  740  CAGATTTGGAAAGTTCTTCATACTACAGCATGAGTCCAGGAGCAATGAGGAGGTCTTTACCCAGCACATCCTCT  813
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  716  CAGATTTGGAAAGTTCTTCATACTACAGCATGAGTCCAGGAGCAATGAGGAGGTCTTTACCCAGCACATCCTCT  789

Query  814  ACGAGCTCCACAAAGCGCCTCAAGTCTGTGGAGGATGAAATGGACAGTCCTGGTGAGGAGCCATTTTATACAGG  887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  790  ACGAGCTCCACAAAGCGCCTCAAGTCTGTGGAGGATGAAATGGACAGTCCTGGTGAGGAGCCATTTTATACAGG  863

Query  888  CCAAGGGCGCTCCCCAGGAAGTGGCAGTCAGTCAAGTGGATGGCATGAAGTGGAGCCAGGAATGCCATCTCCAA  961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  864  CCAAGGGCGCTCCCCAGGAAGTGGCAGTCAGTCAAGTGGATGGCATGAAGTGGAGCCAGGAATGCCATCTCCAA  937

Query  962  CCACACTGAAGAAGTCGGAGAAGTCTGGTTTCAGCAGCCCCTCCCCTTCTCAGACCTCCTCCCTGGGAACGGCG  1035
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  938  CCACACTGAAGAAGTCGGAGAAGTCTGGTTTCAGCAGCCCCTCCCCTTCACAGACCTCCTCCCTGGGAACGGCG  1011

Query 1036  TTCACACAGCATCACCGACCTGTCATTACAGGACCCAGAGCAAGTCCGCATGCAACACCATCGACTCTTCATTT  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012  TTCACACAGCATCACCGACCTGTCATTACAGGACCCAGAGCAAGTCCGCATGCAACACCATCGACTCTTCATTT  1085

Query 1110  CCCGACATCACCCATTATCCAGCAGCCTGGGCCTTACTTCTCACACCCAGCCATCCGCTATCACCCTCAGGAGA  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1086  CCCGACATCACCCATTATCCAGCAGCCTGGGCCTTACTTCTCACACCCAGCCATCCGCTATCACCCTCAGGAGA  1159

Query 1184  CGCTGAAAGAATTTGTCCAACTTGTCTGCCCTGATGCTGGTCAGCAGGCTGGACAGGTGGGGTTCCTCAATCCC  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160  CGCTGAAAGAATTTGTCCAACTTGTCTGCCCTGATGCTGGTCAGCAGGCTGGACAGGTGGGGTTCCTCAATCCC  1233

Query 1258  AATGGGAGCAGCCAAGGCAAGGTGCACAACCCATTCCTTCCCACCCCAATGTTGCCACCGCCACCGCCACCACC  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1234  AATGGGAGCAGCCAAGGCAAGGTGCACAACCCATTCCTTCCCACCCCAATGTTGCCACCGCCACCGCCACCACC  1307

Query 1332  GATGGCCAGGCCTGTGCCTCTGCCGGTGCCAGACACAAAGCCTCCAACCACGTCAACAGAAGGAGGTGCAGCCT  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308  GATGGCCAGGCCTGTGCCTCTGCCGGTGCCAGACACAAAGCCTCCAACCACGTCAACAGAAGGAGGTGCAGCCT  1381

Query 1406  CCCCCACGTCACCAATCCT-----------GGTACCT---------------------------------GGGA  1435
            ||||||||||||||| |||           .|.||||                                 ||||
Sbjct 1382  CCCCCACGTCACCAA-CCTACTCGACACCCAGCACCTCCCCCGCAAACCGATTCGTCAGTGTTGGACCACGGGA  1454

Query 1436  TAAAAG--TTGCAGCGTCCCACCATCCACCAGACAGAC-CACCCCT----CCCCTTCTCAACTCTG---  1494
            |..|||  |||.|       |..||||..|| |||||| ||..|||    |            |||   
Sbjct 1455  TCCAAGCTTTGTA-------AATATCCCTCA-ACAGACACAGTCCTGGTAC------------CTGGGA  1503