Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14840
• Subject: NM_001143676.1
• Aligned Length: 1585
• Identities: 1274
• Gaps: 299

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGTAAACAAAGACATGAATGGATTCCCAGTCAAGAAATGCTCAGCCTTCCAATTTTTTAAGAAGCGGGTACG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AAGGTGGATCAAGAGCCCAATGGTCAGTGTGGACAAGCATCAGAGTCCCAGCCTGAAGTACACCGGCTCCTCCA  148

Query    1  ----------------------------------------------------ATGAC--GGTGAAAACTGAGGC  20
                                                                |||.|  ||||||.|       
Sbjct  149  TGGTGCACATCCCTCCAGGGGAGCCAGACTTCGAGTCTTCCTTGTGTCAAACATGCCTGGGTGAACA-------  215

Query   21  TGCT-----AAGGG-----CACCCTCA-----------CTT-----------ACTC---CAGGAT---------  50
            ||||     |||.|     |.||||||           |.|           ||||   |.||.|         
Sbjct  216  TGCTTTCCAAAGAGGGGTTCTCCCTCAGGAGAACGAGTCATGTTCATGGGAAACTCAATCTGGGTGTGAAGTGA  289

Query   51  GAGGGGCATG-----GTGGCAA----------------------------TTC-----------TCATC--GCT  78
            |||.|.||||     .||.|||                            |||           |.|||  |||
Sbjct  290  GAGAGCCATGTAATCATGCCAACATCCTGACCAAGCCCGATCCAAGAACCTTCTGGACTAATGATGATCCAGCT  363

Query   79  TTCATGAAGCAGAGGAGGATGGGTCTGAACGACTTTATTCAGAAGATTGCCAATAACTCCTATGCATGCAAACA  152
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  364  TTCATGAAGCAGAGGAGGATGGGTCTGAACGACTTTATTCAGAAGATTGCCAATAACTCCTATGCATGCAAACA  437

Query  153  CCCTGAAGTTCAGTCCATCTTGAAGATCTCCCAACCTCAGGAGCCTGAGCTTATGAATGCCAACCCTTCTCCTC  226
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  438  CCCTGAAGTTCAGTCCATCTTGAAGATCTCCCAACCTCAGGAGCCTGAGCTTATGAATGCCAACCCTTCTCCTC  511

Query  227  CACCAAGTCCTTCTCAGCAAATCAACCTTGGCCCGTCGTCCAATCCTCATGCTAAACCATCTGACTTTCACTTC  300
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  512  CACCAAGTCCTTCTCAGCAAATCAACCTTGGCCCGTCGTCCAATCCTCATGCTAAACCATCTGACTTTCACTTC  585

Query  301  TTGAAAGTGATCGGAAAGGGCAGTTTTGGAAAGGTTCTTCTAGCAAGACACAAGGCAGAAGAAGTGTTCTATGC  374
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  586  TTGAAAGTGATCGGAAAGGGCAGTTTTGGAAAGGTTCTTCTAGCAAGACACAAGGCAGAAGAAGTGTTCTATGC  659

Query  375  AGTCAAAGTTTTACAGAAGAAAGCAATCCTGAAAAAGAAAGAGGAGAAGCATATTATGTCGGAGCGGAATGTTC  448
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  660  AGTCAAAGTTTTACAGAAGAAAGCAATCCTGAAAAAGAAAGAGGAGAAGCATATTATGTCGGAGCGGAATGTTC  733

Query  449  TGTTGAAGAATGTGAAGCACCCTTTCCTGGTGGGCCTTCACTTCTCTTTCCAGACTGCTGACAAATTGTACTTT  522
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  734  TGTTGAAGAATGTGAAGCACCCTTTCCTGGTGGGCCTTCACTTCTCTTTCCAGACTGCTGACAAATTGTACTTT  807

Query  523  GTCCTAGACTACATTAATGGTGGAGAGTTGTTCTACCATCTCCAGAGGGAACGCTGCTTCCTGGAACCACGGGC  596
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  808  GTCCTAGACTACATTAATGGTGGAGAGTTGTTCTACCATCTCCAGAGGGAACGCTGCTTCCTGGAACCACGGGC  881

Query  597  TCGTTTCTATGCTGCTGAAATAGCCAGTGCCTTGGGCTACCTGCATTCACTGAACATCGTTTATAGAGACTTAA  670
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  882  TCGTTTCTATGCTGCTGAAATAGCCAGTGCCTTGGGCTACCTGCATTCACTGAACATCGTTTATAGAGACTTAA  955

Query  671  AACCAGAGAATATTTTGCTAGATTCACAGGGACACATTGTCCTTACTGACTTCGGACTCTGCAAGGAGAACATT  744
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  956  AACCAGAGAATATTTTGCTAGATTCACAGGGACACATTGTCCTTACTGACTTCGGACTCTGCAAGGAGAACATT  1029

Query  745  GAACACAACAGCACAACATCCACCTTCTGTGGCACGCCGGAGTATCTCGCACCTGAGGTGCTTCATAAGCAGCC  818
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030  GAACACAACAGCACAACATCCACCTTCTGTGGCACGCCGGAGTATCTCGCACCTGAGGTGCTTCATAAGCAGCC  1103

Query  819  TTATGACAGGACTGTGGACTGGTGGTGCCTGGGAGCTGTCTTGTATGAGATGCTGTATGGCCTGCCGCCTTTTT  892
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104  TTATGACAGGACTGTGGACTGGTGGTGCCTGGGAGCTGTCTTGTATGAGATGCTGTATGGCCTGCCGCCTTTTT  1177

Query  893  ATAGCCGAAACACAGCTGAAATGTACGACAACATTCTGAACAAGCCTCTCCAGCTGAAACCAAATATTACAAAT  966
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178  ATAGCCGAAACACAGCTGAAATGTACGACAACATTCTGAACAAGCCTCTCCAGCTGAAACCAAATATTACAAAT  1251

Query  967  TCCGCAAGACACCTCCTGGAGGGCCTCCTGCAGAAGGACAGGACAAAGCGGCTCGGGGCCAAGGATGACTTCAT  1040
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252  TCCGCAAGACACCTCCTGGAGGGCCTCCTGCAGAAGGACAGGACAAAGCGGCTCGGGGCCAAGGATGACTTCAT  1325

Query 1041  GGAGATTAAGAGTCATGTCTTCTTCTCCTTAATTAACTGGGATGATCTCATTAATAAGAAGATTACTCCCCCTT  1114
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326  GGAGATTAAGAGTCATGTCTTCTTCTCCTTAATTAACTGGGATGATCTCATTAATAAGAAGATTACTCCCCCTT  1399

Query 1115  TTAACCCAAATGTGAGTGGGCCCAACGACCTACGGCACTTTGACCCCGAGTTTACCGAAGAGCCTGTCCCCAAC  1188
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400  TTAACCCAAATGTGAGTGGGCCCAACGACCTACGGCACTTTGACCCCGAGTTTACCGAAGAGCCTGTCCCCAAC  1473

Query 1189  TCCATTGGCAAGTCCCCTGACAGCGTCCTCGTCACAGCCAGCGTCAAGGAAGCTGCCGAGGCTTTCCTAGGCTT  1262
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474  TCCATTGGCAAGTCCCCTGACAGCGTCCTCGTCACAGCCAGCGTCAAGGAAGCTGCCGAGGCTTTCCTAGGCTT  1547

Query 1263  TTCCTATGCGCCTCCCACGGACTCTTTCCTC  1293
            |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548  TTCCTATGCGCCTCCCACGGACTCTTTCCTC  1578