Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14897
• Subject: XR_939730.2
• Aligned Length: 4450
• Identities: 2617
• Gaps: 1831

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AAGGGGAGGGGGAGGAGCGGCGAAAGCGGAAGCCATGTTGGAGTTTCACCCCGAGCGAGGGGCTGCGAGGGTTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TCCTCTCCTTGTGGGTGTGACCAGGTTCGGCGCGGCGGCGGGCCGCGGGGGGCGGGGACGATTGGCCGCTTGTC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GTCGTCCGCAGCGGCGTGAGGGGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGCAGCGTGGAGCCGGGTGATTGTGACCGC  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  CGGGGGAGCCGGGAGCCGGCCGCGGCGCCCTCTCTCCGTGTGGCCCCCTGAGCGGCCCCCCTCCCCTGCCCGGG  296

Query    1  -----------------------------ATGAACCCCGGCTTCGATTTGTCCCGCCGGAACCCGCAGGAGGAC  45
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGGAGGCGGGGGGCACCTGGGGCCCGCCATGAACCCCGGCTTCGATTTGTCCCGCCGGAACCCGCAGGAGGAC  370

Query   46  TTCGAGCTGATTCAGCGCATCGGCAGCGGCACCTACGGCGACGTCTACAAGGCACGGAATGTTAACACTGGTGA  119
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TTCGAGCTGATTCAGCGCATCGGCAGCGGCACCTACGGCGACGTCTACAAGGCACGGAATGTTAACACTGGTGA  444

Query  120  ATTAGCAGCAATTAAAGTAATAAAATTGGAACCAGGAGAAGACTTTGCAGTTGTGCAGCAAGAAATTATCATGA  193
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  445  ATTAGCAGCAATTAAAGTAATAAAATTGGAACCAGGAGAAGACTTTGCAGTTGTGCAGCAAGAAATTATTATGA  518

Query  194  TGAAAGACTGTAAACACCCAAATATTGTTGCTTATTTTGGAAGCTATCTCAGGCGAGATAAGCTTTGGATTTGC  267
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGAAAGACTGTAAACACCCAAATATTGTTGCTTATTTTGGAAGCTATCTCAGGCGAGATAAGCTTTGGATTTGC  592

Query  268  ATGGAGTTTTGTGGAGGTGGTTCTTTACAGGATATTTATCACGTAACTGGACCTCTGTCAGAACTGCAAATTGC  341
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATGGAGTTTTGTGGAGGTGGTTCTTTACAGGATATTTATCACGTAACTGGACCTCTGTCAGAACTGCAAATTGC  666

Query  342  ATATGTTAGCAGAGAAACACTGCAGGGATTATATTATCTTCACAGTAAAGGAAAAATGCACAGAGATATAAAGG  415
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATATGTTAGCAGAGAAACACTGCAGGGATTATATTATCTTCACAGTAAAGGAAAAATGCACAGAGATATAAAGG  740

Query  416  GAGCTAACATTCTATTAACGGATAATGGTCATGTGAAATTGGCTGATTTTGGAGTATCTGCACAGATAACAGCT  489
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GAGCTAACATTCTATTAACGGATAATGGTCATGTGAAATTGGCTGATTTTGGAGTATCTGCACAGATAACAGCT  814

Query  490  ACAATTGCCAAACGGAAGTCTTTCATTGGCACACCATATTGGATGGCTCCAGAAGTTGCAGCTGTTGAGAGGAA  563
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ACAATTGCCAAACGGAAGTCTTTCATTGGCACACCATATTGGATGGCTCCAGAAGTTGCAGCTGTTGAGAGGAA  888

Query  564  GGGGGGTTACAATCAACTCTGTGATCTCTGGGCAGTGGGAATCACTGCCATAGAACTTGCAGAGCTTCAGCCTC  637
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GGGGGGTTACAATCAACTCTGTGATCTCTGGGCAGTGGGAATCACTGCCATAGAACTTGCAGAGCTTCAGCCTC  962

Query  638  CTATGTTTGACTTACACCCAATGAGAGCATTATTTCTAATGACAAAAAGCAATTTTCAGCCTCCTAAACTAAAG  711
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTATGTTTGACTTACACCCAATGAGAGCATTATTTCTAATGACAAAAAGCAATTTTCAGCCTCCTAAACTAAAG  1036

Query  712  GATAAAATGAAATGGTCAAATAGTTTTCATCACTTTGTGAAAATGGCACTTACCAAAAATCCGAAAAAAAGACC  785
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GATAAAATGAAATGGTCAAATAGTTTTCATCACTTTGTGAAAATGGCACTTACCAAAAATCCGAAAAAAAGACC  1110

Query  786  TACTGCTGAAAAATTATTACAGCATCCTTTTGTAACACAACATTTGACACGGTCTTTGGCAATCGAGCTGTTGG  859
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TACTGCTGAAAAATTATTACAGCATCCTTTTGTAACACAACATTTGACACGGTCTTTGGCAATCGAGCTGTTGG  1184

Query  860  ATAAAGTAAATAATCCAGATCATTCCACTTACCATGATTTCGATGATGATGATCCTGAGCCTCTTGTTGCTGTA  933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ATAAAGTAAATAATCCAGATCATTCCACTTACCATGATTTCGATGATGATGATCCTGAGCCTCTTGTTGCTGTA  1258

Query  934  CCACATAGAATTCACTCAACAAGTAGAAACGTGAGAGAAGAAAAAACACGCTCAGAGATAACCTTTGGCCAAGT  1007
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCACATAGAATTCACTCAACAAGTAGAAACGTGAGAGAAGAAAAAACACGCTCAGAGATAACCTTTGGCCAAGT  1332

Query 1008  GAAATTTGATCCACCCTTAAGAAAGGAGACAGAACCACATCATGAACTT-------------------------  1056
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                         
Sbjct 1333  GAAATTTGATCCACCCTTAAGAAAGGAGACAGAACCACATCATGAACTTCCCGACAGTGATGGTTTTTTGGACA  1406

Query 1057  --------------------------------------GATCTGCAACTGGAATATGGACAAGGACACCAAGGT  1092
                                                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GTTCAGAAGAAATATACTACACTGCAAGATCTAATCTGGATCTGCAACTGGAATATGGACAAGGACACCAAGGT  1480

Query 1093  GGTTACTTTTTAGGTGCAAACAAGAGTCTTCTCAAGTCTGTTGAAGAAGAATTGCATCAGCGAGGACACGTCGC  1166
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GGTTACTTTTTAGGTGCAAACAAGAGTCTTCTCAAGTCTGTTGAAGAAGAATTGCATCAGCGAGGACACGTCGC  1554

Query 1167  ACATTTAGAAGATGATGAAGGAGATGATGATGAATCTAAACACTCAACTCTGAAAGCAAAAATTCCACCTCCTT  1240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ACATTTAGAAGATGATGAAGGAGATGATGATGAATCTAAACACTCAACTCTGAAAGCAAAAATTCCACCTCCTT  1628

Query 1241  TGCCACCAAAGCCTAAGTCTATCTTCATACCACAGGAAATGCATTCTACTGAGGATGAAAATCAAGGAACAATC  1314
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TGCCACCAAAGCCTAAGTCTATCTTCATACCACAGGAAATGCATTCTACTGAGGATGAAAATCAAGGAACAATC  1702

Query 1315  AAGAGATGTCCCATGTCAGGGAGCCCAGCAAAGCCATCCCAAGTTCCACCTAGACCACCACCTCCCAGATTACC  1388
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AAGAGATGTCCCATGTCAGGGAGCCCAGCAAAGCCATCCCAAGTTCCACCTAGACCACCACCTCCCAGATTACC  1776

Query 1389  CCCACACAAACCTGTTGCCTTAGGAAATGGAATGAGCTCCTTCCAGTTAAATGGTGAACGAGATGGCTCATTAT  1462
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CCCACACAAACCTGTTGCCTTAGGAAATGGAATGAGCTCCTTCCAGTTAAATGGTGAACGAGATGGCTCATTAT  1850

Query 1463  GTCAACAACAGAATGAACATAGAGGCACAAACCTTTCAAGAAAAGAAAAGAAAGATGTACCAAAGCCTATTAGT  1536
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GTCAACAACAGAATGAACATAGAGGCACAAACCTTTCAAGAAAAGAAAAGAAAGATGTACCAAAGCCTATTAGT  1924

Query 1537  AATGGTCTTCCTCCAACACCTAAAGTGCATATGGGTGCATGTTTTTCAAAAGTTTTTAATGGGTGTCCCTTGAA  1610
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AATGGTCTTCCTCCAACACCTAAAGTGCATATGGGTGCATGTTTTTCAAAAGTTTTTAATGGGTGTCCCTTGAA  1998

Query 1611  AATTCACTGTGCATCATCATGGATAAACCCAGATACTAGAGATCAGTACTTGATATTTGGTGCCGAAGAAGGGA  1684
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AATTCACTGTGCATCATCATGGATAAACCCAGATACAAGAGATCAGTACTTGATATTTGGTGCCGAAGAAGGGA  2072

Query 1685  TTTATACCCTCAATCTTAATGAACTTCATGAAACATCAATGGAACAGCTATTCCCTCGAAGGTGTACATGGTTG  1758
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TTTATACCCTCAATCTTAATGAACTTCATGAAACATCAATGGAACAGCTATTCCCTCGAAGGTGTACATGGTTG  2146

Query 1759  TATGTAATGAACAATTGCTTGCTATCAATATCTGGTAAAGCTTCTCAGCTTTATTCCCATAATTTACCAGGGCT  1832
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TATGTAATGAACAATTGCTTGCTATCAATATCTGGTAAAGCTTCTCAGCTTTATTCCCATAATTTACCAGGGCT  2220

Query 1833  TTTTGATTATGCAAGACAAATGCAAAAGTTACCTGTTGCTATTCCAGCACACAAACTCCCTGACAGAATACTGC  1906
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TTTTGATTATGCAAGACAAATGCAAAAGTTACCTGTTGCTATTCCAGCACACAAACTCCCTGACAGAATACTGC  2294

Query 1907  CAAGGAAATTTTCTGTATCAGCAAAAATCCCTGAAACCAAATGGTGCCAGAAGTGTTGTGTTGTAAGAAATCCT  1980
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CAAGGAAATTTTCTGTATCAGCAAAAATCCCTGAAACCAAATGGTGCCAGAAGTGTTGTGTTGTAAGAAATCCT  2368

Query 1981  TACACGGGCCATAAATACCTATGTGGAGCACTTCAGACTAGCATTGTTCTATTAGAATGGGTTGAACCAATGCA  2054
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TACACGGGCCATAAATACCTATGTGGAGCACTTCAGACTAGCATTGTTCTATTAGAATGGGTTGAACCAATGCA  2442

Query 2055  GAAATTTATGTTAATTAAGCACATAGATTTTCCTATACCATGTCCACTTAGAATGTTTGAAATGCTGGTAGTTC  2128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GAAATTTATGTTAATTAAGCACATAGATTTTCCTATACCATGTCCACTTAGAATGTTTGAAATGCTGGTAGTTC  2516

Query 2129  CTGAACAGGAGTACCCTTTAGTTTGTGTTGGTGTCAGTAGAGGTAGAGACTTCAACCAAGTGGTTCGATTTGAG  2202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CTGAACAGGAGTACCCTTTAGTTTGTGTTGGTGTCAGTAGAGGTAGAGACTTCAACCAAGTGGTTCGATTTGAG  2590

Query 2203  ACGGTCAATCCAAATTCTACCTCTTCATGGTTTACAGAATCAGATACCCCACAGACAAATGTTACTCATGTAAC  2276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  ACGGTCAATCCAAATTCTACCTCTTCATGGTTTACAGAATCAGATACCCCACAGACAAATGTTACTCATGTAAC  2664

Query 2277  CCAACTGGAGAGAGATACCATCCTTGTATGCTTGGACTGTTGTATAAAAATAGTAAATCTCCAAGGAAGATTAA  2350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CCAACTGGAGAGAGATACCATCCTTGTATGCTTGGACTGTTGTATAAAAATAGTAAATCTCCAAGGAAGATTAA  2738

Query 2351  AATCTAGCAGGAAATTGTCATCAGAACTCACCTTTGATTTCCAGATTGAATCAA--------------------  2404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
Sbjct 2739  AATCTAGCAGGAAATTGTCATCAGAACTCACCTTTGATTTCCAGATTGAATCAATAGTAATTGAGCTGTTCTTG  2812

Query 2405  -----TAGTGTGCCTACAAGACAGTGTGCTAGCTTTCTGGAAACATGGAATGCAAGGTAGAAGTTTTAGATCTA  2473
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CCTGCTAGTGTGCCTACAAGACAGTGTGCTAGCTTTCTGGAAACATGGAATGCAAGGTAGAAGTTTTAGATCTA  2886

Query 2474  ATGAGGTAACACAAGAAATTTCAGATAGCACAAGAATTTTCAGGCTGCTTGGATCTGACAGGGTCGTGGTTTTG  2547
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  ATGAGGTAACACAAGAAATTTCAGATAGCACAAGAATTTTCAGGCTGCTTGGATCTGACAGGGTCGTGGTTTTG  2960

Query 2548  GAAAGTAGGCCAACTGATAACCCCACAGCAAATAGCAATTTGTACATCCTGGCGGGTCATGAAAACAGTTAC--  2619
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
Sbjct 2961  GAAAGTAGGCCAACTGATAACCCCACAGCAAATAGCAATTTGTACATCCTGGCGGGTCATGAAAACAGTTACTG  3034

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3035  AGAATTGTTGTGCTTTGACAGTTAACTCTAGAAAGAAAGAACACTACCACTGCAACATTAATGGATGCTTGAAG  3108

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3109  CTGTACAAAAGCTGCAGTAACCTGTCTTCAGTTACTTTGTAATTTATTGTGGCATGAGATAAGATGGGGAAAAT  3182

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3183  TTTGTTTTAAGTGGTATGGATATATTTAGCATATTGAACCACACAAGTGCTTAATTCATTGTTATGTAATCTTT  3256

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3257  GTACATATAGGCAGTATTTTTTCTGTGAAACTTCATATTGCTGAAGACATACACTAAGAATTTATGTAGATAAT  3330

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3331  GTACTTTTATGAGATGTACAAGTAAGTGTCTTATCTGTACAGATGTAAATGTTGATGAAAATGCAATTGGGGTT  3404

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3405  AATATTTTAAGAATTCTTTAGTATATTCTTGGGTGTGGCTATATTACAAAATGGGATGCTGGCAATGAAACAAT  3478

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3479  ACATTTAACACTATTGTATTTTTATTATATGTAATTTAGTAATATGAATATAAATCTTGTAACTTTTAAAATTG  3552

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3553  TAATGGAGGCTGTAATCATTTTATAATCTTTTTAATTTTAATGCAAGTACACTGGTGTTTATATTTGCACAAAG  3626

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3627  TATTGATATGTGATGTATTAAGTCACAAAAGTAAGCTGTGACATTGTCTATAAGCATTTGGCTCCACAAATGTA  3700

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3701  TTTGGATTGTTTTCTATGTGAAGCAAACCAATTATAATTAACCACATGTTGTAGTAACTGGTCTTTTTATATTT  3774

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3775  AAGCAGAATCCTGTAAGATTGCTTGTCTTTGCTTAAAAACAATACCTTTGAACATTTTTGAATCACAGAATAGC  3848

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3849  GGTACCATGATAGAATACTGCAATTGTGGTCAGAATTACAGTATGCACAAAGAATTAATTAGCATTATTAAAGA  3922

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3923  GTCCTCACTAAACATTTCATATGATCACACTGAAGAACTGTAACATTCCATAGAGTGAAGTGGTTCAAATTTCT  3996

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 3997  CTTGGAATTTTTACTTTTGTTGGCCTTATTTTATGATCCTTTTCATATTTCTTTTGACTTAGAGTATTAATACA  4070

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 4071  TGGCCAAAATAATTTAGTTACTACCTCATACAAACAATATAATGGTTACTACACATCACAGGAACTTAGTTTTG  4144

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 4145  GTTTAAGTCATTTTTGATTGCTTTTTTCCAATGGAATATGTATATACCAGGTTTTAGCAAAATGCACACTTTTG  4218

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 4219  GCTCTTTTTGGTATATGTTCTTTATATTTTAATGTGAGTATATACACTAAGAACAAACTAAATTGTGATTTATG  4292

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 4293  ATCTTCATTTATTTTAATGATAATGGTTTTAAAATATGTTCCTGATTGTACATATTGTAAAATAAACATGTTTT  4366

Query 2620  --------------------------------------------------------------------------  2619
                                                                                      
Sbjct 4367  TTAACATGCTGTTGTATAGTAGCTTGTCATCTGGTTTAATCTGTATATAGTAACACTAAAATATATTAAGAGGG  4440

Query 2620  ----------  2619
                      
Sbjct 4441  GAAAGCTTTA  4450